20161117 srws第三回検索その２pubmed検索、引用検索、逆引き検索と文献管理

系統的レビュー研究計画書作成ワークショップ第三回 Medline 検索文献管理

尼崎総合医療センター　Hospital Care Research Unit辻本啓　片岡裕貴

京都大学大学院　辻本康滋賀医科大学　岡見雪子　平大樹　山本晴香

精治寮病院　阪野正大亀田総合病院　総合内科　佐田竜一

復習：系統的検索とは？

～～を高めた検索のこと

逆は～～的検索

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復習：系統的検索とは？

網羅性を高めた検索のこと

逆は発見的検索

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前回の復習

検索式の構造は？

→P ＋ IO は入れない！

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各要素の構造は？

統制語＋ free word でした

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第三回MEDLINE について

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SR ＆ MA の全体像

構造化された疑問

系統的な検索・データベースの選択

・検索式の作成・文献の選択基準

・事前登録

漠然とした疑問

選択文献を対象とした批判的吟味

・事前に規定した評価基準 (Risk of bias)

発表結果の統合とまとめ(=meta-analysis)

第一回第二 , 三回

第四回第五－七回第八回

今日の目標

• PubMedを用いて統制語を探すことができる• 先行文献を参考に PubMedを用いて統制語、キーワードで

MEDLINE を検索できる• 自分のRQについてPubMed MEDLINE で大まかな検索式をつくる

ことができる• 簡単なBackground section を作ることができる• 文献管理ソフトを用いて文章に参考文献をつけることができる＜時間のある人のみ＞• Pと Iそれぞれに関連する国際 (診療 )ガイドラインを参照できる• 引用検索ができる• 検索式の確認 (pearl growing) ができる

　

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今回のエフォート目安

動画視聴１ .5 時間程度前回の課題を参考に PubMed 検索式作成 1.5 時間程度背景をかく 1.5 時間程度文献管理ソフト 1 時間程度 ( 使ったことない人のみ )

＜時間がある人のみ＞関連 ( 診療 ) ガイドライン参照　 1.5 時間程度引用検索の仕方　 0.5 時間程度検索式の確認 (pearl growing) 0.5 時間程度

Handbook を参照 http://handbook.cochrane.orgPart2 Captor 6 Searching for studies

http://handbook.cochrane.org/

http://handbook.cochrane.org/

PubMed でも advanced search

ゼロから作るのは大変なのでまた似た P 、似た I のレビューの検索語の組み合わせで検索式を作りましょう！

※free の PubMed アカウントを作ってあれば 2 日程度は過去検索履歴は保存されてます。

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先人に学ぶ

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知らない記号がたくさん　＄？

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PubMed と Ovid Medline の違い

PubMed は検索の使える機能がすこし減る

＞今回は free で使えるという理由でPubMed を使用する。多くの場合は概ね問題ない

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[ 参考 ] PubMed と Ovid Medline 、 EBSCO Medline について

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同じデータベース（MEDLINE を検索している）→ほとんど同じと考えてください

PubMed の欠点：1. 検索に使える演算子が少ない複雑な free word 検索が必要な場合は検索の難易度が上がる or ノイズが増える2. 検索結果のダウンロードが面倒（件数上限があり、前半 /後半など、分けてダウンロードをしないといけない）

MEDLINE PubMed での注意

1. 近接演算子はつかえない2. ワイルドカードは使えない3. 前方一致は * のみ (400パターンまで許容 )

4. サーチタグが無いと Automatic Term Mapping が作動

5. “and”や” or” などは必ず大文字で使用

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Automatic Term Mapping とは

free word(= 統制語でない言葉 ) をそのままPubMed で入れると生じる便利な機能（系統的レビューの本番の検索では邪魔）

語尾に［ tiab］や [mh] などのサーチタグをつけることで off できる※また、フレーズ検索は””で囲わないとこの機能でバラバラにされて検索される

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Automatic Term Mapping とは

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裏でいろいろ”おせっかい”されている！

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PubMed で使えるゆらぎの演算子

前方一致　語尾に“ *” をつける例： disease*=disease, diseases などが検索対象

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参考： (PubMed で使えない )ゆらぎの演算子

前方一致　 $, $n (=n 文字目までの制限でゆらぎを許容 )

