snp 1 snp 2 g c a g a b c d (a+c)(b+d) (a+b) (a+d) a b c d (a+c)(b+d) (a+b) (a+d) a b c d (a+c)(b+d)...

SNP 1

SNP

2

G

C

A G

a b

c d

(a+c) (b+d)

(a+b)

(a+d)

a b

c d

(a+c) (b+d)

(a+b)

(a+d)

a b

c d

(a+c) (b+d)

(a+b)

(a+d)

a b

c d

(a+c) (b+d)

(a+b)

(a+d)

PAZIENTIMigl. Non migl.

TRAT

TAM

ENTO 1

2

SNP

G

C

FATT

. RIS

CHIO SI

NO

CASI CONTROLLICASI CONTROLLI

xxxx

yyyy

a OSS.a EXP.

(a+c) (b+d)

(a+b)

(a+d)

H0: a OSS:b OSS= c OSS:d OSS; a OSS:c OSS= b OSS:d OSS

EXP = totale di riga x totale di colonnaTotale gener. (N)

b OSS.b EXP.

c OSS.c EXP.

d OSS.d EXP.

N

ODD RATIO= a OSS:c OSS b OSS:d OSS

a b

c d

(a+c) (b+d)

(a+b)

(a+d)FATT

. RIS

CHIO SI

NO

CASI CONTROLLI

A/B C/D

A/C A/DB/C B/D

LA VALUTAZIONE DEL LINKAGE DIPENDE DALLA CONOSCENZA DEL MODO DI TRASMISSIONE DEL CARATTERE:

Il metodo del LOD SCORE e’ fortemente dipendente da questa informazione

Mackay TFC, et al. (2009) Nat Rev Genet 10: 565-577

Plomin R, et al. (2009) Nat Rev Genet 10: 872-878

Balding DJ (2006) Nat Rev Genet 7: 781-791

Altshuler D, et al. (2008) Science 322: 881-888

Altshuler D, et al. (2008) Science 322: 881-888

Filtraggio delle varianti

Figura 6. Progressiva riduzione delle varianti prodotte dal sequenziamento dell’esoma ottenuta attraverso l’applicazione sequenziale dei diversi tools informatici.

Prioritizzazione delle varianti filtrate

Due approcci

Metodo “soggettivo” Metodo “oggettivo”

203 varianti 203 varianti

Figura 7. Rappresentazione schematica della scelta delle varianti da validare effettuata attraverso approccio soggettivo ed oggettivo.

EXOME SEQUENCING