第 三 章 dna 多态性分析基础

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第 三 章 DNA 多态性分析基础. 人类 DNA 遗传标记 ---- 法医物证学应用研究的热点 ♦ 由常量检材到微量检材 ---- 微量 检材的检验 ♦ 由蛋白质水平到 DNA 水平 ---- 陈旧 检材的检验、取材的 广泛性 ♦ 实现了仅能否定到高概率肯定 --- 提高了法庭证据的 可靠性 人类 DNA 遗传标记 ---- 特定的座位上出现等位基因 ♦ 出现在编码区或非编码区 ♦ 表现为 序列多态性 或 长度多态性. 第一节 DNA 分子结构与功能 一、 DNA 的分子结构 - PowerPoint PPT Presentation

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Page 1: 第 三 章  DNA 多态性分析基础

第 三 章 DNA 多态性分析基

Page 2: 第 三 章  DNA 多态性分析基础

人类 DNA 遗传标记 ---- 法医物证学应用研究的热点

♦ 由常量检材到微量检材 ---- 微量检材的检验 ♦ 由蛋白质水平到 DNA 水平 ---- 陈旧检材的检验、取材的广泛

性 ♦ 实现了仅能否定到高概率肯定 --- 提高了法庭证据的可靠性人类 DNA 遗传标记 ---- 特定的座位上出现等位基

因 ♦ 出现在编码区或非编码区 ♦ 表现为序列多态性或长度多态性

Page 3: 第 三 章  DNA 多态性分析基础

第一节 DNA 分子结构与功能一、 DNA 的分子结构 DNA 是由 4 种核苷酸通过磷酸二酯键连接成的线性多聚体1.DNA 的基本结构单位碱 基 A G C T

核 苷

核苷酸 脱氧核苷酸 = 碱基 + 脱氧核糖 + 磷酸

dNTP

dNDP

dNMP

Page 4: 第 三 章  DNA 多态性分析基础

2.DNA 的分子结构一级结构 --DNA 分子中核苷酸的排列顺序 链接方式 3’,5’ 磷酸二酯键连接

戊糖和磷酸构成多聚核苷酸对骨架

含氮碱基突出于骨架上

不对称末端 5’- 自由的磷酸, 3’- 游离

的羟基

生物学意义 1. 遗传信息的载体

2. 构成 DNA 遗传标记的结

构基础

Page 5: 第 三 章  DNA 多态性分析基础

二级结构 -- 两条 DNA 单链形成的双螺旋结构

双螺旋结构的特征

1. 两条单链逆向平行排列,

绕同一中心轴形成双螺旋

2. 两条单链间以氢键连接

碱基互补原则: A=T,C=G

** 稳定性与 G+C 含量呈正比

** 嘌呤和嘧啶相等 : A+G=C+T

配对原则的意义

1. 复制的分子学基础

遗传信息传给子代

2. 转录的分子学基础

RNA 合成的模板 –蛋白质

3.DNA 多态性分析的分子学基础

DNA 遗传多态性

Page 6: 第 三 章  DNA 多态性分析基础

三级结构 --- 超级螺旋结构 结构特征 真核生物 DNA 三级结构 -- 核小体

140bpDNA 双链缠绕组蛋白

8 聚体 60bp 的连接链(结合有组

蛋白 H1 )

生物学意义

压缩 DNA 分子体积,有利于在细胞

中包装组蛋白对 DNA 分子完整性的

保护作用

统计数据

人类基因组 DNA 直线长 2m

细胞核直径 5um

DNA 分子被压缩了近一万倍

Page 7: 第 三 章  DNA 多态性分析基础

二、 DNA 的理化性质 DNA 是生物大分子,因此具有高分子物质的一般性质

粘 性 较大 溶液的粘性与溶质分子的不对称性有关

两性电解质 DNA 含有磷酸基团( - )和含氮碱基( + ) ♦ 等电点低 -- 中性或弱碱性溶液 -- 带负电 电泳技术进行分离的分子基础 ♦ 可以与金属离子( Na,K,Mg.Mn )结合成盐 DNA+ 盐(乙醇或异丙醇) DNA 沉

