יישום מידע גנומי בתכנית הטיפוח הישראלית, דו"ח...

יישום מידע גנומי בתכנית הטיפוח הישראלית, דו"ח

התקדמותיהודה ולר, אפרים עזרא, יואל זרון, גיורא גליק, אנדרי שירק

ומיכה רון

המחלקה לבקר וגנטיקה, מינהל המחקר החקלאי

התאחדות מגדלי בקר, שיאון

השוואת א"ה נוכחים של פרי ארה"ב עם א"ה גנומיים

2009מ- 1489 נקבעו א"ה גנומיים עבור 2009בינואר

. . Alta Genetics Incפרים של החברה 2010 מהפרים האלה היו בדצמבר 1121ל-

בנות.10א"ה על בסיס לפחות בנות עם רשומות 99בממוצע לכל פר יש

בנות עם שיפוט גופני.49חלב, שומן וחלבון, ו- בטבלה מוצגים א"ה גנומיים לעומת א"ה של

על בסיס רשומות הבנות.2010דצמבר

2009השינוי בא"ה בפרי ארה"ב מינואר )לפחות 2010)בלי בנות( עד דצמבר

בנות(10אינדק

ס

Net meritרת"ספריותהשרדותחלבוןשומןחלב

http://www.altagenetics.com/English/Whatsnew/20101218Genomics.htm

הטייה בא"ה הגנומיים בארה"ב

כללית הייתה הטיה חיובית של א"ההגנומיים של פרי ארה"ב יחסית לא"ה של פרים אלה על בסיס רישומי הבנות.

נקודות 122בממוצע הייתה ירידה של ק"ג חלבון במבחנים של 1.5אינדקס ו-

הפרים האלה.

סריקת גנום הבקר הישראלי

1216, נקבעו גנוטיפים עבור 2011עד יולי פרים ועגלים בשבב ה-דנ"א של חברת

Illumina.912-פרים 329 פרים לפי השבב ה"ישן", ו

פרים עם 25לפי השבב ה"חדש", כולל גנוטיפים לפי שני השבבים.

סריקת גנום הבקר הישראלי, מדגם הפרים

2011 ו-1975הפרים נולדו בין .-פרים יש מבחן צאצאים עם הישנות מעל 1015ל

עבור תכונות יבול חלב.50% לרב הפרים עם מבחנים עבור תכונות יבול יש

מבחנים גם עבור רת"ס, פוריות, התמדה והישרדות. מדגם זה כולל כמעט כל הפרים ועגלים מגזע

עגלים ביונקיה. 76הולשטיין ועוד

פרים שטרם נדגמו59 עגלים שנכנסו לפרייה בתקופה שבין שני

איסופי המדגמים האחרונים. פרי חו"ל משיאון שעבדו בתקופה האחרונה

פרים(, וגנטיקה 30 פרים(, פריון )25) פרי חו"ל.75 פרים(, סה"כ: 20איכותית )

חישוב השפעת הסמנים על התכונות

הסמנים על כל אחת מהתכונות 500חישבנו את השפעת לפי "מודל הפרה"

.מודל זה כלל את כל התחלובות התקינות.הגורמים במודל הם השפעת הפרה, התחלובה והסמנים עבור כל הפרות נקבעה ההסתברות לקבלת שני האללים

של כל סמן על בסיס הגנוטיפים של ההורים. לאחר שנקבעה השפעת כל סמן, נקבעו השפעות כלל

הסמנים לכל 500הסמנים ע"י סכום ההשפעות של כל פר.

