agencourt spri - beckman coulter k.k....2 卓越した核酸精製テクノロジー agencourt spri...

quality

flexibility

tunability

productivity

reproducibility

reliability

REVOLUTIONARY.

高機能かつ、低コスト・ハイスループットDNA精製

RNA精製

DNAサイズセレクション

大腸菌からのプラスミド抽出

細胞・組織・血液・植物・FFPEサンプルからのゲノムDNA抽出

細胞・組織・血液・植物・FFPEサンプルからのtotal RNA抽出

Agencourt SPRI アジェンコート　核酸抽出・精製キット

2

卓越した核酸精製テクノロジーAgencourt SPRI

Agencourt（アジェンコート）試薬・キットには、米国4大ヒトゲノム・シーケンスセンターの1つとして知られるマサチューセッツ工科大学（MIT）ホワイトヘッド研究所のゲノムセンターで開発された、独自の核酸精製法SPRIテクノロジーを用いた核酸抽出・精製用の試薬キットです。Agencourtのすべての抽出・精製キットにはSPRIテクノロジーが採用されており、高収率・高精製度の核酸を回収することが可能なうえ、低コストでハイスループット化しやすいようにデザインされています。

■ SPRI（Solid Phase Reversible Immobilization：可逆的固定法）テクノロジー SPRIテクノロジーは、表面がカルボキシル基でコートされた常磁性ビーズ（SPRIビーズ）に、核酸を可逆的に結合させるテクノロジーです。塩や水溶性高分子で最適化された溶媒によって核酸が脱水和され、カルボキシル基に吸着されます。この結合方式により、高収率に加えて、酵素反応を阻害するカオトロピック塩含有の溶媒が不要です。

さらに、直径約1.0μmの微小なサイズによって、広い表面積を生み出し、高収量の核酸を精製可能であるとともに、洗浄効果が大きく、精製度の高い核酸が得られます。また、粒子径の均一性が高く、再現性のある実験結果を安定して得ることができます。その高い性能により、ヒトゲノム・プロジェクトにおける3分の1のデータが、SPRIテクノロジーを用いて調製された核酸試料から生まれました。

Carboxylate-Modifi edPolymer Coating

Polystrene Core

Magnetite

3

目次4. 製品セレクションガイド

6. PCR産物の精製 AMPure XP

7. DNAシーケンス反応後の精製 CleanSEQ

8. RNAの精製 RNAClean XP

9. DNAサイズセレクション SPRIselect

10. 大腸菌からのプラスミド抽出 CosMCPrep

11. 動物組織からのDNA抽出 DNAdvance

12. 血液サンプルからのDNA抽出 Genfi nd v2

13. FFPEサンプルからのDNA抽出 FormaPure DNA

14. 動物細胞からのRNA抽出 RNAdvance Cell v2

15. 動物組織からのRNA抽出 RNAdvance Tissue

16. 血液サンプルからのRNA抽出 RNAdvance Blood

17. FFPEサンプルからのRNA抽出 FormaPure

18. 植物組織からのDNA・RNA抽出 ChloroPure

19. アクセサリ / オートメーションシステム

Agencourt は様々なサンプルの核酸抽出・精製試薬キットを提供しています。すべての製品はSPRI テクノロジーを利用しており、高収量・高精製度の核酸を得ることが可能です。

RNAdvance Cell v2

RNAdvance Tissue

RNAClean XP

DNA

RNA精製

シーケンス用ダイターミネーター

精製

ヒト・マウス・昆虫などの

動物種の培養細胞


<105 Cells

>105 Cells

PCR酵素反応精製

RNA合成酵素反応精製

AMPure XP

CleanSEQ

SPRIselect

Agencourt

製品セレクションガイド様々な種類のサンプルに対応できる抽出・精製試薬キット

4

植物組織

DNA

RNA

抽出

ChloroPure

FFPEサンプル FormaPure DNA

全血・血清などの血液サンプル Genfind v2

DNAdvance

プラスミド・BAC・Fosmid・Cosmid CosMCPrep

ヒト・マウス・昆虫などの

組織・培養細胞

ChloroPure

FormaPure

RNAdvance Blood

RNAdvance Tissue

植物組織

FFPEサンプル

血液サンプル

ヒト・マウスなどの動物種の組織

5

6

PCR産物の精製

AMPure XP

高収率・高精製度での安定した精製

・最大90%を超える高い回収率・様々なダウンストリームの用途に使用可能な高い精製度

PCR産物から酵素、dNTPや塩、プライマーやプライマーダイマーなどの夾雑物を効率良く取り除くことは、ダウンストリームのアプリケーションで精確な結果を出すために不可欠です。AMPure XPは高収率・高精製度でPCR産物の精製を行うことが可能です。

AMPure XPは100bp以上のdsDNA及びssDNAを効率よく精製することができるようにデザインされています。200bpで最も回収率は高くなりますが、10kb以上の長いDNAでも高い回収率を維持します。200bp、800bp、10kbpでの、どのサイズのDNAでも高い収率と精製度を示しています。

