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Procesamiento automático de imágenesMRI y PET-FDG
O. Sotolongo
Fundació ACEInstitut Català de Neurociències Aplicades
Diciembre 13, 2012
OSG (Fundació ACE) ACE pipeline for dummies versión 0.1 1 / 54
Antes de empezar
• http://imagen.fundacioace.com
OSG (Fundació ACE) ACE pipeline for dummies versión 0.1 2 / 54
Objetivos
Resumen
1 Objetivos
2 Introducción
3 Creación del estudioOrganización
4 MRIFreesurferMétricas MRI
5 PET-FDGEl problema del corregistroRegistro PET-FDGExtracción de cerebroSiguiendo con las PET-FDGMétricas PET-FDG
6 Conclusiones
OSG (Fundació ACE) ACE pipeline for dummies versión 0.1 3 / 54
Objetivos
Objetivos
When you can measure what you are speaking about, andexpress it in numbers, you know something about it, whenyou cannot express it in numbers, your knowledge is of ameager and unsatisfactory kind; it may be the beginning ofknowledge, but you have scarely, in your thoughts advancedto the stage of science.
William Thomson (Lord Kelvin)
OSG (Fundació ACE) ACE pipeline for dummies versión 0.1 4 / 54
Objetivos
Objetivos
• Construir un flujo de procesamiento ’automático’ de neuroimagen• Fácil de utilizar y documentado• Eficiente y flexible, hasta donde se pueda!
OSG (Fundació ACE) ACE pipeline for dummies versión 0.1 5 / 54
Objetivos
Objetivos
• Construir un flujo de procesamiento ’automático’ de neuroimagen• Fácil de utilizar y documentado• Eficiente y flexible, hasta donde se pueda!
OSG (Fundació ACE) ACE pipeline for dummies versión 0.1 5 / 54
Objetivos
Objetivos
• Construir un flujo de procesamiento ’automático’ de neuroimagen• Fácil de utilizar y documentado• Eficiente y flexible, hasta donde se pueda!
OSG (Fundació ACE) ACE pipeline for dummies versión 0.1 5 / 54
Objetivos
Objetivos
• Construir un flujo de procesamiento ’automático’ de neuroimagen• Fácil de utilizar y documentado• Eficiente y flexible, hasta donde se pueda!
OSG (Fundació ACE) ACE pipeline for dummies versión 0.1 5 / 54
Introducción
Resumen
1 Objetivos
2 Introducción
3 Creación del estudioOrganización
4 MRIFreesurferMétricas MRI
5 PET-FDGEl problema del corregistroRegistro PET-FDGExtracción de cerebroSiguiendo con las PET-FDGMétricas PET-FDG
6 Conclusiones
OSG (Fundació ACE) ACE pipeline for dummies versión 0.1 6 / 54
Introducción
Arquitectura Cliente - Servidor
• Todos los procesos seejecutan en el servidor
• El cliente se utiliza pararealizar una conexión einteractuar con estos procesos
OSG (Fundació ACE) ACE pipeline for dummies versión 0.1 7 / 54
Introducción
Arquitectura Cliente - Servidor
OSG (Fundació ACE) ACE pipeline for dummies versión 0.1 8 / 54
Introducción
Software utilizado
• FSL. Analysis Group, FMRIB, Oxford, UK• Freesurfer. Athinoula A. Martinos Center for Biomedical Imaging,
Harvard & NIH, USA• MINC Tools. McConnell Brain Imaging Centre (BIC), Montreal
Neurological Institute, McGill University, Canada• MRIcron. Chris Rorden, USC, USA• dicom3tools. David A. Clunie
OSG (Fundació ACE) ACE pipeline for dummies versión 0.1 9 / 54
Introducción
Como conectarse al servidor
• Herramientas necesarias• SSH Secure Shell, putty, Kitty, ...• Visor NIfTI-1 (MRIcron, FSLView, Mango, otros?)