.ניתוח כל תכונה נמשך בערך יממה

500רגרסיות של סכום השפעות 936סמנים על א"ה הנוכחי של פרים )ללא פרי חו"ל(

ממוצעמקדםהתכונהתורשתיותהישנותס"ת+רגרסיהקביעה

ק"ג שומן0.30 0.93 0.571.02+0.03ק"ג חלבון0.25 0.631.19+0.030.93רת"ס0.070.17+0.020.900.15פוריות בנות0.830.02 .0.420.39+002התמדה0.640.86+0.020.920.20הישרדות0.570.82+0.020.840.11

מסקנות השונות ב-א"ה המוסברת על ידי הסמנים )מקדמי

עבור רת"ס ועד 0.07הקביעה( לכלל הפרים הייתה בין עבור התמדה. 0.64

.אין קשר בין התורשתיות ומקדם הקביעה של הסמנים.רגרסיה של אחד הוא הרצוי להוציא התמדה, ככל שהמתאם היה גבוה יותר, גם

הרגרסיה הייתה גבוהה יותר. 2.7הנטיות הגנטיות באוכלוסיית הפרים עבור חלבון היו

ק"ג לשנה עבור 1.3ק"ג לשנה עבור א"ה של הפרים ו-סכום הסמנים.

ממוצעי א"ה לק"ג חלבון וסכום הסמנים לפי שנת הלידה של הפרים

סכום סמנים א"ה חלבון

שנת לידה

קביעת נוסחת חישוב א"ה של פרים בקובץ החלקי על בסיס

סמנים 2011 פרים עם גנוטיפים לסמנים, א"ה מאי, 658היו ,

וא"ה של האם המבוסס על לפחות תחלובה אחת. עבור פרים אלה נקבעה "נוסחת חיזוי" של א"ה ע"י

מודל רגרסיה. ,המשתנה התלוי היה א"ה של הפר לפי מבחן מאי

2011. המשתנים הבלתי תלויים היו א"ה ממוצע ההורים, סכום

השפעת הסמנים ושנת לידת הפר.

מקדמי הרגרסיה של הגורמים , 2010במודל על א"ה נובמבר,

בקובץ החלקימקדםחיתוךמקדמים

סכום שנת לידההסמנים

ממוצעהורים

התכונהקביעהYציר

ק"ג שומן0.92-0.680.4434.5-0.72מ" מ" 0.23-0.540.81ל ק"ג חלבון2.50.76ל

רת"ס0.022-0.220.930.530.67פוריות 0.110-0.190.983.350.82

בנותמ"0.048-0.540.61 התמדה0.500.69למ"2.21-0.470.66 הישרדות15.2-0.76ל

ל"מ = לא מובהק

מסקנות מהרגרסיה 0.82 עבור רת"ס ובין 0.67מקדמי הקביעה היו בין

עבור פוריות. בגלל התורשתיות הנמוכה של פוריות, א"ה של ההורים

משפיעים חזק יותר על א"ה של הבנים. עבור התמדה, אך לאם יש 0.69מקדם הקביעה היה

רק רשומה אחת לתכונה זאת. עבור כל התכונות, השפעות ממוצע ההורים וסכום

.p<0.0001הסמנים היו מובהקים ברמה חיתוך צירY ושנת הלידה היו לא מובהקים או בעלי ,

מובהקות גבולית עבור רוב התכונות.

ממוצעים וסטיות תקן של א"ה של פרים צעירים ועגלים

לפי ממוצעי ההורים וסמניםאומדני הורשה

התכונהפרים מספרהורים ממוצעגנומימתאם

0.719.3+9.913.7+7.5183ק"ג שומן

0.7611.2+6.113.9+4.5183ק"ג

חלבון

רת"ס0.86-0.11+0.16-0.03+0.12183

פוריות1.5187+-2.00.7+-0.900.9

התמדה0.740.13+1.750.77+1.19202

הישרדות0.7432+7445+49191

0.77360+215451+16518307PD

מסקנות ממוצעים וסטיות תקן של א"ה גנומיים של עגלים

ופרים צעירים הממוצעים של א"ה עם סמנים היו נמוכות יותר

עבור כל התכונות לעומת ממוצעי ההורים. הסטיות תקן של א"ה עם סמנים היו גבוהות יותר

עבור כל התכונות לעומת ממוצעי ההורים. 0.90 ו-0.71המתאמים היו בין.-07ממוצע א"ה עם סמנים לPD יחידות 91 היה

נמוך יותר מאשר א"ה לפי ממוצע ההורים.

