teknik identifikasi bakteri pada ikan konsumsi air … · teknik identifikasi bakteri pada ikan...
Post on 06-Jan-2020
24 Views
Preview:
TRANSCRIPT
TEKNIK IDENTIFIKASI BAKTERI PADA IKAN KONSUMSI AIR TAWAR DENGAN METODE AUTOMATIC IDENTIFICATION SYSTEM
MENGGUNAKAN VITEK 2 COMPACT DI LOKA PEMERIKSAAN PENYAKIT IKAN DAN LINGKUNGAN (LP2IL) SERANG, BANTEN
PRAKTEK KERJA MAGANG PROGRAM STUDI BUDIDAYA PERAIRAN
JURUSAN MANAJEMEN SUMBERDAYA PERAIRAN
Oleh:
FEBBY HADI SETYAWAN NIM. 135080501111020
FAKULTAS PERIKANAN DAN ILMU KELAUTAN UNIVERSITAS BRAWIJAYA
MALANG 2016
i
TEKNIK IDENTIFIKASI BAKTERI PADA IKAN KONSUMSI AIR TAWAR DENGAN METODE AUTOMATIC IDENTIFICATION SYSTEM MENGGUNAKAN
VITEK 2 COMPACT DI LOKA PEMERIKSAAN PENYAKIT IKAN DAN LINGKUNGAN (LP2IL) SERANG, BANTEN
PRAKTEK KERJA MAGANG PROGRAM STUDI BUDIDAYA PERAIRAN
JURUSAN MANAJEMEN SUMBERDAYA PERAIRAN
Sebagai Salah Satu Syarat untuk Meraih Gelar Sarjana Perikanan di Fakultas Perikanan dan Ilmu Kelautan
Universitas Brawijaya
Oleh:
FEBBY HADI SETYAWAN NIM. 135080501111020
FAKULTAS PERIKANAN DAN ILMU KELAUTAN UNIVERSITAS BRAWIJAYA
MALANG 2016
ii
TEKNIK IDENTIFIKASI BAKTERI PADA IKAN KONSUMSI AIR TAWAR DENGAN METODE AUTOMATIC IDENTIFICATION SYSTEM MENGGUNAKAN
VITEK 2 COMPACT DI LOKA PEMERIKSAAN PENYAKIT IKAN DAN LINGKUNGAN (LP2IL) SERANG, BANTEN
Oleh: FEBBY HADI SETYAWAN
NIM. 135080501111020
telah dipertahankan didepan penguji pada tanggal : 18 Oktober 2016
dan dinyatakan telah memenuhi syarat
Mengetahui, Ketua Jurusan MSP
Dr. Ir. Arning Wilujeng Ekawati, MS NIP. 19620805 198603 2 001 Tanggal:
Menyetujui, Dosen Pembimbing Ir. Heny Suprastyani, MS NIP. 19620904 198701 2 001 Tanggal:
iv
PERNYATAAN ORISINALITAS
Dengan ini saya menyatakan bahwa dalam Laporan Praktek Kerja Magang
(PKM) yang saya tulis ini benar-benar merupakan hasil karya sendiri, dan
sepanjang pengetahuan saya juga tidak terdapat karya atau pendapat yang
pernah ditulis atau diterbitkan oleh orang lain kecuali yang tertulis dalam naskah
ini dan disebutkan dalam daftar pustaka.
Apabila kemudian hari terbukti atau dapat dibuktikan Laporan Praktek
Kerja Magang (PKM) ini hasil penjiplakan (plagiasi), maka saya bersedia
menerima sanksi atasperbuatan tersebut sesuai hukum yang berlaku di Indonesia.
Malang, 27 September 2016
Mahasiswa,
Febby Hadi Setyawan
v
RINGKASAN
Febby Hadi Setyawan. Teknik Identifikasi Bakteri pada Ikan Konsumsi Air Tawar dengan Metode Automatic Identification System menggunakan Vitek 2 Compact di Loka Pemeriksaan Penyakit Ikan dan Lingkungan (LP2IL) Serang, Banten (dibawah bimbingan Ir. Heny Suprastyani, MS).