淀析出 ♦ 可以和组氨酸结合 使 DNA 分子更具有稳定性

吸收紫外线 碱基含有共轭双链 ( 最大吸收波长 260nm )

♦ 对 DNA样品进行定量分析

Page 8: 第 三 章  DNA 多态性分析基础

1.DNA 的变性概念:在加热、溶液碱性、有机溶剂、二甲基亜砜、甲酰胺等条件 下, DNA 双链间的氢键断裂,形成两条单链 DNA 分子的过程。

变化:溶液粘度降低 , 沉降速率增加 ,浮力密度上升 , 紫外线吸收增强 增色效应~随温度上升, DNA 溶液的紫外线吸收增强, A260nm值 ♦ DNA 对紫外线吸收强度与变性程度成正比 ♦ OD260值:双链 DNA < 单链 DNA < 单核苷

酸 融链温度~随温度上升,一半 DNA 分子变性时的温度 (Tm值 )

♦ Tm值与 DNA 分子中 G/C 含量呈线性关系 估计 DNA 的 GC 含量 ( G+C)% = (Tm—69.3)× 2.44

估算引物的 Tm 值 Tm = 4 ( G + C ) + 2 ( A + T )

♦ Tm值受介质中离子强度的影响 在高离子强度溶液中相对稳定( 1mol/L NaCl )

某些因素影响下→ DNA 分子共价键断裂→小片段 DNA 的过程: DNA降解

Page 9: 第 三 章  DNA 多态性分析基础

2.DNA 的复性概念:当撤除变性因素后,原变性的两条互补 DNA 单链通过基配对又重

新缔合成为双链结构的过程叫复性。 ** 加热后变性的 DNA 在温度降低过程中的复性有称为退火

影响:温度影响~最适为 Tm 以下 25℃ ,过高不易复性;过低碱基错配

离子强度~足够盐浓度—中和 DNA 分子携带负电荷—利于复性 分子结构~简单序列的、小分子 DNA--易发现互补序列 - 复性快 溶液浓度~高浓度 DNA 溶液较低浓度 DNA 溶液易复性 ** 影响复性过程的主要因素:复性温度与溶液的离子强度

杂交:在复性的条件下,来源不同、但具有碱基互补的 DNA 单链按碱基

配对原则形成双链 DNA 分子的过程称作杂交。 ** 局部碱基序列具有同源性的 DNA 分子也能形成局部杂交产物

杂交技术:在复性条件下,探针与靶 DNA 单链形成杂交双链 用以分析两核酸分子间的碱基互补程度 探 针:标记有失踪物的寡核苷酸片段

Page 10: 第 三 章  DNA 多态性分析基础

三、 DNA 的复制和基因表达1.DNA 的复制 概念:复制是指以原来的 DNA 为模

板合成相同 DNA 分子的过程 复制的基础 -- 碱基互补原 方式:♦ 半保留复制

♦ 半不连续

过程:复制的起始 双链解开 引物合成 DNA 链延伸 5’-

3’ 方向

DNA 聚合酶 复制的终止 引物切除 缺口连接

Page 11: 第 三 章  DNA 多态性分析基础

DNA 聚合酶-- 催化脱氧核苷三磷酸聚合成 DNA 链的酶条 件:必须有引物、复制模板、合成 DNA 的原料 dNTP及微量 Mg2+

作 用:具有合成、切除和校对的综合功能 ♦ 大肠杆菌 DNA 聚合酶 I—polA 基因编码的多功能酶 68kd C 端 2/3 5’-3’ 聚合酶活性—合

成 103kd N 端 1/3 3’-5’ 外切酶活性—校

对作用 35kd 5’-3’ 外切酶活性—切除

♦ 真核生物 DNA 聚合酶—四种酶都具有 5’-3’ 方向聚合作用 α— 参与核 DNA 的合成(链合成的引发) β— 具有外切酶的活性(修复、校对) γ— 线粒体 DNA 的复制 δ— 参与核 DNA 的合成(链的延长及其他)忠实性:是保证生物信息准确传递的必要条件 机制 专一性识别碱基 -- 合成控制:碱基对、酶、引物 3’-5’ 外切酸活性 --校对控制:

