遺伝子バリアントの表記法

山梨大学医学部附属病院検査部

長田 誠

遺伝子関連検査の記載法

１．遺伝学的検査の結果記載方法

1） 遺伝子バリアントの記載方法Human Genome Variation Society（HGVS）の記載http://www.hgvs.org/mutnomen/recs.htmlhttp://www.hgvs.org/mutnomen/examplesDNA.html

2) 染色体検査の記載方法ISCN2013 ヒト染色体に関する国際命名規約2013

3) その他 CNV46,XY. arr[hg19]5p14.3(21,812,480‐22,090,518)x3

内容・はじめに

・提言 ・全般・DNAレベル・RNAレベル・タンパクレベル

説明/例

HGVSの記載法

変異と多型，病原性についての推奨

変異（mutation）と多型（polymorphism）という単語は使用せず、sequence variant、 alteration、allelic variantを使用する。

HGVS表記法の見解

同様に病原性の（pathogenic）という単語を使用せず、affects functionを使用するよう推奨している。バリアントは以下の5つのカテゴリーに分類される。affects function（機能に影響あり） ：機能に影響している場合

probably affects function ：おそらく機能に影響している場合

unknown ：機能に影響しているか不明の場合

variants of unknown significance (VUS)ともいう。probably does not affect function ：おそらく機能に影響していない場合

does not affect function ：機能に影響していない場合

内容・はじめに

・実例・全般

HGVSの記載法

参照配列 DNAレベル

HGVS表記法によると参照配列のナンバー、コロン「:」、バリエーション情報（位置および変化）を順に空白なしに記載することになっている。

例として，

NM_000690.3:c.1510G>Aが意味するところは、ALDH2遺伝子mRNAの修正3版を参照配列としコーディング参照配列のスタートコドンのAを+1とした場合に1510に位置する塩基であるGがAに変化するバリアントということになる。HGVSデータによると、以下は同一となる．

HGVSの記載法

OMIMでは，100650.0001

遺伝子バリアントの記載法（世界標準）1. Human Genome Variation Society （HGVS）http://www.hgvs.org/mutnomen/recs.htmlの記載法が一般的である。全ゲノム配列を通した番号ではなく各遺伝子毎の番号付けになっている。

1. ゲノミックDNAレベルの記載法はそこに表記した配列を「g.」とし左から1とする。2. コーディングDNAレベルの記載法は「c.」とする。開始コドンATGのA（翻訳開始点）を1としintronは数えない。Exonの3’端の番号が88番であれば次のintron最初の塩基は88+1となる。「-」は5’端より上流。 「_ 」はどこからどこまで。「*」は終止コドン。

3. DNAレベルでは置換「>」、欠失「del」、重複「dup」、挿入「ins」、欠失挿入「delins」、逆位「inv」、遺伝子変換「con」で表す。

4. RNAレベルの記載法は「r.」としDNAレベルの記載法に準拠する。5. タンパク質レベルの記載法は「p.」としアミノ酸N端のメチオニンを1とする。6. タンパク質レベルでは置換に「>」を使わない。アミノ酸は3文字表記でも1文字表記でもOK。欠失「del」、重複「dup」、挿入「ins」、欠失挿入「delins」、逆位「inv」、遺伝子変換「con」で表す。

7. ヒトのように2倍体の遺伝型を表す際、一つのアレル表記を[ ]に入れ、2つのアレルの間に「;」を入れる。

遺伝子バリアントの位置情報

ATGGAA・C gt ・・・ ag G・・

Exon 2Exon 1 Last Exon

1 8888+2

c. の番号 8989-1

5’非翻訳領域

NM_00001.1:c.88+2T>G

gA tNM_00001.1:c.89-1G>T

TAG・・T

＊

ANM_00001.1:c.*70T>A

3’非翻訳領域

50

Intron

62

NM_00001.1:c.4G>C

NG_000123.2:g.54G>CNG_000123.2:g.140T>G

NG_000123.2:g.200G>T

NP_000321.3:Gu2Lys

g.の番号 88

HGVS表記

遺伝子バリアントの記載例ゲノム参照配列の場合。ATGCCTAGTC -> ATGCGTAGTC ATGCCTAGTC -> ACTAGTCATGCCTAGTC -> ATGCCTAGTACATGCCTAGTC -> ATGCCTAGTTC

配列がコーディング参照配列で、ATGが開始コドンの場合。CTCATGCCTA -> CGCATGCCTA CTCATGCCTA -> CTCATGCCGACTCATGCCTA -> CTCATGCGATACTACTCATGCCTAGTCTCG -> CTCATGCCTAGTCTCTCG

配列がアミノ酸参照配列の場合。MKLGHQQQCC -> MALGHQQQCC MKLGHQQQCC -> MKLQQCC MKLGHQQQCC -> MKLGHQQQQCC MKLGHQQQCC -> MKLGHQQQCX

g.5C>Gg.2_4del (g.2_4delTGC, g.2_4del3)g.9_10insA

g.9dupT (g.9_10insT)

c.-2T>Gc.+6T>Gc.4_5insGATA

c.11_12dup (c.11_12dupTC, c.11_12dup2)

p.K2Ap.G4_Q6delp.Q8dup

p.C10＊

RefSeq ( Reference Sequence database )

NG       GeneNM     mRNANP        proteinNC        chromosomeNT        genomic contig

