Стандартная запись swiss-prot
Post on 03-Jan-2016
61 Views
Preview:
DESCRIPTION
TRANSCRIPT
Стандартная запись Swiss-Prot
Стандартные поля: entry, name, origin
Название записи, уникальный идентификатор (ID), предыдущие идентификаторы соответствующей записи, даты первой и последней модификаций, распространенное название белка и его синонимы (EC номер для ферментов), название гена, организм и его таксономия, уровень подтверждения
Enzyme (ферменты) http://enzyme.expasy.org/EC/2.7.10.1
NiceZyme Viewhttp://www.icp.ucl.ac.be/~opperd/lysozyme00/results/enzyme-search-ec.html
UniProt - Taxonomy http://www.uniprot.org/taxonomy/9986
Ссылки на статьи, использованные для аннотации
Комментарии
Возможные разделы комментариев
Cross-References
Cross-References
регистрация
3D-Structure (список структур)
Reactome - курируемая база знаний биологический путей
http://www.reactome.org/ReactomeGWT/entrypoint.html
http://www.genomeknowledge.org/cgi-bin/eventbrowser?DB=gk_current&ID=177934
GO terms
Определение термина, синонимы, родительские (Hierarchy) и дочерние термины, ключевые слова, дата последней модификации
http://www.geneontology.org/
Поиск гена или его продукта, BLAST, поиск по GO ID, просмотр онтологии
Cross-References, Keywords
KEGG Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes http://www.genome.jp/kegg/
KEGG (pathway viewer)
DrugBank
UniProt http://www.uniprot.org/
http://www.uniprot.org/uniprot/Q7M419
Keywords
Сервер Expasy http://www.expasy.org/
Словарь ключевых слов http://www.uniprot.org/docs/keywlist
FASTA format
Программа FASTA (1988, WR Pearson & DJ Lipman):>(the definition line)_уникальный_ID + короткое описаниеПОСЛЕДОВАТЕЛЬНОСТЬ БЕЛКА (ИЛИ ДНК) В ОДНОБУКВЕННОМ КОДЕ
RAW format – без definition line
Базы данных
Exp.Method Proteins Nucleic Acids Protein/NA Complexes
Other Total
На 22.02.2011
PDB
Базы данных OCA
top related