Page 12: 第 三 章  DNA 多态性分析基础

复制 蛋白质

转录

逆转录

翻译

DNARNA

2. 基因表达概念:将储存于 DNA 中的遗传信息转变成 RNA 和蛋白质分子,通过这 些蛋白质分子的功能活动使声明体表现各种各样的生理功能 和千差万别的生物性状。

阶段:转录~ DNA 分子作为模板直接指导 RNA 分子的合成过程 翻译~ RNA 分子上的核苷酸序列信息转变成蛋白质中氨基酸

Page 13: 第 三 章  DNA 多态性分析基础

四、 DNA 的损伤与修复1.DNA损伤 ---- 是指 DNA 双螺旋结构出现的任何改变体内 复制错误 DNA 复制错配率 10-1 , 10-2

自发损伤 碱基脱嘌呤~ A 或 G 被切下来→导致突变 碱基脱氨基~ C 脱氨成为 U→U 与 A 配对外界 物理因素 紫 外 线 嘧啶间诱导形成共价键→嘧啶二聚体( TT ) 嘌呤间形成异常化学键 电离辐射 机理~构成基因的化学物质电离 结果~碱基破坏、核糖分解、 DNA 分子断裂 化学因素 烷 化 剂 烷基置换碱基的氢原子 --- 碱基被烷化,造成基因改变 类 似 物 替代正常碱基掺入 DNA 链中引起错配 5-溴尿嘧啶、 2- 氨基嘌呤

Page 14: 第 三 章  DNA 多态性分析基础

2.DNA修复切除修复—恢复正常结构 重组修复 ---损伤可以保留

Page 15: 第 三 章  DNA 多态性分析基础

第二节 人 类 基 因 组基因组概念 广义概念:一个生物体的所有基因或遗传物质 狭义概念:一大组基因、一个染色体或几个染色体的基因 ** 基因组包含基因序列 (20-30%) + 非基因序列 (70-

80%)

基因组构成 核 基 因 组:单倍体细胞内的全部 DNA 分子, 3×109 bp 体细胞~ 22 对常染色体和 1 对性染色体 性细胞~ 22 条常染色体和 1 条型染色体 ** 每个细胞含相同的基因组拷贝(特殊除

外) ** 平均每个细胞含有 6~ 10pg 的 DNA 线粒体基因组:线粒体内包含的全部 DNA 分子, 16569bp ** 每个细胞平均有 800个线粒体 ** 每个线粒体含有 10个 DNA拷贝

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一、人类核基因组 DNA1. 基因与基因有关序列基因组成:包括合成有功能的多肽链或 RNA所必需的全部序列

Page 17: 第 三 章  DNA 多态性分析基础

真核生物 ---断裂基因基因中编码序列被若干个插入序列分隔的不连续的镶嵌结构 编码序列 ---- 外显子 ( n ) 10%~50% 插入序列 ----内含子 (n-1) 50%~90% 决定基因长

度 编 码 率 ---- 编码序列长度占整个基因序列的比例 外显子 内含子转录:模板 DNA 初级 RNA 成熟 RNA 剪接方式:特定外显子 + 不同外显子 --- 表达多种产物 表现为外显子 / 或 内含子 --- 表现多种功能 由同一 DNA序列可以得到不同的mRNA,从而编码多

