divisione in gruppi di tre persone assegnazione di tre articoli originali per gruppo. gli articoli...
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• Divisione in gruppi di tre persone
• Assegnazione di tre articoli originali per gruppo. Gli articoli sono divisi in tre tematiche (A, B, C)
• Ciascun componente del gruppo sceglie uno dei tre articoli da presentare in un breve seminario secondo un calendario prestabilito. Gli altri due componenti del gruppo dovranno prepararsi a rispondere a domande (semplici) sull’articolo alla fine del seminario dei compagni di gruppo
• Seminario da 0 a 6
• Domande ai componenti dello stesso gruppo di chi presenta (una per seminario) da 0 a 2
• Esame finale da 8 a 20
• Altri elementi che potranno contribuire al voto finale: 1) interventi durante la discussione dei seminari, 2) presenze
VALUTAZIONE
CELL 32.44
EMBO J 13.999
EUR J BIOCHEM 2.852
J BIOL CHEM 7.368
MOL CELL BIOL 9.666
NATURE 25.814
SCIENCE 23.872
IMPACT FACTOR
articoli originali
rassegne “reviews”
libri di testo
Watson et al., BIOLOGIA MOLECOLARE DEL GENE, Zanichelli editore S.p.A. Copyright © 2005
Watson et al., BIOLOGIA MOLECOLARE DEL GENE, Zanichelli editore S.p.A. Copyright © 2005
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Schema trasferimento e
ibridazione
Watson et al., BIOLOGIA MOLECOLARE DEL GENE, Zanichelli editore S.p.A. Copyright © 2005
Altre tecniche di analisi
•Estensione del primer (primer extension)
•Protezione dalla S1/RNasi (mapping)
•RT-PCR
•Real time PCR
mRNA totale
oligo antisenso marcato
mRNA globina
cap
5’3’
ibridazione
estensione con RT
Analisi dei frammenti estesi su gel di sequenza
frammento protetto
Estensione del primer
(primer extension)
Protezione da RNasi (RNase Protection)
Protezione da RNasi
(RNase Protection)
mRNA totale
sonda RNA antisenso
mRNA globina
cap
5’3’
ibridazione
trattamento con RNasi
Analisi dei frammenti protetti su gel di
sequenza
frammento protetto
Protezione da RNasi (RNase Protection)
Analisi interazioni
DNA-proteine:
saggio di footprinting
Analisi interazioni
DNA-proteine:
saggio EMSA
Coimmunoprecipitazione
Affinity co-purification(pull down)
Sistema dei due ibridi
Sistema dei due ibridi
Sistema dei tre ibridi
Chromatin immunoprecipitation (Chip)
Biologia molecolare - Robert F. Weaver Copyright © 2005 – The McGraw-Hill Companies srl
An example of a ChIP assay done in yeast using an antibodies raised against the gene-specific transcription factor Gal4 and the general transcription factor and proteasome constituent Sug1. Different PCR primers (amplifying DNA segments A-E) were employed to probe for the presence of the two proteins along the GAL1 gene under non-inducing (raffinose) or inducing (galactose) conditions. Gal4 is known to be localized to the promoter. Therefore, the ChIP signals in regions B and C for this protein reflect the presence of longer DNAs in the sample which are co-IP’d with Gal4 and amplify using the B and C region primers. This reflects the relatively low resolution of the ChIP assay. Sug1 is an elongation factor and is therefore found throughput the gene.
Sistemi di espressione
•In vitro: - estratti cellulari
•In vivo: - cellule in coltura - animali transgenici
Gene reporter
Vettori di clonaggio per lievito
Ricombinazione omologa
Watson et al., BIOLOGIA MOLECOLARE DEL GENE, Zanichelli editore S.p.A. Copyright © 2005
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Vettori episomali
•transiente
•stabile
•vettori episomali
•vettori virali
Trasfezione di cellule in coltura
Watson et al., BIOLOGIA MOLECOLARE DEL GENE, Zanichelli editore S.p.A. Copyright © 2005
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