Pencapaian produksi sektor perikanan dan kelutan dari tahun ke tahun
semakin meningkat salah satunya adalah perikanan budidaya. Akan tetapi, dalam
pencapaiannya terdapat suatu permasalahan dimana para pembudidaya tidak
melakukan kegiatan pemantauan secara ketat sehingga dapat menyebabkan
timbulnya penyakit pada organisme budidaya. Salah satu penyebab penyakit
tersebut dikarenakan adanya infeksi dari bakteri. Infeksi dari bakteri ini dapat
menyerang internal tubuh organisme sehingga dapat menyebabkan kematian
massal.
Tujuan praktek kerja magang adalah untuk mendapatkan pengetahuan dan
keterampilan dalam proses identifikasi bakteri serta mengetahui bakteri yang
dapat menyebabkan penyakit pada ikan. Praktek kerja magang (PKM)
dilaksanakan pada tanggal 11 Juli sampai 26 Agustus 2016 di LP2IL Serang,
Banten. Metode yang digunakan dalam PKM ini adalah metode deskriptif dengan
teknik pengambilan data meliputi data primer dan data sekunder. Pengumpulan
data dilakukan dengan cara observasi lapang, wawancara, partisipasi langsung
dan studi pustaka
Teknik identifikasi bakteri ini masih sangat diperlukan untuk melakukan
tindak pencegahan maupun pengobatan. Pada saat sekarang teknik identifikasi
bakteri dilakukan dengan metode konvensial maupun secara automatic
identification system. Pada automatic identification system ini memiliki kelebihan
yaitu dapat menganalisis organisme dengan cepat tanpa membutuhkan banyak
bahan (media).
Identifikasi tiap sampel dilakukan sesuai dengan prosedur yang dimiliki
LP2IL Serang, dimana untuk automatic identification system menggunakan alat
yaitu Vitek 2 compact. Prinsip dari identifikasi secara automatis ini yaitu
menggunakan card identification yang mana pada card tersebut terdapat well atau
seperti media uji biokimiawi yang dimodifikasi sedemikian rupa sehingga dapat
digunakan untuk idetifikasi bakteri secara cepat. Prosedur pengujian dengan alat
Vitek 2 compact ini dimulai dari uji gram, pemilihan card, dan membuat suspensi
bakteri sesuai standar McFarland serta pengidentifikasian dengan menggunakan
alat sampai keluar lembar hasil identifikasi. Bakteri yang teridentifikasi pada
sampel adalah Aeromonas hydropyla, Aeromonas caviae, Aeromonas sobria dan
Aeromonas veronii.
vi
KATA PENGANTAR
Dengan mengucapkan puji dan syukur kehadirat Allah SWT, atas limpahan
rahmat dan hidayah-Nya, penulis dapat menyajikan Laporan Praktek Kerja
Magang (PKM) yang berjudul “Teknik Identifikasi Bakteri Pada Ikan Konsumsi Air
Tawar dengan Metode Automatic Identification System menggunakan Vitek 2
Compact di Loka Pemeriksaan Penyakit Ikan dan Lingkungan (LP2IL) Serang,
Banten”. Laporan PKM ini disusun sebagai salah satu persyaratan untuk
memperoleh gelar Sarjana Perikanan di Fakultas Perikanan dan Ilmu Kelautan
Universitas Brawijaya.
Penulis menyadari bahwa masih banyak kekurangan yang mendasar pada
laporan ini. oleh karena itu penulis mengharapkan kritik serta saran yang dapat
membangun untuk penyempurnaan laporan selanjutnya. Demikian penulis
sampaikan terimakasih.
Malang, 27 September 2016
Penulis
vii
UCAPAN TERIMA KASIH
Penulis menyadari bahwa penulisan laporan ini banyak dukungan dari
berbagai pihak. Melalui kesempatan ini, dengan kerendahan hati penulis
mengucapkan terima kasih kepada:
1. Bapak Agus Hadi Mulyono dan Ibu Nanik Nirmalawati, SE selaku orang tua
dan kakak Vita Ahnawati, ST yang telah memberikan do’a, dukungan dan
motivasi.
2. Ibu Ir. Heny Suprastyani, MS selaku dosen pembimbing yang telah banyak
memberikan saran, bimbingan, arahan dan nasehat bagi penulis.
3. Bapak Yayan Sofyan A.Pi, MP selaku kepala LP2IL Serang, Banten, yang
telah memberikan izin dan bersedia menerima saya untuk melakukan kegiatan
PKM.
4. Ibu Dinarti, S.Si selaku pembimbing & analis laboratorium, Ibu Swastika Dita
Soraya, S.Pi dan Ibu Yasinthya inggariyanti, A.Md selaku analis laboratorium
Mikrobiologi LP2IL Serang, Banten yang telah memberikan bimbingan dan
arahan selama melakukan kegiatan PKM.