また、SPRIテクノロジーによって、回収されるDNAサイズが100bp以上になるように設計されているため、ダウンストリームのアッセイに影響を与えるプライマーダイマーなどの不要な短い核酸を、より確実に除去することが可能です。全体の手順はピペット操作とマグネットによるビーズの分離のみで、96サンプルの処理でも約20分で完了します。

0.0

5.0

10.0

15.0

20.0

25.0

30.0

200bp 800bp 10kb

Con

cent

ratio

n (n

g/L)

Amplicon Size

AMPureXP B (Silica Column) C (Gel Filtration)

0.0

0.5

1.0

1.5

2.0

2.5

3.0

200bp 800bp 10kb

A26

0/23

0

Amplicon Size

AMPureXP B (Silica Column) C (Gel Filtration)

各社DNA精製キットによるPCR産物精製の収量及び精製度の比較200bp、800bp、10kbpのサイズが得られるように調製されたPCR産物を、AMPure XP及び他社DNA精製キットを使用して精製を行った。収量及び精製度は吸光度計により測定した。

各社DNA精製キットによるPCR産物精製物の泳動結果400bpのDNAが得られるように調製されたPCR産物を、AMPure XP及び他社DNA精製キットで精製し、1.2%アガロースゲル電気泳動を行った。Lane1,2 AMPure XP, Lane 3,4 B社シリカカラム式精製キット, Lane 5,6 C社シリカカラム式精製キット, Lane 7,8 D社酵素法精製キット, Lane M 25bp サイズマーカー

Ordering Information

製品名サイズ製品番号

AMPure XP 5 mL A63880

60 mL A63881

450 mL A63882

Kit Components

・AMPure XP Reagent

M 1 2 3 4 5 6 7 8 M

7

DNAシーケンス反応後の精製

CleanSEQ

高精製サンプルによるシーケンスコストの低減

・高希釈率のダイターミネーターでの反応を可能にする高収率・高精製度

CleanSEQはサンガーシーケンスに用いるダイターミネーター反応後の精製試薬です。サンガーシーケンスで用いる蛍光標識試薬は一般的に高価です。希釈して使用可能なことが知られていますが、蛍光強度が低くなるため、反応産物の精製度が低い場合、成功率の低下、リード長の低下が見られます。CleanSEQを用いて精製することにより、高収率、高精製度のサンプルが得られるため、蛍光色素を希釈しても、高いシグナル強度、長いシーケンスリードを維持することが可能です。

CleanSEQによる精製は収率が高いため、標識されたDNAのロスが少なく、シークエンンス時のシグナル強度を高く維持することが可能です。また、プライマーなどの短い核酸や未反応のダイターミネーターを高精製度で除去することにより、バックグラウンドを低減させます。これによりS/N比の高いシグナルが得られるため、低濃度のダイターミネーターでの標識においても長いシーケンスリードと、高い成功率を維持することが可能となります。さらに、リード初期に出現し精確なシーケンスを妨げるダイブロブを低減させます。最大で32倍希釈でのダイターミネーター反応産物に使用可能であり、シーケンシングのトータルコストの削減を実現させます。



CleanSEQ 8 mL A29151

50 mL A29154

500 mL A29161

Kit Components

・CleanSEQ Reagent

0

1000

2000

3000

4000

5000

6000

1/4 1/8 1/16 1/32

Ave

rage

Sig

nal S

tren

gth

(RFU

)

BigDye Dilution

CleanSEQ B (Slica Beads) C (Gel Filtration) D (Gel Filtration)

BigDye希釈系におけるシーケンス時のシグナル強度の各社精製キットの比較pGEMをM13プライマーを用い、各希釈率のBigDye v3.0で反応させ、CleanSEQ及び他社精製キットで精製した後、ABI 3700にてシーケンスしたときのシグナル強度の平均値(n=24)。

各社精製キットによる精製産物のシーケンス結果の比較pGEMをM13プライマーを用い、8倍希釈したBigDye v3.0で反応させ、各社キットで精製した後、ABI 3700にてシーケンスしたときのPhred20リード長(n=96)。

CleanSEQで精製可能なダイターミネーター反応試薬

BigDye Terminator v1.1/v3.1 Cycle Sequencing Kit (Life Technologies)GenomeLab DTCS Quick Start Kit (ABSciex)DYEnamic ET Terminator Cycle Sequencing Kit (GE Healthcare)

価格・マニュアルなど詳細な資料はまたはで検索Agencourt アジェンコート

Average Phred20 745±30 742±56 705±78 650±103 621±110

CleanSEQ EtOHB(Silica Beads)

C(Gel Filtration)

D (Gel Filtration)

