användning av terminologi i patientjournaler¤ndning av terminologi i patientjournaler mia kvist...
Post on 06-Jul-2018
219 Views
Preview:
TRANSCRIPT
Användning av terminologi i patientjournaler Mia Kvist Inst. för data- och systemvetenskap (DSV), Stockholms universitet,
och
Centrum för Hälsoinformatik,
Karolinska Institutet
maria.kvist@karolinska.se
Användning av termer i patientjournaler Mia Kvist Inst. för data- och systemvetenskap (DSV), Stockholms universitet,
och
Centrum för Hälsoinformatik,
Karolinska Institutet
maria.kvist@karolinska.se
Journalspråk
Terminologi - Termer
Jargong
Terminologireformen till svenska
Terminologi i patientjournaler
Fasta fält
• Strukturerat
• Färdiga formuleringar
• Är kopplat till koder.
• Kan användas för att skapa statistik.
Fri text
• Ostrukturerat
• Helt vilt språk
• Borde kopplas till koder?
4
Hypertoni o DM, brtsm och ST lyft anteriort, PCI mot ockluderad proximal LAD med 2 stent. Cirk stabil.
Hypertoni o DM, brtsm och ST lyft anteriort, PCI mot ockluderad proximal LAD med 2 stent. Cirk stabil.
Hypertoni o DM, brtsm och ST lyft anteriort, PCI mot ockluderad proximal LAD med 2 stent. Cirk stabil.
Hypertoni o DM, brtsm och ST lyft anteriort, PCI mot ockluderad proximal LAD med 2 stent. Cirk stabil.
Hypertoni o DM, brtsm och ST lyft anteriort, PCI mot ockluderad proximal LAD med 2 stent. Cirk stabil.
Terminologi i patientjournaler
Fasta fält
• Strukturerat
• Färdiga formuleringar
• Är/Kan kopplas till koder.
• Kan användas för att skapa statistik.
• Kan användas för att skapa ny text.
Fri text
• Ostrukturerat
• Helt vilt språk
• Borde kopplas till koder?
• Borde användas för att skapa strukturerad information och statistik?
10
11 Proc. 13th Conf. on Artificial Intelligence in Medicine, pp. 348–352.
Hypertoni o DM, brtsm och ST lyft anteriort, PCI mot ockluderad proximal LAD med 2 stent. Cirk stabil.
Rule-based Entity Recognition and Coverage
of SNOMED CT in Swedish Clinical Text
Maria Skeppstedt, Maria Kvist and Hercules Dalianis LREC2012
Visar hur bra terminologin avspeglar det naturliga språket i journaler.
• Förkortningar hittades inte med matchning mot terminologier
( 14% av diagnoserna stod i förkortad form)
• Uttryck längre än 2 ord kändes inte igen
Precision Recall
Kroppsdelar 0.74 0.80
Diagnoser 0.75 0.55
Symtom+fynd 0.57 0.30
13
Machine learning with CRF++
Precision Recall Disorder 0.84 0.72 Finding 0.70 0.59 Disorder/Finding as one group 0.78 0.68
Stockholm EPR Corpus
• Karolinska Universitetssjukhuset
• 600 000 patienter
• 2006-2010
• 900 vårdenheter
• 23 000 författare
Journalstruktur
• Semi-strukturerad text
Grammatik
• Ofullständiga meningar
• Saknar subjekt
• Verbformer
Medicinskt journalspråk
16
Journalstruktur
• Semi-strukturerad text
Grammatik
• Ofullständiga meningar
• Saknar subjekt
• Verbformer Passiva verb dubbelt så vanligt i röntgensvar som i vanlig svenska.
Medicinskt journalspråk
17
Vanlig svenska
Medicinsk terminologi
Medicinsk jargong
Medicinskt journalspråk
18
Vanlig svenska
• Sammansatta ord
Medicinskt journalspråk
strålbehandlingsplaneringsdatortomografi
19
Vanlig svenska
• Sammansatta ord
• Negationer
Medicinskt journalspråk
Inga säkra kliniska hållpunkter för…
Lungemboli kan inte uteslutas.