5. Teman-teman BP 2013 “Aqua GT” yang telah membantu dalam penyelesaian
PKM ini.
6. Teman-Teman “SM” yang selalu mendukung dan membantu dalam
penyelesaian PKM ini.
Malang, 27 September 2016
Penulis
viii
DAFTAR ISI
Halaman
RINGKASAN ....................................................................................................... v
KATA PENGANTAR .......................................................................................... vi
UCAPAN TERIMA KASIH ................................................................................. vii
DAFTAR ISI ..................................................................................................... viii
DAFTAR TABEL ................................................................................................. x
DAFTAR GAMBAR ............................................................................................ xi
DAFTAR LAMPIRAN ........................................................................................ xii
1. PENDAHULUAN ............................................................................................ 1 1.1 Latar Belakang ........................................................................................... 1 1.2 Maksud dan Tujuan .................................................................................... 3
1.2.1 Maksud ............................................................................................... 3 1.2.2 Tujuan ................................................................................................. 3
1.3 Kegunaan ................................................................................................... 4 1.4 Tempat dan Waktu ..................................................................................... 4
2. TINJAUAN PUSTAKA .................................................................................... 5 2.1 Penyakit ...................................................................................................... 5 2.2 Jenis Sumber Penyakit ............................................................................... 5 2.3 Bakteri ........................................................................................................ 6 2.4 Jenis-Jenis Bakteri...................................................................................... 7
2.4.1 Berdasarkan Cara Mendapatkan Makanan ........................................ 7 2.4.2 Berdasarkan Kebutuhan Oksigen....................................................... 8 2.4.3 Berdasarkan Lapisan Peptidoglikan Dinding Sel ................................ 8
2.5 Morfologi ..................................................................................................... 8 2.6 Reproduksi ................................................................................................. 9 2.7 Identifikasi Bakteri .................................................................................... 10
3. METODE DAN TEKNIK PENGAMBILAN DATA .......................................... 12 3.1 Metode Pengambilan Data ....................................................................... 12 3.2 Teknik Pengambilan Data ......................................................................... 12
3.2.1 Data Primer ...................................................................................... 12 a. Observasi ......................................................................................... 13 b. Wawancara ...................................................................................... 13 c. Partisipasi Aktif ................................................................................. 14
3.2.2 Data Sekunder ................................................................................. 14
ix 4. HASIL PRAKTEK KERJA MAGANG ......................................................... 16
4.1 Keadaan Umum Lokasi PKM .................................................................. 16 4.1.1 Sejarah Berdirinya LP2IL Serang, Banten ...................................... 16 4.1.2 Lokasi dan Letak Geografis LP2IL Serang, Banten ........................ 17 4.1.3 Struktur, Organisasi dan Tenaga Kerja .......................................... 17
4.2 Kedudukan, Tugas dan Fungsi LP2IL Serang, Banten ........................... 19 4.3 Visi dan Misi LP2IL Serang, Banten ........................................................ 20 4.4 Sarana dan Prasarana ............................................................................ 21
4.4.1 Sarana Laboratorium Mikrobiologi LP2IL Serang, Banten .............. 21 4.4.2 Prasarana Laboratorium Mikrobiologi LP2IL Serang, Banten ......... 21
4.5 Kegiatan Identifikasi Bakteri .................................................................... 22 4.5.1 Mekanisme Pengelolaan Sampel ................................................... 22 4.5.2 Sterilisasi Alat dan Bahan .............................................................. 24 4.5.3 Preparasi Alat dan Bahan .............................................................. 25 4.5.4 Pembuatan Media Kultur ................................................................ 26 4.5.5 Persiapan Sampel .......................................................................... 27
a. Penangan Sampel .......................................................................... 28 b. Isolasi Bakteri ................................................................................. 29
4.5.6 Pemurnian Isolat Bakteri ................................................................ 31 4.5.7 Pengawetan dan Subkultur Isolat Bakteri ....................................... 32
