programa pdb viewer

PRESENTADO POR :

ESPINOZA MALLMA ,AURELIO DE LA CRUZ AYLAS, LUCIA

TELLO ENRIQUE, TONY

PROGRAMA PDB VIEWER

Lucia 2 -6

UTILIZACION…

Este programa es uno de los muchos que permiten

trabajar con estructuras tridimensionales de

proteínas. Utiliza -entre otros- archivos de formato PDB. En varias bases de

datos se pueden encontrar y descargar los archivos PDB de aquellas proteínas de las que se ha determinado su estructura 3D mediante

cristalografía de rayos X o RMN

Manuel C. Peitsch

Alexandre Diemand

Nicolas Guex

Las posibilidades de este programa son muy

amplias

Introducción de una estructura 3D

En primer lugar pulsa en el menú File del programa Swiss PdbViewer 3.7. Se abrirá un menú en el que la primera opción es Open PDB File. Entonces se aparecerá una ventana en la que tendrás que seleccionar el correspondiente archivo en formato PDB.

Además también aparecerá la ventana

de barra de herramientas (toolbar).

Una vez seleccionado el

archivo, se abrirán dos

ventanas

Muestra la estructura

proteica y el panel de control

Muestra información correspondiente a cada aminoácido de la proteína con la que se va a trabajar .

Tener en cuenta…

En la barra de herramientas hay 3 comandos que permiten mover la proteína en la pantalla:

Pulsando cada uno de ellos y luego situándose sobre la representación de la

proteína se puede desplazar, rotar, acercar o alejar la proteína.

Colocando el cursor sobre el correspondiente aminoácido en el Control panel y dando al botón derecho del ratón la proteína se orienta de manera que ese aminoácido es el que queda más próximo al observador.

AURELIO 9 AL 15

Opciones de visualización de los aminoácidos

La mayor parte de las acciones de selección de los aminoácidos

se llevan acabo en Control panel.

los aminoácidos se pueden seleccionar o marcar

Si vamos a control panel y nos colocamos encima de los

aminoácidos veremos que cuando soltamos el ratón los aminoácidos seleccionados

pasan a encontrarse de color rojo y si se presiona INTRO,

serán los únicos que se encuentren en la pantalla

En el panel de control ahora se puede seleccionar la visualización de los aminoácidos seleccionados de forma que se vean:

si se hace lo mismo (botón derecho + shift-mayúsculas) sobre un espacio no clickeado se marcará toda esa columna con la función que se haya elegido, pero como se puede ver se siguen manteniendo los mismos aminoácidos seleccionados.

Este tipo de funciones

pueden ser muy útiles

a la hora de trabajar

solamente con

regiones concretas

de la proteína.

Seleccionando diferentes dominios

Otra de las opciones que también ofrece el programa es seleccionar los aminoácidos que corresponden a una determinada subunidad o estructura secundaria dentro de la proteína.

Así, los aminoácidos que se encuentran formando parte de una α-hélice o lámina β aparecen marcados a la izquierda con una h o una s respectivamente.

Se puede seleccionar todos los aminoácidos de una α-hélice o lámina β pulsando en una h o s con el botón izquierdo del ratón. Una vez seleccionada se puede seleccionar otra hélice en vez de estar pulsando en otra h de otro aminoácido de otra hélice con el botón izquierdo y (shift –mayúsculas)Se puede marcar otra hélice sin seleccionar la primera pulsando con el botón derecho y (shift –mayúsculas)

Otra opción para seleccionar es utilizar el comando select. Como se ve se puede seleccionar por tipo de estructura secundaria, tipo de aminoácido, etc.

TONY 16 - 21

Determinando interacciones entre regiones del modelo

Una de las características más interesantes del programa es que permite determinar y representar los residuos implicados en una determinada interacción.

Por ejemplo se pueden marcar los aminoácidos próximos a un aminoácido determinado. Para ello pulsa el comando select y después neighbors of selected aa. Aparecerá un cuadro de diálogo en el que el programa pide señalar el radio (en Å) de la distancia a la que se deben encontrar los residuos alrededor del aminoácido o aminoácidos seleccionados.

De esa manera tendremos marcados solo los aminoácidos con los que establecen puentes de hidrógeno los que nosotros teníamos

seleccionados.

A su vez esa función se puede combinar con show only groups with visible H-bonds.

De esa manera aparecerán lo puentes de hidrógeno que establecen los aminoácidos seleccionados con los que tiene

alrededor

Esta función puede combinarse con otra que permite mostrar los aminoácidos con los que establecen puentes de hidrógeno esos

residuos mediante el comando display y seleccionando show only H-bonds from selection.

Este tipo de funciones permite centrarse específicamente en la región de la proteína en la que estemos interesados.

Puentes de

Hidrogeno

Seleccionar

Coloreado

Otra de las opciones del programaes que ofrece la posibilidad de colorear selectivamente regiones de la proteína o el modelo de trabajo. Por ejemplo: Utilizando el comando color y seleccionando by secondary structure se colorean en rojo los aminoácidos que forman parte de las α-hélices, en amarillo los de las láminas β y en gris el resto de los residuos.

Otras funciones semejantes permiten colorear los aminoácidos o átomos dentro de los aminoácidos de diferentes maneras:

También es posible colorear selectivamente el esqueleto, la cadena lateral, ambos, la representación en cinta, el nombre del aminoácido o la superficie de contacto de aquellos aminoácidos que tengamos seleccionados. Para ello hay que pulsar con cualquiera de los botones del ratón sobre el pequeño triángulo que se encuentra al lado de la columna de color y seleccionar la opción deseada.

MATEO

Coloreado y accesibilidad

Utilizando la función Color: Accessibility el programa calcula la accesibilidad de cada residuo al entorno (dependiendo del ordenador esta operación puede llevar varios segundos). El color de cada residuo se basa en el porcentaje de área de cada residuo expuesta al medio. Los colores van desde el violeta para el menos accesible hasta el naranja para los más expuestos al disolvente.

Otra función de características semejantes permite determinar tanto el radio de van deer Waals (v) de cada átomo seleccionado:

Trabajando con proteínas de varias subunidades

Lo primero que se puede hacer es colorear cada subunidad de un color diferente utilizando la función color: chain.

Además colocando el cursor sobre la letra que define la cadena de cualquier de los aminoácidos de la misma y haciendo clic con el botón derecho, seleccionarás toda esa cadena.

Gracias por su atención