8…pfge mlst 0×ØÙn$lf’ŁŒdoi:10.13350/j.cjpb.190315 ·!"· 8…pfge、mlstš...
TRANSCRIPT
DOI:10.13350/j.cjpb.190315 ·!"
·
8�PFGE、MLST� MALDITOFMSÖr
0×ØÙN$LF'��
mÔ
,¶ÙÕ
,mÖ
,�×
,m×Ø
,E¿Ù
(1¶2{¨�@>�Hè>4A{¨�2·
,³ø1¶250021)
【!"
】 #$ ^�§�õ�A��ÂÃ
(PFGE)、׸÷OP^L
(MLST)ÛNs�Ó¡æ0ÚÂç�RÑ's×
(MALDITOFMS);b�¸34^L7QRLM^Ú
。 %& bÐf�Db�¸3482º^��PFGE、MLST
Û MALDITOFMSQR^L
,o�BioNumericsÛSARAMISØÙQRÚ?^Ú
。 '( 82ºb�¸34�PFGE
G�XbaⅠÛSpeⅠ��g6´81ؤÝ3×
,�d955.5%~100%;MLSTG6´68ØSTL
、5Ø%B^�;§5
Ø¿
;MALDITOFMSG6´82¯bÐD3×
,�d9\61%~89%,̂ B��Ð MLSTG©¸
。 ') MALDI
TOFMSGDÐe89Û^ÞíMü
,¦�óPFGEÛ MLSTb�^ÞóD>6C�
,S;4ºÐeD7jAhx
3×%ð�Û:aBËEF
;PFGE�Ý^bÐ4º
,Sb�;4ºQR¿DÐe
;MLSTG�7jÐebпDb�
¸34
,S:^L^Þí¥�PFGEG
,çÐ�AGÈGÇ��Ñ¢v÷
。B?Âz{bt MALDITOFMS3×¥±
%Wü;b�¸34ÐeD7jA
,ÐÑ��PFGEÛ MLSTGWü;b�¸34:8Ðe77j^LD�D
。
【*+,
】 b�¸34
;PFGE;MLST;MALDITOFMS
【-./01
】 R378 【23456
】 A 【2781
】 16735234(2019)03032305
[犑狅狌狉狀犪犾狅犳犘犪狋犺狅犵犲狀犅犻狅犾狅犵狔.2019Mar;14(3):323-329.]
犛狌犫狋狔狆犻狀犵犆狉狅狀狅犫犪犮狋犲狉狑犻狋犺犘犉犌犈,犕犔犛犜,犪狀犱犕犃犔犇犐犜犗犉犕犛
LIUMing,SHIYuwen,LIUHui,LIJian,LIULanzheng,HUGuangchun (犇犻狏犻狊犻狅狀狅犳犅犪犮狋犲狉犻犪犾
犇犻狊犲犪狊犲狊,犑犻狀犪狀犕狌狀犻犮犻狆犪犾犆犲狀狋犲狉犳狅狉犇犻狊犲犪狊犲犆狅狀狋狉狅犾犪狀犱犘狉犲狏犲狀狋犻狅狀,犑犻狀犪狀,犆犺犻狀犪250021)
【犃犫狊狋狉犪犮狋】 犗犫犼犲犮狋犻狏犲 Tostudydifferentmethods(PFGE,MLST,andMALDITOFMS)ofsubtyping犆狉狅狀狅犫犪犮狋犲狉.
犕犲狋犺狅犱狊 Eightytwoisolatesof犆狉狅狀狅犫犪犮狋犲狉weresubtypedandidentifiedwithPFGE,MLST,andMALDITOFMS.
ResultswereanalyzedusingthesoftwareBioNumericsorSaramisforclustering,andeachmethodwascomparedinterms
ofthediscriminationindex(DI). 犚犲狊狌犾狋狊 The82isolatesgenerated82massspectra(similarityrangedfrom61to
89%),81PFGEprofiles(similarityrangedfrom55.5%to100%),and68sequencetypes.Fiveclusterswereobtained
usingMALDITOFMSandMLST,andeachclustercorrespondedtoadifferentspeciesof犆狉狅狀狅犫犪犮狋犲狉.TheDIwas0.
997forPFGE,0.994forMLST,and1forMALDITOFMS. 犆狅狀犮犾狌狊犻狅狀 MALDITOFMSquicklyidentifiedanddif
ferentiated犆狉狅狀狅犫犪犮狋犲狉,butithadalowlevelofconsistency.PFGEdifferentiated犆狉狅狀狅犫犪犮狋犲狉atahigherratethan
MLST,butitwasunabletoidentify犆狉狅狀狅犫犪犮狋犲狉.MLSTaccuratelyidentifieddifferentspeciesof犆狉狅狀狅犫犪犮狋犲狉.BothPF
GEandMLSTweretimeconsuming.Thus,aMALDITOFMSdatabaseisneededtoimprovetheaccuracyofidentifica
tionof犆狉狅狀狅犫犪犮狋犲狉,andPFGEandMLSTneedtobeusedtosimultaneouslysubtype犆狉狅狀狅犫犪犮狋犲狉sothat犆狉狅狀狅犫犪犮狋犲狉
fromdifferentsourcescanberapidlyandaccuratelyidentifiedandsubtyped.
【犓犲狔狑狅狉犱狊】 犆狉狅狀狅犫犪犮狋犲狉;PFGE;MLST;MALDITOFMS
b�¸34a´©Br4D��AóÙ¸¨
4
,�}¸[Ò]ÍÈXD¥¹D�ºa'¹rw¶
,
·á']yO@
、'üpÛ�k�k@¢
[1-2]。b�
¸34aÐs7Ø¿
,̂�\ßàb�¸34
(犆.
狊犪犽犪狕犪犽犻犻)、�¤¯�ÆAb�¸34
(犆.犿犪犾狅狀犪狋犻犮
狌狊)、÷6éb�¸34
(犆.狋狌狉犻犮犲狀狊犻狊)、á"§b�¸
34
(犆.犿狌狔狋犼犲狀狊犻犻),îâ�b�¸34
(犆.犱狌犫犾犻狀
犲狀狊犻狊),Ètã§b�¸34
(犆.狌狀犻狏犲狉狊犪犾犻狊)Ûªä
Íb�¸34
(犆.犮狅狀犱犻犿犲狀狋犻)[3-4]。
�Ö
,b�¸34D^LÈGÄ4Ðs/L^L
Û^C^LÒ%?