8

RNAの精製

RNAClean XP

高収率・高精製度でのRNA精製

・最大90%を超える高い回収率・様々なダウンストリームの用途に使用可能な高い精製度

容易に分解されるRNAは、精製度を高く維持することが不可欠です。RNAClean XPはPCR産物の精製で高い評価を得ているAMPure XPのRNase Freeグレードの製品であり、高収率・高精製度でRNAを精製することが可能です。in vitro転写やRNAラベリングなど、RNAを用いた酵素反応をターゲットとした広範なアプリケーションにおける精製に利用することが可能です。RNAClean XPは100bp以上のRNA及びcDNAを効率よく精製することが可能です。全体の手順はピペット操作とマグネットによるビーズの分離のみで、96サンプルの処理でも約20分で完了します。



RNAClean XP 40 mL A63987

450 mL A66514

Kit Components

・RNAClean XP Reagent

350300250200150100500

20 25 30 35 40 45 50 55 60 65

(FU)

(S)

350

(FU)

30025020015010050

20 25 30 35 40(S)

45 50 55 60 65

0

14

(FU)

1210

1816

8642

20 25 30 35 40(S)

45 50 55 60 65

0

14

(FU)

1210

1816

8642

20 25 30 35 40(S)

45 50 55 60 65

0

A BRNAClean XP - IVT B (Silica Colum) - IVT

A BRNAClean XP - NuGEN B (Silica Colum) - NuGEN

各社RNA精製キットによる精製度の比較in vitro転写 (IVT) 反応により得たcRNA及びRNA増幅により得られたcDNAの精製を、RNAClean XP及び他社シリカカラム法キットを用いて精製を行った。IVTはT7領域を含むPCR産物からAmbion MEGAscript T7 kitを用いて行った。RNA増幅はマウス肝臓から抽出したRNAをNuGEN RNA amplication system V2を用いて行った。測定にはAgilent Bioanalyzer RNA Nano Chipを用いた。

0.00

1.00

2.00

3.00

4.00

5.00

IVT Reaction NuGEN Amplification Technology

Yiel

d

RNAClean XP B (Silica Column)

各社RNA精製キットによる精製の収量の比較in vitro転写 (IVT) 反応により得られたcRNA及び、RNA増幅により得られたcDNAの精製を、RNAClean XP及び他社シリカカラム法キットを使用して精製したRNAの収量(IVTはn=16、RNA増幅はn=8)。IVTはT7領域を含むPCR産物からAmbion MEGAscript T7 kitを用いて行った。RNA増幅はマウス肝臓から抽出したRNAをNuGEN RNA amplication system V2を用いて行った。測定にはAgilent Bioanalyzer RNA Nano Chipを用いた。

9


SPRIselect

ゲルフリーのDNAサイズセレクション

・ 150bp ～800bpの任意のサイズのDNAが回収可能・マグネットツールのみで、ゲルや専用装置は一切不要・厳しい品質管理により、高い再現性を実現

次世代シーケンス解析などに用いるDNAライブラリーの作製において、DNA長をそろえるサイズセレクションは重要な工程です。SPRIselectではゲルやキャピラリーを使用せずに、簡単に特定の長さのDNAを選択的に回収することが可能です。

SPRIselectキットは、SPRIビーズによるDNAサイズセレクション用試薬です。SPRIテクノロジーを用いたSPRIビーズは、バッファーの組成により結合するフラグメントサイズが変化します。この特徴を利用することにより、SPRIselect試薬とサンプル溶液との混合比率を調整するだけで、回収されるフラグメントサイズを任意に選択することが可能です。選択可能なDNAサイズは150bp～800bpと汎用性に優れており、また全体の手順はピペット操作とマグネットによるビーズの分離のみで、処理サンプル数の増加や、自動分注機による自動化にも対応可能です。

SPRIselectキットは、高分子領域の回収（レフトサイドサイズセレクション）、低分子領域の回収（ライトサイドセレクション）、中間領域の回収（ダブルサイズセレクション）の3つの回収パターンに対応しています。サンプル溶液とSPRIselect試薬を混合すると、SPRIビーズに高分子領域のDNAが吸着し、溶液中に低分子領域のDNAが残留します。また、サンプルに対するSPRIselect の混合比率を大きくすることによって、より低分子のDNAがSPRIビーズに吸着されます。これらの原理を組み合わせることにより、任意の範囲のサイズのDNAを回収することが可能です。




SPRIselect 5 mL B23317

60 mL B23318

450 mL B23319

Kit Components

・SPRIselect Reagent

SPRIselectによる各サイズセレクションパターンの結果高分子領域の回収（レフトサイドサイズセレクション：図A）、低分子領域の回収（ライトサイドセレクション：図B）、中間領域の回収（ダブルサイズセレクション：図C）を、SPRIselect試薬の各混合比率で実施した結果。測定には、Agilent High Sensitivity DNA chipを用いた。

A

B

C

10

大腸菌からのプラスミド抽出

CosMCPrep

高収率・高精度で安定した精製

・高コピープラスミド、低コピープラスミド、BAC、Fosmid、Cosmidのすべてに対応

・様々なダウンストリームの用途に使用可能な高い精製度・ 96ウェルプレートフォーマットでの抽出・精製が可能

プラスミドを中心とする大腸菌からの環状DNAの抽出は非常に一般的なアプリケーションですが、抽出の精製度が低い場合、下流のシーケンス解析や形質転換などの結果に影響を与える場合があります。またBACなどの低コピーの環状DNAは抽出が難しいことが知られています。CosMCPrepは、高い精製度と高収率で、低コピーのプラスミドや、BAC、Fosmid、Cosmidの抽出・精製を行うことが可能です。

