elektrostatika biomolekul - web.vscht.cz · pdf fileelektrostatika biomolekul použití:...
Post on 12-Feb-2018
221 Views
Preview:
TRANSCRIPT
Elektrostatika biomolekul
Molekulární plochy:
Connollyho (molekulární, rozpouštědlem vyloučená, MSMS)
voda r = 1.4 Å
Elektrostatika biomolekul
∇ x∇x =−4x
Poissonova rovnice
∇=[∂/∂ x ,∂/∂ y ,∂/∂ z ]
nábojová hustota(C m-3)
Elektrostatika biomolekul
různě polárníprostředí
ovlivněníelektrolytem
náboje biomolekuly
∇ x∇x =−4x 2 x
Elektrostatika biomolekul
Použití:- charakterizace schopnosti biomolekuly
interagovat elektrostatickými interakcemi
- charakterizace elektrostatických interakcí,stabilizujících biomolekulu nebo komplex
- predikce protonačních stavů
Elektrostatika biomolekulCharakterizace schopnosti biomolekuly
interagovat elektrostatickými interakcemi
(kT)
Elektrostatika biomolekulCharakterizace schopnosti biomolekuly
interagovat elektrostatickými interakcemi
+ 2.0 kT – 2.0 kT
G es=∫V
x x dV
Elektrostatika biomolekulCharakterizace schopnosti biomolekuly
interagovat elektrostatickými interakcemi
Elektrostatika biomolekulCharakterizace elektrostatických interakcí,
stabilizujících biomolekulu nebo komplex
+
+DG ~ 0
?
Elektrostatika biomolekulCharakterizace elektrostatických interakcí,
stabilizujících biomolekulu nebo komplex
+
+DG ~ 0
?
Elektrostatika biomolekulCharakterizace elektrostatických interakcí,
stabilizujících biomolekulu nebo komplex
je opravdu stabilizující?
Elektrostatika biomolekulCharakterizace elektrostatických interakcí,
stabilizujících biomolekulu nebo komplex
DG ~ 0
?
Elektrostatika biomolekulCharakterizace elektrostatických interakcí,
stabilizujících biomolekulu nebo komplex
Feng Dong, Huan-Xiang Zhou (2006)Proteins: Structure, Function, and Bioinformatics,65(1) 87-102.
Elektrostatika biomolekul
Výpočet:
APBS http://apbs.wustl.edu
DelPhi http://wiki.c2b2.columbia.edu/honiglab_public
ZAP http://www.eyesopen.com
Visualizace:
Pymol (+APBS), VMD (+APBS)
Elektrostatika biomolekulChimera+APBS
http://www.cgl.ucsf.edu/chimera/docs/ContributedSoftware/surfcolor/surfcolor.html
top related