。:H/L^LÄ4°á�b�¸
34DDy�×
、56s�p
、'v¦§�AÛüðL
¢
,Â;4ºQR:8)*ÛÐe
,SðhóZZÆ
·323·
+ , - . / 0 1 2 3
犑狅狌狉狀犪犾狅犳犘犪狋犺狅犵犲狀犅犻狅犾狅犵狔 2019à3ô õ14öõ3�
Mar.2019, Vol.14,No.3
【9:;#
】 1¶2Á'ÛV('�år�)%V(
(No.
2016-1-20)。
【<=>?
】 �æ�
,Email:hgch9121@163.com
【>?@A
】 Ä æ
(1989-),,,³ø1¶º
,-.
,6'T
�2%3
,Ä4è5Á'6'T&�2
。
Email:liumingsdnu@126.com
A
,4��׿^LÐeFl
[5-6];̂C^Læ׿
ÈG
,Ðsõ�A��ÂÃ
(PFGE)、׸÷OP^L
(MLST)、.�f^LÛZNB[hO^L¢
。�?
^LÈGÂèNB]`ÖebÐb�¸34h'D�
dV9ÍÉÊâ��É
,7�;b�¸34QRç�
^Ú
[7]。i12^�§��ÖÉ�DPFGE、MLST
Û MALDITOFMSÈG;b�¸34^L7QR
LM^Ú
,\b�¸34^L«¬®¥±&0
。
MNO%&
1 MN
1.1 45 2011-2017à^çÿ�
、�xÛè_�
xDb�¸3482º
,µi�QA
。
1.2 ;<��B=> õ�A��ÂÃÍ��ÉÊ
yÿ�ÙBioRad}~
;VITEK2compact>4'v
Ðe�ÛVITEKMSNs�Ó¡æ0ÚÂç�RÑ
's×�yÿGÙBiomerieux}~
;EppendorfMas
tercyclerpro$9PCR�yÿ�Ù Eppendorf}~
;
ABI3730DNA hO�yÿ�Ù ThermoFisher}
~
。SeakemGold�����yÿ�Ù Lonza}~
;
PCRPremixEXTaq�
、|�AÀ��XbaⅠÛ
SpeⅠy�Ei Takara}~
;>4DNA����
yÿ�ÙQIAGEN}~
;56� K、αé4êN8�
¯
、>ë
、\ì>¯
、¤¯yÿ�ÙSigma}~
;³5
6í%A��
(TSA)y���ùî%WÊôæ|}
~
。
2 %&
2.1 L¶Ú�4K��8VQ Ä82ºb�¸34
o¿áTSA�^
,�36℃¨©20h。Ë��^ðD
4*
,�60.5Í2æ9D4��
,o� VITEK2
CompactZÿP'vÐe�QRÐe
。
2.2 PFGE�I lñÙ¾PulsenetÎã12�}
1D b � ¸ 3 4 PFGE ¢ 7 ^ L È G
(https://
www.cdc.gov/pulsenet/pdf/cronbacterpfgeproto
col508c.pdf)QR
。;82ºb�¸34QR^C^
L
,WW64¢7º H9812�\DNA¢4T
。|�
AÀ��\XbaⅠ(45U)ÛSpeⅠ(30U),37℃��
3h。ÂÃl¥
:Ât6V/cm,kl%�;<25~286
kb,õ�Ñ'1.8~25s,·Auk
,ÂAß9120°Â
ÃÑ'18.5h,ÂÃ�0.5×TBE,ÂÃ�&914℃。
ÂÃ�Âg�ï�GelRed¶!¶�30min,��ð
$10min,������ñ
(ðæÑ'3.0s,&{åÛ
��
)。�BioNumerics6.6ØÙ;ÂÃ3×QR¥
±^Ú
,l�Ú?^Ú�H3
。Ú?BG\«å��
;�:G
(UPGMA),ÂÃó9¸-nv9
(Position
tolerance)1.5%。
2.3 MLST�I �>41DNA�����
b�¸34DNA。STÛ��OP^ÚVOlmb
� ¸ 3 4 MLST ¥ ± %
(http://pubmlst.org/
cronobacter/info/protocol.shtml)。MLSTD7Ø�
¢�ÚNB\
:atpD,fusA,glnS,gltB,gyrB,infBÛ
pps。PCR_`fÉ
:PremixEXTaq25μl,DNA]
T50ng,i、¦oSTï1μl,�F4-��21μl'
á50μl。¦§óÙ
:96℃�qA1min;96℃1min,
58℃1min,72℃2min,¼30Ø¿À
;72℃½¾5
min。�PCRaThO
,ÄhO��TáPubmlst
¥±%QRL;6´4ºDSTL�
。Äï4ºDN
B#ÿÛOPL}dBioNumericsØÙ
,o� UPG
MAÈG�Ú?^Ú
。
2.4 MALDITOFMS¼P
2.4.1 �xn¯Í÷� GF4EP�Håd50μl
70%¤¯
;�+��36℃¨©20hDb�¸34á
`¨©T
(5~10mg),åd��H3^ìí
;åd50
μl>ë
,ìí
;12000r/min(çèÊÒ7.9cm)çè2
min,��ðð1μl÷J
,ߺ>4÷3Ø[
。Ä%k
lm4ATCC8739)�s>[
。ÿ!ñªg�Ns
/�
(50%>ë
,2.5%\ì>¯��DåÛCHCA)
§24ò
,ñª
(5min)gQ��h
。
��l¥\
:·Aò�]�
,s�;<2000~
10000D,¡æ÷º¥\100。
2.4.2 ¥±oéÍ^Ú Gs>óÙ¹^��IVD
