sveuČiliŠte u s p l i t u -...

S V E U Č I L I Š T E U S P L I T U

FAKULTET

IZMJENE I DOPUNE STUDIJSKOG PROGRAMA

Poslijediplomski sveučilišni studij Biofizika

SPLIT, svibanj, 2013.

1 Puni naziv studijskog programa

OPĆE INFORMACIJE O STUDIJSKOM PROGRAMU

Prvotni naziv studijskoga programa

Poslijediplomski sveučilišni studij Biofizika

Novi naziv studijskoga programa

Poslijediplomski sveučilišni studij Biofizika

Nositelj studijskoga programa Prirodoslovno-matematički fakultet Sveučilišta u Splitu

Sunositelj studijskoga programa

Institut Ruđer Bošković (Zg), Institut za fiziku (Zg), Medicinski fakultet (St), Mediteranski institut za istraživanje života (St)

Vrsta studijskoga programa Stručni studijski program ☐ Sveučilišni studijski program ☒

Razina studijskoga programa

Preddiplomski ☐ Diplomski ☐ Integrirani ☐

Poslijediplomski

sveučilišni ☒

Poslijediplomski

specijalistički ☐

Diplomski

specijalistički ☐

Akademski/stručni naziv koji se stječe po završetku studija

doktor/doktorica prirodnih/biotehničkih/biomedicinskih znanosti iz odgovarajućeg polja (određenog matičnom strukom)

Ukupni broj ECTS bodova 180 ECTS

Ukupni broj ECTS bodova predmeta u kojima je došlo do promjene

kolegij nosi 10 ECTS bodova prije i nakon promjene

Procjena postotka izmjena i dopuna studijskog programa

☒ Manje od 20%

☐ Više od 20%, manje od 40%

☐ Više od 40%

Redni broj izmjene i dopune studijskog programa 1.

Odluka fakultetskog vijeća o prihvaćanju izmjena i dopuna (dostaviti u prilogu)

Preslika dopusnice za studijski program (dostaviti u prilogu)

2 Puni naziv studijskog programa

Popis predmeta u kojima je napravljena izmjena i/ili dopuna

Semestar Predmet ECTS prije

ECTS poslije

Izmjena (navesti u čemu je izmjena)

1. Modeliranje biomakromolekula i njihovih kompleksa 20P + 4S + 8E + 4LE

Sanja Tomić: 12P + 4S + 2LE

Larisa Zoranić: 8P + 8E + 2LE

10 10 Dolazi do izmjene u izvedbi kolegija zbog smrti prof. Graovca.

Ujedno dolazi do osuvremenjivanje kolegija u sadržaju.

Opis novog predmeta ili predmeta koji je nadopunjen i izmijenjen

NAZIV PREDMETA Modeliranje biomakromolekula i njihovih kompleksa

Kod PMP501 Godina studija Doktorski studij biofizike

Nositelj/i predmet

Sanja Tomid

Bodovna vrijednost (ECTS)

10

Suradnici Larisa Zoranid

Način izvođenja nastave (broj sati u semestru)

P S V T

20 4 8 4

Status predmeta obavezni Postotak primjene

eučenja

OPIS PREDMETA

Ciljevi predmeta Uvjeti za upis predmeta i ulazne kompetencije potrebne za predmet

Položene osnovne biologije, fizike, kemije, statistike i informatike.

3 Puni naziv studijskog programa

Očekivani ishodi učenja na razini predmeta (4-10 ishoda učenja

Shvadanje znanosti kao modela stvarnosti. Značaj modeliranja u biologiji i medicini. Multidimenzionalno molekulsko modeliranje. Kako nam modeliranje trodimenzionalne strukture molekula i njihovih kompleksa pomaže u razumijevanju eksperimentalnih podataka, u razumjevanju prirode bolesti te pri dizajniranju eksperimenata i razvoju novih aktivnih spojeva. Razumjevanje algoritama i tehnika koje se koriste pri modeliranju bioloških molekularnih sistema.