ワイルドカード　 #, ? （# は何か word が必ず入るが、 ? はなくても OK）

例： disease$=disease, diseases など dog$2= dog, dogs (≠doghouse) wom#n= woman, women colo?r= color, colour

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参考： (PubMed で使えない )MEDLINE Ovid の位置演算子

近接演算子： ADJ もしくはスペース＝その語順で近接している語を hit

近接演算子： ADJn= 語順不同で n 語以内に近接しているものを hit

例： blood pressure = blood adj pressure

例： continuous adj2 dialysis =continuous peritoneal dialysis, continuous venoveous dialysis etc.

　

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ストップワード

出現頻度の高い一般的な語 (例 :the, or, of など )は、ノイズを低減するため、検索対象から除外されることがあります。

それらの語をストップワードと呼ひます。

※仕様が結構変わるらしいので、ストップワードであることが分からなかったら試しに検索してみましょう

( 参考 ) PubMed ストップワード一覧https://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK3827/table/pubmedhelp.T.stopwords/

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MEDLINE® 2016 Database Guide

Ovid の検索式の“ .tw.” って？

フリーワードでタイトルを検索してくれるサーチタグのこと先行研究の検索語がこれなら今回はPubMed 用に [tiab] に変更

例diabetes.tw.>diabetes[tiab]へ変更

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“/” 　スラッシュや” exp ~~/” など

スラッシュで統制語を示します先行研究の検索語がこれなら今回は [mh] に変更

例exp diabetes/>diabetes [mh]へ変更注意 ! exp ~~/ は MeSH tree の下位概念もまとめて検索しているが PubMed でも [mh] のみでautomatic explosion によって同じように検索されている

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用語の説明 1 ：フィルターとは？

検索で研究デザインを指定する式のこと

→Cochrane review などの系統的レビューで使われるものには、 RCT 用があります他は系統的レビューでは普通は使いません！

プロトコルができた段階で、必要であればコピペで追加してもらいます！

今回は学習不要です。

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用語の説明 1 ：フィルター

最終的な検索式のイメージ

＃１　 P を検索するブロック＃２　 I を検索するブロック＃３　 RCT フィルター＃４　＃１ AND ＃２ AND 　＃３

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用語の説明 2 ： variant spellings とは？

“tumour” と” tumor”“hematoma” と” Haematoma” など

PubMed ではワイルドカードが使えないため、想定されるものがあれば free word として [tiab] をつけて OR で加える

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MeSH の調べ方

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MeSH の Tree でどのくらい上位で調べるかを考える

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検索のチェック　 search details各々の検索語が意図した通りに機能しているかをみるためにチェックしてください。

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( 参考 ) ある言葉と関連する MeSH 、フリーワードを知りたい

http://hgserver2.amc.nl/cgi-bin/miner/miner2.cgi

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http://hgserver2.amc.nl/cgi-bin/miner/miner2.cgi

文献がたくさん！

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文献管理ソフト

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文献管理ソフトの使い方

どれも使ったことない人は、講義スライドの終わりにの free soft のMendeley資料を添付しています。系統的レビューでは必須です。

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文献管理ソフトが手に入ったら

レビュー計画書の簡単な Background を 5-8 文程度で書いてみましょう！今回は日本語です！

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背景の構造　（計画書のテンプレ）

背景1. 対象となる疾患について（リファレンスをつけてください） 2. 対象となる介入方法について 3. 介入方法が有効なメカニズム 4. 本レビューを実施する意義

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背景（ PICO の例）

(病態が人類にとって” relevant”な理由＝疫学データ) (例 : 世界での発生率 )　　　　　　　　（引用 ).(例 : 致死率など )　　　　　　　　（引用).Pは通常○○により診断（定義）され(国際診療ガイドラインなどを引用) (O：今回みたいアウトカム)などを引き起こす。一般的にはPに対しては○、○、○などの介入が行われる (国際診療ガイドラインなどを引用)。しかし、□という特徴を持つ、＿ (I: 介入内容 )　　＿は___のようなを効果が言われおり臨床試験で__のようなアウトカムを改善したことが報告されている (引用 ) .　