Contig重複連続したクローンDNAの集合体

Coding DNA成熟mRNAの５‘UTRと3’UTRの間にある開始コドンと終始コドンに挟まれたタンパク質に翻訳されるmRNAの鋳型となるDNA

UGT1A1＊28と＊6の遺伝子多型解析の結果報告報告書の統一（日本衛生検査所協会）

UGT1A1遺伝子多型解析 複合へテロ接合体 ＊6ヘテロ接合体

遺伝型 *6 / *28 - / *6

UGT1A1*6 - / *6 - / *6

UGT1A1*28 - / *28 - / -

UGT1A1＊28と＊6の遺伝子解析記載の現状

イリノテカン塩酸塩水和物は，プロドラッグ型の抗がん剤で，肝や各組織のカルボキシルエステラーゼにより活性代謝物SN‐38に変換される．

UGT1A1の遺伝子多型により、好中球減少症の副作用に個人差があることが知られている．この副作用発現の影響は，UGT1A1*28, UGT1A1*6遺伝子の解析により予測することが出来る．

以下の設問に答えよ．

設問 １．UGT1A1*28，UGT1A1*6の遺伝子多型は，それぞれどのような作用を起こすか．また，アジア人でのそれぞれのアレル頻度の%を答えよ．

設問 ２．UGT1A1*28，UGT1A1*6の rsナンバー（Reference SNP ID number) を答えよ．

設問 ３．UGT1A1*28の遺伝子変異をHuman Genome Variation Society （HGVS）の記載法にて，coding DNA sequence, genomic sequenceを答えよ．

設問 ４．UGT1A1*6の遺伝子変異を（HGVS）の記載法にて，coding DNA sequence, genomic sequence, protein sequenceを答えよ．

GoogleにてUGT1A1*6を検索

UGT1A1

http://onc.teva‐seiyaku.com/product/irinotecan/イリノテカン塩酸塩のUGT1A1＊28，UGT1A1*6遺伝子変化による作用

UGT1A1＊28とUGT1A1＊6の遺伝子解析の回答

UGT1A1*28UGT1A1遺伝子のプロモーター部位繰り返し配列多型であり，プロモーター領域の(TA)6が(TA)7に変化することによりUGT1A1酵素蛋白の発現量が低下し，SN‐38の代謝が遅延することによる．アレル頻度7～16%

設問 １

UGT1A1*6UGT1A1遺伝子のexon1のミスセンスであり，アミノ酸がGlyからArgに置換することによりUGT1A1酵素活性が低下することによりSN‐38の代謝が遅延することによる．アレル頻度11～23%

設問 １

Ensembleで検索

HumanHuman UGT1A1UGT1A1

UGT1A1(Human Gene)をクリック

Genetic VariationのVariation tableをクリック

Missense variantのShowをクリック

検索ウインドウに塩基配列G/A，あるいはアミノ酸G/Rを入力

View in dbSNPをクリック

rs4148323

UGT1A1*28はUpstream gene variantのShowをクリック

検索ウインドウに塩基配列[TA]7を入力

GeneCardsを立ち上げ，イリノテカンとUGT1A1＊28とUGT1A1＊6の関連とrsナンバーを検索

UGT1A1を入力

UGT1A１を選択

スクロール

Drugs ＆ Compoumdsのirinotecanを選択

PGx Researchを選択，スクロール，UGT1A1＊28，＊6のVAを選択

Overviewにてバリアントのrsナンバーを獲得

U

UGT1A1*28UGT1A1遺伝子のプロモーター部位繰り返し配列多型であり，プロモーター領域の(TA)6が(TA)7に変化することによりUGT1A1酵素蛋白の発現量が低下し，SN‐38の代謝が遅延することによる．アレル頻度7～16%

設問 １

設問 ２ UGT1A1＊28は，rs8175347

UGT1A1*6UGT1A1遺伝子のexon1のミスセンス変異であり，アミノ酸がGlyからArgに置換することによりUGT1A1酵素活性が低下することによりSN‐38の代謝が遅延することによる．アレル頻度11～23%

設問 １

設問 ２ UGT1A1*6は，rs4148323

UGT1A1＊28とUGT1A1＊6の遺伝子解析の回答

dbSNPにrsナンバーを入力

UGT1A1＊28のrs8175347を入力

rs8175347のHGVS Namesが記載されている．スクロール

UGT1A1転写開始点

この部分がマイナス分

UGT1A1の転写開始点と(TA)6の配列

UGT1A1＊28のrs4148323を入力UGT1A1＊28のrs4148323を入力

UGT1A1＊28のrs8175347を入力

Rs4148323を選択

rs4148323のHGVS Namesが記載されている

Missenseのポジションは２２６であるが，NM 000463.2によるもの

クリック

転写開始点ATGの前に15コの塩基が認められる．

NM 000463.2のCDSをクリック CDSにて１６−１６１７

スタートコドンATGから数えて直上流に1塩基を‐1とすると‐41がTAAのTにあたる。TAリピートはその直上流に存在し、最初のリピートのTは-53から始まる。NM_000463.2:c.-53TA[7]NG_002601.2:g.175492TA[7]

スタートコドンATGから数えて211番目の塩基が一塩基置換する．NM_000463.2:c.211G>ANG_002601.2:g.17555G>ANP_000454.1:p.Gly71Arg

UGT1A1*28UGT1A1遺伝子のプロモーター部位繰り返し配列であり，プロモーター領域の(TA)6が(TA)7に変化することによりUGT1A1酵素蛋白の発現量が低下し，SN‐38の代謝が遅延することによる．アレル頻度7～16%

設問 １

設問 ２ UGT1A1＊28は，rs8175347

設問 ３

UGT1A1*6（UGT1A1遺伝子のexon1のミスセンスであり，アミノ酸がGlyからArgに置換することによりUGT1A1酵素活性が低下することによりSN‐38の代謝が遅延することによる．アレル頻度11～23%

設問 １

設問 ２

設問 ３

UGT1A1*6は，rs4148323

UGT1A1＊28とUGT1A1＊6の遺伝子解析

これらを記載することでによって正確な場所とタイプが特定できる！