20
Vanlig svenska
• Sammansatta ord
• Negationer
Medicinskt journalspråk
Pat har en fraktur i proximala humerus. Ingen skelettskada påvisas.
Använder olika termer vid
affirmerad eller negerad diagnos.
0
10
20
30
40
50 ischemia
heart attack
angina pectoris
An
no
tati
on
s
Certainly
Pos
Probably
Pos
Possibly
Pos
Certainly
Neg
Probably
Neg
Possibly
Neg
Vanlig svenska
• Sammansatta ord
• Negationer
• Läsa mellan raderna
Medicinskt journalspråk
Står på insulin sedan 5 år. =
Patienten har diabetes mellitus.
Vanlig svenska
Medicinsk terminologi
• latin, grekiska, engelska
• förkortningar
Medicinsk jargong
Medicinskt journalspråk
24
Autentisk journal: Pat med bruten hö arm. Rtgjour tar över. EKG för säkerhets skull. I övrigt u a.
Förkortningar akutjournal
25
Abbreviations X-ray
18 of the top 100 words were abbreviated • 7 common abbreviations (tel = telephone, cm =centimeter), • 10 domain specific (iv = intravenous) • 1 ambiguous (ca = cancer or circa).
All words sentences bigram trigram
18 12 38 29
26
27
VAD FÖRKORTNINGARNA HANDLADE OM
Med Akuten (12%) RTG (7%) Vanliga svenska förkortningar 10 13 Diagnoser 5 1 medicinering 12 0 provtagning 12 0 storlek 1 15 metod/procedur 9 22 kroppsdelar/position 2 10 administration 13 12 titlar/yrken 6 4
"pat" 23 0,5
Förkortningar olika termer förkortas i olika specialiteter
Vanlig svenska
Medicinsk terminologi
Medicinsk jargong
• ekonomiskt språk
• udda verbformer
Medicinskt journalspråk
28
Medicinsk jargong
Jargong: Pat infarcerar på akuten, t. HIA med mellanjouren. Vanlig svenska: Patienten utvecklar en hjärtinfarkt under tiden på akutvårdsmottagningen, varför han skyndsamt förflyttas till Hjärtintensiven av den jourhavande specialistläkaren.
29
Medicinskt journalspråk
Septisk pat, oklart fokus, rundodlas före Zinacef. Patienten har sepsis med oklart ursprung, bakterieodling tas från samtliga möjliga infektionsfokus, inklusive blododling, innan behandling med Zinacef inleds.
•Produktionsvillkor. Ingen tid att fundera på syftningsregler. Semantisk ekonomi.
•Vem man ser som mottagare av texten. Skriver för kollegor införstådda med syftet med texten samt produktionsvillkoren.
•Identitet. Insocialiseringsprocess
Varför jargong?
Medicinskt journalspråk
Funktion:
ekonomiskt,
effektivt och
exakt arbetsredskap.
32
33
Stava med c eller k? Cholecystitis -> kolecystit
DAY RTG
kolecystit 48 84
colecystit 1 8
cholecystit 88 1613
DAY – 0,1 milj daganteckningar, 4 milj ord RTG – 0,43 milj röntgensvar, 20 milj ord
34
DAY RTG DAY RTG
kolit 55 89 colit 57 273
koloncancer 23 3 coloncancer 39 76
kardiell 150 26 cardiell 15 28
kardiellt 94 56 cardiellt 12 6
supraklavikulär 1 7 supraclavikulär 0 5
supraklavikulärt 11 283 supraclavikulärt 4 302
Stava med c eller k?
35
DAY RTG
esofagus 176 1339
oesofagus 4 35 oesophagus 7 77 esophagus 21 243
torax 13 230
thorax 1377 13784
pharynx 0 10 farynx 4 46
FRÅGOR?
36
top related