系統的レビューとして (P: 病態 )に対する (I: 介入内容 )＿を評価したものは報告されていない .それゆえ、今回 (PI(E)CO)での系統的レビューを行った .

＜文献リスト (bibliography)＞1. Kataoka Y. (2013) History of Tigers. Plos Ama, 8(12) 45-492. Tsujimoto H. (1998) Quality of Amagasaki Chanpon. Ama J Clin Epidemiol 58 (3) 859-862

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片岡・辻本 2016/3/19 コクランレビュータイトル登録セミナー @ 尼崎　グループワークシートを一部改変

背景１

対象となる疾患の疫学データ

(例 : P の世界での実数 etc.) 　 (multi-national なデータを引用 ).

P は通常○○により診断（定義）され ( 国際診療ガイドラインなどを引用 )(O ：今回みたいアウトカム ) などを引き起こす。

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背景２

その介入について

一般的には P に対しては○、○、○などの介入が行われる ( 国際診療ガイドラインなどを引用 ) 。しかし、□という特徴を持つ、(I: 介入内容 ) 　　の臨床試験で介入によって〇〇だったと報告されている ( 引用 ).

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背景３

その介入が有効となるメカニズム

(I: 介入内容 ) 　は△△により○○のアウトカムを改善すると考えられている ( 引用 ).

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背景４

本レビューを実施する意義

系統的レビューとして (P: 病態 ) に対する＿ (I: 介入内容 ) 　を評価したものは報告されていない .( もしくは ) 系統的レビューとして (P: 病態 ) に対する＿ (I: 介入内容 ) 　を評価したものがあるが、〇〇という点があり / その後多数の報告がありそれゆえ、今回 (PICO) に関して系統的レビューを行った .

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( 参考 ) 　 Cochrane Kidney and Transplant group の Background の査読者用チェックリストを辻本が簡単にしたもの

世界においてのその病気の問題についてを述べているか？• incidence and prevalence• how it occurs• who is affected (including high-risk groups, vulnerable/disadvantaged populations)• where it occurs• how it is diagnosed• what the symptoms and consequences are?

介入に関する説明は十分か？• how it works• how it may have an impact on potential recipients?

レビューをやる意義に関する記述は十分か? • Does it address issues that are important for consumers (including policy-

makers)?リファレンスは最新の文献を用いて世界の問題に関するものか？（時代遅れ /一部地域だけの問題を記述しているものではないか？）• Are the supporting references current and do they provide an international picture

of the problem?

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background の例 ( あくまで例 )急性腎障害(AKI)は入院患者の11-18%に起こり、それに関連して1.7百万人が毎年死亡している (1)。Multinational surveyでは ICU患者のうち40-50%がAKIを起こしKDIGO(ガイドライン)の分類の重症度が上がるのに従って死亡割合が多くなることが示されている(1)。持続的腎代替療法(CRRT)はCVVH, CVVHD, CVVHDF, SCUFなどがある。透析は拡散の〜で〜を除去し、限外濾過は〜で〜を除去している。

至適な透析は〜ml/kg/hと言われており、CRRTの予定外の透析回路の凝固によって到達できないことがある (1)。透析回路の凝固は早急な回路交換を要し医療スタッフのworkloadや治療費の増大につながる (2)。

透析回路の凝固を防ぐ方法はpharmacologicalな介入とnon-pharmacologicalな介入がある。pharmacologicalなものは凝固経路を阻害するような薬剤を用いる介入である。non-pharmacologicalなものはカテーテルの径の最適化、血液と空気の接触を抑えるような回路の調節、希釈方法などがある (3)。

