alineamientos múltiples y...

Alineamientos múltiples y

Jalview Federico Abascal (CNIO)

fabascal@cnio.es

¿Qué es un alineamiento múltiple?

Manguel M, Samaniego F.J., Abraham Wald’s Work on Aircraft Suvivability, J. American Statistical Association. 79, 259-270, (1984)

tomado de Cédric Notredame

¿Qué es un alineamiento múltiple?

Elegir las secuencias apropiadas (I)

Elegir las secuencias apropiadas (II)

O podemos usar Uniref70!

Elegir las secuencias apropiadas (III)

¿Podemos decir que es homóloga a las otras?

Elegir las secuencias apropiadas (IV)

¿Podemos decir que es homóloga a las otras?

Secuencias completas o fragmentos?

Dominios

�  Unidad evolutiva básica

�  Frecuentemente: entidad estructural y funcional propias

�  Descartes: “Dividir cada una de las dificultades que examinare en tantas partes como fuera posible y en cuantas requiriese su mejor solución”.

¿Cómo identificar los dominios?

�  BLAST

�  PFam

�  Alineamiento múltiple

�  No existen reglas fijas, a veces en lugar de un dominio podemos elegir un motivo conservado

tomado de Cédric Notredame: Bioinformatics for Dummies

Progressive Alignment

Feng and Dolittle, 1988; Taylor 1989

Clustering

tomado de Cédric Notredame

Dynamic Programming Using A Substitution Matrix

Progressive Alignment (CLUSTAL)

tomado de Cédric Notredame

Problemas alin. progresivo

�  Los errores iniciales se acumulan

�  Alternativas a Clustal: �  Muscle

�  T-coffee �  Mafft �  Probcons

Visualización e interpretación de alineamientos

�  JalView �  Visualización �  Realineamiento �  “árboles” �  grupos �  3D �  redundancia �  limpiar

�  Demo

Práctica

�  Alineamiento múltiple de una serie de secuencias

�  Visualización del alineamiento

�  Interpretación evolutiva