ÛRUO]�QR¥±oé
,;b�¸34¿DÐe
WIVD]�Ðe��\7
。GRUO]�¹
,Äs×
¥±}dSARAMISØÙ
,̂Úß©4º3Ø�R[
h'D�dA
,:�;�d9§>90%。�3Ø[H
Ðeí_üD4º�\ MALDITOFMS^LDN
j¥±
,Ä82ºb�¸34D56¤Ý3×}dÐe
¥±%
,�SARMISØÙÿ9DTAXMONY��Q
RÚ?^Ú
。ÄbÐ4¿'Ds×3}ó
,J´:�
×çCJ7^Úbпh's×JDCµ
。
2.5 3Û�I��7Ü 3¿^LÈG;b�¸34
D^ÞDWócßCµ¤¥
(DiscriminationIndex,
DI)�\ñò¤¢
[8]。Në/^ÚD4º¥
,Së/4
º^[¥
,një/��dj[D4º¥
。VB}�·
¹
:
' (
1 Sº»þ¥$¼½efg
82ºb�¸34GTSA�^ð36℃¨©20h
'Cfg
,VITEK2CompactZÿP'vÐe�Ðe
:[æb�¸34¸L'v�A
。
2 犘犉犌犈/�
·423·
+ , - . / 0 1 2 3
犑狅狌狉狀犪犾狅犳犘犪狋犺狅犵犲狀犅犻狅犾狅犵狔 2019à3ô õ14öõ3�
Mar.2019, Vol.14,No.3
82ºb�¸34�XbaⅠÛSpeⅠ��
,Âã
eDNAkl^çfg
。ÄÂÃ3×ó9¥Û¸-b
Z�Ðe¸Ð©L
,¼6´81¿PFGEL
,4º'�
d955.5%~100%。Ú?�d9>90%D¼æ4º
4
,̂� \ CR0093、CR0094(� d 9 \ 100%)Û
CR0097、CR0099(�d9\97.6%)。4º4fÿb
ÐD�x
(/1)。Ìï>4LGÚ?3H·D�Dû
ü�ÉÈA
,G80%�d9��ðÄ82ØPFGEL
(^\68ØbcB
(31)。
m1 犞犐犜犈犓2、犕犔犛犜E 犕犃犔犇犐犜犗犉犕犛u82éSº»þ¥$fg'(
犜犪犫犾犲1 犐犱犲狀狋犻犳犻犮犪狋犻狅狀狅犳82狊狋狉犪犻狀狊狅犳犆狉狅狀狅犫犪犮狋犲狉犫狔犞犐犜犈犓2,犕犔犛犜犪狀犱犕犃犔犇犐犜犗犉犕犛
4º#ÿ
No.ofisolates
f�
OriginVITEK2 MLST(STL
) MALDITOFMSs×�×çCJ
(D)
MScharacteristicionpeaks(D)
CR0004 �x 犆.狊犪犽犪狕犪犽犻犻group 犆.狊犪犽犪狕犪犽犻犻(144) 犆.狊犪犽犪狕犪犽犻犻 5709,5742,5726,5756
CR0005 �x 犆.狊犪犽犪狕犪犽犻犻group 犆.犱狌犫犾犻狀犲狀狊犻狊(167) 犆.犱狌犫犾犻狀犲狀狊犻狊 5742,7272,9477,4738
CR0006 �x 犆.狊犪犽犪狕犪犽犻犻group 犆.狊犪犽犪狕犪犽犻犻(145) 犆.狊犪犽犪狕犪犽犻犻 5742,5709,7290,5756
CR0007 � 犆.狊犪犽犪狕犪犽犻犻group 犆.犱狌犫犾犻狀犲狀狊犻狊(162) 犆.犱狌犫犾犻狀犲狀狊犻狊 5741,9476,7289,8279
CR0008 � 犆.狊犪犽犪狕犪犽犻犻group 犆.犱狌犫犾犻狀犲狀狊犻狊(168) 犆.犱狌犫犾犻狀犲狀狊犻狊 7271,9475,4737,9620
CR0009 � 犆.狊犪犽犪狕犪犽犻犻group 犆.狊犪犽犪狕犪犽犻犻(146) 犆.狊犪犽犪狕犪犽犻犻 4481,9475,7289,5740
CR0011 � 犆.狊犪犽犪狕犪犽犻犻group 犆.犿犪犾狅狀犪狋犻犮狌狊(169) 犆.犿犪犾狅狀犪狋犻犮狌狊 7289,9476,4737,7274
CR0012 � 犆.狊犪犽犪狕犪犽犻犻group 犆.犱狌犫犾犻狀犲狀狊犻狊(163) 犆.犱狌犫犾犻狀犲狀狊犻狊/犆.狊犪犽犪狕犪犽犻犻 5742,5757,5708,8281
CR0013 � 犆.狊犪犽犪狕犪犽犻犻group 犆.狊犪犽犪狕犪犽犻犻(148) 犆.狊犪犽犪狕犪犽犻犻 5742,9477,4738,5709
CR0014 � 犆.狊犪犽犪狕犪犽犻犻group 犆.狊犪犽犪狕犪犽犻犻(17) 犆.狊犪犽犪狕犪犽犻犻 5710,5742,5726,5757
CR0015 � 犆.狊犪犽犪狕犪犽犻犻group 犆.狊犪犽犪狕犪犽犻犻(150) 犆.狊犪犽犪狕犪犽犻犻 5743,5710,5757,4739
CR0016 � 犆.狊犪犽犪狕犪犽犻犻group 犆.犿犪犾狅狀犪狋犻犮狌狊(7) 犆.犿犪犾狅狀犪狋犻犮狌狊 5696,5742,5725,5756
CR0019 � 犆.狊犪犽犪狕犪犽犻犻group 犆.狊犪犽犪狕犪犽犻犻(151) 犆.狊犪犽犪狕犪犽犻犻 5742,9478,4738,5709
CR0022 � 犆.狊犪犽犪狕犪犽犻犻group 犆.狊犪犽犪狕犪犽犻犻(42) 犆.狊犪犽犪狕犪犽犻犻 9477,8281,7289,5381
CR0023 � 犆.狊犪犽犪狕犪犽犻犻group 犆.犱狌犫犾犻狀犲狀狊犻狊(164) 犆.犱狌犫犾犻狀犲狀狊犻狊 5743,7273,9478,4739
CR0024 � 犆.狊犪犽犪狕犪犽犻犻group 犆.狊犪犽犪狕犪犽犻犻(17) 犆.狊犪犽犪狕犪犽犻犻 5709,5742,5726,5756