系統的レビューとしてCRRTを受ける患者に対する抗凝固療法を評価したものは、ヘパリンとクエン酸の比較があり〜〜と報告されている（4）。しかし、系統的にレビューとして、pharmacologicalなものを包括してレビューしたものはない。そこで我々は今回CRRTを受ける患者に対するpharmacologicalな抗凝固介入に関して系統的レビューを行う。

＜文献リスト (bibliography)＞1. Kataoka Y. (2013) Practice guidelines for Tigers funs. Plos Ama, 8(12) 45-492. Tsujimoto H. (1998) Quality of Amagasaki Chanpon. Ama J Clin Epidemiol 58 (3) 859-8623. Kataoka Y. (2016) Glory of Tigers. BMC Ama, 8(12) 55-904. Tsujimoto H. (2016) Review of Amagasaki Chanpon. Ama J Epidemiol 58 (3) 70-77

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世界の疫学 ( あくまで例 )急性腎障害(AKI)は入院患者の11-18%に起こり、それに関連して1.7百万人が毎年死亡している (1)。Multinational surveyでは ICU患者のうち40-50%がAKIを起こしKDIGO(ガイドライン)の分類の重症度が上がるのに従って死亡割合が多くなることが示されている(1)。持続的腎代替療法(CRRT)はCVVH, CVVHD, CVVHDF, SCUFなどがある。透析は拡散の〜で〜を除去し、限外濾過は〜で〜を除去している。





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今回みたいアウトカムへの前振り ( あくまで例 )急性腎障害(AKI)は入院患者の11-18%に起こり、それに関連して1.7百万人が毎年死亡している (1)。Multinational surveyでは ICU患者のうち40-50%がAKIを起こしKDIGO(ガイドライン)の分類の重症度が上がるのに従って死亡割合が多くなることが示されている(1)。持続的腎代替療法(CRRT)はCVVH, CVVHD, CVVHDF, SCUFなどがある。透析は拡散の〜で〜を除去し、限外濾過は〜で〜を除去している。





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介入について ( あくまで例 )急性腎障害(AKI)は入院患者の11-18%に起こり、それに関連して1.7百万人が毎年死亡している (1)。Multinational surveyでは ICU患者のうち40-50%がAKIを起こしKDIGO(ガイドライン)の分類の重症度が上がるのに従って死亡割合が多くなることが示されている(1)。持続的腎代替療法(CRRT)はCVVH, CVVHD, CVVHDF, SCUFなどがある。透析は拡散の〜で〜を除去し、限外濾過は〜で〜を除去している。





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レビューをする意義 ( あくまで例 )急性腎障害(AKI)は入院患者の11-18%に起こり、それに関連して1.7百万人が毎年死亡している (1)。Multinational surveyでは ICU患者のうち40-50%がAKIを起こしKDIGO(ガイドライン)の分類の重症度が上がるのに従って死亡割合が多くなることが示されている(1)。持続的腎代替療法(CRRT)はCVVH, CVVHD, CVVHDF, SCUFなどがある。透析は拡散の〜で〜を除去し、限外濾過は〜で〜を除去している。





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簡単な Background ができたら

文献管理ソフトを使って引用文献をつけます

指定引用形式： Vancouver

※引用をつける練習の意図です

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Vancouver 式を知らなくても OK

文献管理ソフトで選択できます！

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引用文献をつけてみる　（例）

(病態が人類にとって” relevant”な理由＝疫学データ) (例 : 世界での発生率 )　　　　　　　　（引用 ).(例 : 致死率など )　　　　　　　　（引用).Pは通常○○により診断（定義）され(国際診療ガイドラインなどを引用) (O：今回みたいアウトカム)などを引き起こす。一般的にはPに対しては○、○、○などの介入が行われる (国際ガイドラインなどを引用 )。しかし、□という特徴を持つ、＿ (I: 介入内容)　　＿は___のようなを効果が言われおり臨床試験で__のようなアウトカムを改善したことが報告されている (引用 ) .　