OSG (Fundació ACE) ACE pipeline for dummies versión 0.1 10 / 54
Introducción
SSH Secure Shell
OSG (Fundació ACE) ACE pipeline for dummies versión 0.1 11 / 54
Introducción
SSH Secure Shell
OSG (Fundació ACE) ACE pipeline for dummies versión 0.1 12 / 54
Introducción
Los comandos shell (BASH)
OSG (Fundació ACE) ACE pipeline for dummies versión 0.1 13 / 54
Introducción
Los comandos shell (BASH)
OSG (Fundació ACE) ACE pipeline for dummies versión 0.1 13 / 54
Introducción
SSH Secure Shell
• imagen.fundacioace.com• nohup, screen
OSG (Fundació ACE) ACE pipeline for dummies versión 0.1 14 / 54
Introducción
SSH Secure Shell
• imagen.fundacioace.com• nohup, screen
OSG (Fundació ACE) ACE pipeline for dummies versión 0.1 14 / 54
Introducción
Comandos shell
• nohup, man• ls, cd, mkdir, cp• rm, mv• cat, less, wc, tail, head• nano, vim, emacs, ?• sort, sed, awk, grep
OSG (Fundació ACE) ACE pipeline for dummies versión 0.1 15 / 54
Introducción
Comandos shell
• nohup, man• ls, cd, mkdir, cp• rm, mv• cat, less, wc, tail, head• nano, vim, emacs, ?• sort, sed, awk, grep
OSG (Fundació ACE) ACE pipeline for dummies versión 0.1 15 / 54
Introducción
Comandos shell
• nohup, man• ls, cd, mkdir, cp• rm, mv• cat, less, wc, tail, head• nano, vim, emacs, ?• sort, sed, awk, grep
OSG (Fundació ACE) ACE pipeline for dummies versión 0.1 15 / 54
Introducción
Comandos shell
• nohup, man• ls, cd, mkdir, cp• rm, mv• cat, less, wc, tail, head• nano, vim, emacs, ?• sort, sed, awk, grep
OSG (Fundació ACE) ACE pipeline for dummies versión 0.1 15 / 54
Introducción
Usando FSLView en remoto
• Instalar Servidor X→ Xming X Server• Configurar SSH Secure Shell para tunel X
OSG (Fundació ACE) ACE pipeline for dummies versión 0.1 16 / 54
Introducción
Usando FSLView en remoto
• Instalar Servidor X→ Xming X Server• Configurar SSH Secure Shell para tunel X• Lanzar fslview desde línea de comandos
OSG (Fundació ACE) ACE pipeline for dummies versión 0.1 17 / 54
Introducción
Usando FSLView en remoto
OSG (Fundació ACE) ACE pipeline for dummies versión 0.1 18 / 54
Creación del estudio
Resumen
1 Objetivos
2 Introducción
3 Creación del estudioOrganización
4 MRIFreesurferMétricas MRI
5 PET-FDGEl problema del corregistroRegistro PET-FDGExtracción de cerebroSiguiendo con las PET-FDGMétricas PET-FDG
6 Conclusiones
OSG (Fundació ACE) ACE pipeline for dummies versión 0.1 19 / 54
Creación del estudio Organización
Configurando el estudio
• make_std.pl test• Crear data/test/test.csv
test.csv0095;con0096;mci0097;ad0098;mci0099;ad0100;mci0101;ad0106;ad...
OSG (Fundació ACE) ACE pipeline for dummies versión 0.1 20 / 54
Creación del estudio Organización
Configurando el estudio
• make_std.pl test• Crear data/test/test.csv
test.csv0095;con0096;mci0097;ad0098;mci0099;ad0100;mci0101;ad0106;ad...