Sadržaj predmeta detaljno razrađen prema satnici nastave

Pojam strukture molekule i najznačajnije eksperimentalne metode za određivanje trodimenzionalne strukture molekula. Upoznavanje s bazom trodimenzionalnih struktura makromolekula «Protein Data Bank» (PDB) i s mrežnim alatima za komparativno modeliranje proteina. Metode molekulskog modeliranja – osnovne karakteristike i bitne razlike između empirijskih i kvantnomehaničkih metoda. Pojam polja sila, parametrizacija modela polja sile molekula. Računanje potencijalne energije molekularnog sistema, te strukturnih svojstava molekule i reaktivnosti. Metode optimizacije energije, pretraživanje konformacijskog prostora molekule, odnosno utvrđivanje mogudih realizacija molekulskog sistema. Molekulska dinamika i Monte Carlo metode. Važnost otapala kod molekulskog modeliranja. Ansambli – mikrokanonski, kanonski, izotermni-izobarni. Termodinamička svojstva molekularnih sustava. Dokiranje (prijanjanje/uklapanje) molekula. Različiti načini nastajanja (nekovalentnih) molekularnih kompleksa, upoznavanje s računalnim programima za dokiranje. Hibridne molekulskomehaničke – kvantnomehaničke metode. Računalni programi za molekulsko modeliranje. Koncept modeliranja odnosa molekulske strukture i biološke aktivnosti, (Quantitative Structure –Activity Relationships-QSAR). Tehnike i pristupi koji se koriste u iznalaženju tih odnosa. Metoda analize glavnih komponenti (“Principal component analysis”), klasteriranje, regresijske metode, neuralne mreže, statistički testovi. Na konkretnim primjerima studenti de se upoznati s tehnikama koje se koriste u iznalaženje kvantitativnog odnosa o strukturi ovisnih veličina s biološkom aktivnošdu. Interpretacija modela, kako na temelju dobivenih rezultata predvidjeti biološki odgovor. Dizajn ljekova.

Vrste izvođenja nastave:

☐ predavanja

☐ seminari i radionice

☐ samostalni zadaci

☐ multimedija

☐ vježbe

☐ on line u cijelosti

☐ mješovito e-učenje

☐ terenska nastava

☐ laboratorij

☐ mentorski rad

☐ (ostalo upisati)

Obveze studenata

Pradenje rada studenata (upisati udio u ECTS bodovima za svaku aktivnost tako da ukupni broj ECTS bodova odgovara bodovnoj vrijednosti

Pohađanje nastave

Istraživanje Praktični rad

Eksperimen talni rad

Referat (Ostalo upisati)

Esej Seminarski rad

(Ostalo upisati)

4 Puni naziv studijskog programa

predmeta): Kolokviji Usmeni ispit

(Ostalo upisati)

Pismeni ispit Projekt (Ostalo upisati)

Ocjenjivanje i vrjednovanje rada studenata tijekom nastave i na završnom ispitu

Usmeni i praktični dio provjere sposobnosti korištenja postojedih programa za modeliranje biomakromolekula. Provjera znanja kroz auditorne vježbe i kudne zadatke, te seminare. Usmeni ispit.

Obvezna literatura (dostupna u knjižnici i putem ostalih medija)

Naslov Broj primjeraka u

knjižnici Dostupnost putem

ostalih medija

Izabrana poglavlja iz: Andrew R. Leach ‘Molecular Modelling: Principles and Applications’, 2nd edition, Pretince Hall, Harlow, 2001.

Van Gunsteren W. F. , Weiner P. K., and Wilkinson A. J. (Eds) ’Computer Simulation of Biomolecular Systems’, Spinger, London, 1997.

Schwede, Peitsch M., ‘Computational Structural Biology’, World Scientific, Singapore, 2008.

Dopunska literatura

• Bultinck P, Winter H., Langenaeker W., Tollenaere J. P., ‘Computational Medicinal

Chemistry for Drug Discovery’, Marcel Dekker, Inc. New YorkBasel, 2004.

• Leach A. R., Gillet V. J. An Introduction to Chemoinformatics, Springer, Dordrecht,

2007.

• Znanstveni radovi

Načini pradenja kvalitete koji osiguravaju stjecanje utvrđenih ishoda učenja

Anketa prije i nakon održane nastave.

