20 let univerzitetnega Študija mikrobiologije
Post on 14-Feb-2017
238 Views
Preview:
TRANSCRIPT
20letUNIVERZITETNEGAŠTUDIJA
MIKROBIOLOGIJE
Privlačnostraziskavnapodročjuokoljskemikrobiologijezaučiteljainštudente
InesMandičMulecLjubljana,Biotehniškafakulteta,
5.december2013
Moji začetki učitelja na Biotehniški leta1998 so bili tesno vezani na New York
• Mojprvidoktorand:MarjanPeršuh– StrukturainvlogaadaptorskemolekuleMecApriBacillussubtilis
• Mojiprvidvediplomantki:IrenaDraškovičinPoloncaProhinar
• Kakonaprej???Mikrobi,fiziologija,okolje?20letštudijamikrobiologije,2013
20letštudijamikrobiologije,2013
Nazačetku(leto1986)jebiloprivlačnotisto,karjebiloočemnevidno?
Zakaj mikrobiologija okolja?
NH4+
N2
NO3-
N2
Prof. Megušar
Tema 1:Tla Ljubljanskega barja?
• Diplomeinmagisteriji(8+1)LešnjakMojca(2012);WEBER,Eva(2012);NOVOTNIK,Breda (2010);STOPNIŠEK,Nejc(2009);REPIČ,Doroteja(2008);PAL,Levin.(2007);RESMAN,Lara.(2007).LENARČIČ,Rok.(2006);ZAJEC,Nika(2004).
• Doktorati:(4)LEVIČNIKHOEFFERLE,Špela (2012);PAL,Levin (2011);JERMAN,Vesna(2009);KRAIGHER,Barbara.(2006)
Članki(11),206citatov
20letštudijamikrobiologije,2013
Vpliv okoljskih dejavnikov na mikrobne procese in kroženje C in N?
Substrate induced respiration in the two fens on the three dates of sampling
0,0
5,0
10,0
15,0
20,0
May Aug Mar
l CO
2 /
g dr
y so
il /h
fen-HC
fen-LC
Fen soil
- Aktivnost se spreminja s sezono- Mikrobna združba v tleh je stabilna- Na sestavo združbe vpliva tip tal / pH
Sestava inaktivnost mikrobne združbe vtlehLjubljanskega barja vpovezavi znekaterimi dejavniki
okolja
α-Proteobacteria15,8%
β-Proteobacteria12,3%
γ-Proteobacteria7,9%
Acidobacteria22,8%
Actinobacteria6,1%
Firmicutes2,6%
Bacteroidetes3,5%
Verrucomicrobia2,6%
Chloroflexi2,6%
δ-Proteobacteria16,7%
Planctomycetes7,0%
α-Proteobacteria13,0%
β-Proteobacteria12,3%
γ-Proteobacteria3,2%
δ-Proteobacteria11,7%
Acidobacteria39,6%
Actinobacteria7,8%
Planctomycetes6,5%
Verrucomicrobia5,2%
Spirochaetae0,6%
Začetki: razvoj molekularnih metod in metod za sledenje aktivnosti v tleh
KRAIGHER in sod. Microbial activity and community structure in two drained fen soils in the Ljubljana Marsh. Soil biol. biochem. 2006
AUSEC, KRAIGHER in sod. Differences in the activity and bacterial community structure of drained grassland and forest peat soils. Soil biol. biochem. 2009
AktivnostinsestavametanogeniharhejinmetanoksidirajočihbakterijvtlehLjubljanskegabarja
20letštudijamikrobiologije,2013
JERMAN, Vesna in sod. Wetland restoration and methanogenesis : the activity of microbial populations and competition for substrates at different temperatures. Biogeosciences . 2009
SOMOXIC
ANOXIC
CO2
O2
CH4
Fe3+
CO2
CH4
Fe2+
CO2CO2O2
Metanogeneza v Ljubljanskem barjuje omejena z visoko vsebnostjo železa v tleh.
Metanotrofi so zelo aktivni, najbolj na območju nihanja podtalnice
ČistilnasposobnosttalLjubljanskegabarjazaodstranjevanjemineralnihoblikdušika
inemisijetoplogrednihplinov
20letštudijamikrobiologije,2013
Članki:STRES in sod. Influence of temperature and soil water content on bacterial, archaeal and denitrifying microbial communities in drained fen grassland soil microcosms. FEMS microbiol. ecol., 2008
PAL, in sod. Transformations of mineral nitrogen applied to peat soil during sequential oxic/anoxic cycling. Soil biol. biochem.. 2010.
DANEVČIČ in sod. Emissions of CO2, CH4 and N2O from Southern European peatlands. Soil biol. biochem.. 2010
Visok potencial za čiščenje dušika, vendar omejen z dostopnostjo C.
Visoke emisije N2O
Voda in temperatura!
