20131109 tokyor#35 rでネットワーク解析とgis

変態に R を与えた結果がこれだよ… 7 R でネットワーク解析と GIS

20131109Tokyo.R#35 @ ニフティ株式会社 新宿フロントタワー 18F

YF@Med_KU

本日の内容

ネットワーク解析{igraph} and {linkcomm}レイアウトの微調整の話

R で地図{spsurvey} and {RgoogleMaps}地図がプロットできたら楽しいという話

真面目にネットワーク解析

第 2 回 R でつなぐ次世代オミックス情報統合解析研究会R+igraph ではじめる生物ネットワーク解析 竹本和広

http://www.slideshare.net/kztakemoto/r-seminar-on-igraphhttps://sites.google.com/site/kztakemoto/r-seminar-on-igraph---supplementary-information

ネットワーク ( グラフ )

http://d.hatena.ne.jp/MikuHatsune/20131007http://d.hatena.ne.jp/MikuHatsune/20130905

nodeedge

グラフの準備 {igraph}

隣接行列graph.adjacency()

エッジリストgraph.data.frame()

1,21,5…

無向グラフ

無向グラフなら対称行列

無向グラフと有向グラフ

http://d.hatena.ne.jp/MikuHatsune/20130905

「にこまき」と「まきにこ」は同等( 百合は可換 ) ｷﾏｼﾀﾜｰ

「遥真」と「真遥」は同等でない( ホモは非可換 ) ｱｯ -

無向グラフと有向グラフ

http://d.hatena.ne.jp/MikuHatsune/20130905

「にこまき」と「まきにこ」は同等( 百合は可換 ) ｷﾏｼﾀﾜｰ

「遥真」と「真遥」は同等でない( ホモは非可換 ) ｱｯ -

ネットワークの統計量

次数 Degree 線が集まる点ほど中心性が高い

近接中心性 Closeness他の点と距離が近いほど中心性が高い

媒介中心性 Betweennessその点を通る経路が多いほど中心性が高い

推移性 Clustering coefficient (transitivity)頂点が結ばれている確率

Motif, hub, and community are also important…

無向グラフと有向グラフでは計算が異なる

Scale free network

Bioinformatics. 2012 Jan 1;28(1):84-90.

Scale free network

べき乗則 ( パレート分布 ) になる

ネットワーク解析の問題点

レイアウトが難しい !!

レイアウトが難しい !!

layout.*() が用意されているが…

レイアウトが難しい !!

ネットワークレイアウト編集Gephi https://gephi.org/Cytoscape http://www.cytoscape.org/

( 使ったことないけど… )

人力補正

http://www.kegg.jp/kegg-bin/highlight_pathway?scale=1.0&map=map04115&keyword=p53

レイアウトが難しい !!

R 上級者 () なら {igraph}

tkplot()Tcl/Tk による GUI でのグラフ調整

tkplot.getcoords(tkid)座標が取得できる !!

レイアウトが難しい !!

http://d.hatena.ne.jp/kmgs100/20090806/1249574893

レイアウトが難しい !!

http://d.hatena.ne.jp/MikuHatsune/20131106

tkplot layout.circle

R で地図

日本全体の統計量 ( 疫学，売上， etc…)

地図データには緯度経度がある：座標

R で遊べんじゃね ??

{spsurvey}

.shp ファイルが必要

ESRI ジャパン株式会社 ( 市町村対応 )http://www.esrij.com/products/data/japan-shp/

Global Administrative Areas ( 世界対応 )http://www.gadm.org/Japan

{spsurvey}

http://d.hatena.ne.jp/MikuHatsune/20130317

重い かなり重い 死ぬほど重い

{spsurvey}

http://d.hatena.ne.jp/MikuHatsune/20130928

都道府県単位の色指定緯度軽度による中心・拡大縮小指定

新卒医学生の就職内定動向

{igraph} と {spsurvey} を merge

新幹線接続データ

http://d.hatena.ne.jp/MikuHatsune/20130912

ﾌｧｯ !?!?

ﾌｧｯ !?!?

緯度経度 ( 座標 ) があれば、segments() と points() でゴリ押しが可能

iPhone5s のつながりやすさ ( 山手線 )

http://blog.livedoor.jp/rbkyn844/archives/6823570.html

( どこがつながりやすいんだよ… ??)

祇園祭を TSP で回る

http://d.hatena.ne.jp/MikuHatsune/20130715

{RgoogleMaps}

GoogleMap の見た目そのままの図を取得する。中心座標とズームを指定する。

iPhone5s のつながりやすさ ( 山手線 )

http://blog.livedoor.jp/rbkyn844/archives/6823570.html

通信速度を取得駅の緯度・経度を取得

iPhone5s のつながりやすさ ( 山手線 )

http://d.hatena.ne.jp/MikuHatsune/20130921

Cyto Spanning tree Progression of Density normalized Events (SPADE)表面抗原発現パターンから分化系統樹作成

Nat Biotechnol. 2011 Oct 2;29(10):886-91Science. 2011 May 6;332(6030):687-96http://d.hatena.ne.jp/MikuHatsune/20130922

Cyto Spanning tree Progression of Density normalized Events (SPADE)n 次元定量データのパターンから分化系統樹作成

新規

退会

無課金厨課金厨

重課金厨 Nat Biotechnol. 2011 Oct 2;29(10):886-91Science. 2011 May 6;332(6030):687-96http://d.hatena.ne.jp/MikuHatsune/20130922