种 具有部分重叠序列的蛋白质的基因称为重叠基因

GT AG GT AG

Page 18: 第 三 章  DNA 多态性分析基础

基因分类 结构基因:合成结构蛋白、催化生化反应的酶 调节基因:阻遏蛋白或激活蛋白,控制基因活性 ◆ 既可以转录成 RNA ,又可以翻译成蛋白质 rRNA 基因:产物是核糖体的核糖体 RNA tRNA 基因:产物是转移 RNA ◆ 只转录产生相应 RNA ,而不翻译成蛋白质相关序列 前导序列和尾随序列 --- 能被转录,但不被翻译 启 动 子: RNA 聚合酶与 DNA 结合起始部位 位置:基因转录起点上游( 5’-1kb) 作用:能与 RNA酶结合,调控基因表达 增 强 子:调节基因产物与 DNA 结合的部位 位置:基因上游,促进基因转录活性 作用:促进转录活性,增强启动子 2. 基因外 DNA 功能不清,多拷贝或低拷贝形式; 30%串联重复

Page 19: 第 三 章  DNA 多态性分析基础

3.重复序列概念:在基因组中反复出现,在基因组中含有一个以上相同 顺序拷贝的 DNA 序列称为重复序列 ---DNA 多态性基础分类:反向重复序列 ---- 两个序列相同的拷贝在 DNA 上呈反向排列

重复序列间有间隔 位于基因调控区内 重复序列间无间隔 与基因的转录、复制有关 串联重复序列 ---- 相对恒定的序列为重复单位,首尾相接 大卫星 DNA ( macrosatellite DNA ) 主要在在非编码区 小卫星 DNA ( minisatellite DNA ) 与染色体折叠压缩 微卫星 DNA (microsatellite DNA ) 和染色体配对有关 散在重复序列 ---- 相同序列的重复单位散在分布 短散布元件〈 500bp Alu 序列 序列长平均 250bp ,含有 Alu I酶切位点( AGCT ) 同源性高达 80% ,但具有种属特异性 人类 Alu 序列长 300bp ( 130bp+31bp+130bp ) 长散布元件 〉 6-7kb Kpn 序列 约 6500bp

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卫星 DNA

发现: DNA主带以外有多个小的卫星带分类:大卫星 ---根据浮力密度不同 1.687 Ⅰ卫星 DNA ( 25-48bp ) 1.693 Ⅱ卫星 DNA ( 5bp-ATTCC- ) 1.697 Ⅲ卫星 DNA ( 5bp-ATTCC- ) 1.700 Ⅳ卫星 DNA (隐蔽的卫星 DNA) α卫星 DNA 171bp 灵长类特有 β卫星 DNA 68bp 富含 GC γ卫星 DNA 220bp

成分: GC 含量少于主带中的 DNA

特征: DNA 呈串联重复形式 各类型家族成员序列 G/C 含量近似 具有相同的浮力密度 但是重复序列特征有明显差异

Page 21: 第 三 章  DNA 多态性分析基础

所有串联重复 DNA 序列都称为 ---卫星 DNA 根据重复序列长度和序列特征分类 小卫星 DNA 微卫星 DNA ( minisatellite DNA ) (microsatellite

DNA ) 重复单位 15bp-30bp 2bp-6bp 重复次数 数次至数百次 10bp-60次 序列总长 100bp-20kd 300bp 序列特征 核心序列 单拷贝 多态原因 VNTR STR 形成机制 不等交换,重组 复制滑动 主要分布 近端粒处,着丝点 内含子、间隔 DNA 有特定的基因座定位 有特定的基因座定位 核心序列 ----富含 G/C 或 A/T 的保守序列 不同小卫星高度同源性 ---DNA指纹技术

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4.假 基 因:与正常功能基因在核苷酸序列上相似,但不能转录或 转录后生成无功能基因产物的 DNA 序列。 突变:复制 -失去调控;转录 -拼接信号;翻译 -终止信号 其他:丢失 5’ 或 3’ 端部分而失去活性—基因片段5. 基因家族:基因组中来源相同,结构相似,功能相关的一组基因 产物:编码 R N A ~ snRNA, tRNA, rRNA 编码蛋白质 ~ 组蛋白、珠蛋白、生长激素

