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Speaker: Shih-Chieh Lin

An Integrated Tool of Bioinformatics-Vector NTI

成功大學生物資訊中心

psuper0p533220 bp

M13 pUC Forward (2877)M13 forward20 (2892)

pBluescriptSK primer (2969)pBluescriptKS primer (59)

M13 reverse (139)M13 pUC reverse (156)

T7 promoter

T3 promoter

lac promoter

AmpR promoter

f1 origin

pBR322 origin

Lac Z a (2751)

Ampicilin (1304)

si RNA for P53

Bgl II (1)

Hin dIII (51)

Why should I use Vector NTI ?

• User friendly

• Consistent Multi-Interface Pane Interface in All Applications

• Easy to understand

• Easy to manage

• Powerful Illustration Tools for Publication Quality Graphics

What can Vector NTI help you ?

• Sequence annotation

• Compare sequence results

• Help you design primer

• Verify your original sequence result

• Map construction

DUSP2 Promoter ENSG00000158050 ENST00000288943.32019 bp

HRE -117~-100

Promoter Forward Promoter Reverse

CHIP Forward

CHIP Reverse

Bgl II (2001)

Hin dIII (1150)

Kpn I (760)

Nhe I (926)

Sma I (1262)

Sma I (1903)

Sma I (1964)

COX2-918 -762 -701 mutation2965 bp

GAS1

SIE

GAS2

T-->C

AA-->CC

T-->C

AA-->CC

Sac I (91)

Sequence Annotation

DUSP2 Exon & Intron2663 bp

Intron 1

Intron 2

Intron 3

Forward 1

Reverse 1Forward 2 Reverse 2Exon1

Exon 2

Exon 3

Exon 4

Forward 1 & Reverse 1: amplify Wild type & Variant 1 (113 & 229 bp)Forward 2 & Reverse 2: amplify Wild type & Variant 2 (504 & 162 bp )

430 537440 450 460 470 480 490 500 510 520(430)CCTTTCCCGCCTCTCTTTCCAAGAAACAAGGAGGGGGTGAAGGTACGGAGAACAGTATTTCTTCTGTTGAAAGCAACTTAGCOX2-918 (428)CCTTTCCCGCCTCTCTCTCCAAGCCACAAGGAGGGGGTGAAGGTACGGAGAACAGTATTTCTTCTGTTGAAAGCAACTTAGCOX2-918-m1_-740 (125)CCTTTCCCGCCTCTCTTTCCAAGAAACAAGGAGGGGGTGAAGGTACGGAGAACAGTATTTCCTCTGTTGCCAGCAACTTAGCOX2-918-m1-701 (75)CCTTTCCCGCCTCTCTCTCCAAGCCACAAGGAGGGGGTGAAGGTACGGAGAACAGTATTTCCTCTGTTGCCAGCAACTTAGCOX2-918-m2 (75)CCTTTCCCGCCTCTCTTTCCAAGCCACAAGGAGGGGGTGAAGGTACGGAGAACAGTATTTCTTCTGTTGCCAGCAACTTAGConsensus (430)