OSG (Fundació ACE) ACE pipeline for dummies versión 0.1 20 / 54
Creación del estudio Organización
Configurando el estudio
Estructura del estudio• data/test/
• working/• test.csv
OSG (Fundació ACE) ACE pipeline for dummies versión 0.1 21 / 54
Creación del estudio Organización
Cargando los DICOM
• raw2nii.pl test Directorio/donde/estan/los/DICOM/
Estructura del estudio• data/test/
• dti/• mri/• pet-fdg/• working/• test.csv
OSG (Fundació ACE) ACE pipeline for dummies versión 0.1 22 / 54
Creación del estudio Organización
Cargando los DICOM
• raw2nii.pl test Directorio/donde/estan/los/DICOM/
Estructura del estudio• data/test/
• dti/• mri/• pet-fdg/• working/• test.csv
OSG (Fundació ACE) ACE pipeline for dummies versión 0.1 22 / 54
MRI
Resumen
1 Objetivos
2 Introducción
3 Creación del estudioOrganización
4 MRIFreesurferMétricas MRI
5 PET-FDGEl problema del corregistroRegistro PET-FDGExtracción de cerebroSiguiendo con las PET-FDGMétricas PET-FDG
6 Conclusiones
OSG (Fundació ACE) ACE pipeline for dummies versión 0.1 23 / 54
MRI Freesurfer
Conversión a FreeSurfer
• fsl2fs.pl test
Estructura de FreeSurfer• data/subjects/
• test_ad0001/• test_mci0002/• test_con0003/
OSG (Fundació ACE) ACE pipeline for dummies versión 0.1 24 / 54
MRI Freesurfer
Conversión a FreeSurfer
• fsl2fs.pl test
Estructura de FreeSurfer• data/subjects/
• test_ad0001/• test_mci0002/• test_con0003/
OSG (Fundació ACE) ACE pipeline for dummies versión 0.1 24 / 54
MRI Freesurfer
Procesamiento con FreeSurfer
• precon.pl test
precon.pl test⇓−→ recon-all -autorecon-all -subjid test_ad0001 -use-gpu−→ recon-all -autorecon-all -subjid test_mci0002−→ recon-all -autorecon-all -subjid test_con0003−→ recon-all -autorecon-all -subjid test_con0004 -use-gpu
OSG (Fundació ACE) ACE pipeline for dummies versión 0.1 25 / 54
MRI Freesurfer
Procesamiento con FreeSurfer
• precon.pl test
precon.pl test⇓−→ recon-all -autorecon-all -subjid test_ad0001 -use-gpu−→ recon-all -autorecon-all -subjid test_mci0002−→ recon-all -autorecon-all -subjid test_con0003−→ recon-all -autorecon-all -subjid test_con0004 -use-gpu
OSG (Fundació ACE) ACE pipeline for dummies versión 0.1 25 / 54
MRI Freesurfer
Procesamiento con FreeSurfer
recon-all -autorecon-all -subjid sujeto⇓−→ Correción de movimiento (si es posible)−→ Correción de intensidad−→ Normalización−→ Corregistro−→ Segmentación−→ Estadísticas−→ ... y muchas cosas más.
recon-allhttp://www.freesurfer.net/fswiki/ReconAllTableStableV5.1
OSG (Fundació ACE) ACE pipeline for dummies versión 0.1 26 / 54
MRI Freesurfer
Procesamiento con FreeSurfer
recon-all -autorecon-all -subjid sujeto⇓−→ Correción de movimiento (si es posible)−→ Correción de intensidad−→ Normalización−→ Corregistro−→ Segmentación−→ Estadísticas−→ ... y muchas cosas más.
