文献検索セミナー2013pubmed編

文献検索セミナー PubMed編

神奈川県立こども医療センター

臨床研究所図書室渡辺真希子

[email protected] 2013/8/28

mailto:[email protected]

本日の内容

1. PubMedの使い方

1.1 検索演習

1.2 MeSHの補足

1.3 検索の基礎知識

1.4 その他機能

2. 文献の収集と管理

3. Publication Ethics

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こんな経験はありませんか？

3

検索式に着目！ [All Fields]は,タグ付けされたすべての検索項目を検索することを意味するため, 本当に検索したいもの以外も拾ってしまいノイズの多い検索結果になってしまいます. [All Fields]を減らして, 効率的な検索をするには…

この時PubMedは裏で何をして

いるの？

4

若年層の食事とメディアの関係についてRCTの文献を探そうと思ったら… 「急性中耳炎の予防にキシリトールが効果がある？」という論文が出てきてしまった…orz

こんな経験はありませんか？

5

１. PubMedの使い方検索演習


PubMedとは, NLM(米国国立医学図書館)内の,NCBI(国立生物化学情報センター)が作成しているデータベース. 世界の主要医学系雑誌等に掲載された文献を検索することができます. なお, PubMedのベータソースは, MEDLINEとNon-MEDLINEから構成されています.

収録分野生物医学,ヘルス（医学, 看護学, 歯学, 獣医学, 薬学, 健康科学,介護を含む）

収録誌約5,900誌, 80か国以上30言語＊約90%英語

収録期間 1946-現在

データ更新週5回（火～土） 1月-10月（2,000～4,000件/1日）

アクセス/1日平均約300万件（Google経由で55万件）

日本語収録雑誌約640誌（カレント162誌）（2010年）

1880-1961年の医学文献を検する場合 Index Cat http://www.nlm.nih.gov/hmd/indexcat/ichome.html

概要

7 出典：岩下愛. 山下ユミ. 図解PubMedの使い方.第4版

Search box

PubMed 1 PubMedﾄｯﾌﾟ My NCBI

Advanced search

使い方ツールその他リソース

・ﾓﾊﾞｲﾙPubMed ・文献ﾃﾞｰﾀの確認検索・複数論文の文献ﾃﾞｰﾀ一括検索・EBM検索・特定主題検索

・MeSH DB(ｼｿｰﾗｽ) ・誌名 DB ・臨床試験・E-Utilities ・ﾘﾝｸｱｳﾄ 8

9

PubMed 2 MeSH Browser

MeSH画面1

10

PubMed 3 MeSH Browser MeSH画面2

拡大してみると…[All Fields]はついていない

11

PubMed 4 検索結果(MeSHを使った結果)

1

2

12

PubMed 5 検索結果(Advanced機能を使う)

#11&#16のクエリを掛け合

わせます

13

PubMed 6 検索結果(filters機能を使う)

4

3

14

PubMed 7 検索結果(filters機能を使う)

5

Filters機能は①出版時期.②文献の種類,③種,④ｻﾌﾞｾｯﾄ,⑤無料電子J全文ﾘﾝｸ･抄録の有無,⑥言語,⑦性別,⑧年齢,⑨検索ｷｰﾜｰﾄﾞの種類で構成されています.

確認してみると[All Fields]はつ

いていない

6件中3件は抄録を読んでみたい… かな?

先ほどの問題は解決したのか?

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検索式に着目！ [All Fields]は,タグ付けされたすべての検索項目を検索することを意味するため, 本当に検索したいもの以外も拾ってしまいノイズの多い検索結果になってしまいます. [All Fields]を減らして, 効率的な検索をするには…

この時PubMedは裏で何をして

いるの？

「自動マッピング機能」で索引語であるMeSHに変換機能はあるけれど…

16

PubMed 8

PubMed 9 検索結果(詳細)

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Publication Typesは, 論文の種類を表わします. MeSH Termsは, 使用した以外に付与されているMeSHの一覧です. Substancesは, 要旨. Grant Supportは, 研究に使用した研究費が記載されています.

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Full Text Sourcesは,全文の入手先を示します. Other Literature Sourcesは, Full Text Sources以外の文献入手方法を示します. Medicalは, Medline Plus等の医学情報サイトにリンクアウトします.

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１. PubMedの使い方 MeSHの補足

MeSHは, 一般にｼｿｰﾗｽと呼ばれ, 広義に文献ﾃﾞｰﾀﾍﾞｰｽで使用している語全てを指しますが, 狭義では, 検索の際, 優先的に使用される語を指します. これを「見出し語｣, もしくは医中誌ではｼｿｰﾗｽ, PubMedではMeSHと呼びます.

