53 dbHERV-REs: ヒト内在性レトロウイルス由来転写調節エレメントデータベースの構築 伊東潤平1,2)、○杉本竜太2)、中岡博史2)、山田思郎3)、木村哲晃2)、早野崇英4)、井ノ上逸朗1,2)

1)総合研究大学院大学 生命科学研究科 2)情報・システム研究機構 国立遺伝学研究所 3)東海大学 医学部付属大磯病院 4)山口大学 大学院医学系研究科


ヒト内在性レトロウイルス 　トランスポゾンの1種であるヒト内在性レトロウイルス(HERV)は、配列中に転写調節エレメント(HERV-RE)を有しており、近傍遺伝子の発現調節に様々な影響を与える。

　大規模エピゲノム解読プロジェクト(ENCODE, Roadmap)により同定された転写調節エレメントのうち、HERV-REは12%程度を占める。

　我々はENCODEとRoadmapから取得した、97種の転写因子の519個のChip-seqデータセットを用いてHERV-REを網羅的に調査した。794,972箇所のHERV遺伝子座とオーバーラップする転写因子結合部位（HERV-TFBS)を同定し、さらに、HERVコピー間で互いに共有される転写因子結合部位（HERV-RE）を2,201種類同定した。

dbHERV-REs ヒト内在性レトロウイルスの持つ転写因子結合部位の網羅的データベース

http://herv-tfbs.com

1. データベース、転写因子の種類、及び各種統計量を使っ

てHERVをフィルタリング可能

2. HERVとその挿入年代、有意に結合する転写因子のリスト

3. 選択したHERVの基本情報を表示

4. 各種データをテキストファイルでダウンロード可能

5. 各転写因子結合部位、DHS、系統樹等を表示

• 794,972箇所のHERV-REを収録

• AJAXを使ったリロードフリーな設計

• HERV-REの研究基盤を提供

アクセス解析結果

参照論文 Jumpei Ito et al. Systematic identification and characterization of regulatory elements derived from human endogenous retroviruseshttps://doi.org/10.1371/journal.pgen.1006883

今後の予定 ユーザーからのフィードバックを元に機能追加、更新予定。

RDF化を行いデータベース間の有機的連携を検討する。

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2017年7月12日以降のdbHERV-REsの主要なアクセス元

国立衛生研究所 アメリカ

情報システム研究機構 日本

様々なプロバイダー 中国

スイス連邦工科大学ローザンヌ校 スイス

ルートヴィヒ・マクシミリアン大学ミュンヘン ドイツ

パリ第７大学 フランス

ロンドン大学クイーンメアリー イギリス

ロングウッドメディカル学術エリア アメリカ

アクセス数0 20 40 60 80

解析パイプラインを選択

データベースを選択

統計的閾値を設定

転写因子の種類を選択

HERVの名前で検索

HERVに有意に結合する転写因子と統計量を表示

plotly.jsを使ったインタラクティブなチャート

例: HERV上に見られるChip-seqシグナルを表示

HERV-RE Host gene

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