gabriel - bioinfo grad - aula 6 06-12-2014
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+BioinformticaAnlise Funcional
Gabriel da Rocha FernandesUniversidade Catlica de Braslia
gabrielf@ucb.br - fernandes.gabriel@gmail.com
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+Objetivos
2
nIdentificar as funes dos genes.
nCaracterizar os processos celulares.
nMapear em vias metablicas.
nElucidar o funcionamento do organismo.
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+Ferramentas
nFerramenta de alinhamento:n BLASTnHMMER
nBase de dados:nCOGn KEGG Orthologyn PFamnGene Ontology
3
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+Dicas
nProcurar por Hits que tenham descrio clara.n Evitar: hypothetical protein, putative..
nBuscar em vrias bases de dados.nAumentar a quantidade de entradas anotadas.nHits no identificados em uma base podem ser anotados por outra.
nObservar a cobertura do alinhamento.n BLAST faz alinhamento local.nNo classificar uma protena como um todo baseado apenas em
alinhamento a um unico domnio.
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+Processo
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270!!Predio dos genes!
270!!BLAST! Base de dados!
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+Blast2GO
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+KEGG Mapper
7
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+iPath
npathways.embl.de
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+Pfam
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