CR0025 � 犆.狊犪犽犪狕犪犽犻犻group 犆.狊犪犽犪狕犪犽犻犻(152) 犆.狊犪犽犪狕犪犽犻犻 7289,9476,5380,7275
CR0026 � 犆.狊犪犽犪狕犪犽犻犻group 犆.犿犪犾狅狀犪狋犻犮狌狊(159) 犆.犿犪犾狅狀犪狋犻犮狌狊 9477,7291,8281,4738
CR0027 � 犆.狊犪犽犪狕犪犽犻犻group 犆.犿犪犾狅狀犪狋犻犮狌狊(172) 犆.犿犪犾狅狀犪狋犻犮狌狊 5740,9476,7289,7274
CR0028 � 犆.狊犪犽犪狕犪犽犻犻group 犆.犱狌犫犾犻狀犲狀狊犻狊(173) 犆.犱狌犫犾犻狀犲狀狊犻狊 5741,5707,5756,5697
CR0030 � 犆.狊犪犽犪狕犪犽犻犻group 犆.犱狌犫犾犻狀犲狀狊犻狊(165) 犆.犱狌犫犾犻狀犲狀狊犻狊 5742,5708,5697,9476
CR0031 � 犆.狊犪犽犪狕犪犽犻犻group 犆.犱狌犫犾犻狀犲狀狊犻狊(166) 犆.犱狌犫犾犻狀犲狀狊犻狊/犆.狊犪犽犪狕犪犽犻犻 5742,5697,5708,5757
CR0032 � 犆.狊犪犽犪狕犪犽犻犻group 犆.犱狌犫犾犻狀犲狀狊犻狊(174) 犆.犱狌犫犾犻狀犲狀狊犻狊/犆.狊犪犽犪狕犪犽犻犻 5743,9477,5708,5698
CR0033 � 犆.狊犪犽犪狕犪犽犻犻group 犆.犱狌犫犾犻狀犲狀狊犻狊(175) 犆.犱狌犫犾犻狀犲狀狊犻狊 5743,5697,5708,5757
CR0034 � 犆.狊犪犽犪狕犪犽犻犻group 犆.犱狌犫犾犻狀犲狀狊犻狊(176) 犆.犱狌犫犾犻狀犲狀狊犻狊/犆.狊犪犽犪狕犪犽犻犻 5742,5708,9478,4738
CR0035 � 犆.狊犪犽犪狕犪犽犻犻group 犆.狊犪犽犪狕犪犽犻犻(4) 犆.狊犪犽犪狕犪犽犻犻 5742,5709,5756,9478
CR0037 � 犆.狊犪犽犪狕犪犽犻犻group 犆.狊犪犽犪狕犪犽犻犻(143) 犆.狊犪犽犪狕犪犽犻犻 5741,5709,5755,9477
CR0039 � 犆.狊犪犽犪狕犪犽犻犻group 犆.狋狌狉犻犮犲狀狊犻狊(153) 犆.狋狌狉犻犮犲狀狊犻狊 5856,4738,5709,5697
CR0040 � 犆.狊犪犽犪狕犪犽犻犻group 犆.犱狌犫犾犻狀犲狀狊犻狊(177) 犆.犱狌犫犾犻狀犲狀狊犻狊 5742,5708,5697,9478
CR0041 � 犆.狊犪犽犪狕犪犽犻犻group 犆.狊犪犽犪狕犪犽犻犻(178) 犆.狊犪犽犪狕犪犽犻犻 5708,5741,5724,5754
CR0042 � 犆.狊犪犽犪狕犪犽犻犻group 犆.犱狌犫犾犻狀犲狀狊犻狊(179) 犆.犱狌犫犾犻狀犲狀狊犻狊/犆.狊犪犽犪狕犪犽犻犻 5743,5708,5670,5693
CR0044 è_ 犆.狊犪犽犪狕犪犽犻犻group 犆.狊犪犽犪狕犪犽犻犻(154) 犆.狊犪犽犪狕犪犽犻犻 5709,5742,5731,5756
CR0045 è_ 犆.狊犪犽犪狕犪犽犻犻group 犆.狊犪犽犪狕犪犽犻犻(40) 犆.狊犪犽犪狕犪犽犻犻 5742,5709,5755,7289
CR0046 è_ 犆.狊犪犽犪狕犪犽犻犻group 犆.狊犪犽犪狕犪犽犻犻(161) 犆.狊犪犽犪狕犪犽犻犻 5709,5741,5724,9477
CR0048 �x 犆.狊犪犽犪狕犪犽犻犻group 犆.狊犪犽犪狕犪犽犻犻(155) 犆.狊犪犽犪狕犪犽犻犻 5709,5742,5725,8132
CR0054 �x 犆.狊犪犽犪狕犪犽犻犻group 犆.狊犪犽犪狕犪犽犻犻(40) 犆.狊犪犽犪狕犪犽犻犻 5708,5741,5725,5755
CR0055 �x 犆.狊犪犽犪狕犪犽犻犻group 犆.狊犪犽犪狕犪犽犻犻(224) 犆.狊犪犽犪狕犪犽犻犻 5709,5742,5756,5726
CR0058 �x 犆.狊犪犽犪狕犪犽犻犻group 犆.狋狌狉犻犮犲狀狊犻狊(463) 犆.狊犪犽犪狕犪犽犻犻/犆.狋狌狉犻犮犲狀狊犻狊 5857,5698,5710,9477
CR0059 �x 犆.狊犪犽犪狕犪犽犻犻group 犆.犿狌狔狋犼犲狀狊犻犻(464) 犆.犿狌狔狋犼犲狀狊犻犻 5713,8100,5700,9477
CR0060 �x 犆.狊犪犽犪狕犪犽犻犻group 犆.狊犪犽犪狕犪犽犻犻(308) 犆.狊犪犽犪狕犪犽犻犻 5708,5741,5725,5755
CR0061 �x 犆.狊犪犽犪狕犪犽犻犻group 犆.狊犪犽犪狕犪犽犻犻(458) 犆.狊犪犽犪狕犪犽犻犻 5708,5741,5755,8131
CR0062 �x 犆.狊犪犽犪狕犪犽犻犻group 犆.狊犪犽犪狕犪犽犻犻(146) 犆.狊犪犽犪狕犪犽犻犻 5709,5741,5725,4482
CR0063 �x 犆.狊犪犽犪狕犪犽犻犻group 犆.犱狌犫犾犻狀犲狀狊犻狊(487) 犆.犱狌犫犾犻狀犲狀狊犻狊/犆.狊犪犽犪狕犪犽犻犻 5742,5708,5697,5742
CR0065 �x 犆.狊犪犽犪狕犪犽犻犻group 犆.狊犪犽犪狕犪犽犻犻(12) 犆.狊犪犽犪狕犪犽犻犻 5709,5742,5725,5756