recon-allhttp://www.freesurfer.net/fswiki/ReconAllTableStableV5.1
OSG (Fundació ACE) ACE pipeline for dummies versión 0.1 26 / 54
MRI Freesurfer
Procesamiento con FreeSurfer
• recon-all -autorecon1 -subjid <subjid>• recon-all -motioncor• recon-all -talairach• recon-all -nuintensitycor• recon-all -normalization• recon-all -skullstrip
OSG (Fundació ACE) ACE pipeline for dummies versión 0.1 27 / 54
MRI Freesurfer
Procesamiento con FreeSurfer
• recon-all -autorecon2 -subjid <subjid>• recon-all -gcareg• recon-all -canorm• recon-all -careg• recon-all -careginv• recon-all -rmneck• recon-all -skull-lta• recon-all -calabel• recon-all -normalization2• recon-all -maskbfs• recon-all -segmentation• recon-all -fill• recon-all -tessellate• recon-all -smooth1• recon-all -inflate1• recon-all -qsphere• recon-all -fix• recon-all -white• recon-all -smooth2• recon-all -inflate2
OSG (Fundació ACE) ACE pipeline for dummies versión 0.1 28 / 54
MRI Freesurfer
Procesamiento con FreeSurfer
• recon-all -autorecon3 -subjid <subjid>• recon-all -sphere• recon-all -surfreg• recon-all -jacobian_white• recon-all -avgcurv• recon-all -cortparc• recon-all -pial• recon-all -surfvolume• recon-all -parcstats• recon-all -cortparc2• recon-all -parcstats2• recon-all -cortribbon• recon-all -segstats• recon-all -aparc2aseg• recon-all -wmparc• recon-all -balabels• recon-all -label-exvivo-ec
OSG (Fundació ACE) ACE pipeline for dummies versión 0.1 29 / 54
MRI Freesurfer
Procesamiento con FreeSurfer
• -use-gpu ?• Tecnología CUDA, desarrollada por NVIDIA Corp.
• CUDA es una arquitectura de cálculo paralelo que aprovecha lapotencia de GPU (unidad de procesamiento gráfico) paraincrementar del rendimiento del sistema.
• Lenguaje de programación similar a C• Ideal para cálculos matemáticos (Descomposición previa de un
problema no lineal en muchos problemas lineales)
• Esta es la razón de que se haya elegido FreeSurfer para elprocesamiento de MRI
OSG (Fundació ACE) ACE pipeline for dummies versión 0.1 30 / 54
MRI Freesurfer
Procesamiento con FreeSurfer
• -use-gpu ?• Tecnología CUDA, desarrollada por NVIDIA Corp.
• CUDA es una arquitectura de cálculo paralelo que aprovecha lapotencia de GPU (unidad de procesamiento gráfico) paraincrementar del rendimiento del sistema.
• Lenguaje de programación similar a C• Ideal para cálculos matemáticos (Descomposición previa de un
problema no lineal en muchos problemas lineales)
• Esta es la razón de que se haya elegido FreeSurfer para elprocesamiento de MRI
OSG (Fundació ACE) ACE pipeline for dummies versión 0.1 30 / 54
MRI Freesurfer
Procesamiento con FreeSurfer
• -use-gpu ?• Tecnología CUDA, desarrollada por NVIDIA Corp.
• CUDA es una arquitectura de cálculo paralelo que aprovecha lapotencia de GPU (unidad de procesamiento gráfico) paraincrementar del rendimiento del sistema.
• Lenguaje de programación similar a C• Ideal para cálculos matemáticos (Descomposición previa de un
problema no lineal en muchos problemas lineales)
• Esta es la razón de que se haya elegido FreeSurfer para elprocesamiento de MRI
OSG (Fundació ACE) ACE pipeline for dummies versión 0.1 30 / 54
MRI Freesurfer
Procesamiento con FreeSurfer
• -use-gpu ?• Tecnología CUDA, desarrollada por NVIDIA Corp.
• CUDA es una arquitectura de cálculo paralelo que aprovecha lapotencia de GPU (unidad de procesamiento gráfico) paraincrementar del rendimiento del sistema.