Application of AlignX

46 15360 70 80 90 100 110 120 130 140(46)ATGGCTACTCTGATCTATGTTGATAAGGAAAACGAAGAACCAGGCATCCTTGTGGCTACAAAGGATGGGCTGAAGAF_095289_PTTG3 (1)ATGGCTACTCTGATCTATGTTGATAAGGAAAATGGAGAACCAGGCACCCGTGTGGTTGCTAAGGATGGGCTGAAGNM_004219_PTTG1 (46)ATGGCTACTCTGATCTACGTTGATAAGGAAATTGGAGAACCAGGCACCCGTGTGGCTGCCAAGGATGTGCTGAAGNM_006607_PTTG2 (1)ATGGCTACTCTGATCTATGTTGATAAGGAAAATGGAGAACCAGGCACCCGTGTGGCTGC AAGGATGGGCTGAAGConsensus (46)120 227130 140 150 160 170 180 190 200 210(120)GCTGGGGTCTGGACCTTCAATCAAAGCCTTAGATGGGAGATCTCAAGTTTCAATATCATGTTTTGGCAAAACATTAF_095289_PTTG3 (75)GCTGGGGTCTGGACCTTCAATCAAAGCCTTAGATGGGAGATCTCAAGTTTCAACACCACGTTTTGGCAAAACGTTNM_004219_PTTG1(120)GCTGGAGTCTAGACCTTCAATCAAAGCATTAGATGGGATATCTCAAGTTTTAACACCACGTTTTGGCAAAACATANM_006607_PTTG2 (75)GCTGGGGTCTGGACCTTCAATCAAAGCCTTAGATGGGAGATCTCAAGTTTCAACACCACGTTTTGGCAAAACATTConsensus(120)193 300200 210 220 230 240 250 260 270 280 290(193)TTCGATGCTCCCACATCCTTACCTAAAGCTACCAGAAAGGCTTTGGGAACTGTCAACAGAGCTACAGAAAAGTCAAF_095289_PTTG3(148)TTCGATGCCCCACCAGCCTTACCTAAAGCTACTAGAAAGGCTTTGGGAACTGTCAACAGAGCTACAGAAAAGTCTNM_004219_PTTG1(193)TACGATGCTCCATCAGCCTTACCTAAAGCTACCAGAAAGGCTTTGGGCACTGTCAACAGAGCTACAGAAAAGTCANM_006607_PTTG2(148)TTCGATGCTCCA CAGCCTTACCTAAAGCTACCAGAAAGGCTTTGGGAACTGTCAACAGAGCTACAGAAAAGTCAConsensus(193)268 375280 290 300 310 320 330 340 350 360(268)GTAAAGACCAATGGACCCCTCAAACAAAAACAGCCAAGCTTTTCTGCCAAAAAGATGACTGAGAAGACTGTTAAAAF_095289_PTTG3(223)GTAAAGACCAAGGGACCCCTCAAACAAAAACAGCCAAGCTTTTCTGCCAAAAAGATGACTGAGAAGACTGTTAAANM_004219_PTTG1(268)GTAAAGACCAATGGACCCAGAAAACAAAAACAGCCAAGCTTTTCTGCCAAAAAGATGACCGAGAAGACTGTTAAANM_006607_PTTG2(223)GTAAAGACCAATGGACCCCTCAAACAAAAACAGCCAAGCTTTTCTGCCAAAAAGATGACTGAGAAGACTGTTAAAConsensus(268)

DUSP2 promoter pGL3-Basic6028 bp

HRE -117~-100

SV40 late poly(A)signal

Synthetic poly(A) signal

CHIP Forward

CHIP Reverse

GLprimer2

RVprimer3

Promoter Forward

PRomoter Reverse

f1 ori

Luciferase gene

B-lactamase gene (Ampr)

Bgl II (1242)

Kpn I (1)

Nhe I (167)

Hin dIII (391)

Hin dIII (1259)

Sma I (503)

Sma I (1144)

Sma I (1205) PGL3 OBP489 HRE1-mutation5446 bp

HRE 2

HRE 1

obp

tata

CG-->TT

Bgl II (946)

Hin dIII (963)

Nhe I (700)

Sac I (293)

Xho I (664)

Kpn I (287)

Kpn I (344)

Kpn I (622)

Map Construction

Introduction

• How to use Vector NTI

• How to annotate and analyze your sequence ?

• Primer design and Oligo analyze

• AlignX

• Contig Express

• How to construct your map

Function of Vector NTI

• BioAnotator

• AlignX

• Contig Express

• Blast Search• PubMed Search• Citation Viewer • 3-D Mol

Vector NTI web-resource

• http://www.basic.northwestern.edu/VectorNTI/Documentation/VectorNTI/

• http://www.invitrogen.com/content.cfm?pageid=10352

打開打開 : : 開始 → 程式集→ 開始 → 程式集→ InforMax → Vector NTI Suite 8.0 →Vector NTI Explorer InforMax → Vector NTI Suite 8.0 →Vector NTI Explorer

顯示 Database 所含的資料

可選擇D

atabase

的種

類

個人專屬的Subbases

功能選項區快捷功能鍵

1. 按滑鼠右鍵選擇 add Separator 可建立你個人的專屬資料區2. 在個人專屬區 按滑鼠右鍵選擇 New Subbase 可再建立子資料區

如何輸入你有興趣的 Sequence file 至 Vector NTI Database

Method One :Copy & Past

滑鼠點選 Vector NTI Explorer 左上角” Table” 選擇” New” 再點選” Molecule”