CR0066 �x 犆.狊犪犽犪狕犪犽犻犻group 犆.狊犪犽犪狕犪犽犻犻(46) 犆.狊犪犽犪狕犪犽犻犻 5709,5742,5726,5756
CR0067 �x 犆.狊犪犽犪狕犪犽犻犻group 犆.狊犪犽犪狕犪犽犻犻(4) 犆.狊犪犽犪狕犪犽犻犻 5742,5710,9478,4739
CR0068 �x 犆.狊犪犽犪狕犪犽犻犻group 犆.犿犪犾狅狀犪狋犻犮狌狊(465) 犆.犿犪犾狅狀犪狋犻犮狌狊 9478,5741,4738,7275
CR0069 �x 犆.狊犪犽犪狕犪犽犻犻group 犆.犱狌犫犾犻狀犲狀狊犻狊(517) 犆.犱狌犫犾犻狀犲狀狊犻狊 5741,7270,9476,5707
·523·
+ , - . / 0 1 2 3
犑狅狌狉狀犪犾狅犳犘犪狋犺狅犵犲狀犅犻狅犾狅犵狔 2019à3ô õ14öõ3�
Mar.2019, Vol.14,No.3
4º#ÿ
No.ofisolates
f�
OriginVITEK2 MLST(STL
) MALDITOFMSs×�×çCJ
(D)
MScharacteristicionpeaks(D)
CR0070 �x 犆.狊犪犽犪狕犪犽犻犻group 犆.狊犪犽犪狕犪犽犻犻(22) 犆.狊犪犽犪狕犪犽犻犻 5707,5740,5754,9475
CR0071 �x 犆.狊犪犽犪狕犪犽犻犻group 犆.狋狌狉犻犮犲狀狊犻狊(32) 犆.狋狌狉犻犮犲狀狊犻狊 5856,5696,5708,5722
CR0072 �x 犆.狊犪犽犪狕犪犽犻犻group 犆.狊犪犽犪狕犪犽犻犻(148) 犆.狊犪犽犪狕犪犽犻犻 5741,5709,5756,9477
CR0073 �x 犆.狊犪犽犪狕犪犽犻犻group 犆.狊犪犽犪狕犪犽犻犻(4) 犆.狊犪犽犪狕犪犽犻犻 5742,4738,9478,5709
CR0074 �x 犆.狊犪犽犪狕犪犽犻犻group 犆.狋狌狉犻犮犲狀狊犻狊(466) 犆.狊犪犽犪狕犪犽犻犻/犆.狋狌狉犻犮犲狀狊犻狊 5698,5857,5710,8085
CR0075 �x 犆.狊犪犽犪狕犪犽犻犻group 犆.狊犪犽犪狕犪犽犻犻(488) 犆.狊犪犽犪狕犪犽犻犻 5709,5741,9477,5724
CR0076 �x 犆.狊犪犽犪狕犪犽犻犻group 犆.狊犪犽犪狕犪犽犻犻(483) 犆.狊犪犽犪狕犪犽犻犻 5742,5709,5763,4738
CR0077 �x 犆.狊犪犽犪狕犪犽犻犻group 犆.狊犪犽犪狕犪犽犻犻(484) 犆.狊犪犽犪狕犪犽犻犻 5741,5709,5755,9476
CR0079 �x 犆.狊犪犽犪狕犪犽犻犻group 犆.狊犪犽犪狕犪犽犻犻(64) 犆.狊犪犽犪狕犪犽犻犻 5709,5741,5731,5756
CR0080 �x 犆.狊犪犽犪狕犪犽犻犻group 犆.狊犪犽犪狕犪犽犻犻(12) 犆.狊犪犽犪狕犪犽犻犻 5742,5710,5757,9478
CR0081 �x 犆.狊犪犽犪狕犪犽犻犻group 犆.狊犪犽犪狕犪犽犻犻(13) 犆.狊犪犽犪狕犪犽犻犻 5709,5742,5725,5756
CR0082 �x 犆.狊犪犽犪狕犪犽犻犻group 犆.犿狌狔狋犼犲狀狊犻犻(489) 犆.犿狌狔狋犼犲狀狊犻犻 5712,5698,5726,4625
CR0085 �x 犆.狊犪犽犪狕犪犽犻犻group 犆.狊犪犽犪狕犪犽犻犻(148) 犆.狊犪犽犪狕犪犽犻犻 9478,4738,7290,5381
CR0086 �x 犆.狊犪犽犪狕犪犽犻犻group 犆.狊犪犽犪狕犪犽犻犻(3) 犆.狊犪犽犪狕犪犽犻犻 5742,5709,5756,7290
CR0087 �x 犆.狊犪犽犪狕犪犽犻犻group 犆.狊犪犽犪狕犪犽犻犻(485) 犆.狊犪犽犪狕犪犽犻犻 9479,4739,7291,5742
CR0088 �x 犆.狊犪犽犪狕犪犽犻犻group 犆.狊犪犽犪狕犪犽犻犻(1) 犆.狊犪犽犪狕犪犽犻犻 9476,9558,4737,5380
CR0091 �x 犆.狊犪犽犪狕犪犽犻犻group 犆.狊犪犽犪狕犪犽犻犻(23) 犆.狊犪犽犪狕犪犽犻犻 9477,7289,5380,7276
CR0092 �x 犆.狊犪犽犪狕犪犽犻犻group 犆.犿狌狔狋犼犲狀狊犻犻(493) 犆.犿狌狔狋犼犲狀狊犻犻 5711,5726,7348,4697
CR0093 �x 犆.狊犪犽犪狕犪犽犻犻group 犆.狊犪犽犪狕犪犽犻犻(494) 犆.狊犪犽犪狕犪犽犻犻 5709,5742,5756,5726
CR0094 �x 犆.狊犪犽犪狕犪犽犻犻group 犆.狊犪犽犪狕犪犽犻犻(494) 犆.狊犪犽犪狕犪犽犻犻 5709,5742,5726,9478
CR0095 �x 犆.狊犪犽犪狕犪犽犻犻group 犆.狊犪犽犪狕犪犽犻犻(486) 犆.狊犪犽犪狕犪犽犻犻 5742,5709,4482,9480
CR0096 �x 犆.狊犪犽犪狕犪犽犻犻group 犆.狊犪犽犪狕犪犽犻犻(526) 犆.狊犪犽犪狕犪犽犻犻 5742,5693,5707,5756
