把原子看作经典质点，解牛顿运动方程。

运动方程的积分：不用考虑计算速度，关键是精度和长时间稳定性。常用的有 velocity Verlet 算法， Leap Frog 算法， predictor-corrector 算法等等。

常用的 MD 软件： DL_POLY, LAMMPS, GROMACS, NAMD, AMBER, CHARMM 等等。

3.3. 分子动力学 分子动力学 (Molecular Dynamics(Molecular Dynamics ，， MD) MD) 算算法法3.1.3.1. 基本的 基本的 MD MD 算法 算法 (( 微正则系综，微正则系综， constant constant NVENVE ））

3.2.3.2. 其它系综下的 其它系综下的 MD MD 算算法法 正则系综 (constant NVT) Thermostats: isokinetics, Berendsen, Andersen, Nosé-Hoover

等压 - 等温系综 (constant NPT)

Isokinetics thermostat: 每一步对速度进行修正，得到需要的温度。

Berendsen thermostat ：

Andersen thermostat: 每一步从温度为 T 的 Maxwell-Boltzmann 分布中随机产生一个速度赋予被选中的粒子。

Nosé-Hoover thermostat: 增加额外的自由度，在扩展的微正则系综内实现实际体系的正则系综。

热耦（ Thermostat or Heat Bath)

2 scaleB

0

3 1,

2 2 i i i ii

TNk T m v v v

T

1

2

0

1 1T

t T

T