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Curso de Inverno 

Artur Trancoso Lopo de Queiróz

Filogenia e Evolução

Onde é o começo?

Evolução: “Mudanças Herdadas em uma população 

durante várias gerações” Mudanças?Onde:

­DNA(RNA, proteínas). 

­ Morfologia

­ Freqüências Alélicas.

Fonte Básica de Mudanças

Mutações: Mudanças no DNA que passada para a prole.

Mutações Pontuais ­>Transições, Transversões

­>Indels

­>nonsense

­>Não sinônimas e sinônimas

 Transições vs Transversões

Diversidade

Pra fazer filogenia: O que usar

Características Morfológicas: Forma células, presença de brânquias..etc.

Ensaios de Expressão. RFLP Seqüências fica difícil morfologia com :

Homologia X Similaridade

 Filogenia X Alinhamento

Edição de Alinhamento

Parte crítica Programas de Visualização:

­ GeneDoc

­ BioEdit

­ Seaview

Analise de Informação  Simplex bidimensional Saturação

Criterios: Quais Escolher?

Basicamente são 4: Cladisticos Parsimônia Maxima Verossimilhança Fenéticos Distancia(geométrico)

Cladisticos

Parcimônia

Um dos primeiros Numero de “passos” Mais parsimôniosa = 

Menor Nº passos ????

Máxima Verossimilhança

Probabilidades Mudanças de Caracteres Muitas buscas (heuristica) Arvore inicial (distancia). 

Busca de Árvores

Algorítimos Exatos: Busca Exaustiva Algorítimos Heurísticos: Branch and Bound Branch Swapping

Branch and Bound

Branch Swapping

Custo computacional

Taxons Com raiz Sem raiz2 1 13 3 14 15 35 105 156 945 1057 10395 9458 135.135 103959 2.027.025 135.13510 34.345.425 2.027.025

Fenéticos

Distância

Alinhamento ­> Matriz Distancias: P, JC, 

K2P, NeiLi, TajNei, GTR..etc.

56 modelos de distâncias

Modeltest Geram Matrizes

Distâncias

JC => Substituições Multiplas K2P => Ti/Tv TajNei => GC Tam3P => Subst, Ti/Tv e GC TamNei => Taxa de transição diferente (A­G) e 

(C­T) Gamma => Sítios evoluem diferentemente.

ModelTest

Reconstrução de topologias

MinEvolu Quadrados mínimos UPGMA * Neighbor Joining**

Sustentabilidade de Topologia

Jackknife Bootstrap

Tipos de Topologias

Mão na massa