按下 Molecule 之後會出現此畫面輸入 Sequence 名稱再點選 DNA/RNA Molecule

選擇此序列之特性 接著點選 Sequences andMaps

再點選 Edit Sequence

將你的 Sequence 貼上此處再按 OK 再按確定即成功建立此 Sequence file

Method Two : Retrieve from NCBI

至 NCBI Search 選擇 Nucleotide 打入欲搜尋之序列名稱點入結果

將網頁下拉至 Genomic region, transcripts, and products 點選 NM ID 點選 GENEBANK 接著按下即可

接著點選 Download 選擇 GenBank 接著按下儲存即可

接著到 Vector NTI Explorer 點選 Import 選擇 Molecule from Text file 選擇 GenBank 按 OK

接著點選剛剛存取的 file 按下 開啟接著選取你欲放入的 Subbase

接著選取你欲放入的 Subbase 按下 OK 再確定名稱之後按下確定即可

如何使用 Vector NTI

圖型區

註解區

序列區

功能

區工具區

只要是圖形檔按此鍵可將圖形貼至 PPT or Word

預覽列印

Text pane

Picture pane

Sequence pane

Molecule Setup按了之後執行的功能為

該 pane 所有

Add feature

圖形 Setup

Find Sequence

按此鍵後可以移動圖形上文字的部分

How to annotate your sequence ?1. 首先找到你想要 Annotate 的區域

點選 Edit 再選擇 Find Sequence( 記得滑鼠要先點在 Sequence 區域 ,Find Sequence 此功能才會出現 )

將 sequence 貼上再按下 Find Next 即可找到你要的區域( 記得滑鼠要先點在 Sequence 區域 ,Find Sequence 此功能才會出現 )

再點選 Edit 選擇 New 再選 add Feature To Map 按下左鍵

可選擇此區域的特徵

此區域的名稱

Rrverse 可勾選此顯示箭頭方向為反向

2. 再來將 Annotate 的區域特性及名稱填上

建立完成 , 當你點選圖上 annotate 的部分 , 同時會顯示序列出來以及其位置所在

當你在 sequence 上做了顏色或是字型格式的改變之後如果你要保存請選擇儲存方式為 Save As Files 存在電腦上而不要選擇存在 Vector NTI database( 因為只有另存在電腦硬碟上才會保存你所做的變更 , 但是 add feature 則沒有此項限制 )

儲存方式

點選 Save As File 此時儲存是儲存在電腦硬碟上( 此法適用於當你在 sequence 上做了顏色或是格式的 modify)

如何 Insert Sequence

首先先找到你想要 Insert 的位置選擇 New 再點選 Insert Sequence 按下左鍵

Ex:欲 insert region

打上欲 Insert 的 sequence 按下 OK 即可

Predict Restriction Site in your sequence

首先進入 Vector NTI Explorer 左上角選擇 Enzymes 此時會 list 出所有的 RE Enzymes 可以自己建立目前 lab 最常用的 vector RE subbase 滑鼠按住左鍵往左拉至 subbase 內即可

再來點選 Vector NTI 上的 Analyzes Restriction Analyzes Restriction sites

按下 add 此時出現右邊視窗 , 滑鼠案指示處 可自點選 enzymes database 或是選擇先前建構的 Vector RE subbase 按 select all 來做分析

滑鼠按此

在圖上以及序列上即可顯示出會切此序列的 Restriction Enzymes

How to analyze your sequence?

點選 Analyzes BioAnnoator Analyze Selected Molecule

此時跳出一個新視窗 點選 Analyzes 再選擇 Analyzes List

List 內建八種分析模組可自行選擇 點選之後按框框所指之處 分析結果顯示在右上角

Primer Design

首先先將欲設計 Primer 的 region 圈選出來 再來點選 AnalyzesPrimer Design Find PCR Primers

此時出現一新視窗根據個人需求更改參數值按框框所指之處會出現進階選項 按箭頭所指之處可將 Primer 在 5端加上 Restriction site

結果會顯示在左邊 Text pane 內 , 可自行 挑選喜歡的 Primer

Design Sequencing primer

首先先將欲設計 Primer 的 region 圈選出來 再來點選 AnalyzesPrimer Design Sequenceing Primers

框框所指之處為更改 sequencing region 的長短再按下 OK 結果ㄧ樣會顯示在左邊

Primer 參數更改之處

How to analyze your primer ?

在 PCR primer result中按右鍵選擇 Analyzes

分析一

按下箭頭所指之處 Analyzes 結果會顯示在框框處

分析二 ( 此方法適用於分析 Paired Primer or oligo)

在 PCR primer result中按右鍵選擇 Add To Oligo List

將 Primer 名稱命名按下 確定 ( 同樣也把 Reverse 的 Primer也加入 )

接著打開 Oligo List 按下框框所指之鍵但有時會看不到 List 此時將箭頭所指之處往下拉 (綠色線條之處 )

接著點選欲分析之 Primer 按下 Analyzes 此時只分析單一 Primer

也可同時分析 Primer 先點選其 中之一 , 再按 Shift 此時可同時選擇 兩個按下 Duplexes 此時會出現 Oligo Duplexes 視窗按下 Analyzes

此時結果會顯示在框框所指之處顯示這對 Primer 會產生多少種的 Primer Dimer

下一個

How to use AlignX ?