Ostalo (prema mišljenju predlagatelja)

5 Puni naziv studijskog programa

Popis obveznih i izbornih predmeta prema dopusnici

POPIS PREDMETA

Godina studija: 1.

Semestar: 1.

STATUS KOD PREDMET SATI U SEMESTRU

ECTS P S V T

Obvezni

PMP500 Biofizika stanice (I. Weber, I.M. Tolić-

Norrelykke, D. Juretić) 24 4 0 0 10

PMP501 Modeliranje biomakromolekula i njihovih

kompleksa (Sanja Tomić, A. Graovac) 20 4 12 0 10

Izborni predmet i/ili istraživački rad studenta u

biofizici 6

Istraživački rad u biofizici 4

Ukupno obvezni 30

Izborni

PMP510 Bioinformatika, biofizika i bioenergetika

membranskih proteina (D. Juretić) 20 4 10 0 6

PMP511 Struktura i dinamika molekula, spektroskopija i

simulacije (F. Sokolić) 20 0 15 0 6

PMP512 Neravnotežna termodinamika (P. Županović) 30 0 15 0 6

PMP514 Fizika DNK, kromatina i virusa (R. Podgornik) 20 0 20 0 6

PMP515 Molekularna genetika (J. Terzić) 24 10 12 0 6

PMP517 Modeli i metode u strukturnoj bioinformatici (B.

Lučić) 15 5 15 0 6

PMP518 Metode u molekularnoj biologiji i medicini (A.

Ambriović-Ristov) 0 0 30 0 6

PMP519 Laboratorijski vježbe u molekularnoj biologiji

(J. Puizina) 0 0 30 0 6

Istraživački rad studenta u biofizici 0 6 20 0 6

Napisati koliko se bira izbornih predmeta

POPIS PREDMETA

Godina studija: 1.

Semestar: 2.

STATUS KOD PREDMET SATI U SEMESTRU

ECTS P S V T

Obvezni

PMP502 Eksperimentalne metode fizike u biofizici (A.

Bilušić, V. Svetličić; B. Rakvin, G. Baranović,

D. Vikić-Topić, I. Weber)

26 4 30 0 10

PMP503 Izabrana poglavlja na ICAST-u (V. Bonačić- 10 2 34 0 8

6 Puni naziv studijskog programa

Koutecky)

Izborni kolegij II i/ili istraživački rad studenta u

biofizici 6

Izborni kolegij III i/ili istraživački rad studenta u

biofizici

≥2 i

≤6

Sudjelovanje u međunarodnoj ljetnoj školi

≥0 i

≤6

Ukupno obvezni 30

Izborni

PMP521 Teorija i eksperiment u izučavanju procesa

smatanja proteina (B. Žagrović) 20 6 10 0 6

PMP522 Primjena principa maksimalne proizvodnje

entropije u fizici i biologiji (P. Županović, D.

Juretić, …)

12 4 4 0 6

PMP523 Fizika medicinske dijagnostike (D. Eterović) 7 8 15 0 6

PMP524 Matematičko modeliranje bioloških procesa;

odabrane teme (M. Brumen) 10 5 20 0 6

PMP525 Struktura i interakcije u polielektrolitima:

osnove teorije i eksperimentalna provjera

(Silvia Tomić i T. Vuletić)

10 5 15 0 6

PMP526 Biofizikalni i biomedicinski temelji

oksidacijskog stresa (N. Žarković) 6 4 0 0 2

PMP527 Osnove sistemske biomedicine (K. Pavelić, S.

Kraljević Pavelić, M. Sedić, K. Hock, M. Baus

Lončar)

10 4 0 0 3

PMP528 Biomehanika (M. Dželalija) 20 1 10 0 6

PMP529 Strukturni, elektronski i dinamički aspekti

biofizikalnih procesa (V. Bonačić-Koutecky) 6

PMP530 Planiranje i pisanje znanstvenog rada (M.

Marušić) 10 6 4 0 6

Istraživački rad studenta u biofizici 0 6 20 0 6

Napisati koliko se bira izbornih predmeta

POPIS PREDMETA

Godina studija: 2.

