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Introducción a la BioinformáticaIntroducción a la Bioinformática Alex Sánchez
Herramientas de búsqueda en bases de datos
SRS y Entrez
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Introducción a la BioinformáticaIntroducción a la Bioinformática Alex Sánchez
Contenido de la presentación
• La extracción de información• SRS Inicio y búsqueda rápida• Busquedas mejoradas• Visualización de los resultados• Enlaces a otras bases de datos
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Extracción de información
• La búsqueda y extracción de información de las BD se realiza con herramientas específicas como SRS o Entrez
• Suelen estar asociadas a los bancos de datos– NCBI : Entrez– EBI: SRS
• Evolucionan muy rápidamente pasando a incorporar las características que los diferenciaban en anteriores versiones:– La última versión de SRS incorpora un extenso acceso a PubMed
como hacía la anterior de Entrez
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SRS
• Sequence Retrieval System • Es el sistema de recuperación de la información
disponible en el EBI• Dispone de muchas posibilidades por lo que se
puede trabajar de formas diversas• Haciendo click aquí se accede a tutoriales de
distinto nivel en el EBI
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Inicio de sesión
• Tras iniciar la sesión se accede a la página principal Top Page
• Desde esta pagina es posible…– Seleccionar la base de datos donde buscar
• Puede seleccionarse todo (“all”), uno o más bancos (“SWALL”, “EMBL”,…) o subconjuntos de estos (“TrEMBL”,…)
– Realizar consultas sencillas (“Quick search”) mediante un solo término
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Inicio de SRS y búsqueda rápida:
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Búsqueda estándar
• Más completa
• Permite combinar campos y términos– Elegir “Standard Query”
– Introducir términos de búsqueda
– Seleccionar campos donde buscar
– Combinar con AND / OR…
– Seleccionar formato de salida
• En vez de la anterior se puede, p.ej. buscar – Description = “Prion” AND Organism = “Bovin”
– Pasamos a obtener 10 resultados
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Busca estándar: Entrada
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Busca estándar: resultados
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Visualización de los resultados
• Haciendo doble clic sobre los resultados se accede a la información contenida en la BD de donde procede
• Es posible visualizar los resultados en distintos formatos
• Si, por ejemplo, deseamos proseguir con los análisis podemos obtener la secuencia en formato FASTA seleccionando FastaSeq en el menú View
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Resultados en formato FASTA
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Ejemplos de búsquedas estándar
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Ejemplos de búsquedas complejas
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Busqueda extendida
• Si se desea precisar aún más la búsqueda– Por un rango de fechas determinado
– Por la longitud de la secuencia
– …
Puede realizarse mediante “Extended query”
• Por ejemplo se desea averiguar cuantas secuencias de tamaño superior a 200 AA se depositaron el año 2000?
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Búsquedas extendidas (1): Fechas
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Búsquedas extendidas (2): Tamaños
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Combinación de resultados
• En ocasiones puede ser conveniente combinar varias consultas– Por ejemplo si se desea utilizar operadores distintos
entre las partes de la consulta • (“A” y “B”) o (“C” y “D”) pero no “E”
• Puede hacerse seleccionando la página Results y en ella marcar– Las consultas que se desea combinar
– Los operadores que se desea emplear
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Visualización de los resultados (2)
• Podemos variar la formas de visualizar los resultados mediante las vistas– La vista estándar muestra tan sólo un listado de los
hallazgos
– Podemos seleccionar que campos deseamos que aparezcan, de forma que accedamos más rápidamente a la información que nos interesa
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Análisis de los resultados
• El objetivo usual de realizar búsquedas es realizar algún tipo de análisis con las secuencias halladas
• Alunos análisis habituales pueden lanzarse directamente desde la pantalla de resultados– BlastN, NFASTA, Clustalw …
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Enlaces a otras bases de datos
• Es posible enlazar varias bases de datos de forma que una vez efectuada una consulta, se acceda a la BD enlazada para visualizar los resultados de la consulta– Enlazando SWISSPROT con PDB es posible visualizar
las estructuras moleculares de las proteínas que hemos hallado en una consulta
• Si buscamos “hydrogenase” en SWISSPROT hallamos 970 entradas
• Si enlazamos con PDB veremos que se dispone de la estructura 3D (en PDB) de 31 de las anteriores