系統的レビューとして (P: 病態 )に対する (I: 介入内容 )＿を評価したものは報告されていない .それゆえ、今回 (PI(E)CO)での系統的レビューを行った .

＜文献リスト (bibliography)＞1. Kataoka Y. (2013) History of Tigers. Plos Ama, 8(12) 45-492. Tsujimoto H. (1998) Quality of Amagasaki Chanpon. Ama J Clin Epidemiol 58 (3) 859-862

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今日の目標　（前半おわり）（後半は時間のある人のみ）




　

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今日の目標　（後半は時間のある人のみ）




　

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P と I に関連する国際 ( 診療 ) ガイドラインの探し方 (優先順 )

1. UpToDate 参照2. 上司に聞く3. P と I に関連するメジャーな学会Web page を探す4. Minds の医療提供者向け診療ガイドライン・カテゴリー別を参照し、日本語診療ガイドラインをみつけ、”はじめに”や引用文献一覧を探す　 https://minds.jcqhc.or.jp/n/medical_user_main.php

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https://minds.jcqhc.or.jp/n/medical_user_main.php



( 参考 ) P と I に関連する日本語 ( 診療 ) ガイドラインの探し方 (優先順 )

1. 上司に聞く2. P と I に関連する日本の学会Web page を参照3. Minds の医療提供者向け診療ガイドライン・カテゴリー別を参照

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引用検索といっても 3種類あります！

1. 診療ガイドラインが見つかったら、関連する記述に関する参考文献を見つける (＝二次文献のリファレンスチェック )

2. 見つかった参考文献を”引用している文献”を Google scholar を用いて行います（＝被引用検索）

3. 最終スクリーニングで組み入れになった文献の参考文献を見つける (＝組み入れ文献のリファレンスチェック )

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今回取り扱うのは上の 2種類！


2. 見つかった参考文献を”引用している文献”を Google scholar を用いて行います（＝被引用検索）


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こちらはさっきやりました！


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今からは被引用検索を説明します


2. 見つかった参考文献を”引用している文献”を Google scholar を用いて行います（＝被引用検索 / 逆引き）


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Google Scholar を用いた被引用検索の方法

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注意！ Web of Science の方がこの機能は優れていますが、今回は free で使えることから Google Scholar を使用しています。使える人は Web of Science でも良いです。

Google Scholar を用いた被引用検索の方法

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219 の文献から引用されていました (数は毎回変わることあり )

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文献リストをざっと見て、今回の PICO にばっちり当てはまる臨床研究を簡単にリスト化

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文献リストをざっと見て、今回の PICO にばっちり当てはまる臨床研究を簡単にリスト化

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今日の目標

• PubMedを用いて統制語を探すことができる• 先行文献を参考にPubMedを用いて統制語、キーワードで

MEDLINEを検索できる• 自分のRQについてPubMed MEDLINE で大まかな検索式をつく

ることができる• 簡単なBackground section を作ることができる• 文献管理ソフトを用いて文章に参考文献をつけることができる＜時間のある人のみ＞• Pと Iそれぞれに関連する国際ガイドラインを参照できる• 引用検索ができる• 検索式の確認 (pearl growing) ができる

　

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見つかった文献リストの文献が、みなさんが作った検索式の結果から抜けて無いか確認 (抜けてたら改良する )

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検索式から抜けていた！

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抜けていた時はその文献をみてみる

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抜けていた時はその文献をみてみる

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検索した MeSH が付与されてなかった！

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Free word を追加したらヒットしました！

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今日の目標

• PubMedを用いて統制語を探すことができる• 先行文献を参考に PubMedを用いて統制語、キーワードで検索でき

る• 自分のRQについてPubMed MEDLINE で大まかな検索式をつくる

ことができる• 簡単なBackground section を作ることができる• 文献管理ソフトを用いて文章に参考文献をつけることができる＜時間のある人のみ＞• 引用検索の仕方　0.5 時間程度• Pと Iそれぞれに関連する国際 (診療 )ガイドラインを参照できる• 検索式の確認 (pearl growing) 1 時間程度

