糖鎖統合データベースlifesciencedb.jp/koukai/20110221/110221_scwg_shiryo2-15.pdf ·...
Post on 09-Jul-2020
8 Views
Preview:
TRANSCRIPT
糖鎖統合データベース
産業技術総合研究所
糖鎖医工学研究センター
2011年2月21日
1
資料2-15
産総研の役割
• 文部科学省からは「産総研の糖鎖のDBを統合するだけではなく日本に散在しているDBを統合すること。」
大学・研究機関・企業が沢山集まっている日本糖鎖科学コンソーシアム(JCGG)の中で協力を呼びかけコンソーシアムのDBとして構築を開始しました。
実現するために
2
オールジャパンでの構築体制(JCGGDB)
立命館大学
LipidBank
新規構築→公開
KEGG京都大学
GlycoGene DNA microarray database
Glycosidase database
Pathogen Adherence to Carb DB
GlycotechnologyPatents database
Pathway database
Glycoscience Protocols
JCGGDB Report
GlycoGene Inhibitors database
N-glycan Conformation DB
Knockout Mouse DB
Glycan Synthesis DB
名古屋大学
理化学研究所
野口研+産総研
産総研の支援で構築したDB
名古屋市立大学
統合用APIを設置
FlyGlyco DB 創価大学
産業技術総合研究所が構築したDB
生化学工業
Worm GGDB database 九州大学
3
公開データベース
技術支援(底上げ)
異分野との共同研究への発展
リソース(サンプル・技術・情報)共有
4
キーワードや構造で検索できる(情報の技術基盤の確立)
横断検索
構造検索(For Glycobiology)
構造検索(For GlycoChemistry)
統合検索
5
統合された糖鎖構造検索
Chemistry Informatics(ChemInfo)の分野で利用されている立体構造を表記する形式(SDF,SMILES,InChI,PDBなど)を利用して糖鎖構造を検索可能
多彩な機能1)一致検索2)部分構造検索3)Super Structure4)類似検索
糖鎖合成支援システム
野口研究所岐阜大学産業技術総合研究所
ステレオケミストリを区別して検索できる
阻害剤DB 286構造産総研のGGDBグリコシダーゼDBと連携
6
単糖のDB366構造
糖鎖構造DB6248構造
合成化合物DB:3975構造反応経路DB:反応数:887件
豊富なデータベース
腫瘍マーカーの適応例など
糖鎖科学・実験プロトコル集 糖鎖と病原体のデータベース
遺伝子発現と酵素の基質特異性を活用した糖鎖構造推定を支援
糖タンパク質データベース
糖鎖・日欧米
欧州(EuroCarbDB)
糖鎖構造解析
ms-database
hplc-database
nmr-database
GlycanBuilder(構造描画Ed)Glyco-Peakfinder(糖鎖ピークの検出)
GlycoWorkbench(構造へのアサイン)
ProSpectND(データ処理と推定)
CCPN tools
米国(CFG database)
Glycan structure(構造)
GBP Molecules(レクチン)Glycosyltransferases(糖転移酵素)
Data
Database
Glycan Profiling( MALDI を使い細胞・組織の糖鎖構造をプロファイリング)
Gene Microarray(遺伝子発現から糖鎖構造)
Phenotyping(糖鎖の機能)
Glycan screen(レクチンの特異性with Glycan array)
日本(JCGGDB)Database遺伝子:糖転移酵素・レクチン・グリコシダーゼの遺伝子の情報と特異性の情報
基礎研究:構造解析(MS,HPLC,NMR)、糖タンパク質
糖鎖機能:モデル生物のフェノタイプ(マウス、線虫、ハエ)
構造DB:阻害剤、単糖、糖鎖、配糖体など
研究支援:糖鎖合成、オンラインプロトコル、オンラインリポート
周辺領域:腫瘍マーカー、感染、疾患の原因遺伝子
8
遺伝子:
top related