introdução a bioinformatica
Post on 06-Jul-2015
1.949 Views
Preview:
TRANSCRIPT
Introdução à BioinformáticaIntrodução à Bioinformática
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
Aprendizado de Máquina
Fornece técnicas para lidar com os problemas acima
18
19
20
21
Bioquímica Computacional
22Cre
scim
en
to e
xp
on
en
cial d
as
base
s d
e d
ad
os
23
Bioquímica Computacional
24
25
Bioquímica Computacional
26
Sequência “query”
Alinhamento
Banco de dados
de sequências
score
Melhoramento do alinhamento
até um score máximo
28
29
Super-family:
Probable common evolutionary origin - Proteins that have low sequence identities, but with structural and functional features suggesting that a common evolutionary origin.
Family:
Proteins clustered together into families are evolutionarily related with pair-wise residue identities between the proteins of 30% and greater. Some cases with low identity could have similar folds and evolution.
Fold:
Major structural similarity. Similar in secondary structure elements with same topological connections. Proteins with same fold may not have common evolutionary origin.
30
31
32
33
34
35
36
37
38
A Computação está para a Biologia da A Computação está para a Biologia da mesma forma que a matemática está mesma forma que a matemática está
para físicapara física
Harold Morowitz Harold Morowitz
39
Observa-se que a natureza é conservadora!
Similaridade entre as seqüências
Transmissão de informações sobre uma seqüência para outras similares com
fidelidade razoável
40
●
41
Duas seqüências são combinadas aleatoriamente
Qualidade da combinação é avaliada e pontuada
Uma seqüência é movida em relação a outra e a combinação é pontuada novamente
Obtenção da melhor pontuação de alinhamento
Método automatizado Alinhamento entre as milhares de alternativas
42
:
■
43
:
Identidade X Similaridade X Homologia
► Homologia → Relação evolutiva Duas seqüências são →homólogas se derivarem da mesma seqüência ancestral.
► Identidade → Presença do mesmo ácido nucléico ou aminoácido na mesma posição em duas seqüências alinhadas;
► Similaridade → Apenas quando ocorrer substituições Dois →aminoácidos são considerados similares se um puder ser substituído por outro com propriedades químicas similares;
44
45
46
47
48
49
50
51
52
53
54
55
56
BIOLOGIA
Redes Neurais, Algoritmos Genéticos
COMPUTAÇÃO
Bioinformática
57
58
59
60
top related