SOM
CO2
NH3
O2
NH3
NO2‐ NO3
‐
NO2‐ NO N2O N2
NO3‐
N2N2OCO2 O2
Vpliv okoljskih dejavnikov na amoniak oksidirajoče arheje in bakterije v tleh
LEVIČNIKHOEFFERLE,Špelainsod.Ammoniumsupplyrateinfluencesarchaealandbacterialammoniaoxidizersinawetlandsoilverticalprofile.FEMSmicrobiol.ecol.,2010
STOPNIŠEK, insod.Thaumarchaealammoniaoxidationinanacidicforestpeatsoilisnotinfluencedbyammoniumamendment.Appl.environ.microbiol.,2010
LEVIČNIKHOEFFERLE insod.Stimulationofthaumarchaealammoniaoxidationbyammoniaderivedfromorganicnitrogenbutnotaddedinorganicnitrogen.FEMSmicrobiol.ecol.,2012
Ekologija, genomika in metagenomika lakaz: od gena do encima
• AUSEC, insod.Two‐ andthree‐domainbacteriallaccase‐likegenesarepresentindrainedpeatsoils.Soilbiol.biochem..[Printed.],2011,
• AUSEC, insod.Bioinformaticanalysisrevealshighdiversityofbacterialgenesforlaccase‐likeenzymes.PloSone,2011
20letštudijamikrobiologije,2013
2,200 draft and completed genomes
&
5 pHMM Orodja za iskanje bakterijskih lakaz, metagenomika, prva lakazaAcidobakterij, študij encimske aktivnosti.......
Tema 2: Vodni ekosistemi, farmacevtiki in lakaze,
sedimenti• SVETIČIČ,Jure.2005• GORENC,Katja.2008.• PINTARIČ,Luka.2010.• ZEME,Petra.Vpliv2011.• ŽALIG,Sabina.Vpliv2013.• FILIPIČ,Jasmina.2013.
• Članki(5)
20letštudijamikrobiologije,2013
Filipic in sod, Bioresourse Technol, 2012. Pal in sod., Bioresourse Technol. 2012Mandic Mlec in sod, Limnol. oceanogr., 2012, Kraihger in Mandic Mulec, J. hazard. Mater, 2011; Kraigher in sod, Water res. 2008.
ČISTILNE NAPRAVE
SEDIMENTI
BIOREKATORJI +FARMACEVTIKI
Sodelave: IJS, NIB, Čistilna naprava DomžaleČistilna naprava Ptuj
20letštudijamikrobiologije,2013
Tema 3: Ekologija medceličnih komunikacij pri bakteriji Bacillus subtilis
VOGRIČ, Vesna (2013); BRLOŽNIK, Mojca (2012); VRHAR, Martina (2012); BENIGAR, Elizabeta. (2011); LUKEŽIČ, Tadeja (2009); DOBLEKAR, Barbara. (2008); KOBLAR, Alenka (2008). BUH, Danica. (2005); KALŠEK, Ivan (2005); LEŠNJAK, Mojca (2004); KOSELJ, Maja (2004); JERONČIČ, Barbara (2004); LEŠNJAK, Mojca (2004)ŠTEBE, Tina (2003); SABOTIČ, Jerica (2002); MAROLT, Darja (2001); KRAIGHER, Barbara (2001)
Članki: Tortosa in sod, J bacteriol, 2001; Ansaldi in sod., Molec microbiol, 2002, Mandic Mulec, Food Technol Biotech, 2003. (citirani 104 x)
QS sistem
Naravni izolati iz talBiosenzorjiSekvenciranjeAnaliza
Sistem za zaznavanje kvoruma je visoko polimorfen znotraj vrste
Polimorfizem in specifičnost sistema za zaznavanje kvoruma bakterije Bacillus subtilis v
talnem mikrohabitatu
• ŠTEFANIČ,Polonca,MANDIĆ‐MULEC,Ines.SocialinteractionsanddistributionofBacillussubtilispherotypesatmicroscale.JBacteriol,2009.
• ŠTEFANIČ, insod.ThequorumsensingdiversitywithinandbetweenecotypesofBacillussubtilis.Environ.microbiol.,2012 20letštudijamikrobiologije,2013
Ferotip 1 Ferotip 2
Pherotip 3 Pherotip 4
= ?1cm3
Signaliziranje v biofilmih: zunajcelični matriks? Dogša I. , Brložnik in sod, PLOS ONE, 2013.
Signaliziranje kot socialno vedenje in goljufi?
Mutante, ki ne sintetizirajo signala?Goljufi so kaznovani......
Mutante , ki ne zaznavajo signala?
FuzijaMejnalinija
53-53
53- 11
Prepoznavanje sebi enakih in drugačnih: mejne cone
Barbara Kraigher
Polonca Štefanič
BenigarElizabeta
JernejaPlaninc
Ekologija in mehanizem prepoznavanja: prihodnost............
Socialnovedenjejezabavno
20letštudijamikrobiologije,2013
• Zabavnojeprivlačno• Mikrobivokoljupripovedujejozgodbe,kiburijodomišljijo
20letštudijamikrobiologije,2013
In25letkasneje
Mentor 6 doktorjem znanosti, 4 magistrom, 41 diplomantom in kot učitelj številnih mikrobiologov lahko le rečem
KAJ LEPŠEGA!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!
Uspemo,čedelatamoskupajinčesesmejemoskupaj!!!!!
20letštudijamikrobiologije,2013
HVALA sodelavcem Katedre za mikrobiologijo in vsem, ki ste se odločili delati z mano!
20letštudijamikrobiologije,2013
Mikrobiologija okolja in mikrobiologiSte super
HVALA ZA POZORNOST in upam, da bo še veliko izzivov, ki vam bodo v veselje !
top related