Инструкция DeepView – The Swiss-PdbViewer

Display ModesEC 1.15.1.1 Супероксиддисмутаза

Красноярск 2014

Артеменко Карина

Федеральное агентство по образованиюФедеральное государственное автономное образовательное

учреждение высшего профессионального образования«СИБИРСКИЙ ФЕДЕРАЛЬНЫЙ УНИВЕРСИТЕТ»

Институт фундаментальной биологии и биотехнологии

Кафедра биофизики

2

Режимы отображения

3 режима отображения

Режим Основные функции дисплея

Normal Опорные, боковые цепи, ленты и молекулярные поверхности отображаются как проволочный каркас

3D-rendering Вторичная структура, поверхности

Stereoscopic Стерео-изображение. Позволяет визуализировать молекулы в реальном 3D.

3

• Display>Slab - Сечение изображения• Глубину плиты можно регулировать в Preferences>

Display

Normal and slab display.superoxide dismutase (Fe)

4

Нормальный Режим отображения

• Этот режим используется по умолчанию для Mac и Windows. Это позволяет быстро реальный отображение времени и высокую частоту кадров рендеринга. Таким образом, это наиболее подходящий режим для простой работы.

• Этот режим позволяет применять все команды DeepView, в том числе всех вычислений и инструментам настройки.

• Под Preferences меню вы можете настроить несколько вариантов, регулирующие внешний вид молекул при нормальном дисплее.

5

3D - изображение1. Use OpenGL Rendering - Отображаются Ленты и Поверхности2. Render in solid 3D - Отображаются боковые цепи

6

7

Управление изображением

Preferences>Surfaces Изменять цвет, насыщенность поверхностей

Preferences>Ribbons Цвет, форма, размеры и т.д. лент

Preferences>3D Rendering Размер, цвет и сглаженность атомов

8

Preferences>Ribbons

9

Гладкость Количество граней, используемых для описания одной сферы

Количество граней, используемых для описания одного цилиндра

1 8 10

… … …

13 7200 58

10

Preferences>3D Rendering

11

Другие 3D-функции, которые можно установить в Preferences>3DRenderings включают в себя:• использование сеток для рисования твердых объектов: это сделает более хорошие, но медленные, изображения• реальное время показа твердых изображений

Наконец, нажав Preferences>3D Light , для определения позиции и интенсивности до трех источников света для освещения 3D визуализации.

12

13

Текущие ограничения OpenGL 3D визуализации включают в себя:• Mac только: изображения появляются в 256 цветах на экране (но они будут всегда экономиться в миллионах цветов). Вы должны выделить достаточный объем оперативной памяти для программы, так чтобы все изображения (24 бита) могли находиться в памяти.• Изображения, больше, чем экран, не могут быть предоставлены (для больших изображений следует использовать POV-Ray).

14

POV-Ray изображение

• File>Save>Pov3 или File>Save>MegaPov(то же самое как Pov3, но с еще более гладкими цветами)

15

STEREOSCOPIC MODES

• Click Display>Stereo View: это включает вид стерео и выключает.

• Swiss-PdbViever поддерживает три различных стерео режима: красный и синий (red and blue), бок о бок (side by side), и аппаратное стерео (hardware stereo).

• Stereoscopic View Settings Preferences>Stereo Display. По умолчанию используется режим Side by side.

16

Red and blueОтображаются красные и синие перекрывающиеся изображения. Красное изображение вращается -2 градуса вокруг вертикальной оси и синее изображения вращается +2 градуса:

Preferences>Stereo Display. Угол поворота между двумя изображениями (2+2=4° по умолчанию).

17

Side by sideЛевое изображение - изображение контроля. По умолчанию левое изображение вращается –2 градуса вокруг вертикальной оси, правое изображение +2 градуса:

18

Два фактора, корректируемые в диалоговом окне Stereoscopic View Settings dialog, влияющие на“side by side” стерео восприятие:1. угол поворота в градусах2. разделение в пикселях

19

Hardware stereo

Два режима стерео:• Первый режим Above/Below стерео (AB). В этом

режиме экран разделен по вертикали на две части (Выше/ниже). Левое изображение отображается в верхней части экрана, а правое – нижней.

• Второй режим - истинный OpenGL стерео в окне. Этот режим стерео использует способность OpenGL для поддержки различных экранных буферов для левого глаза и правого глаза. Этот режим является более удобным, чем стерео формат (AB).

20

EC 1. -. -. - Оксидоредуктазы (катализируют перенос электронов от одной молекулы, восстановитель, на другую ,окислитель).

EC 1,15. -. - Включает в себя ферменты, которые действуют на супероксид- радикалов в качестве акцепторов.

ЕС 1.15.1 -. Действует на супероксид в качестве акцептора.

EC 1.15.1.1 Супероксиддисмутаза.

СУПЕРОКСИДДИСМУТАЗА

21

Супероксиддисмутаза

• Супероксиддисмутаза (СОД) -относится к группе антиоксидантных ферментов.

• Вместе с каталазой и другими антиоксидантными ферментами она защищает организм человека от постоянно образующихся высокотоксичных кислородных радикалов.

22

ОСНОВНОЙ ВИД БЕЛКА

23

ВТОРИЧНАЯ СТРУКТУРА

24

РИББОН ДИАГРАММА

25

ВОДОРОДНЫЕ СВЯЗИ В БЕЛКЕ

26

АТОМНАЯ СТРУКТУРА

27

ВАН-ДЕР-ВААЛЬСОВЫ СВЯЗИ

28

ВТОРИЧНАЯ СТРУКТУРА + ВАН-ДЕР-ВААЛЬСОВЫ СВЯЗИ

29

ЭЛЕКТРОСТАТИЧЕСКИЙ ПОТЕНЦИАЛ ВВОДЕ (Ε=80)

30

ЭЛЕКТРОСТАТИЧЕСКИЙ ПОТЕНЦИАЛ ВЭТИЛОВОМ СПИРТЕ (Ε=27)

31

ДОСТУПНОСТЬ РАСТВОРИТЕЛЮ

32

ОКРАШИВАНИЕ ПО B-FACTOR

33

ЦВЕТОВОЕ РАСПРЕДЕЛЕНИЕ ВСЕХ АМИНОКИСЛОТНЫХ ОСТАТКОВ

34

КАРТА РАМАЧАНДРА

35

• http://www.pdb.org/pdb/explore/explore.do?structureId=3TQJ

• Структура супероксиддисмутазы (Fe) (SODB) от Coxiella burnetii