200804 single cell multi-omics 브로슈어 - macrogen · 2021. 1. 18. · single cell multi-omics...
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Single Cell Multi-OmicsSequencing
Single Cell Multi-Omics Sequencing
“Single cell multi-omics analysis”는 2018년 Science, 2020년 Nature에서� 선정한� 과학� 혁신� 기술로� 최근� 각광받고� 있습니다. Tissue를�단일�세포�단위로�분리한�후, “Single cell multi-omics analysis”를�통해�개별�세포의 gene expression을�확인하고, 이를 통해 cluster를�이루는 cell population의 cell type 을�구별하고, cellular heterogeneity, rare cell population, cellular differentia-tion 등을�확인할�수�있습니다.
“국내�최초�서비스�도입”
“국내�최다�실험�서비스�경험�보유”
“국내�유일 Dissociation 서비스�제공”
Why Single cell Sequencing?
Tissue
Single Cell Analysis
Bulk Analysis
Single Cell Input
Bulk RNA Input
Each cell type has a distinctexpression profile
Reveals heterogeneity andsubpopulation expression
variability of thousands of cells
Average gene expressionfrom all cells
Cellular heterogeneitymasked
?
전체 cell population에�대한 average gene expression 결과값을�확인하는�기존의 sequencing과는�다르게, Single cell sequencing은�단일�세포의 gene expression을�확인하여, 각각의�세포와�세포�종류별로�가진�특성을�구별할�수�있습니다.
Service
Single Cell Sequencing은�위와�같은�다양한�서비스를�제공합니다.
10X Chromium platform
T / B CellRepetoire
Copy NumberVariation
GeneExpression
ChromatinHeterogeneity
Cell SurfaceProtein
10X Chromium platform
Dissociation ServiceSingle cell condition으로�준비하기�위한Dissociation step
단일�세포�단위로�분리하기�위하여 10X chromium 장비를�이용합니다. 1개의 droplet 안에�세포 1개 + 10X barcoded gel bead 1개 + RT reagents가�포함되도록 single cell GEMs (gel-emulsion droplets)을�생성합니다. 각각의 GEM 내에서�고유의 barcode가 부여된 cDNA가�합성되고, amplification 이후 chromium Next GEM kit를�사용하여 library를�제작합니다.
Biological Fluid isolation ServiceWhole blood의 PBMC islolation 서비스�뿐만�아니라, CSF, BM, BAL, Pleural fluid 등의�다양한 biological fluid의 isolation 서비스를�제공합니다.
Tissue Dissociation ServiceTissue의 dissociation 서비스를�제공합니다.(Tissue 종류에�따라, pilot test가�가능합니다.)
10x BarcodedGel Beads
Cells or NucleiEnzyme
Oil Sequence
Analyze
Collect
Single CellGEMs
10x BarcodedcDNA fragments
10x BarcodedcDNA fragments
BarcodeAmplify
PoolRemove Oil
Sequencing -ready libraries
Biological Fluid
Tissue
Sample Preparation
Single cell multi-omics sequencing의 high quality는 cell condition에�의해�결정됩니다. 마크로젠에서는 sample의 quality를 향상시키기�위한 optional 실험과�다수의�분석�경험을�바탕으로�높은�정확도의 QC 결과를�제공합니다.
Sample type
Cell number
Cell concentration
Cell viability
Output Cell number (per 1rxn)
Consideration point
Cell, Nuclei
>5X105
5X105/ml ~ 1X106/ml
>70%
3,000, 5,000, 10,000 cells
RBC, debris, cell aggregation ratio, dead cells
AnalysisCell ranger와 Seurat, Monocle 파이프라인을�이용하여�아래와�같은�다양한�분석�결과를�제공합니다.
→ Suspension 상태로 tube에�담긴 live cell을�보내주시면�됩니다.
→ Live cell로�준비할�수�없는�경우, freezing buffer에�얼린 cell을�보내주시면�됩니다. (Freezing buffer: FBS + DMSO)
FAQ
샘플은�어떤�상태로�보내야�하나요?Q
A
→ Primary culture에�이용되는 complete media나 PBS + BSA(0.04%)를�추천합니다.
Cell은�어떤 buffer에 suspension해야�하나요?Q
A
※그 외 문의사항은 이메일 주시면 자세한 상담을 진행해드리겠습니다.
→ Raw data 기준, 최종�결과를�드리는데�까지�걸리는�시간은 QC pass 이후�약 4~5주�정도�소요됩니다.
Sequencing이�완료되는�소요시간은�얼마나�걸리나요?Q
A
UMAP plot Heatmap
Feature plot Trajectory (lineage) analysis - Monocle
t-SNE plot
Single Cell Multi-Omics 분석을�통해�연구성과를�한�단계�업그레이드�하세요.
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