CosMCPrepは、高コピープラスミドの抽出はもちろんのこと、FosmidやBACのような低コピー数で抽出が困難なサンプルでも高い精製度で抽出することが可能です。得られたFosmidやBACを直接シーケンサーでリードした場合でも高い品質のデータを得ることが可能です。また96ウェルプレートフォーマットで、培養から精製まで処理することが可能なため、簡単にスループットを向上させることが可能です。

Kit Components



CosMCPrep 384 preps A37064

4000 preps A29174

CosMCPrepを用いて低コピー・高コピーのプラスミド抽出を行った際の一般的な結果低コピー高コピー

培養容量 1.7 mL 1.7 mL収量～2μg ～4μgPhred20平均約650bp 約650bp

0%

5%

10%

15%

20%

25%

30%

35%

40%

45%

Perc

enta

ge

Phred20

0%

5%

10%

15%

20%

25%

30%

35%

Perc

enta

ge

Phred20

CosMCPrepにより抽出したBACのシーケンスの品質Can i s由来ゲノムDNAをクローニングしたBAC保有大腸菌から、CosMCPrepにより抽出したBACをABI3730でシーケンスを行ったときの、Phread20 (99.0%の精度) となるシーケンス長の分布。平均は634bp。

CosMCPrepにより抽出したFosmidのシーケンスの品質Drosophila由来ゲノムDNAをクローニングした全長88,000bpのFosmid保有大腸菌から、CosMCPrepにより抽出したFosmidを、ABI3730でシーケンスを行ったときのPhread20 (99.0%の精度)を示したシーケンス長の分布。平均は637bp。

・L2 (Lysis) solution・N3 (Neutralization) solution・PUR4 (Plasmid bind) solution・RE1 (Resuspension & Elution)

solution

11

動物組織からのDNA抽出

DNAdvance

高収率・高精度で安定した精製

・各種組織や培養細胞、口腔内細胞など、動物種の多様なサンプルから高収率で精製


SNPs解析などのジェノタイピング解析を行う場合、処理数が多い、サンプルの再入手が困難などの理由から、安定した抽出結果を得ることが重要となります。DNAdvanceにより動物種由来の様々な組織や細胞から高収率・高精製度でDNAの精製を行うことが可能です。

DNAdvanceは肝臓や肺、テールなどの様々な組織や、培養細胞、口腔内細胞などからDNAを抽出・精製することが可能です。マウステールからのDNA抽出は、非常に高い収量を示しており、その他の組織からも同様に高い収量を示します。またヒト口腔内細胞からのDNA抽出においても、スワブや唾液、マウスウォッシュから良好な結果が得られています。さらに、96ウェルプレートフォーマットで、溶解処理からDNA精製まで実施することが可能なため、簡単にスループットを向上させることが可能です。


Kit Components

・Lysis Buff er・Bind 1 Buff er・Bind 2 Buff er・Proteinase K Buff er・Proteinase K・Elution Buff er



DNAdvance 384 preps A48705

9600 preps A48706

0

10

20

30

40

50

60

DNAdvance B (Silica Column) C (Silica Beads)

各社抽出キットによるマウステールからのDNA抽出の収量の比較20mgのマウステールからDNAdvance及び他社抽出キットを使用して抽出したDNA収量（n=24）。DNA濃度測定は吸光度計をA260により算出した。

0

5

10

15

20

25

30

35

40

Lung Brain Liver Tail

0.0

2.0

4.0

6.0

8.0

10.0

12.0

Swab Saliva Mouthwash

DNAdvanceを用いて各組織からのDNA抽出を行った収量マウスの肺(Lung)・脳(Brain)・肝臓(Liver)・テール(Tail)の各組織20mgからDNAdvanceを用いてDNA抽出を行った(n=24)。DNA濃度は吸光度により算出した。

DNAdvanceを用いて口腔内細胞からのDNA抽出を行った収量スワブ、唾液、マウスウォッシュの各採取方法で採取した口腔内細胞からDNAdvanceを用いてDNA抽出を行った(n=4)。DNA濃度は吸光度計を用いてA260により算出した。Swab：Puritan Medical Products REF 25-3306 H スワブを用いて口腔内に10回擦り採取Saliva：回収した唾液から200μLを使用Mouthwash：10mLの生理食塩水でマウスウォッシュしたサンプルを遠心したペレットを使用

12

血液サンプルからのDNA抽出

Genfi nd v2

高収率・高精製度の確実な精製

・全血、血清やFTA カードから高収率・高精製度で安定したゲノムDNAを抽出

・ 200μLの全血から～6μgの高収量・ 50～400μL の全血からDNAを精製・ 96ウェルプレートフォーマットでの抽出・精製が可能

SNPs解析などのジェノタイピング解析を行う場合、処理数が多い、サンプルの再入手が困難などの理由から、安定した抽出結果を得ることが重要となります。Genfi nd v2は、全血、血清やFTA カードから高収率・高精製度でゲノムDNA を抽出・精製することが可能です。