4.6 Pengujian Isolat Bakteri dengan Vitek 2 Compact ................................. 34 4.6.1 Alat dan Bahan .............................................................................. 34 4.6.2 Persiapan Isolat ............................................................................. 34 4.6.3 Pengamatan Morfologi Bakteri ....................................................... 34
a. Morfologi Koloni Bakteri ................................................................... 35 b. Morfologi Sel Bakteri ....................................................................... 35
4.6.4 Pengujian Gram ............................................................................. 37 4.6.5 Pemilihan Card .............................................................................. 38 4.6.6 Mekanisme Pengujian dengan Vitek 2 Compact ............................ 40 4.6.7 Pembacaan Hasil ........................................................................... 41 4.6.8 Bakteri yang Teridentifikasi ............................................................ 43
5. KESIMPULAN DAN SARAN ....................................................................... 49 5.1 Kesimpulan ............................................................................................. 49 5.2 Saran ...................................................................................................... 49
DAFTAR PUSTAKA ........................................................................................ 50
x
DAFTAR TABEL
Tabel Halaman
1. Perhitungan Media dengan Perbandingan Aquades ...................................... 27
2. Keterangan Hasil Identifikasi .......................................................................... 41
vi
DAFTAR GAMBAR
Gambar Halaman
1. LP2IL Serang Banten..................................................................................... 17
2. Struktur Organisasi LP2IL – Serang ............................................................... 18
3. Contoh Pemberian Kode Sampel ................................................................... 23
4. Pemberian tanda pada tabung reaksi ........................................................... 26
5. Isolasi bakteri pada media darah ................................................................... 31
6. Pemurnian Bakteri pada media TSA .............................................................. 32
7. Subkultur bakteri pada TSA miring ................................................................. 33
8. Pengawetan bakteri ....................................................................................... 33
9. Karakteristik Koloni Bakteri (Cappuccino dan Natalie 2005) .......................... 35
10. Koloni Bakteri (Tanda Panah) secara Mikrokopis ......................................... 36
11. Uji Gram dengan KOH 3% ........................................................................... 37
12. GN card identification ................................................................................... 39
13. Lembar hasil identifikasi ............................................................................... 42
14. Hasil Uji- VP................................................................................................. 43
15. Hasil identifikasi bakteri A.hydropila ............................................................. 44
16. Bakteri A.hydrophila ..................................................................................... 45
17. Hasil identifikasi bakteri A.caviae ................................................................. 45
18. Bakteri A. caviae .......................................................................................... 46
19. Hasil identifikasi bakteri A.veronii ................................................................. 47
20. Bakteri A. Veronii ......................................................................................... 47
21. Hasil identifikasi bakteri A.sobria.................................................................. 48
22. Bakteri A. sobria .......................................................................................... 48
vii
DAFTAR LAMPIRAN
Lampiran Halaman
1. Peta Lokasi LP2IL Serang, Banten ................................................................ 53
2. Data Pegawai LP2IL Serang, Banten ............................................................. 54
3. Skema Mekanisme Pengelolaan Sampel ....................................................... 56
4. Formulir Permintaan Pengujian Sampel (FPPS) ............................................ 57
5. Surat Tugas Pengujian (STP) ........................................................................ 58
6. Work sheet .................................................................................................... 59
7. Lembar Hasil Uji Sementara (LHUS) ............................................................. 60
8. Lembar Hasil Uji (LHU) .................................................................................. 61
9. Alat yang digunakan dalam identifikasi bakteri ............................................... 62
10. Bahan yang digunakan dalam identifikasi bakteri ......................................... 65
11. Instruksi Pengoprasian Kerja Alat ................................................................ 66
12. Standar kekeruhan Card Identification ......................................................... 73
13. Media Tumbuh dalam Identifikasi Bakteri dengan Vitek 2 compact .............. 74
14. GN well Card Identification........................................................................... 75
15. Hasil Identifikasi dengan Vitek 2 Compact ................................................... 77
1
1. PENDAHULUAN
1.1 Latar Belakang
Dua pertiga wilayah Indonesia adalah perairan laut yang terdiri dari laut
pesisir, laut lepas, teluk dan selat. Luas wilayah laut termasuk didalamnya Zona
Ekonomi Eksklusif mencapai 5,8 km2 atau sekitar ¾ dari luas keseluruhan
wilayah Indonesia (Pakpahan et al., 2006).