到 Vector NTI Explorer 點選想要 作 align 的序列資料 然後點選 AlignAlignX-Align Selected Molecule

自行選擇 align 的個數 點選 Align Align Selected Sequences

結果

區檔案名

稱

在結果區按滑鼠右鍵選擇 Camera 可將 美美的結果貼至 PPT or Word 選擇 Display Setup 可更改 Alignment 的參數值 選擇 Feature Type Color Scheme 可更改結果顏色

在結果區按滑鼠右鍵選擇 Find Sequence 可搜尋你想要找尋的區域或序列

此時會跳出一視窗 , 在此視窗打入欲搜尋之序列藍色區域即為搜尋之結果

選擇 Align 再點選 Show Similarity Tables

即顯示出 Similarity 的結果 此結果依樣可列印出來或貼至 PPT or Word 上

How to use Contig Express ?

首先到 Vector NTI Explorer 點選 Assemble再點選 ContigExpress-Open New Assemble Project

將核心實驗室 E-mail給你的 Sequence result file 先存至你的電腦再用 ContigExpress 打開 點選 Project 再點選 add Fragments 再選 From ABI file

檔案類型選擇 All Files 點選 Sequence result files 按下開啟

此時會問你是否想用原來的檔案名稱輸入 點選 是

按滑鼠右鍵 選擇 Edit 　即可更改你的檔案名稱

按滑鼠右鍵 選擇 Open 即可打開你的 sequence result file

Signal of sequence result

Sequence result

可搜尋 無法辨別之處

可直接在結果上搜尋序列

按滑鼠右鍵 選擇 Copy 再到 Vector NTI Explorer Paste

點選結果按滑鼠右鍵 點選 Make reverse complement 即可得到 Reverse 的結果

接著點選結果按滑鼠右鍵 點選 Copy 再到 Vector NTI Explorer

接著按 Paste 再來用 Align就可以 跟原來的序列作比對 ,Check sequence 的結果

How to Construct your Map ?

首先將你的 Vector Sequence import 至 Vector NTI explorer(也有內建的 Vector, 如果沒有你想要的自行上網抓取 ), 再根據 Data sheet 對 Vector作 Annotation,並且可同時建立此 Vector 的 Restriction site 的 Subbase

再來將你的 Primer 在 5端加入欲 insert Vector 上的 Restriction site 用 Edit 內的 Insert功能 ( 要注意必須選擇在你 Insert sequence 上沒有的 Restriction Enzyme)

接著點選圖形上你所 insert 的 RE site Ex :先點選 Kpn I 再按住 shift 點選 Bgl II, 即可點選整段 insert sequence

接著點選圖形上框框所指之處 add Fragment to Goal List

First select

Second select

接著直接點選完成 此時 insert 的 Fragment List 內 ( 框框所指之處 )

接著回到 Vector 部分 先點選 Bgl II 再按住 Shift 在點選 Kpn I( 要注意點選 RE site 的順序要跟 Insert sequence 的順序相反才可選到 空的 Vector 部分 )

First select

Second select

再來點選框框所指之處

接著直接點選完成 此時空 Vector 的 sequence也會在 Fragment List 內 ( 框框所指之處 )

接著下拉綠色線所指之處點選之前所 加入的兩個 Fragment 再按下 Run( 框框所指之處 )

此時會跳出一視窗在 Name 的地方打上名稱 , 此名稱會顯示在 Map 圖上再按下 Construct

此時會再跳出一視窗選擇你要放置此新的 Vector 的 subbase 位置按下 OK

即完成一個新的 Construct Map 圈選的部分為 Insert sequence 可再自行 作 Annotation

在圖的部分按下滑鼠右鍵 點選 Camera 可將此 Map 圖形貼至 PPT or Word 上 點選 Graphics Display Setup 可更改 annotate 上的格式 點選 Edit picture 可更改圖形格式

因為此序列資料為新建立的所以必須做儲存點選 Molecule 再選 Save as

可點選 Save in DNA/RNA Molecule Databases看下箭頭所指之處可選擇欲儲存的 subbase

儲存方式一

儲存方式二

也可點選 Save As File 此時儲存是儲存在電腦硬碟上( 此法適用於當你在 sequence 上做了顏色或是格式的 modify)

Thank you for your attention