　

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参考資料

1. Lefebvre C, Manheimer E, Glanville J. Chapter 6: Searching for studies. Box 6.4 d. Cochrane Handbook for Systematic Reviews of Interventions Version 5.1.0 (updated March 2011). 2010. 1-46 p. available from http://community.cochrane.org/handbook

2. 『看護研究者・医療研究者のための系統的文献検索概説』諏訪敏幸近畿病院図書室協議会 2013

3. 京都大学医学図書館　基礎から学ぶ PubMed の使い方http://www.lib.med.kyoto-u.ac.jp/pdf/pubmed_howto.pdf

4. PubMed Tutorialhttps://www.nlm.nih.gov/bsd/disted/pubmedtutorial/cover.html 5. Ovid Online Training http://www.ovid.com/site/support/training.jsp#tabs1

“MEDLINE” https://www.brainshark.com/wkovid/vu?pi=zGizVDdlez34XJz0&cmpid=Brainshark:MedlineIntro“Special techniques in MEDLINE”https://www.brainshark.com/wkovid/vu?pi=zFvzXHuX2z34XJz0&cmpid=Brainshark:MedlineSpecialTechniques

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http://community.cochrane.org/handbook

http://www.lib.med.kyoto-u.ac.jp/pdf/pubmed_howto.pdf

https://www.nlm.nih.gov/bsd/disted/pubmedtutorial/cover.html

http://www.ovid.com/site/support/training.jsp%23tabs1

https://www.brainshark.com/wkovid/vu?pi=zGizVDdlez34XJz0&cmpid=Brainshark:MedlineIntro

https://www.brainshark.com/wkovid/vu?pi=zGizVDdlez34XJz0&cmpid=Brainshark:MedlineIntro

https://www.brainshark.com/wkovid/vu?pi=zFvzXHuX2z34XJz0&cmpid=Brainshark:MedlineSpecialTechniques

https://www.brainshark.com/wkovid/vu?pi=zFvzXHuX2z34XJz0&cmpid=Brainshark:MedlineSpecialTechniques

さらに Pubmed を知りたい方は

日本医学図書館協会図解 PubMed の使い方http://iss.ndl.go.jp/books/R100000002-I025001084-00

東大図書館 PubMed の使い方http://www.lib.m.u-tokyo.ac.jp/manual/pubmedmanual.pdf

山梨大学付属図書館PubMed と Ovid MEDLINE の比較一覧http://www.lib.yamanashi.ac.jp/db/ovid_ma/ovid%20medline%20vs%20pubmed%20for%20Yamanashi%20Univ_200712.pdf

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http://iss.ndl.go.jp/books/R100000002-I025001084-00

http://iss.ndl.go.jp/books/R100000002-I025001084-00

http://www.lib.m.u-tokyo.ac.jp/manual/pubmedmanual.pdf

http://www.lib.m.u-tokyo.ac.jp/manual/pubmedmanual.pdf

http://www.lib.yamanashi.ac.jp/db/ovid_ma/ovid%20medline%20vs%20pubmed%20for%20Yamanashi%20Univ_200712.pdf



[ 参考スライド ] Mendeley の使い方

たくさんある中で free の Mendeley を紹介宿題はどのソフトを使ってもいいです！

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参考スライドの目標　（Mendeley の場合）

• 文献管理ソフトをインストールできる• Wordへのプラグインをインストールで

きる• Word 内で文章への citation を入れるこ

とができる• 参考文献リスト (Bibliography) を入れ

ることができる

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1. Mendeley のダウンロード

使い方はたくさん動画があります。

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日本語　 https://www.youtube.com/channel/UCyftgRDCOa09RYl63QBFPdg

英語https://www.youtube.com/user/MendeleyResearch

Mendeley と MS word を使った引用文献リスト作り方

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https://www.youtube.com/watch?v=zkrVbBSrK_w

20161117 srws第三回検索その２pubmed検索、引用検索、逆引き検索と文献管理

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