抗凝固剤はPCRなどの酵素反応を阻害するため、安定的に精製できることはダウンストリームのアッセイにおいて重要です。Genfind v2は、一般的な抗凝固剤であるクエン酸、EDTA、ヘパリンをそれぞれ含んだサンプルからDNA抽出した場合でも、安定的に高い収率と精製度でDNAを抽出することが可能です。

各社抽出キットによる各抗凝固剤を含む全血からのDNA精製度の比較クエン酸、EDTA、ヘパリン(Heparin)を添加した凍結ヒト全血200μLから、Genfi nd v2及び他社抽出キットを使用して抽出したDNAの収量及び精製度(n=8)。

各社抽出キットによる各抗凝固剤を含む全血からのDNA収量の比較クエン酸、EDTA、ヘパリン(Heparin)を添加した凍結ヒト全血200μLから、Genfind v2及び他社抽出キットを使用して抽出したDNAの収量(n=8)。DNA収量は吸光度計を用いてA260により算出した。



Genfi nd v2 50 preps A41499

384 preps A41497

4800 preps A83078

Kit Components

・Lysis Buff er・Wash I Buff er・Wash II Buff er・Binding Buff er・Proteinase K・Proteinase K Buff er

0

1

2

3

4

5

6

7

Citrate EDTA Heparin

Genfind v2 B (Silica Beads) C (Silica Column)

0.0

0.5

1.0

1.5

2.0

2.5


A26

0/A

280

Rat

io

Genfind v2 B (Silica Beads) C (Silica Column)

0.0

0.5

1.0

1.5

2.0

2.5


A26

0/A

230

Rat

ioGenfind v2 B (Silica Beads) C (Silica Column)

13

FFPEサンプルからのDNA抽出

FormaPure DNA

FFPEサンプルから高収量・高精製度でDNAを抽出

・ 10 μm FFPE切片3枚までのDNA 抽出に対応・次世代シーケンスに使用可能なDNA収量・精製度・キシレン不使用で、ラボの安全性に寄与

FFPE（Formalin-Fixed, Paraffi n - Embedded：ホルマリン固定パラフィン包埋）組織からの高品質なDNA抽出は、癌研究分野などにおいて重要性を増しています。FFPEサンプルはホルマリンの残留やDNAに生じる架橋構造が、品質の高いDNAの抽出を困難にしていますが、FormaPure DNAは次世代シーケンス解析で良好な結果が得られる高収量かつ高品質なDNAを抽出・精製することが可能です。

FormaPure DNAはキシレンなどの有機溶媒を使用せず、ミネラルオイルによる油層／水相分離により脱パラフィンを行うことができ、抽出操作も簡単です。また96ウェルプレートフォーマットで、脱クロスリンクから精製までの処理が可能なため、簡単にスループットを向上させることができます。

FormaPure DNAを用いて各種FFPEサンプルから抽出したDNAの精製度乳がん(Breast Cancer)、大腸がん(Large Intestine Cancer)、肝がん(Liver Cancer)、肺癌 (Lung Cancer)組織由来のFFPEサンプルおよびHorizon Discovery - HD200 FFPE標準サンプルからFormaPure DNAを使用し抽出したDNAの、260/280および260/230吸光度比 (n=8)。

FormaPure DNAで抽出したDNAで次世代シーケンスを行った際の、低頻度バリアントの検出例

各種FFPEサンプルからのDNA収量の比較乳がん(Breast Cancer)、大腸がん(Large Intestine Cancer)、肝がん(Liver Cancer)、肺癌 (Lung Cancer) 組織由来のFFPEサンプルおよびHorizon Discovery - HD200 FFPE標準サンプルからFormaPure DNA (FP DNA)及び他社FFPE用抽出キット(A)を使用し抽出した、10 μm 切片あたりのDNA収量（n=8）。DNAの定量はQuant-iTアッセイにより行った。



FormaPure DNA 50 preps B89230

96 preps B89231

384 preps B89232

Kit Components

・Mineral Oil・Lysis Buff er・Bind Buff er・Wash Buff er・RNase A・Proteinase K

Average 260/280 and 260/230 Absorbance Ratios2.5

2.0

1.5

1.0

0.5

0Horizon Breast Cancer Liver Cancer Lung CancerLarge Intestine

Cancer

Average 260/280 Average 260/230

NEXT-GENERATION SEQUENCING COMPATIBILITY

POSITION GENEFORMAPURE DNA

SAMPLES WITH VARIANT CALL (MAX 6)

EXPECTED ALLELIC FREQ (%)

FORMAPURE DNA VARIANT FREQ (%)