位置:同一个染色体上或不同染色体上 分类:多 基 因 家 族( rRNA 基因家族) 散在基因家族(珠蛋白基因家族) 超 基 因 家 族(免疫球蛋白、组织相容性复合体)6. 转位因子: DNA 分子内部或分子间可以移动的 DNA片段 特点:保留原位的序列,新合成复本的插入,可以遗传 部位:不固定(内含子、基因侧翼序列、插入编码区 )

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7. 端粒 存在于真核生物染色体末端,一段 DNA 和蛋白质形成的复合结构特点:仅存在于真核生物,富含 G 的寡核苷酸序列 多个串联重复序列组成,重复单位为 5bp-8bp ( -TTAGGG- ) 重复次数为 800-3000次,总长度 5~ 15kb作用:在端粒酶参与下,封闭染色体末端,维持染色体稳定性的作用 DNA 复制:由于受 DNA 聚合酶特性限制,子代 DNA 链的最后 一个片断去除引物后,无法填补空隙,易造成子代 DNA 链的缩短。

端 粒 酶:由 RNA 与蛋白质组合成的酶,以自身携带的 RNA 为模板 合成互补链,直接从末端起始 DNA 的合成意义:端粒长度与年龄、细胞分裂次数有关,存在性别、种族和组织差

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二、线粒体 DNA惟一的细胞核外 DNA ,携带有编码蛋白质和 RNA 的基因结构:闭环双链 --- 16569bp 组成 外环—重链 (H 链 )

富含嘌呤 内环—轻链 (L 链 )

富含嘧啶 分子裸露 ----无组蛋白 容易破坏,不稳定

Page 25: 第 三 章  DNA 多态性分析基础

功能:储存信息 --- 编码参与氧化磷酸化蛋白质和 RNA 的基因

H 链: 2个 rRNA , 14个 tRNA , 12个蛋白质

L 链: 8个 rRNA , 1个蛋白质 自身复制 --- 单向 :置换环复制或 D-环 (D-loop) 复制

特点:不对称的复制, H 链和 L 链各有一个复制起点,先复制H 链,

H 链复制到达 L 链起始点后, L 链开始复制

D-环:新合成第三条 H 链姊妹链 ,序列与 L 链互补

H 链复制起点附近( 520-700 ),高变异

转录功能 -- 两条链同时转录合成 RNA-- 对称转录

Page 26: 第 三 章  DNA 多态性分析基础
Page 27: 第 三 章  DNA 多态性分析基础

特征( 1 )碱基结构紧凑、简洁:以最少碱基数编码尽量多的蛋白质和RNA

♦ 基因间无间隔序列 ♦ 基因内无内含子、前导序列、带帽序列和终止信号 ♦ 相邻基因甚至有碱基的重叠 ( 2 )不存在同源基因间的重组与交换 结果: mtDNA所有序列变异呈单倍型特性 ( 3 )母系遗传:同一母系后代 mtDNA 序列,在排除突变情况下是一致 原因:精子尾部线粒体不进入或少量进入卵细胞

精细胞

卵细胞

Page 28: 第 三 章  DNA 多态性分析基础

( 4 )突变率比较高 主要分布 控制区( D-环区) - 含有启动子和重链复制的起点 跨距约 1100bp ,个体间存在较大差异 高 变 区 HV-I 29 ~ 408号碱基 HV-II 15996 ~ 16401号碱基 HV-III 438 ~ 574号碱基 主要原因 A : mtDNA没有组蛋白的保护 B : DNA 聚合酶缺乏 3’-5’ 外切酶校正功能

C : 缺乏 DNA损伤的修复体系 D : mtDNA极少或不受来自选择压力的影响 突变类型 碱基的错配 --- 序列多态性 主要为转换( 90% ):嘧啶转换 HV-I 80% HV-