• Lenguaje de programación similar a C• Ideal para cálculos matemáticos (Descomposición previa de un
problema no lineal en muchos problemas lineales)
• Esta es la razón de que se haya elegido FreeSurfer para elprocesamiento de MRI
OSG (Fundació ACE) ACE pipeline for dummies versión 0.1 30 / 54
MRI Freesurfer
Procesamiento con FreeSurfer
• precon.pl lanza hasta 30 procesos de FreeSurfer en paralelo• De haber capacidad disponible, los procesos utilizan la GPU• Los procesadores y slots de GPU van siendo ocupados en la
medida en que son liberados• No obstante, el proceso puede demorar días
OSG (Fundació ACE) ACE pipeline for dummies versión 0.1 31 / 54
MRI Freesurfer
Procesamiento con FreeSurfer
• precon.pl lanza hasta 30 procesos de FreeSurfer en paralelo• De haber capacidad disponible, los procesos utilizan la GPU• Los procesadores y slots de GPU van siendo ocupados en la
medida en que son liberados• No obstante, el proceso puede demorar días
OSG (Fundació ACE) ACE pipeline for dummies versión 0.1 31 / 54
MRI Freesurfer
Procesamiento con FreeSurfer
• precon.pl test• check_fs_run.pl test
check_fs_run.pl
$ check_fs_run.pl test
No errors found
• De existir errores el script los muestra
OSG (Fundació ACE) ACE pipeline for dummies versión 0.1 32 / 54
MRI Freesurfer
Procesamiento con FreeSurfer
• precon.pl test• check_fs_run.pl test
check_fs_run.pl
$ check_fs_run.pl test
No errors found
• De existir errores el script los muestra
OSG (Fundació ACE) ACE pipeline for dummies versión 0.1 32 / 54
MRI Freesurfer
Procesamiento con FreeSurfer
• precon.pl test• check_fs_run.pl test
check_fs_run.pl
$ check_fs_run.pl test
No errors found
• De existir errores el script los muestra
OSG (Fundació ACE) ACE pipeline for dummies versión 0.1 32 / 54
MRI Freesurfer
Procesamiento con FreeSurfer
• precon.pl test• check_fs_run.pl test
check_fs_run.pl
$ check_fs_run.pl test
No errors found
• De existir errores el script los muestra
OSG (Fundació ACE) ACE pipeline for dummies versión 0.1 32 / 54
MRI Métricas MRI
Métricas
• get_csv.pl test→ data/test/test_mri.csv (661 variables)
Ver: data/mri_stats_diccionario.txt
OSG (Fundació ACE) ACE pipeline for dummies versión 0.1 33 / 54
MRI Métricas MRI
Métricas
• get_csv.pl test→ data/test/test_mri.csv (661 variables)
Ver: data/mri_stats_diccionario.txt
OSG (Fundació ACE) ACE pipeline for dummies versión 0.1 33 / 54
MRI Métricas MRI
Métricas
OSG (Fundació ACE) ACE pipeline for dummies versión 0.1 34 / 54
PET-FDG
Resumen
1 Objetivos
2 Introducción
3 Creación del estudioOrganización
4 MRIFreesurferMétricas MRI
5 PET-FDGEl problema del corregistroRegistro PET-FDGExtracción de cerebroSiguiendo con las PET-FDGMétricas PET-FDG
6 Conclusiones
OSG (Fundació ACE) ACE pipeline for dummies versión 0.1 35 / 54
PET-FDG El problema del corregistro
Registro al espacio MNI
OSG (Fundació ACE) ACE pipeline for dummies versión 0.1 36 / 54
PET-FDG El problema del corregistro
Registro al espacio MNI
OSG (Fundació ACE) ACE pipeline for dummies versión 0.1 37 / 54
PET-FDG El problema del corregistro
Registro al espacio MNI
P = , R = , R = OP
B = , B = LP, R = NB, O = NL
LP = , N(LP) = OP =
OSG (Fundació ACE) ACE pipeline for dummies versión 0.1 38 / 54
PET-FDG El problema del corregistro
Registro al espacio MNI
P = ,
R = ,
R = OP
B = , B = LP,
R = NB, O = NL
LP = , N(LP) = OP =
OSG (Fundació ACE) ACE pipeline for dummies versión 0.1 38 / 54
