animation 5.1a animation 5.1b peek start לפי החוק השני של מנדל

ANIMATION 5.1A

ANIMATION 5.1B peek

START

לפי החוק השני של מנדל

לפי החוק השני של מנדל

ANIMATION 5.1B

לפי החוק השני של מנדללא

“They are linked” or“pr is linked to vg”

or "הם בתאחיזה"

And…The farther the genes are

from each other ,the more likely that a

crossover occurs between them.

The testcrossed dihybrids’ offspringratio diverges from ¼ : ¼ : ¼ : ¼

and from 50% paternal, 50% recombinant

A B

The farther the genes are from each other ,the more likely that a crossover occurs between them.

תדירות רקומביננטיםמרחק גנטי

10.7 cM

With genetic distances, we can build ‘Genetic Maps’ for an organism

Map distances are additive

To resolve between 2 possibilities, do cross with B and C

OR, do 3-point test cross of A, B, and C

Recomb: sc - ec?

56=12+14+14+16

Recomb: sc - vg?

502=241+231+14+16

sc and vg -unlinked

Recomb: ec - vg?

498=241+231+14+12

sc and vg -unlinked

ec and vg -unlinked

B A

a b

ALSOFig 5.15Map with

356 cM

P A/A D/D E/E X a/a d/d e/e

F1 trihybrid is test-crossed

A D E 380a d e 405a D E 40A d e 35a d E 65A D e 70a D e 3A d E 2

1000

Recomb: a - d?

80=40+35+3+2A 8.0 D

P A/A D/D E/E X a/a d/d e/e

F1 trihybrid is test-crossed

A D E 380a d e 405a D E 40A d e 35a d E 65A D e 70a D e 3A d E 2

1000

Recomb: d - e?

140=70+65+3+2A 8.0 D

D 14.0 E

D A E

A D E

D E A

?

P A/A D/D E/E X a/a d/d e/e

F1 trihybrid is test-crossed

A D E 380a d e 405a D E 40A d e 35a d E 65A D e 70a D e 3A d E 2

1000

Recomb: a - e?

210=40+35+65+70

A 8.0 DD 14.0 E A 21.0 E

P A/A D/D E/E X a/a d/d e/e

F1 trihybrid is test-crossed

A D E 380a d e 405a D E 40A d e 35a d E 65A D e 70a D e 3A d E 2

1000

Recomb: a - e?

210=40+35+65+70

A 8.0 DD 14.0 E A D E

a d e

A D E

220=40+35+65+70 +3+3+2+2

X X

A 8.0 D 14.0 E 22.0

Recomb: cv - ct?

93/1448=45+40+3+5ct 6.4 cv

P pure lines: (v+) cv ct X v (cv+ ct +)

A D E 380a d e 405a D E 40A d e 35a d E 65A D e 70a D e 3A d E 2

1000A 8.0 D 14.0 E

22.0

Recomb: v - ct+?

191/1448=89+94+3+5ct 6.4 cvv 13.2 ct

Recomb: v - cv+?

284/1448=45+40+89+94 +3+3+5+5

ct 6.4 cvv 13.2 ct

19.6

A D E 380a d e 405a D E 40A d e 35a d E 65A D e 70a D e 3A d E 2

1000

Fruitfly (Drosophila melanogaster)

Tomato

Tomato

Tomato

Tomato

S

A Meta-analysis

II.D.Beyond mapping

?- ?+

Interference (I) = 1 - c.o.c. =

In our example

Interference:

1. Calculate recombinant frequencies for each pair of genes :

2. Represent linkage relations in a linkage map :

3. Determine the double recombinant classes.

4. Calculate the frequency and number of double recombinants expected if there is no interference :

5. Calculate interference :

Interference:

onward

•IAתדירות רקומבינציה מהכלאה עצמית •IB שימוש בכרומוזום Y'כ-'בוחן •II– 2 "הגבול" בין תאחיזה להפרדה עצמאית •III רואים – שלא התחשבות בשיחלופים

"mapping function”•IV טטרדות – מיוזות בודדות, ומיפוי בין גן

לצנטרומר

שיטות מיפוי נוספות

תדירות רקומביננטיםמרחק גנטי

10.7 cM

Choose to do F1 self cross?

pr vg 0.0535 pr+ vg 0.4465

pr vg+ 0.4465pr+ vg+ 0.0535

תדירות רקומבינציה מהכלא עצמית•

Self cross!

0.0535 0.4465 0.4465 0.0535 )0.0535(2 ( ) … …

… … etc.

0.0535 X 0.4465

How does it work. . .?

Do a thoughtexperiment

תדירות רקומבינציה מהכלא עצמית•

pr vg 0.0535 pr+ vg 0.4465

pr vg+ 0.4465pr+ vg+ 0.0535

0.0535 0.4465 0.4465 0.0535 )0.0535(2 ( ) … …

… … etc.

0.0535 X 0.4465

Can’t do F1 test cross?…must SELF-CROSS the dihybrids

z=0.024

…?Can’t do F1 test crossתדירות רקומבינציה מהכלא עצמית•must SELF-CROSS the dihybrids

z=0.024

Can’t do F1 test cross?…must SELF-CROSS the dihybrids

תדירות רקומבינציה מהכלאה עצמית• כ-'בוחן'Yשימוש בכרומוזום •

שיטות מיפוי נוספות

X-chromosome mapping- use Y as ‘tester’ כ-'בוחן'Yשימוש בכרומוזום

X-chromosome mapping- use Y as ‘tester’Human

כ-'בוחן'Yשימוש בכרומוזום

Гемофилия?

HumanX-chromosome mapping- use Y as ‘tester’ כ-'בוחן'Yשימוש בכרומוזום

HumanX-chromosome mapping- use Y as ‘tester’ כ-'בוחן'Yשימוש בכרומוזום

•IAתדירות רקומבינציה מהכלאה עצמית •IB שימוש בכרומוזום Y'כ-'בוחן •II– 2 "הגבול" בין תאחיזה להפרדה עצמאית

שיטות מיפוי נוספות

40% board

X 2 "הגבול" בין תאחיזה להפרדה עצמאית –

X 2 "הגבול" בין תאחיזה להפרדה עצמאית –

44%

X 2 "הגבול" בין תאחיזה להפרדה עצמאית –

assume they are unlinked

ההשערה (היפותיזה) שאנחנו בודקים: "A & B"אינם בתאחיזה

X 2 "הגבול" בין תאחיזה להפרדה עצמאית –

P~0.007

בתאחיזהכן B ו-Aואומרים ש-

לא בתאחיזהB ו-Aש-

התוצאות

X 2 "הגבול" בין תאחיזה להפרדה עצמאית –

/היפותזה

R/_ Y/_

התוצאות

Epistasisהתוצאות בהחלט החזיקו את ההשערה של

0.975 > P > 0.9