生物物理所科学研究平台浪潮计算机集群和成像中心数据系统

简介 及 相关管理办法

凌伦奖

浪潮计算机集群 TS10K 简介• 中国科学院生物物理所筹建高性能计算中心（此后简称

“中心”）的首要目的是满足本研究所科研活动中日益增长的高性能计算需求，包括：透射电镜的数据收集、数据初步处理、三维重构，质谱原始数据的处理，晶体结构解析，分子动力学，分子建模，结构预测，以及其他生物信息学相关的大规模计算等等。此外，本计算中心加入了中科院超级计算网格环境，是其中的一个所级中心，所以，在首先满足本所需求的前提下，也为所外的用户提供服务。

浪潮计算机集群 TS10K 简介 " 中心 " 目前的主力设备是浪潮 TS10K 计算机集群。该集群于2011 年 5 月调试完毕并正式运转，其主要构成包括：管理节点，用户登录节点， 80 个瘦节点（ 960 个计算核）， 20 个高速互联瘦节点（ 240 个计算核）， 1 个厚节点（ 48 个计算核）， 4 个GPU 节点，总计算能力约为 14 万亿次每秒；内存总和 3856

GB ，总存储空间 60TB ；主干计算网络为 10Gb Ethernet ，管理网络为 1Gb Ethernet ，高速互联网为 40Gb Infiniband ；操作系统为 Linux ，作业调度系统为 TSJM V1.0 。集群的总体架构和外观如下面的图片所示。

浪潮计算机集群 TS10K 简介

浪潮计算机集群 TS10K 简介

生物成像中心数据系统简介 “ 生物物理所生物成像中心”隶属于 “北京生命科学大

型仪器区域中心”（简称“区域中心”），有多台电镜，日产生的数据量超过 500G 。“生物物理所生物成像中心数据采集与存储系统”（此后简称“数据系统”）的任务就是将这些数据完整地采集下来，并有序存储，进行分析。

“ 数据系统”首先满足“区域中心”用户的需求，也为“区域中心”以外的用户服务。

生物成像中心数据系统简介

“ 中心”的管理办法详见 http://192.168.120.101/的“管理办法”，这里强调几点：

“ 中心”按非盈利、服务科研的原则管理运行，在首先满足本单位各课题组的需求的情况下，也为其他符合条件的用户提供服务；

仅提供高性能计算相关的服务，原则上不提供纯数据存储、网页发布、网络传输等方面的服务；

用户通过网络使用集群，非授权用户，不得进入机房；

用户在相关项目完成或阶段总结后，有义务向“中心” 提交相关总结报告（包括获奖证明）进行存档，发表文章和成果时须注明相关计算是在本“中心”完成的。

“ 中心”的收费办法详见 http://192.168.120.101/中的“收费原则”，这里说明几点：

收费不是为了盈利，只是覆盖部分能源费和运行维护费；

鼓励大规模计算（并行，长时间）；

目前，按“财政年度”每年结算一次，今后可能每半年结算一次；

如果通过院高性能计算环境接入的，按其规定的标准收费。

“ 数据系统”的管理办法详细的管理办法见： http://cbi.ibp.ac.cn/中的相关“管理规定”，这里强调几点：

“ 数据系统”首先满足“区域中心”用户的需求，此外，也积极为其他单位符合条件的用户提供服务。

将用户分为 3类，即“区域中心内用户”，“区域中心外用户”，和“商业用户”，在收费的标准方面有所区别

在相关项目完成或阶段总结后，用户有义务向“中心”提交研究成果报告或项目总结报告（包括获奖证明）进行存档，发表文章和成果时须注明相关的工作在计本中心完成。