四、RNA的分子结构 

( 一 ) RNA 的一级结构：

组成 RNA 的核苷酸按特定序列通过 3’,5’-磷酸二酯键连接的线性结构。

对于 RNA 的一级结构，研究最多的是 tRNA 。 tRNA 的5 ， - 末端总是磷酸化，而且常是 pG ； 3 ， - 末端最后三个氨基酸顺序相同，总是 CCAOH ； tRNA 中含有较多的稀有碱基，每分子含 7～ 15 个，稀有碱基中最常见的是甲基化的碱基。

在 rRNA 分子中，研究最多的是 5SrRNA 和 16SrRNA 。大肠杆菌中的 5SrRNA 的 5 ， - 端常出现 pppU ， 3 ， - 端

为 UOH ；第 43～ 47 位的核苷酸顺序为 CGAAC （真核细

胞此序列则出现在 5.8SrRNA ），这是 rRNA 与 tRNA 相互识别、相互作用的部位；原核细胞 16SrRNA 的 3 ， -端总存在序列 ACCUCCU ，这是 mRNA 的识别位点。

超速离心机 转速 2.5-8×104rpm ，相对离心力 5*105g ；用于 DNA 、 RNA 蛋白质及细胞器病毒分离纯化；检测纯度；沉降系数和相对分子量测定等。

密度梯度离心

又称速率—区带离心 , 沉降系数较接近的物质分离的方法；原理：不同颗粒之间存在沉降系数差时，在一定离心力作用下，颗粒各自以一定速度沉降，在密度梯度不同区域上形成区带的方法。介质梯度应预先形成，介质的最大密度要小于所有样品颗粒的密度。常用的有蔗糖、甘油；密度梯度液的制备用梯度混合器，形成由管口到管底逐步升高的密度梯度；操作：离心前将样品小心铺放在密度梯度溶液表面，离心形成区带。离心后不同大小、不同形状、有一定沉降系数差异的颗粒在密度梯度液中形成若干条界面清楚的不连续区带；可用来分离核酸、蛋白质、核糖体亚基及其它成分。

密度升高

mRNA 相对分子质量不均一，代谢活跃，这给一级结构的研究带来一定困难。真核细胞 mRNA 与原核 mRNA 比较，在结构上具有明显的区别。真核细胞 mRNA 的 3 ， - 末端有一段可长达 200 个左右的聚腺苷酸（ poly A ），称为“尾”结构；5 ， - 末端有一个甲基化的鸟苷酸 ,称为“帽”结构， m7G 5’ ppp 5’ N p N p 、 m7G 5’ ppp 5’ N mp N p 、 m7G 5’ ppp 5’ N

mp N mp 这种“尾”和“帽”的结构在 mRNA 功能表现中具有

重要作用。

O

N

NN

N

NH2

O

OCH3O

HH

H

CH2

H

OP

O-

O

O

HN

N

N

O

H2N NO

OH

H H

H

CH2

HOH

O P

O

O-

CH3

P

O-

O5'

2'3'

5'

帽子结构

（二） RNA 二级结构

单链 RNA 自行盘绕形成局部双螺旋的多“臂”多

“环”结构，螺旋部分称为“臂”，非螺旋部分称

为“环”，在螺旋区， A与 U配对， G与 C配对。

tRNA 的二级结构： 三叶草形状

RNA 三叶草型的二级结构可分为：氨基酸接受区、二氢尿嘧啶区、反密码区、 TΨC 区和可变区。除氨基酸接受区外，其余每个区都含有一个突环和一个臂。

（三 ） tRNA的 三级结构： 倒 "L"形

所有的 tRNA折叠后形成大小相似及三维构象相似的三级结构，这有利于携带的氨基酸的 tRNA进入核糖体的特定部位。

16s rRNA作为细菌进化的 计时器

●生物共有的

●一定的信息量（ 1542个核苷酸）

●一定的保守性

●便于比较研究

  16s rRNA核苷酸序列分析：● DNA-PCR法     提取DNA                                              ↓

                                PCR扩增 16S rRNA基因

                                               ↓

                                  PCR产物纯化

                                              ↓

                                    16SrRNA基因序列测定

                                          ↓

                                  Genbank检索

●相似性结果的一般判断：

1. SAB≥97%                     同种

2.  SAB为 85~97%                同属

3.  SAB≤85 %                     不同属

HIVHIV的形态的形态

人类免疫缺陷病毒结构模式图人类免疫缺陷病毒结构模式图

gp120gp41

包膜糖蛋白

脂双层膜内膜蛋白

衣壳蛋白RNA蛋白酶

逆转录酶整合酶

HIV包膜上的 gp120

吸附 CD4 ＋

细胞HIV的包膜与细胞膜融

合

RNA进入细胞内

逆转录酶

DNA整合酶整合至宿

主细胞的染色体上

转录RNA

拼接成子代 RNA

一部分

一部分拼接成mRNA

转译

结构蛋白调节蛋白

核衣壳 出芽的方式释放获得包膜 子代 HIV

病毒的复制病毒的复制

皮肤病变皮肤病变 Kaposi’sKaposi’s 肉肉瘤瘤

鹅口疮鹅口疮