140453136 BRAF 6 12.2 10.5

55599321 KIT 6 9.2 10

55242464 6 1.8 2

55259515 EGFR 6 3.1 3

55241707 EGFR 6 25 24.5

25398281 KRAS 6 13.7 15

25398284 KRAS 6 5.3 6

115256530 NRAS 6 17.2 12.5

178952085 PIK3CA 6 17.5 17.5

178936091 PIK3CA 6 9.1 9

3500

3000

2500

2000

1500

1000

500

0Horizon Breast Cancer Liver Cancer Lung CancerLarge Intestine

Cancer

FP DNA A


14

動物細胞からのRNA抽出

RNAdvance Cell v2

培養細胞から高収率でインタクトな total RNAの抽出

・ 5×104Cellまでの培養細胞からインタクトな total RNA抽出

・様々なダウンストリームの用途に使用可能な高い精製度・ 96ウェルプレートフォーマットでの抽出・精製に最適

RNAdvance Cell v2は、96ウェルフォーマットでの培養細胞からの total RNA抽出に最適化されています。5×104Cell以下の培養細胞からのインタクトな total RNA抽出・精製することが可能です。高い精製度、高収率で、精製度の影響を受けやすい繊細なRNA実験に適しています。

RNAdvance Cell v2は、5×104Cell から、～3μgの高い収率で total RNAを抽出することが可能です。さらに高収率の抽出方法では低下しやすい精製度も高い値を示します。RNAの分解度を示す指標RIN (RNA Integrity Number)により比較した結果、安定的に高い得点を示しました。一般的にRNAがインタクトであるかは、このRINを指標にしており、RINの得点の高さは精製度が高いことを示しています。全体の手順はピペット操作とマグネットによるビーズの分離のみで、96ウェルプレートを用いて簡単にスループットを向上させることが可能です。



RNAdvance Cell v2 96 preps A47942

960 preps A47943

Kit Components

・Lysis Buff er・Wash Buff er・Bind Buff er・Proteinase K・Proteinase K Buff er

各社抽出キットによるHeLa細胞からの抽出した total RNAの精製度の比較5×104のHeLa細胞から、RNAdvance Cell v2及び他社RNA抽出キットにより抽出したRNAを、Agilent Bioanalyzer 2100 RNA NanoChipにより精製度を測定した。RIN（RNA Integrity Number）は各5回のテストの平均値で算出した。

0.00.51.01.52.02.53.03.54.04.55.0

HEK293 Hela Cos

RNAdvance Cell v2 B (Silica Column) C (Silica Beads)

各社抽出キットによる各種細胞種から抽出した total RNA収量の比較5×104のHEK293、HeLa、Cos細胞から、RNAdvance Cell v2及び他社RNA抽出キットを使用し、抽出したRNAの収量(n=16)。測定はRiboGreenアッセイにより行った。

30

20

10

25 30 35 40 45 50 55 60[s]

25 30 35 40 45 50 55 60[s]

25 30 35 40 45 50 55 60[s]

0

30

20

10

0

6

4

2

0

A RIN 9.65+/-0.65 RNAdvance Cell v2

B RIN 8.60+/-1.11 B (Silica Column)

C RIN 7.20+/-1.22 C (Silica Beads)

15

動物組織からのRNA抽出

RNAdvance Tissue

各種組織や培養細胞からインタクトな total RNAの抽出

・各種組織や培養細胞などの、動物種の多様なサンプルからインタクトな total RNA抽出


容易に分解されるRNAは、精製度を高く維持することが不可欠です。RNAdvance Tissueは動物由来の様々な組織や培養細胞から高収率、高精製度で total RNAの精製を行うことが可能です。

RNAdvance Tissueは最大10mgまでの肝臓や肺、骨などの様々な部位からRNAを抽出・精製することが可能です。また培養細胞でも、～2×106Cell まで抽出が可能です。いずれの部位でも高い収率を示しており、さらに高い精製度で抽出することが可能なため、様々なダウンストリームのアッセイに使用することが可能です。また、チューブでも96ウェルプレートフォーマットでも処理が可能なため、スループットを簡単に向上させることが可能です。

RNAdvance Tissueを用いてマウス各組織から抽出した total RNAの収量マウスの肝臓（Liver）、腎臓（Kidney）、肺（Lung）、睾丸（Testes）、心臓（Heart）からRNAdvance Tissueを用いて、抽出した total RNAの収量。（肝臓のみn=24、その他の組織はn=8）

各社抽出キットによるマウス肝臓からの total RNA収量の比較10mgのマウス肝臓から、RNAdvance Tissue及び、他社RNA抽出キットを使用して抽出したRNAの収量(n=24)。収量の測定はRiboGreenアッセイにより行った。



RNAdvance Tissue 50 preps A32645

96 preps A32649

384 preps A32646

Kit Components

・Lysis Buff er・Wash Buff er・Bind Buff er・Proteinase K・Proteinase K Buff er

0.00.51.01.52.02.53.03.54.04.55.0

RNAdvance Tissue B (Silica Column) C (Silica Beads)