א"ה גנומיים כפונקציה של ממוצע הורים

הפרים הגבוהים ביותר לפי 3007PD עגלים בלי בנות19, כולל

ממוצע הישנותהורים

07PD תאריךלידה

מספר האב

שם פרמספר פר

.72487726OCT1073651014956688.85519SEP0653037518גוטייה.68483103FEB11736510218248

95.82515JUL0553037396ג'רמין.73580810JUN10721210157423.57678714OCT10734310207814.37977730JAN0955807690רוקסן.77174611DEC10727910132182.72073121OCT10726710206635.66471730SEP10559810232517

68.71321MAR00109005571מאצ'ס96.70808MAR9851985303ג'סטס.64970222DEC10561010151375

91.70230SEP0655307483פטרושה.65868612FEB11561010301742

הפרים הגבוהים ביותר לפי 3007PD עגלים בלי בנות, 19, כולל

המשך הישנות

ממוצע הורים

07PD תאריךלידה

מספר האב

שם מספר פרפר

88.68019AUG0638227453דנון90.67905OCT0553037424ג'ייג'יי.60967710DEC0770537582איליה.71866621NOV10726710252438

91.65905OCT0553037425גירום98.65610AUG0553037397ג'קי92.64608JAN0438337267דוגית.56363411SEP10727610213444.54763007JUN10721210180913.41162922DEC0855807662רוסט.76362301APR11739610319343.56662208DEC10721210283066.52461631MAR1073347747דיבני

94.60326JAN0352427212סירופ.61559530NOV10733410218074

העגלים הנמוכים ביותר לפי 1507PDא"ה גנומי ל-

07PDא"ה ממוצע הורים

מספר תאריך לידהגנומיהאב

מספר פר

524408OCT0755307566393024FEB08554575842573006AUG08557376161072708SEP07554575451561715NOV0855317648532312FEB1055937726503-1119JUL10559310082487206-1428APR0755447552238-1905JUL0755287565364-2626DEC0870777659-197-5323NOV0755457583170-8820JAN0855317588257-14730AUG075554757993-16713OCT0755447553

-177-22629SEP0755457546

השוואה של א"ה גנומיים בין עגלים בני פרי ישראל ופרי

חו"לממוצע

07PDמספר עגלים

אב הפר

ישראלי96א"ה גנומי449ממוצע 512

הוריםהפרש63-

חו"ל87א"ה גנומי261ממוצע 385

הוריםהפרש123-

מסקנות מא"ה גנומיים של העגלים

ההפרש בין ממוצעי א"ה גנומיים וממוצעי הורים הוא פישנים עבור עגלים בני פרי חו"ל

לא נוכל לוותר על מבחן צאצאים בעתיד הקרוב, אך ניתן.30 בשנה ל-50לצמצם את מספר העגלים הנרכשים מ-

ניתן וכדאי לקבוע א"ה גנומיים לעגלים המגיעים לדיוןבועדת ספר העדר.

עגלים בשנה, במחיר 100תרחיש של קביעת גנוטיפים על ויכוסה ע"י צמצום 10,000$ לעגל, יעלה 100$של

מספר הפרים המוחזקים ב"שיאון". הבדיקה תכלול גם אימות אבהות, ותחסוך עלות בדיקת

הורות ע"י מיקרוסטליטים.

2011תכניות עד סוף ולא 2000 פרים שנולדו משנת 206יש

פרי חו"ל.99נקבעו להם גנוטיפים, מהם מהפרים האלה.84יואל מצא זרמה עבור חלק מהפרים האלה נמצאים אצל היבואנים

הפרטיים, ואפרים ביקש מהם זרמה..עוד לא קיבלנו רישיון ייבוא זרמה וארה"ב עד סוף אוקטובר צפוי שיהיו גנוטיפים

פרים נוספים.100לכ-

, 2011תכניות עד סוף המשך והמלצות

-פרות, 500שלב הבא יהיה קביעת גנוטיפים ל כולל כל העתודות.

,הרצה הבא של א"ה גנומיים תהייה בדצמבר, לאחר מבחן פרים.2011

-600 ל-500ננסה לעלות את מספר הסמנים מ..א"ה הגנומיים של העגלים יוגשו לועדת הטיפוח "א"ה הגנומיים של "פרים צעירים מבטיחים

יופיעו בלוח הפרים.