CR0097 �x 犆.狊犪犽犪狕犪犽犻犻group 犆.狊犪犽犪狕犪犽犻犻(64) 犆.狊犪犽犪狕犪犽犻犻 5709,5741,5725,5756
CR0098 �x 犆.狊犪犽犪狕犪犽犻犻group 犆.犿犪犾狅狀犪狋犻犮狌狊(60) 犆.犿犪犾狅狀犪狋犻犮狌狊 5741,7290,5709,9477
CR0099 �x 犆.狊犪犽犪狕犪犽犻犻group 犆.狊犪犽犪狕犪犽犻犻(64) 犆.狊犪犽犪狕犪犽犻犻 5742,5709,5756,5671
CR0100 �x 犆.狊犪犽犪狕犪犽犻犻group 犆.狊犪犽犪狕犪犽犻犻(4) 犆.狊犪犽犪狕犪犽犻犻 5742,5709,5726,5756
CR0101 �x 犆.狊犪犽犪狕犪犽犻犻group 犆.狊犪犽犪狕犪犽犻犻(527) 犆.狊犪犽犪狕犪犽犻犻 5742,5710,5726,5757
CR0102 �x 犆.狊犪犽犪狕犪犽犻犻group 犆.犿犪犾狅狀犪狋犻犮狌狊(528) 犆.犿犪犾狅狀犪狋犻犮狌狊 5741,5709,5756,5698
CR0103 �x 犆.狊犪犽犪狕犪犽犻犻group 犆.狊犪犽犪狕犪犽犻犻(495) 犆.狊犪犽犪狕犪犽犻犻 5743,5710,5757,9478
CR0104 �x 犆.狊犪犽犪狕犪犽犻犻group 犆.狊犪犽犪狕犪犽犻犻(21) 犆.狊犪犽犪狕犪犽犻犻 5744,5711,5758,5727
CR0105 �x 犆.狊犪犽犪狕犪犽犻犻group 犆.犿犪犾狅狀犪狋犻犮狌狊(529) 犆.犿犪犾狅狀犪狋犻犮狌狊 5742,5709,5756,5726
CR0106 �x 犆.狊犪犽犪狕犪犽犻犻group 犆.犿狌狔狋犼犲狀狊犻犻(530) 犆.犿狌狔狋犼犲狀狊犻犻 5713,5381,7349,9477
CR0107 �x 犆.狊犪犽犪狕犪犽犻犻group 犆.犿狌狔狋犼犲狀狊犻犻(531) 犆.犿狌狔狋犼犲狀狊犻犻 5711,5697,5725,4696
CR0108 �x 犆.狊犪犽犪狕犪犽犻犻group 犆.犿狌狔狋犼犲狀狊犻犻(532) 犆.犿狌狔狋犼犲狀狊犻犻 5712,5733,7348,5627
CR0109 �x 犆.狊犪犽犪狕犪犽犻犻group 犆.犿犪犾狅狀犪狋犻犮狌狊(7) 犆.犿犪犾狅狀犪狋犻犮狌狊 7317,9475,4737,5740
3 犕犔犛犜/�
82ºb�¸34¼6´68ØSTL
(/1),:H
ST12L2º
,ST40L2º
,ST64L3º
,ST494L2
º
,ST17L2º
,ST146L2º
,ST148L3º
,ST4
L4º
,ST7L2º
,ST485L2º
。;7Ø�ÚNB
hOg^L
,¼6´ßàb�¸3448º
,�¤¯�
ÆAb�¸349º
,÷6éb�¸344º
,á"§
b�¸346ºWÍîâ�b�¸3415º
。ï
MLSTL4ºh'DÉÊQv�É<32。��PF
GE^L��
,5Ø¿D4º��GbÐDPFGEbc
BH
。m2ºST7、1ºST64ÛST148L4ºN
,
ST4、ST40、ST494、ST17L4º^���a��ÐD
PFGEbcB
(31)。
4 犕犃犔犇犐犜犗犉犕犛/�'(ey¦Va¾.$¿À
82 º b � ¸ 3 4 � s ×IVD ] � Ð e g
,
CR0012、 CR0031、 CR0032、 CR0034、 CR0042、
CR0058、CR0063ÛCR0074^�6´ÒØ¿DÐe
��
,-�9ï\50%,FG7jÝ^
(/1)。:¦4
º:6´Å©DÐe��
,-�9:99%Wð
,Ðe
�� Ð MLST � � © ¸
。G RUO ] � ¹ \ �
SARAMIS;82º4QRÚ?^Ú6´�H3
(3
3),82º4�^� MS1~55ØBf
,̂�;§Bß
àb�¸34
、�¤¯�ÆAb�¸34
、îâ�b�
¸34
、÷6éb�¸34
、á"§b�¸34WÍ÷
6éb�¸34ï¿ÀDZú4º
。ï4º'Dûü
�ÉîZ�£D^?×�A
,ÚW�Ð PFGE Û
MLSTL�D4ºh'YAG©eDCµ
,S:�d
A>85%(CR0093ÛCR0094)。LM82ºb�¸3
46´D82¯bÐDs×3×
,bпh'\AG�
dDçCJ
,fAGïÿD�×J
(/1),çK¿Cµ
�×çCJ�hDrEAÛdeAMg
,B?ÂÄK
=�×J�\bпb�¸34D^L°±
。
·623·
+ , - . / 0 1 2 3
犑狅狌狉狀犪犾狅犳犘犪狋犺狅犵犲狀犅犻狅犾狅犵狔 2019à3ô õ14öõ3�
Mar.2019, Vol.14,No.3
.1 82éSº»þ¥犘犉犌犈¸0/^
犉犻犵.1 犆犾狌狊狋犲狉犱犻犪犵狉犪犿狅犳82狊狋狉犪犻狀狊狅犳犆狉狅狀狅犫犪犮狋犲狉犫狔犘犉犌犈
5 犘犉犌犈、犕犔犛犜E 犕犃犔犇犐犜犗犉犕犛/�%&¿À
PFGEGÄ82ºb�¸34^\81¿L�
,DI
§\0.997;MLSTÄ82ºb�¸34^\68¿ST
L
,DI§\0.994;MALDITOFMSÄ87ºb�¸
34^\87¿bÐDL�
,DI§\1。W MALDI
TOFMSD^ÞíMü
,MLST 7jAMü
,PFGE
LÞ�9Mü
。
.2 82éSº»þ¥ 犕犔犛犜/�¸0.