Sektor perikanan dan kelautan adalah salah satu sektor andalan yang
dijadikan pemerintah sebagai salah satu potensi untuk meningkatkan
pertumbuhan ekonomi baik dalam skala lokal, regional maupun negara. Sektor
ini merupakan sektor yang selama ini belum dieksploitasi secara maksimal dan
seringkali dianggap bagian dari sektor pertanian, padahal sebagai suatu negara
maritim Indonesia memiliki gugusan ribuan pulau yang lebih dari 70% wilayahnya
terdiri dari lautan, belum lagi potensi akan perairan tawar (sungai) yang sangat
banyak (Nadeak, 2009).
Produksi budidaya perikanan dunia dari tahun ke tahun mengalami
peningkatan yang tajam. Dalam kurun waktu 10 tahun terakhir, produksi
budidaya perikanan dunia meningkat dari 24.5 juta ton pada tahun 1994 menjadi
51,4 juta ton pada tahun 2002 (meningkat 12% per tahun). Kondisi yang sama
juga terjadi pada budidaya perikanan Indonesia. Produksi budidaya perikanan
indonesia sebesar 278.864 ton pada tahun 1993 dan mencapai 1.468.610 ton
atau mengalami peningkatan 80,77% (rata-rata 8.08% per tahun) pada tahun
2004 (Amri dan Khairuman, 2008).
Akan tetapi produksi perikanan ini akan menurun, disebabkan berbagai
kendala yaitu penyakit. Menurut Ratnawati et al.(2013), penyakit merupakan
kendala utama dalam budidaya ikan, baik ikan hias maupun ikan konsumsi.
2 Serangan hama dan penyakit dapat dihindari dengan penanganan dan
penjagaan kesehatan yang memadai melalui sanitasi dan kualitas air. Di
Indonesia sedikitnya telah tercatat empat kali wabah penyakit ikan, baik yang
disebabkan oleh parasit maupun bakteri. Wabah penyakit menyebabkan
terjadinya kematian pada ikan secara akut maupun kronis sehingga secara
ekonomis ikan menjadi tidak laku dipasarkan karena penampilannya yang buruk.
Kebanyakan dari Ikan konsumsi air tawar ini di infeksi oleh penyakit yang
disebabkan oleh patogen yaitu bakteri. Menurut Afrianto et al. (2015), penyakit
yang disebabkan oleh bakteri (bacterial diseases) umumnya merupakan infeksi
internal sehingga membutuhkan pengobatan menggunakan pakan yang telah
diberi antibiotik. Ciri ikan yang terserang penyakit bakteri antara lain mengalami
hemorrhagic atau borok atau benjolan dengan bagian tepinya memerah (ulcers)
sepanjang dinding tubuh dan sekitar mata atau mulut. Ikan juga dapat mengalami
pembesaran perut (berisi cairan) atau penonjolan mata (protuding eyes).
Penyakit pada bakteri ini jika tidak ditangani dengan baik dan benar dapat
menyebabkan resiko yaitu kematian yang dapat merugikan kegiatan budidaya.
Menurut Susanto (2014), menjelaskan bakteri yang sering menyerang ikan-ikan
di kolam biasanya jenis Aeromonas sp. dan Pseudomonas sp. Penyakit bakteri
ini termasuk sangat ganas. Penanggulangannya tidak cukup dengan mengobati
ikan-ikan yang sakit, tetapi juga mencegah penyebaran ke tempat lain.
Bakteri adalah organisme satu sel yang menyerang lebih luas pada ikan.
Biasanya, bakteri timbul karena inangnya mengalami stres. Tanda-tanda
penyakit bakteri pada ikan, yaitu permukaan tubuh ikan berwarna merah darah
pada bagian dada, perut, dan pangkal sirip; selaput lendir berkurang sehingga
tubuh ikan tidak licin; terjadi kerusakan pada sisik, sirip, dan kulit; insang
3 berwarna keputih-putihan hingga kebiru-biruan; kurang aktif bergerak, lemah dan
kehilangan keseimbangannya (Said, 2007).
Untuk keperluan lapang saat ini dibutuhkan hasil yang cepat, oleh karena
itu digunakan suatu teknik identifikasi secara automatis (Automatic Identification
System) menggunakan alat Vitek 2 compact untuk proses identifikasi bakteri.
Menurut Thomas et al. (2001), salah satu identifikasi secara automatis ini dapat
menggunakan Vitek 2 (bioMe’rieux). Tetapi hanya beberapa yang tersedia
dipasar. Vitek 2 (bioMe’rieux) merupakan tekonologi berbasis fluoresensi.