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検索語

自然語

利用者が思いつく単語・言葉

ｺﾝﾋﾟｭｰﾀが自動判別する語

シソーラス

見出し語（ｼｿｰﾗｽ･MeSH）

類義語

文献検索に必要な検索語は性質上,自然語とシソーラスの2種類になります. シソーラスは,各ﾃﾞｰﾀﾍﾞｰｽの作成者が一定のﾙｰﾙに基づいて順序化した言葉を指し,文献検索を効率良くする役目を持っています.

1. PubMedの使い方(補足

MeSHの定義 (ﾃｸﾆｶﾙﾀｰﾑ/統制語)

MeSHは最新/古い語に弱い

neoplasms

MEDLINEで優先される語

がんを表す自然語

Cancer, Neoplasms, Tumor


MeSHの仕組み

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MeSHの付与 (Medical Subject Headings)


MeSHの仕組み（Tree構造）

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一つの検索語には，上位の概念（広義）と下位の概念（狭義）が存在します. それぞれが検索語になるので，検索したい概念により近い語を選択してください.

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PubMed 12 Subheadingsの設定

「Restrict Search …」は選択したMeSH用語が文献の中心的主題として索引された文献だけを検索するとき.初期設定では中心的主題だけでなく選択したMeSH用語が付与された文献をすべて検索します. 「Do Not Explode…」は選択したMeSH用語の下位語を含めないで検索するときにチェックを付けます.

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Subheadingsの考え方 Subheadingsとは, 各用語に共通する大きな概念について別にまとめたもので, 例えば,「心臓疾患の治療法」について探す場合,「心臓疾患」Heart DiseasesをMeSHで選択し,「治療法」therapyを選択するようになっています.


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MeSHの利点関心のあるテーマについて書かれた文献を網羅的かつ排他的に検索できる 1. 検索ノイズの低下をもたらす 2. 単語のゆれをおさえる 3. テーマに必要な知識（キーワード）を補完

してくれる


１. PubMedの使い方検索の基礎知識

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B 感度 = ×100（%） B + C

A B C

A: 検索ノイズ

B: 適合結果

C: 検索もれ

B 特異性 = ×100（%） A + B

特異性（精度）は検索された文献のうち適合文献の占める割合で，感度（再現率）はすべての適合文献のうち検索されたものの割合に相当します.

1. PubMedの使い方(検索基礎

論理演算子1

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A: 検索ノイズ B: 適合結果 C: 検索もれ

感度重視バランスの良い検索特異性重視

A

B

C A B

C A B

C

論理演算子2


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A: 検索ノイズ B: 適合結果

C: 検索もれ

検索結果

適合結果

A B C

得たい情報


論理演算子3

その他演算子

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ips cells asthma

入力した語が含まれる論文を検索します. 通常, 語と語の間はAND検索になります.

“ips cells” “”で囲むと, 一連の語として認識して, 指定した語順で出現する論文を検索します.

egg AND allergy egg allergyの検索を回避するため, 一連の語として認識しないように語の間に論理演算子（AND, OR, NOT）を使用します.

nurs* *を語幹の後ろにつけることで, 語尾変化に関わらず関連する論文を前方一致で検索します. ただし, 自動マッピングとMeSHの下位語を含んだ検索では使用できません.

parkinson disease AND (infant or newborn)

()による優先. 通常, 検索式は左から右に処理されますが，（）を用いることで優先順を変更することができます.


出典：東京大学医学図書館PubMedの使い方. http://www.lib.m.u-tokyo.ac.jp/manual/pubmedmanual.pdf

こども太郎 Kodomo T ラストネームとイニシャルの間はスペース. イニシャルとミドルは続けて入力します. Paul E. O’Brrien O’Brrien E

Andrew J. Baker Alissa C. Baker

Baker A Baker AJあるいはBaker ACも検索. Baker Aのみ検索する場合は, Baker A@と入力します. →Baker Amandaなど.

St. Clair M St Clair M .(ピリオド)は, 入力しません.

Smith AB 3rd Smith AB Ⅲ

Smith AB ３rd 特殊文字の入力を参照してください.

Vaart JM van der Van der Vaart JM

著者名検索

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※2002年以降で原著に記載があれば検索可能です. それ以前は, 刊行年によって登録著者数に制限があります.


