Add all peptides’ ratio up/peptide number

Mean & SD calculation

Peptide ratio相加，需要扣掉已經排除的

照你算的為主，之前可能有些錯誤

針對每一個蛋白進行一次計算

針對所有胜肽的 ratio進行一次計算

第一階段：第一種情況每一個 protein mean +SD與 1+peptide SD比第一階段：第二種情況每一個 protein mean +SD與 all peptides’ mean+peptide SD比第一階段：目的是要找出沒有變化的 protein，作為 control candidate，目前

看來跟 1比的結果比較適合進行下一階段，我會先挑一個 control protein進到第二階段。

Control protein candidate挑選：目前以 n=3以上的為主，會比較正確，也就是一個

protein要有 3條 peptide，才能夠被選進作為 control protein candidate，信心度先設定為

95%，因為 98%以上，門檻值過高，找到的機會很小。

第一階段：第一種情況每一個 protein mean +SD與 1+peptide SD比

AQ2-1代表跟 1比

Spooled=((AV2*(AR2-1)+BA2*(AY2-1))/(AR2+AY2-2))^(1/2)

tcal=(AQ2-1)/BC2*((AR2*AY2)/(AR2+AY2))^(1/2)

Degree of freedom=((AW2+BB2)^2)/(((AW2)^2)/(AR2+1)+((BB2)^2)/(AY2+1))-2

根據 peptide數目，例如第一個蛋白有 17個 peptide，再定義信心度範圍 (例如 99.8%, 2-sided) ，再以內插法計算出tcritical=3.6606

第一階段：第二種情況每一個 protein mean +SD與 all peptides’ mean+peptide SD比

AQ2-1代表跟 all peptides’ mean比

Spooled

Every protein mean & SD and all peptides’mean & SD (Every protein mean & SD v.s all peptides’ mean & SD)

→ tcal & degrees of freedom → non-significant hits for protein

→ internal control candidates (normalized factor)

Choose one protein as internal control

Every protein mean & SD and protein mean & SD →

tcal & degrees of freedom → significant hits for protein