犉犻犵.2 犆犾狌狊狋犲狉犱犻犪犵狉犪犿狅犳82狊狋狉犪犻狀狊狅犳犆狉狅狀狅犫犪犮狋犲狉犫狔犕犔犛犜
·723·
+ , - . / 0 1 2 3
犑狅狌狉狀犪犾狅犳犘犪狋犺狅犵犲狀犅犻狅犾狅犵狔 2019à3ô õ14öõ3�
Mar.2019, Vol.14,No.3
.3 82éSº»þ¥ 犕犃犔犇犐犜犗犉犕犛/�¸0.
犉犻犵.3 犆犾狌狊狋犲狉犱犻犪犵狉犪犿狅犳82狊狋狉犪犻狀狊狅犳犆狉狅狀狅犫犪犮狋犲狉
犫狔犕犃犔犇犐犜犗犉犕犛
� )
;b�¸34ij^L�`å;:�AD�0
,
7\��«¬®¯!Nj
[7]。PFGE´§�_\=
¶D¾Ê>4^LÈGh©
,Ä4��ï¿��A¸
¨4D^LÛç�«¬
。ú!PFGEæMüD^L
Þ�9
,S:b�;b�¸34¿aQRÐe
,fFG
¦§ÉÊâ��É
,B?4iÓ:aÈGQRHI
。
MLST´©¿N��ÚNBDNAOPD^C^LÈ
G
,z{;DNAOPQRhO
,Ä6´DOP�¨m
¥±%HDOP�¨QRL;
,6´:OPL
,b�;
>4D^C^L
。ÐÑj��ÚNBÂ;b�¸34
QR¿��DÐe
,z{ØÙYÂQ©ª;׺4Q
RÉÊâ�^Ú
[9]。i«¬W�PFGEÏ��DÈ
G;82ºb�¸34QR^L
,¼6´81¯bÐD
¤Ý3×
,�d9\55.5%~100%,XZób�¸3
4[æ×�A
。:H CR0093Û CR0094�d9\
100%ç:\ST494L
,Í�:f�Â�´�ÐD
,A
GTU�¶DÂ�
。CR0097ÛCR0099D¤Ý3×
æ6�C�
,�d9G95%Wð
,ç�^\�ÐDST
L
(ST64),Í�KÒ4ºHÂ�G��¸÷nAGÅ
©
/6�D.Õ¯uq
。:a�Ð MLSTL4º'�
dAM¥
。èDI¤¥fÂW�ó
,PFGE;bÐL�
4ºD^Þí4ü� MLSTÈG
,Gç�È`PFGE
Gn� MLSTG
,S¤ýócߤ¥:>0.90,:Â
��b�¸34D^L
[10-11]。ÏN
,PFGE��Hb
п?�x
(�
、è_Û�x
)ø^çóæ�Ð9LD
4º
,Í�·�ï?�x'FTU�¶z^
。Wð�
�/�z{W�ҿ|��
(XbaⅠÛSpeⅠ)��
,
PFGE;bÐf�Db�¸34æMgDÝ^9
,Â
��b�¸34D^âÞRç�
;MLSTæMüDÞ
�9ͼôA
,�z{ZÜL;¥±%6´è×��
QvÛûü�ÉD¥±
,So�?û%W;b�¸3
4QR^¿ÐeÍ^Lµ�ìÍ´hOÛ¥±ð¾D
L;
,ò�M\Ç�
,̀�MC
。
N�>4Z56^ÚD MALDITOFMS´©
¿��Ðe6'TDáM%W
,µ�s×�[æMü
DRÇ9
,ÐÑ:�x�6²Å
,�xð�%
,B?[
æüz�Ûü¢í¢n÷
,+��6'Tv&^?D
«¬
[12]。S MALDITOFMSGhx´:a12B
ËDEF
,:H>4D¨©Û�xD�6´ÒØr4
BË
[13]。¨©óÙH¨©ND¿?Û¨©Ñ':Â
EF>4'T¢£^CDóZ
,Â��Sìs×3D
qv
[14]。r�6�xÑ
,>4D�9
、·�Ns�
、̄
D¿?Ûæ9
、¢iDn¯Û��Hyf�EFÐe
��D©C
[15]。B?