PET-FDG El problema del corregistro
Registro al espacio MNI
P = ,
R = , R = OP
B = ,
B = LP,
R = NB,
O = NL
LP = , N(LP) = OP =
OSG (Fundació ACE) ACE pipeline for dummies versión 0.1 38 / 54
PET-FDG El problema del corregistro
Registro al espacio MNI
P = , R = ,
R = OP
B = ,
B = LP, R = NB, O = NL
LP = , N(LP) = OP =
OSG (Fundació ACE) ACE pipeline for dummies versión 0.1 38 / 54
PET-FDG El problema del corregistro
Registro al espacio MNI
P = , R = , R = OP
B = , B = LP,
R = NB, O = NL
LP = ,
N(LP) = OP =
OSG (Fundació ACE) ACE pipeline for dummies versión 0.1 38 / 54
PET-FDG El problema del corregistro
Registro al espacio MNI
P = , R = , R = OP
B = , B = LP, R = NB,
O = NL
LP = ,
N(LP) = OP =
OSG (Fundació ACE) ACE pipeline for dummies versión 0.1 38 / 54
PET-FDG Registro PET-FDG
Registro de PET-FDG al espacio MNI
• pet_reg.pl -e test 1
1Necesita FreeSurfer previoOSG (Fundació ACE) ACE pipeline for dummies versión 0.1 39 / 54
PET-FDG Registro PET-FDG
Registro al espacio MNI
Deja un informe en:data/test/working/pets/index.html
OSG (Fundació ACE) ACE pipeline for dummies versión 0.1 40 / 54
PET-FDG Registro PET-FDG
Registro al espacio MNI
Pero las cosas pueden salir mal
⇒ En un rato lo vemos ...
OSG (Fundació ACE) ACE pipeline for dummies versión 0.1 41 / 54
PET-FDG Registro PET-FDG
Registro al espacio MNI
Pero las cosas pueden salir mal
⇒ En un rato lo vemos ...
OSG (Fundació ACE) ACE pipeline for dummies versión 0.1 41 / 54
PET-FDG Extracción de cerebro
Extracción de cerebro
Si no se ha ejecutado FreeSurfer:• just_brain.pl -e test
OSG (Fundació ACE) ACE pipeline for dummies versión 0.1 42 / 54
PET-FDG Extracción de cerebro
Extracción de cerebro
Deja un informe en:data/test/working/brains/index.html
OSG (Fundació ACE) ACE pipeline for dummies versión 0.1 43 / 54
PET-FDG Extracción de cerebro
Extracción de cerebro
... y también aquí las cosas pueden ir mal
• Estos problemas de corregistro se deben a la longitud del cuello• Las imágenes deben ser cortadas manualmente antes del
proceso 2
2Gracias al Dr. J. T. Becker por la ideaOSG (Fundació ACE) ACE pipeline for dummies versión 0.1 44 / 54
PET-FDG Extracción de cerebro
Extracción de cerebro
... y también aquí las cosas pueden ir mal
• Estos problemas de corregistro se deben a la longitud del cuello• Las imágenes deben ser cortadas manualmente antes del
proceso 2
2Gracias al Dr. J. T. Becker por la ideaOSG (Fundació ACE) ACE pipeline for dummies versión 0.1 44 / 54
PET-FDG Extracción de cerebro
Extracción de cerebro
... y también aquí las cosas pueden ir mal
• Estos problemas de corregistro se deben a la longitud del cuello• Las imágenes deben ser cortadas manualmente antes del
proceso 2
2Gracias al Dr. J. T. Becker por la ideaOSG (Fundació ACE) ACE pipeline for dummies versión 0.1 44 / 54
PET-FDG Extracción de cerebro
Arreglando problemas
• just_brain.pl -e test -cut cuts.csv
cuts.csv1016;1050;01062;20
OSG (Fundació ACE) ACE pipeline for dummies versión 0.1 45 / 54
PET-FDG Siguiendo con las PET-FDG
Registro al espacio MNI
• pet_reg.pl -e test -cut cuts.csv
OSG (Fundació ACE) ACE pipeline for dummies versión 0.1 46 / 54
PET-FDG Siguiendo con las PET-FDG
Generación de informes
• make_brain_report.pl test→ Informe de extracción de cerebros• make_pet_report.pl test→ Informe de registro de PET• make_report.pl test→ Ambos informes!