特殊文字の入力

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ギリシャ文字は読みの英語つづりで入力する. ウムラウト(̈), アクサンテーギュ(‘)などアクセント記号は省略し, そのままa,eとする. ハイフンはスペースに置き換える. ！？％などの記号は省略する. 分子式は, H２O→H2O, 39°→39 degrees C ローマ数字は小文字で入力する. Ⅰ→１, Ⅳ→4


雑誌名検索

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New England journal of medicine 正式誌名で入れる場合は, ofは必要.ただし Theは不要.

N Engl J Med 省略誌名での検索も可能です.

0028-4793 国際雑誌(serial)標準番号.１タイトルに対して番号は一つのため,紛らわしいタイトルを確実に検索したい場合にお勧めです. ただし電子と冊子でも別番号が振られるため注意が必要です.

Cell[ta] 検索項目を指定するタグを付与して検索することも可能です. この場合,雑誌名を表わす[ta]を使用します.


affiliation [ad] kanagawa children’s medical center[ad]

author [au]第１著者は[1au] kodomo[au]

journal title/abbreviation [ta] bmj[ta]

language [la] english[la]

MeSH MesH major topic

[mh] [majr]

asthma[mh] Asthma[majr]

publication date* [dp] 2007[dp]

publication type [pt] clinical trial[pt]

unique identifiers [uid] 200202636[uid]

filters機能の参照

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※Publication typeについては別紙を参照してください.


１. PubMedの使い方その他の機能


目的のテーマにぴったりの文献を短時間で数件ヒットさせたいときに便利です. 疾患について病因, 診断, 治療, 予後について簡単に検索できます. 一つのキーワードに対して３種類の検索フィルターをかけて横断で検索します.

Clinical Queries

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検索対象: システマティックレビュー, メタアナリシス, EBM, レビュー, コンセンサス開発会議, ガイドライン

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patient

高齢の高血圧患者に

exposure

降圧薬を投与すると

comparison

プラセボに対して

outcome

脳卒中が

減るか

EBMの問題の定式化【pe(i)co】


intervention exposure

patient participate problem


おもな機能 ① 検索結果, 検索式の保存 ② 保存した検索式による検索結果のアラート設定（関心の高いテーマの論文が出たらメールでお知らせ） ③ PubMedの各種設定の変更 ④ 検索結果の長期保存・公開

My NCBI

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My NCBI

Google アカウントでも

OK！

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文献管理


42

電子論文のﾀﾞｳﾝﾛｰﾄﾞ

◆ おもな入手方法

1. 文献データベースの所蔵リンクを利用する

2. google ・google scholarのフリーサイトを利用する


文献を扱う上での注意点！ ①電子ジャーナルは現在有料のものがその大半で, 料金は所属機関が支払っています. ②一度に大量にダウンロードすると不正アクセスとみなされ，組織全体で利用停止などのペナルティが科せられます.

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文献ﾃﾞｰﾀﾍﾞｰｽのﾘﾝｸ 1

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バナーを押してはみたものの…

検索結果(詳細)

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全文を示すバナーがある場合

http://ci.nii.ac.jp/els/110007171777.pdf?id=ART0009122521&type=pdf&lang=jp&host=cinii&order_no=&ppv_type=0&lang_sw=&no=1376892564&cp=

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全文を示すバナーはないけれ

ど…

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http://www.htc.nagoya-u.ac.jp/No34-1.pdf

大学を示すアドレスの場合は…

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モノクロ 50円/1枚

送料実費

速達の場合 270円／1部※カラー依頼先によって異なります

図書の現物取寄せ（借受）も可能です

他機関からの取寄せ

センター所蔵

モノクロ 4F図書室コピー室

カラー 4F図書室事務室内検索PC

複写する際は, 著作権を守りま

しょう！複写


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倫理的配慮人及び動物が対象の研究は,投稿者所属の施設もしくは研究参加者が所在する施設の研究倫理審査委員会で承認された者でなければならない. 重複発表患者のprivacy保護 Authorship a. 研究の構想とﾃﾞｻﾞｲﾝに携わったか、またはﾃﾞｰﾀの解析と解釈をした人 b. 論文の下書きを書いたか、または重要かつ知的な内容を指摘し訂正を加えた人 c. 最終的に発表される内容に賛同している人 gift authorshipは慎重に…


生物医学雑誌への投稿に関する統一規定: http://www.icmje.org/ 日本語訳: http://www.med.nihon-u.ac.jp/library/uniform_requirements2010.pdf

http://www.icmje.org/

ご清聴ありがとうございます

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