Semestar: 3.

STATUS KOD PREDMET SATI U SEMESTRU

ECTS P S V T

Obvezni

Istraživački rad iz biofizike 26

PMP505 Interdisciplinarni seminari i tečajevi iz bio-

znanosti (D. Juretić, V. Bonačić-Koutecky,

organizatori)

0 20 0 0 4

7 Puni naziv studijskog programa

Ukupno obvezni 30

Izborni

Napisati koliko se bira izbornih predmeta

POPIS PREDMETA

Godina studija: 2.

Semestar: 4.

STATUS KOD PREDMET SATI U SEMESTRU

ECTS P S V T

Obvezni

Istraživački rad iz biofizike i studentski

seminari

≥22

≤26

PMP505 Interdisciplinarni seminari i tečajevi iz bio-

znanosti (D. Juretić, V. Bonačić-Koutecky,

organizatori)

0 20 0 0 4

Sudjelovanje u međunarodnoj ljetnoj školi ≤4

Ukupno obvezni 30

Izborni

8 Puni naziv studijskog programa

Napisati koliko se bira izbornih predmeta

POPIS PREDMETA

Godina studija: 3.

Semestar: 5.

STATUS KOD PREDMET SATI U SEMESTRU

ECTS P S V T

Obvezni

Istraživački rad studenta i rad na izradi

doktorata 27

Seminar studenta o istraživačkom radu

studenta i prvi seminar o predloženoj temi

doktorske disertacije

3

Ukupno obvezni 30

Izborni

Napisati koliko se bira izbornih predmeta

POPIS PREDMETA

Godina studija: 3.

Semestar: 6.

STATUS KOD PREDMET SATI U SEMESTRU

ECTS P S V T

Obvezni Istraživački rad studenta i rad na izradi 27

9 Puni naziv studijskog programa

doktorata

Dva seminara studenta o rezultatima

istraživačkog rada na doktorskoj tezi studenta

i obrana doktorske disertacije

3

Ukupno obvezni 30

Izborni

Napisati koliko se bira izbornih predmeta

Popis obveznih i izbornih predmeta izmijenjenog studijskog programa

POPIS PREDMETA

Godina studija: 1.

Semestar: 1.

STATUS KOD PREDMET SATI U SEMESTRU

ECTS P S V T

Obvezni

PMP500 Biofizika stanice (I. Weber, I.M. Tolić-

Norrelykke, D. Juretić) 24 4 0 0 10

PMP501 Modeliranje biomakromolekula i njihovih

kompleksa (Sanja Tomić, Larisa Zoranić) 20 4 12 0 10

Izborni predmet i/ili istraživački rad studenta u

biofizici 6

Istraživački rad u biofizici 4

Ukupno obvezni 30

Izborni PMP510 Bioinformatika, biofizika i bioenergetika 20 4 10 0 6

10 Puni naziv studijskog programa

membranskih proteina (D. Juretić)

PMP511 Struktura i dinamika molekula, spektroskopija i

simulacije (F. Sokolić) 20 0 15 0 6

PMP512 Neravnotežna termodinamika (P. Županović) 30 0 15 0 6

PMP514 Fizika DNK, kromatina i virusa (R. Podgornik) 20 0 20 0 6

PMP515 Molekularna genetika (J. Terzić) 24 10 12 0 6

PMP517 Modeli i metode u strukturnoj bioinformatici (B.

Lučić) 15 5 15 0 6

PMP518 Metode u molekularnoj biologiji i medicini (A.

Ambriović-Ristov) 0 0 30 0 6

PMP519 Laboratorijski vježbe u molekularnoj biologiji

(J. Puizina) 0 0 30 0 6

Istraživački rad studenta u biofizici 0 6 20 0 6

Napisati koliko se bira izbornih predmeta

POPIS PREDMETA

Godina studija: 1.

Semestar: 2.

STATUS KOD PREDMET SATI U SEMESTRU

ECTS P S V T

Obvezni

PMP502 Eksperimentalne metode fizike u biofizici (A.