,12ѹ»Ìñ4ö'ås>
4º
,ÐÑÄ^Ún¯VO¢7v
,W4*56bZþ
ùWüÐeD7jí
。i«¬\�IVD]�;82
ºb�¸34Ðe
,%ú^4ºî�7jÐe´¿
(74/82),;aDÐe7jí\100%,r6´Ò¿Ð
·823·
+ , - . / 0 1 2 3
犑狅狌狉狀犪犾狅犳犘犪狋犺狅犵犲狀犅犻狅犾狅犵狔 2019à3ô õ14öõ3�
Mar.2019, Vol.14,No.3
e��D4º%ú^\îâ�b�¸34
(6/8)Û÷
6éb�¸34
(2/8),Â�B¥±%HKÒ¿b�¸
34D3×¥�æ|r�m·h4ºõ�D3×¥�
M+æ�
[16]。\�RUO]�;3×QR^Ú
,ÚW
PFGEÛ MLST^L�ÐD4º
(CR0093Û94),:
s×3×fæCµ
,S:ûü�ÉYM\oA
。 ±
Ú?��ÂÄ82º4^\5ØBf
,:HïBÀD4
º:\�ÐD¿
,m MLST^¿��©¸
,ÄÐÇï
Ø¿�×JD3×}d¥±%HbZÂW£´;b�
¸34D^¿Ðe
。rmPFGEÛ MLST�L
,:;
ï4º'DÝ^V9èü
,îZó�£D^?×�A
,
Í� MALDITOFMS;b�¸34D^Þíèü
,
çN�4º56·6´D3×��¦�ó3=PF
GEÛ MLST·b�Ý^D>6Cµ
。
1h
,Wð3¿^LÈGGb�¸34D^LH
ïænó
,̂�ë/�N�DNAÛ56s^LDÒ
ØÈ`
,\ý�O'3
,ÐÑ\�ÂWü4ºÐeÍ
^LD89Û7jA
,G:8§;��{¨D^âÞ
R«¬HÂì´r4��
。
【��23
】
[1] EmamiCN,MittalR,WangL,etal.Recruitmentofdendritic
cellsisresponsibleforintestinalepithelialdamageinthepatho
genesisofnecrotizingenterocolitisby犆狉狅狀狅犫犪犮狋犲狉狊犪犽犪狕犪犽犻犻[J].J
Immunol,2011,186(12):7067.
[2] TownsendS,HurrellE,ForsytheS.Virulencestudiesof犈狀狋犲狉
狅犫犪犮狋犲狉狊犪犽犪狕犪犽犻犻isolatesassociatedwithaneonatalintensivecare
unitoutbreak[J].BMCMicrobiol,2008(8):64.
[3] JosephS,DesaiP,JiY,etal.Comparativeanalysisofgenome
sequencescoveringtheseven犆狉狅狀狅犫犪犮狋犲狉species[J].PlosOne,
2012,7(11):e49455.
[4] IversenC,MullaneN,McCardellB,etal.Cronobactergen.
nov.,anewgenustoaccommodatethebiogroupsof犈狀狋犲狉狅犫犪犮狋犲狉
狊犪犽犪狕犪犽犻犻,andproposalof犆狉狅狀狅犫犪犮狋犲狉狊犪犽犪狕犪犽犻犻gen.nov.,
comb.nov,犆狉狅狀狅犫犪犮狋犲狉犿犪犾狅狀犪狋犻犮狌狊sp.nov.,犆狉狅狀狅犫犪犮狋犲狉狋狌狉犻
犮犲狀狊犻狊sp.nov,犆狉狅狀狅犫犪犮狋犲狉犿狌狔狋犼犲狀狊犻犻sp.nov.[J].IntJSyst
EvolMicrobiol,2008,58(6):1442-7.
[5] ForsytheSJ,DickinsB,JolleyKA.犆狉狅狀狅犫犪犮狋犲狉,theemergent
bacterialpathogen犈狀狋犲狉狅犫犪犮狋犲狉狊犪犽犪狕犪犽犻犻comesofage;MLST
andwholegenomesequenceanalysis[J].BMCGenomics,2014,
15(1):1121.
[6] JacksonEE,SonbolH,MasoodN,etal.Genotypicandpheno
typiccharacteristicsof犆狉狅狀狅犫犪犮狋犲狉species,withparticularatten
tiontothenewlyreclassifiedspecies犆狉狅狀狅犫犪犮狋犲狉犺犲犾狏犲狋犻犮狌狊,
犆狉狅狀狅犫犪犮狋犲狉狆狌犾狏犲狉犻狊,and犆狉狅狀狅犫犪犮狋犲狉狕狌狉犻犮犺犲狀狊犻狊[J].FoodMi
crobiol,2014,44(6):226-35.
[7] �*
,VÐF
,Ã~-
,¢.b�¸34^L%W«¬QX
[J].
�x)&
,2017,38(21):308-12.
[8] HunterPR,GastonMA.Numericalindexofthediscriminatory
abilityoftypingsystems:anapplicationofSimpson'sindexofdi
versity[J].JClinMicrobiol,1988,26(11):2465.
[9] JosephSM.Diversityandvirulenceofthegenus犆狉狅狀狅犫犪犮狋犲狉re
vealedbymultilocussequencetyping(MLST)andcomparative
genomicanalysis[D].NottinghamTrentUniversity,2013.
[10] nÏö
,~÷
,Â�È
,¢.�xÍÀbßàk34^çºD
MLSTÛPFGE^LÈGLM
[J].HÙÁ'�2�4
,2011,
21(3):548-52.
[11] nÈø
,Ã>
,�Æ.÷6éb�¸34DSM18703ºNO5
6OmpANBbcÍ'T�¨&^Ú
[J].HÙ¨-'T&�
4
,2017,12(2):101-5,109.
[12] ~l�
,V¥û
,~j�
,¢.MALDITOFs×%W;b�¸
34DÐem^L
[J].6'T&z»
,2010,37(8):1169-75.
[13] WilliamsTL,AndrzejewskiD,LayJO,etal.Experimentalfac
torsaffectingthequalityandreproducibilityofMALDITOFmass
spectraobtainedfrom wholebacteriacells[J].JAmSocMass
Spectr,2003,14(4):342.
[14] ConwayGC,SmoleSC,SarracinoDA,etal.Phyloproteomics:
Speciesidentification using MALDI ToF MS 103 phylopro
teomics:speciesidentificationof犈狀狋犲狉狅犫犪犮狋犲狉犻犪犮犲犪犲usingmatrix
assistedlaserdesorption/ionizationtimeofflightmassspectrome
try[J].JMolMicrobiolBiotechnol,2001,3(1):103-12.
[15] WunschelSC,JarmanKH,PetersenCE,etal.Bacterialanaly
sisbyMALDITOFmassspectrometry:aninterlaboratorycom
parison[J].JAmSocMassSpectr,2005,16(4):456-62.
[16] n��
,x�².b�¸34^¿ÈG«¬QX
[J].{¨Ëh
,
2018,33(5):413-6.
【¹º»¼
】 20181028 【½¾»¼
】 20190118
·923·
+ , - . / 0 1 2 3
犑狅狌狉狀犪犾狅犳犘犪狋犺狅犵犲狀犅犻狅犾狅犵狔 2019à3ô õ14öõ3�
Mar.2019, Vol.14,No.3