OSG (Fundació ACE) ACE pipeline for dummies versión 0.1 47 / 54
PET-FDG Siguiendo con las PET-FDG
Generación de informes
• make_brain_report.pl test→ Informe de extracción de cerebros• make_pet_report.pl test→ Informe de registro de PET• make_report.pl test→ Ambos informes!
OSG (Fundació ACE) ACE pipeline for dummies versión 0.1 47 / 54
PET-FDG Siguiendo con las PET-FDG
Avanzado! (unidades SUV)
• Standarized Uptake Value (g/ml)• pet_reg.pl -suv -e test
data/prueba/pet-fdg/mci0016s001.datRTD: 310800000RPST: 093500.000000ST: 101421.000000RHL: 6586.2001953125PW: 60decay: 0.434471622263023CF: 0.000444333261732163
OSG (Fundació ACE) ACE pipeline for dummies versión 0.1 48 / 54
PET-FDG Siguiendo con las PET-FDG
Avanzado! (unidades SUV)
• Standarized Uptake Value (g/ml)• pet_reg.pl -suv -e test
data/prueba/pet-fdg/mci0016s001.datRTD: 310800000RPST: 093500.000000ST: 101421.000000RHL: 6586.2001953125PW: 60decay: 0.434471622263023CF: 0.000444333261732163
OSG (Fundació ACE) ACE pipeline for dummies versión 0.1 48 / 54
PET-FDG Métricas PET-FDG
Métricas
• pet_metrics.pl test→ data/test/test_pet.csv (137 variables)
Ver: data/pet_stats_diccionario.txt
OSG (Fundació ACE) ACE pipeline for dummies versión 0.1 49 / 54
PET-FDG Métricas PET-FDG
Métricas
• pet_metrics.pl test→ data/test/test_pet.csv (137 variables)
Ver: data/pet_stats_diccionario.txt
OSG (Fundació ACE) ACE pipeline for dummies versión 0.1 49 / 54
PET-FDG Métricas PET-FDG
Métricas
OSG (Fundació ACE) ACE pipeline for dummies versión 0.1 50 / 54
Conclusiones
Resumen
1 Objetivos
2 Introducción
3 Creación del estudioOrganización
4 MRIFreesurferMétricas MRI
5 PET-FDGEl problema del corregistroRegistro PET-FDGExtracción de cerebroSiguiendo con las PET-FDGMétricas PET-FDG
6 Conclusiones
OSG (Fundació ACE) ACE pipeline for dummies versión 0.1 51 / 54
Conclusiones
Resumiendo
Configurar el estudio
Importar imagenes
MRI
Convertir a FreeSurfer Procesar con FreeSurfer Extraer metricas
PET−FDG
Preprocesado (FS+FSL) Corregistro
Atlas + Segmentacion
Extraer metricas
OSG (Fundació ACE) ACE pipeline for dummies versión 0.1 52 / 54
Conclusiones
Conclusiones
• DIY!• Ejemplos y documentación: http://imagen.fundacioace.com• Soporte: osotolongo@fundacioace.com
OSG (Fundació ACE) ACE pipeline for dummies versión 0.1 53 / 54
Conclusiones
Conclusiones
• DIY!• Ejemplos y documentación: http://imagen.fundacioace.com• Soporte: osotolongo@fundacioace.com
OSG (Fundació ACE) ACE pipeline for dummies versión 0.1 53 / 54
Muchas Gracias
Gracias por su atención.• preguntas,• comentarios,• ideas,• críticas,• etc ...
OSG (Fundació ACE) ACE pipeline for dummies versión 0.1 54 / 54
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