Bilušić, V. Svetličić; B. Rakvin, G. Baranović,

D. Vikić-Topić, I. Weber)

26 4 30 0 10

PMP503 Izabrana poglavlja na ICAST-u (V. Bonačić-

Koutecky) 10 2 34 0 8

Izborni kolegij II i/ili istraživački rad studenta u

biofizici 6

Izborni kolegij III i/ili istraživački rad studenta u

biofizici

≥2 i

≤6

Sudjelovanje u međunarodnoj ljetnoj školi

≥0 i

≤6

Ukupno obvezni 30

Izborni

PMP521 Teorija i eksperiment u izučavanju procesa

smatanja proteina (B. Žagrović) 20 6 10 0 6

PMP522 Primjena principa maksimalne proizvodnje

entropije u fizici i biologiji (P. Županović, D.

Juretić, …)

12 4 4 0 6

PMP523 Fizika medicinske dijagnostike (D. Eterović) 7 8 15 0 6

PMP524 Matematičko modeliranje bioloških procesa;

odabrane teme (M. Brumen) 10 5 20 0 6

PMP525 Struktura i interakcije u polielektrolitima: 10 5 15 0 6

11 Puni naziv studijskog programa

osnove teorije i eksperimentalna provjera

(Silvia Tomić i T. Vuletić)

PMP526 Biofizikalni i biomedicinski temelji

oksidacijskog stresa (N. Žarković) 6 4 0 0 2

PMP527 Osnove sistemske biomedicine (K. Pavelić, S.

Kraljević Pavelić, M. Sedić, K. Hock, M. Baus

Lončar)

10 4 0 0 3

PMP528 Biomehanika (M. Dželalija) 20 1 10 0 6

PMP529 Strukturni, elektronski i dinamički aspekti

biofizikalnih procesa (V. Bonačić-Koutecky) 6

PMP530 Planiranje i pisanje znanstvenog rada (M.

Marušić) 10 6 4 0 6

Istraživački rad studenta u biofizici 0 6 20 0 6

Napisati koliko se bira izbornih predmeta

POPIS PREDMETA

Godina studija: 2.

Semestar: 3.

STATUS KOD PREDMET SATI U SEMESTRU

ECTS P S V T

Obvezni

Istraživački rad iz biofizike 26

PMP505 Interdisciplinarni seminari i tečajevi iz bio-

znanosti (D. Juretić, V. Bonačić-Koutecky,

organizatori)

0 20 0 0 4

Ukupno obvezni 30

Izborni

12 Puni naziv studijskog programa

Napisati koliko se bira izbornih predmeta

POPIS PREDMETA

Godina studija: 2.

Semestar: 4.

STATUS KOD PREDMET SATI U SEMESTRU

ECTS P S V T

Obvezni

Istraživački rad iz biofizike i studentski

seminari

≥22

≤26

PMP505 Interdisciplinarni seminari i tečajevi iz bio-

znanosti (D. Juretić, V. Bonačić-Koutecky,

organizatori)

0 20 0 0 4

Sudjelovanje u međunarodnoj ljetnoj školi ≤4

Ukupno obvezni 30

Izborni

Napisati koliko se bira izbornih predmeta

POPIS PREDMETA

Godina studija: 3.

Semestar: 5.

STATUS KOD PREDMET SATI U SEMESTRU

ECTS P S V T

Obvezni

Istraživački rad studenta i rad na izradi

doktorata 27

Seminar studenta o istraživačkom radu

studenta i prvi seminar o predloženoj temi 3

13 Puni naziv studijskog programa

doktorske disertacije

Ukupno obvezni 30

Izborni

Napisati koliko se bira izbornih predmeta

POPIS PREDMETA

Godina studija: 3.

Semestar: 6.

STATUS KOD PREDMET SATI U SEMESTRU

ECTS P S V T

Obvezni

Istraživački rad studenta i rad na izradi

doktorata 27

Dva seminara studenta o rezultatima

istraživačkog rada na doktorskoj tezi studenta

i obrana doktorske disertacije

3

Ukupno obvezni 30

Izborni

14 Puni naziv studijskog programa

Napisati koliko se bira izbornih predmeta