0

1

2

3

4

5

6

Liver Kidney Lung Testers Heart

RNAdvance Tissueを用いてマウスの各組織から抽出した total RNAの精製度RIN Score

肝臓 (Liver） 9.8肺 (Lung） 9.6胸腺 (Thymus） 9.8脾臓 (Spleen) 9.4大腿骨 (Femur） 9.1Agilent 2100 bioanalyzerにより、RIN Score (RNA Integrity Number：RNAの分解度を示す指標) を算出した。


16

血液サンプルからのRNA抽出

RNAdvance Blood

PAXgene RNA採血管から高収率で total RNA抽出

・ PAXgene RNA採血管から高収率での total RNA抽出・様々なダウンストリームの用途に使用可能な高い精製度・ 96ウェルプレートフォーマットでの抽出・精製が可能

RNAdvance BloodはPAXgene RNA採血管用の total RNA抽出・精製キットです。

PAXgene RNA採血管から400μLのサンプルを用いて抽出を行い、～700ngの収量を得ることが可能です。採血管へ添加したRNAの回収試験ではいずれも良好な収率を示しています。全体の手順はピペット操作とマグネットによるビーズの分離のみで、96ウェルプレートを用いて簡単にスループットを向上させることが可能です。



RNAdvance Blood 50 preps A35603

384 preps A35604

Kit Components

・Lysis Buff er・Wash Buff er・Bind I Buff er・Bind II Buff er・Proteinase K・Proteinase K Buff er

各社抽出キットによる外因性RNAの回収試験の比較PAXgene RNA採血管サンプルに、一定濃度のRNA（High=25,000copies/μL, Medium=250copies/μL, Low=2.5copies/μL）を添加した後、 RNAdvance Blood及び他社RNA抽出キットを使用しRNAを抽出した結果(n=8)。測定はqRT-PCRにより行い、CT値で比較した。

0.0

0.5

1.0

1.5

2.0

2.5

RNAdvance Blood B (Silica Column)

各社抽出キットによるPAXgene RNA採血管サンプルからの total RNA収量の比較PAXgene RNA採血管サンプルから、RNAdvance Blood及び他社RNA抽出キットを使用して、抽出したRNAの収量の比較(n=24)。RNAdvance Bloodはサンプル400μLから、他社のキットは9.4mLから抽出し、サンプル1mL当たりの収量に換算した。

0

5

10

15

20

25

30

35

40

45

High Medium Low

Ct

RNAdvance Blood B (Silica Column)

17価格・マニュアルなど詳細な資料はまたはで検索Agencourt アジェンコート

FFPEサンプルからのRNA抽出

FormaPure

FFPEサンプルからDNA・total RNA同時抽出

・高純度・高収量でDNA 及び total RNAを同時抽出・キシレンやフェノールなどの有機溶媒は不使用・ 96ウェルプレートフォーマットでの抽出・精製が可能

FFPE（Formalin-Fixed, Paraffin - Embedded：ホルマリン固定パラフィン包埋）組織は臨床試験に広く使用されていますが、ホルマリンの残留や核酸に架橋構造が生じることにより、ダウンストリームに使用可能な核酸を抽出することを困難にしています。FormaPureは高収率で高品質なDNA、RNAを同時に抽出・精製することが可能です。DNase処理を行うことによりRNAのみの回収を行うことも可能です。

FormaPureはキシレンやフェノールなどの有機溶媒を使用せずに、脱パラフィンが可能で操作も簡単です。同時抽出の場合もRNAのみの回収も、高い収量で安定的に抽出・精製することが可能です。また96ウェルプレートフォーマットで、脱クロスリンクから精製までの処理が可能なため、簡単にスループットを向上させることが可能です。

各社抽出キットによるFFPEサンプルからの核酸収量の比較ラット肝臓のFFPEサンプルからFormaPure及び他社FFPE抽出キットを使用して、抽出した核酸の収量。収量は吸光度計を用いてA260から算出した。



FormaPure 50 preps A33341

96 preps A33342

384 preps A33343

0

1

2

3

4

5

6

7

FormaPure B (Silica Beads) C (Silica Beads)

FormaPureを用いて経年FFPEサンプルから抽出した核酸のPCR結果ヒトFFPEサンプルを6ヶ月、1年、2年間保管したものから、FormaPureを用いて抽出した核酸を鋳型としてPCRを行い、アガロース電気泳動を行った。PCRはGAPDH遺伝子領域の300bpを増幅させた。Lane1-8はサンプル、Lane9はネガティブコントロール、Lane10はマーカーを示す。

Kit Components

・Lysis Buff er・Wash Buff er・Bind I Buff er・Bind II Buff er・Proteinase K・Proteinase K Buff er

FormaPureを用いたマウス肺のFFPEサンプルからのRNA抽出例Sample A 260/280 A 260/230 RNA Yield(μg)1 1.79 1.21 10.12 1.83 1.14 15.43 1.79 1.07 18.84 1.80 1.10 22.05 1.80 1.06 18.0