II 20% 少数是顛换( 10% ): C→A 或 A→C 插入或缺失 ---- 长度多态性 poly—C : nt16184-nt16193 ( HV-

I ) CA 重复: nt514-nt523 ( HV-III )

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( 5 )异质性 同一个体 mtDNA 出现两种或两种以上碱基序列的现象 形式:同一个体的不同组织有不同的 mtDNA 序列 同一组织中含有一种以上的 mtDNA 序列 异质性仅出现在个别组织中,其他组织则无 类型:点异 质 性 --- 异质性序列之间差异仅限于单个碱基 长度异质性 --- 异质性出现在多聚胞嘧啶( poly-C ) HV-I nt16184 , HV-II

nt303-nt315

成因:拷贝数目多、不对称复制、缺乏校正修复机制

应用 1. 含 量 多:数以百计线粒体 / 人类细胞, 2-10个拷贝 / 线粒体

2.母系遗传:单亲鉴定或母系遗传的研究出现率为 2%-8%

3. 异 质 性:出现率为 2%~ 8% ,对个体识别鉴定的影响值得注意

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第三节 基 因 突 变 概念:基因碱基组成的改变,又称为点突变。 野生型 -- 自然界存在的,无 DNA 分子改变的个体表型 突变型 -- 突变后的表型 方式:碱基的替换 转换 --- 同一类型碱基的替换 顛换 --- 不同类型碱基的替换 插入和缺失 在 DNA 序列中插入或缺失一个或几个碱基 后果:编 码 区 --- 碱基突变导致相应密码子的改变 同义突变 -- 氨基酸不变 中性突变 -- 氨基酸改变,不影响蛋白质功能 错义突变 -- 氨基酸改变,影响 / 不影响功能 ** 无义突变 -- 终止密码子形成,产物无功能

移码突变 -- 阅读框改变,肽链延长或缩短 非编码区 ---没有表达产物,多不构成实质性影响 人类非编码区的序列变异远比编码区多

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第四节 DNA 多 态 性DNA 多 态 性 基因组 DNA 中 , 由不同碱基结构的等位基因所形成的多态

性产生机制 点 突 变 ---DNA序列多态性    插入或缺失 ---DNA长度多态性存在部位 编 码 区 非编码区DNA 遗传标记 是特定的碱基序列     遵循孟德尔遗传规律遗传     具有终身不变的遗传特征

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一、 DNA 长度多态性同一基因座上个等位基因之间 DNA片段长度差异构成的多态性1. 可变数目串联重复序列 (variable number of tandem repeats, VNTR )

特征:重复单位 9bp-24bp 、重复数次至数百次、 总长 0.1-2.0kd ,有特定的染色体定位分布:小卫星 DNA-- 可变数目串联重复序列

微卫星 DNA--短片段重复序列 多态性结构基础 --- 不同个体所含串联重复序列拷贝的差异 ♦ 不同的个体,不同等位基因的串联次数不同, 形成不等长度的等位基因 ♦ 同一基因座,每个等位基因之间的长度差异 刚好是重复单位的整倍数 ♦ 不同基因座,小卫星 VNTR 序列间具有同源性—核心序列

可以发生相互杂交 ** 多基因座 DNA探针 RFLP 分析的理论基础

Page 33: 第 三 章  DNA 多态性分析基础

♦ 高度多态性—个人识别的重要依据 某基因座杂合度高 100%

例:重复单位 17bp 重复次数 70-450次 片段长度 1190-7650bp 等位基因数 = 381

基 因 型数 = 72771个

H=0.9974

DP=0.99999992

VNTR 等位基因频率 0.1%-10%

Page 34: 第 三 章  DNA 多态性分析基础

DNA指纹图 ♦ 核心序列 ----DNA指纹技术的理论基础发现: 1985年 Jeffreys报告 人肌红蛋白基因第一内含子 重复单位 33个碱基,重复 4次 核心序列 16个碱基探针:筛选出 8个阳性克隆 核心序列 --GGAGGTGGGCAGGAXG-- 确定探针 :33.6 AGGGCTGGAGG 33.15 AGGTGGGCAGGTGG分析: DNA酶切片段( HinfI ) 电泳分析 转移印迹 探针杂交 RFLP图谱( 20 条左右的片段) **偶合几率 10-11-10-12

Page 35: 第 三 章  DNA 多态性分析基础

♦ 小卫星变异重复多态性 部分重复单位内部的出现碱基替换

重复单位 AGGTCGG 变异单位 AGGTTGG

等位基因 A

等位基因 B

酶切分析:

PCR扩增

Page 36: 第 三 章  DNA 多态性分析基础

2.短串联重复序列( short tandem repeats, STR)

特征:重复单位 2bp-6bp 不宜用 RFLP 方法分析        实质也是一种 VNTR PCR扩增没有优势扩增

重复次数 5次 -60次,总序列长度 <400bp

微卫星 DNA 适用于降解 DNA 的鉴定 最常见是二核苷酸,法医常用的是四核苷酸重复 必须用高分辨率的电泳方法分离 分布广泛,人类基因组的 5% ,估计 20-50 万个 检出 8000 多个,遗传标记数目多 绝大多数分布非编码区,极少三核苷酸位于编码区

Page 37: 第 三 章  DNA 多态性分析基础

类型:根据重复单位的碱基组成分为以下三类:

重复单位长度 重复单位组成 简单重复序列 基本一致 基本一致 复合重复序列 基本一致 组成不同 复杂重复序列 长度不同 组成不同筛选 基本条件: 多态性程度高 、扩增稳定性好 1. 等位基因长度 <300bp 2.重复单位为 4 核苷酸,无非重复单位碱基 3. 等位基因数 8-12个 4. 基因座杂合度 >0.8 ,个人识别能力 >0.9 5. 基因频率分布比较平均 6.PCR扩增稳定、突变率低

Page 38: 第 三 章  DNA 多态性分析基础

命名 基 因 座 ♦结构基因内含子中 STR 基因座 ---GenBank注册基因名称命名 例: TH01 酪氨酸羟化酶基因第 1内含子 ♦ 非编码区 / 定位不清的 STR 基因座 ---Genome Database 原始序号 例: D3S1359 3号染色体 ; 单拷贝 ;1359号 等位基因 不同实验室检验结果的可比性和重复性 ♦按照重复单位次数命名 5’-GGTCATCATCATGG-3’ “TCA TCA TCA”

“CAT CAT CAT”

** 从离 5’ 端最近的核苷酸开始定义

♦ 含有不完全重复的等位基因 (完整重复等位基因数) · (不完全碱基数) 例 :TH01 基因座 9.3 基因 [ATG]4ATG[AATG]5

Page 39: 第 三 章  DNA 多态性分析基础

3. 长度多态性形成机制( 1 )同源重组概念:发生在联会复合体内的,同源染色体的两条非姊妹染 色单体之间的遗传物质交换 条件 1.交换区域的核苷酸序列必须相同或相似 2.交换链间碱基互补,重组发生在同样基因

座 3.DNA 序列的交换在重组酶催化下进行机制:不等交换 --交换双方地位平等,但数量不一定相等证据:核心序列 G/C 含量与碱基序列和大肠杆菌 χ 序列类似 χ 序列原核生物基因组 DNA重组的信号 以核心序列为探针与减数分裂中期的人染色体杂交 信号集中在染色体着丝点及附近意义:法医学 --- 形成 DNA片段长度多态性 遗传学 ---减轻编码区选择压力,维持物种稳定

Page 40: 第 三 章  DNA 多态性分析基础

( 2 )基因的结构重排概念:通过基因的转座, DNA 的断裂错接使正常基因顺序发 生改变机制:结构重排是一种 DNA 双链断裂的修复过程。 DNA断裂( 5’ 端的重复序列内) -- 形成两个游离