マウス肺のFFPE10μmの切片1片を用いてFormaPureを用いて抽出した結果。RNA onlyプロトコールで実施した。

6 months old 1 year old

2 year old

18

植物組織からのDNA・RNA抽出

ChloroPure

植物サンプルからDNA、total RNA同時抽出

・高精製度・高収量でDNA及び total RNAを同時抽出・ 96ウェルプレートフォーマットでの抽出・精製が可能

植物は多様な多糖類や二次代謝産物を含み、これらが核酸抽出を困難なものにしています。ChloroPureは植物組織サンプルからDNA及び total RNAを高収率・高精製度で抽出・精製することが可能です。

ChloroPureは最大40mgまでの様々な植物サンプルからDNA及び total RNAが抽出・精製可能です。葉や種子などから最大～7μgの核酸を抽出することが可能で、高い精製度を示しています。さらに、96ウェルプレートフォーマットで、溶解処理からDNA精製まで実施することが可能なため、簡単にスループットを向上させることが可能です。



ChloroPure 384 preps A47949

9600 preps A47951

Kit Components

・Lysis Buff er・Wash Buff er・Bind Buff er

各社抽出キットによる各種サンプルからのDNA抽出の収量比較綿花葉片(Cotton Leaf Punch)、ひまわり葉片(Sunflower Leaf Punch)、トウモロコシ葉片(Maize Leaf Punch)、カノーラ種子(Canola Seed)からChloroPure及び他社抽出キットを用いて抽出した核酸の収量の比較。収量は吸光度計を用いてA260から算出した（n=18）。

ChloroPureを用いて抽出した核酸のPCR阻害の確認トウモロコシ葉片からChloroPureを用いて抽出した核酸の16sDNA領域を増幅した後、アガロースゲル電気泳動を行い、PCR阻害の有無を確認した。 Lane1-10はサンプル、Lane11はネガティブコントロール、Lane12はマーカーを示す。

0.0

1.0

2.0

3.0

4.0

5.0

6.0

7.0

8.0

Cotton LeafPunch

Sunflower LeafLunch

Maize LeafPunch

Canola Seed

ChloroPure B (Silica Beads)

ChloroPure及び他社キットを用いて各種植物から抽出した核酸のA260/A230の例Sample ChloroPure 他社キット

トウモロコシ葉片 20.9 0.38ひまわり葉片 1.52 0.42カノーラ種子 1.69 0.36

19価格・マニュアルなど詳細な資料はまたはで検索Agencourt アジェンコート

各試薬・キットを使用する際、使用するラボウェアに応じたマグネットアクセサリが必要です。

SPRIPlate 96R Ring Super Magnet Plate96ウェルプレートに対応したマグネットプレートです。マグネットがリング状に配置されているので、磁気ビーズが容器のボトムから上部にリング状に分離します。ピペットで上清を吸引するときに磁気ビーズを吸わないようにデザインされています。強力な磁石を採用することで、磁気ビーズの分離時間の低減、1mLまでのハイボリューム溶液からの磁気ビーズの分離を実現しています。PCRプレートやディープウェルプレートなど幅広い形状のプレートが使用可能です。ベックマン・コールターの提供する自動分注システムBiomekシリーズでの自動処理にも使用できます。

SPRIPlate 384 Post Magnet Plate384ウェルプレートに対応したマグネットプレートです。96本のマグネットポストが配置されており、384ウェルプレートにおける磁気ビーズの分離が安定して行えます。ベックマン・コールターの提供する自動分注システムBiomekシリーズで、よりハイスループットで自動処理を行う場合に最適です。

SPRIstand 6 Position Tube Magnet1.5mL、1.7mL、2.0mLチューブに対応したマグネットです。少数サンプルでの精製に適しています。磁気ビーズはチューブ内壁の側面に分離し、チューブでのアッセイ用に設計されたマグネットスタンドです。


製品名製品番号

SPRIPlate 96R Ring Super Magnet Plate A32782

SPRIPlate 384 Post Magnet Plate A29165

SPRIstand 6 Position Tube Magnet A29182

アクセサリ / オートメーションシステム

すべてのAgencourt試薬・キットは、ベックマン・コールターのラボラトリーオートメーションシステム Biomekシリーズで自動化することが可能です。

ラボラトリーオートメションシステムBiomekシリーズは、汎用型の自動分注システムであり、様々なアッセイに応じた自動化プログラムを、ユーザー自身で構築することが可能です。アッセイのスループットに合わせて、Biomek 4000、Biomek NXP、Biomek FXPのプラットフォームを用意しており、撹拌装置や温調装置などのオプションデバイスを接続することにより、複雑なアッセイにも対応させることが可能です。ベックマン・コールターは、ハードウェア及び試薬・キットの両方のメーカーであるメリットを活かし、Agencourtシリーズの各種キット用にバリデーションされたBiomekプログラムを提供しています。これらのバリデーション済みのプログラムを使用することで、最適化された自動化プロトコールを導入後すぐに実施することが可能です。

自動化にご興味のある方はベックマン・コールターまでお問い合わせください。専門スタッフが自動化の実現をサポートいたします。

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B900362017.04-5000（L）

ベックマン・コールター

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