末 修复过程中:末端的因摆动或错位—基因转移移动部位:基因内重排 --- 单链末端的碱基率先复复性

然后合成空缺的碱基,形成插入重复单位 TCC TCC TCC TCC TCC TCC TCC TCC

AGG AGG AGG AGG AGG AGG AGG AGG

基因间重排 --- 游离单链末端侵入对应染色单体基因 形成同源染色单体基因移动 ( 1 )部分重复单位的转移 ( 2 )基因共转移(部分重复单位 +侧翼 SNP ) ( 3 )基因间重组交换

Page 41: 第 三 章  DNA 多态性分析基础

( 3 )复制滑动类型:正向链 3’-5’ 的滑动错配 在正向链中插入 1个重复单位 反向链 3’-5’ 的滑动错配 正向复制链中缺失 1个重复单位特点: 1. 多发生在相似碱基结构区域,更倾向较短重复序列 是 STR 多态性那个的主要原因 2.插入比缺失多见,卫星序列有自我加速复制、延长 该序列可以减轻编码区承受的选择压力 3.滑动错配是 DNA半保留复制的关系 只要出现不对称环,多为滑动错配

Page 42: 第 三 章  DNA 多态性分析基础

二、 DNA 序列多态性概念:是指一个基因座上,因不同个体 DNA 序列有一个或多 个碱基的差异而构成的多态性。 即:同一基因座上所有的等位基因 DNA 长度相同 但它们之间的序列存在差异。原因:点突变 物种进化—对自然选择的回应 法 医 学—提供大量的遗传标记 单核苷酸多态性( single nucleotide polymorphism,SNP)

--- 在人类基因范围内,如果任何单碱基突变使特定核苷酸位置上

出现两种碱基,其中最少的一种在群体中的频率不少于 1%。特点:二态基因 --- 利于信息的自动化分析 含量丰富 --- 在基因组中至少有 300 万个 SNP期望:高通量分型检测的技术难题

Page 43: 第 三 章  DNA 多态性分析基础

遗传标记 分析方法

VNTR DNA 指纹技

STR PCR 扩增技

SNP DNA 芯片技

Page 44: 第 三 章  DNA 多态性分析基础

相关概念半保留复制 DNA变性 DNA降解DNA 复性 分子杂交 Tm值 基因表达 断裂基因 重叠基因 重复序列 串联重复序列 多基因家族端粒 异质性 DNA 多态性 DNA 长度多态性 DNA 序列多态性 核心序列小卫星变异单位多态性 同源重组 VNTR STR

小卫星 DNA 和微卫星 DNA 的主要区别线粒体 DNA 复制的特点线粒体 DNA 的主要特征。

Page 45: 第 三 章  DNA 多态性分析基础

DNA 一级结构的生物学意义主要有 ------ 和 ------。碱基配对原则的生物学意义 --- , --- 和 ---。影响复性的主要因素是 ----- 和 ------。DNA 复制的过程包括 ----- 、 ---- 和 ----。DNA 聚合酶具有 ----- 、 ------- 和 ------ 功能。聚合酶实现 DNA 复制的条件是 ----- 、 ----- 、 ----- 和 ----。保证复制忠实性有 ----- 和 ---- 两种机制基因表达包括 ---- 和 ---- 两个过程。主要的 DNA修复方式是 ----- 和 ------。基因分为 ----- 、 --- 、 ----- 和 ------ 三。真核生物基因的特点是 ------。重复序列分 ----- 、 ---- 、和 ------ 三类。线粒体 DNA 突变率高的原因有 ---- 、 ---- 、 ---- 和 ----。线粒体 DNA 的特点 ----- 、 ----- 、 ----- 、 ----- 和 -----。基因突变的后果 --- 、 --- 、 --- 、 --- 和 ---。STR 的三种结构类型有 ------- 、 ------- 和 -------。STR筛选条件 --- 、 ---- 、 ---- 、 ---- 、 ---- 和 ----长度多态性形成的机制

思 考 题