Dengan adanya Automatic Identification System dapat mempercepat perolehan
hasil sehingga dapat diketahui organisme patogen yang menyerang pada ikan
yang di uji dan dapat dilakukan tindakan baik pencegahan maupun pengobatan
pada usaha budidaya.
Sehubungan dengan permasalahan tersebut, kegiatan Praktek Kerja
Magang (PKM) ini penting dilakukan untuk mengetahui teknik identifikasi bakteri
secara automatis serta mendapatkan pengalaman dan keterampilan langsung di
Loka Pemeriksaan Penyakit Ikan Dan Lingkungan (LP2IL) Serang, Banten.
1.2 Maksud dan Tujuan
1.2.1 Maksud
Maksud dari Praktek Kerja Magang ini adalah untuk mengetahui secara
menyeluruh dalam bidang pemeriksaan penyakit ikan khususnya pada rangkaian
identifikasi bakteri secara automatis pada ikan konsumsi air tawar di Loka
Pemeriksaan Penyakit Ikan Dan Lingkungan (LP2IL) Serang, Banten.
1.2.2 Tujuan
Tujuan dari kegiatan Praktek Kerja Magang (PKM) ini adalah untuk
mendapatkan pengetahuan dan keterampilan dalam proses identifikasi bakteri
4 serta mengetahui bakteri yang dapat menyebabkan penyakit pada ikan di Loka
Pemeriksaan Penyakit Ikan dan Lingkungan (LP2IL) Serang, Banten.
1.3 Kegunaan
Kegunaan dari Praktek Kerja Magang (PKM) ini adalah untuk menambah
pengetahuan, pengalaman dan keterampilan terhadap masalah-masalah yang
dihadapi tentang teknik pengidentifikasian bakteri secara automatis di Loka
Pemeriksaan Penyakit Ikan dan Lingkungan (LP2IL) Serang, Banten sehingga
dapat dipergunakan saat dilapang.
1.4 Tempat dan Waktu
Praktek Kerja Magang (PKM) ini dilaksanakan di Loka Pemeriksaan
Penyakit Ikan dan Lingkungan (LP2IL) Serang, Banten pada tanggal 11 Juli – 26
Agustus 2016.
5
2. TINJAUAN PUSTAKA
2.1 Penyakit
Menurut Afrianto et al. (2015), penyakit adalah segala bentuk
penyimpangan yang dapat menyebabkan ikan merasa terganggu kehidupannya.
Atau penyakit sebagai suatu keadaan fisik, kimia, biologis, morfologi dan atau
fungsi yang mengalami perubahan dari kondisi normal karena penyebab dari
dalam (internal) dan luar (eksternal). Adapun pengertian lain, yaitu kondisi tidak
normal karena terjadi penurunan kemampuan ikan secara bertahap untuk
mempertahankan fungsi fisiologinya. Ikan menjadi tidak normal disebabkan oleh
dirinya sendiri atau pengaruh lingkungan disekitarnya.
Menurut Supriyadi (2004), ikan sakit menunjukkan suatu keadaan pada
ikan yang sedang mengalami gangguan atau kelainan, baik fisik maupun
perilakunya. Gangguan fisik bisa berupa luka akibat gesekan antar ikan, insang
membusuk, sisik tampak kusam, bisa juga gerakannya lambat. Sementara itu,
ciri kelainan perilaku, antara lain ikan lebih sering menyendiri, cenderung berada
dipermukaan air, gerakannya lemah dan nafsu makan menurun. Penyakit ikan
dapat didefinisikan sebagai suatu hal yang dapat menimbulkan gangguan fisik
dan fungsi fisiologis (abnormalitas perilaku).
2.2 Jenis Sumber Penyakit
Dalam usaha budidaya terdapat berbagai sumber penyakit yang perlu
diketahui oleh petani sehingga tidak menimbulkan kerugian yang besar. Menurut
Afrianto et al. (2015), untuk mencegah atau mengendalikan timbulnya penyakit
pada ikan budidaya, perlu dipahami dari mana sumber penyakit tersebut.
Ketidaktahuan sumber penyakit sering mengakibatkan kerugian besar, terutama
bila penyakit tersebut dapat menyebabkan kematian masal ikan yang
6 dibudidayakan. Sumber penyakit yang dialami oleh ikan budidaya dapat berasal
dari ikan itu sendiri, media budidaya dan patogen.
Menurut Sitanggang (2008), ada dua jenis sumber penyakit yang perlu
diwaspadai oleh para petani dan hobiis ikan hias antara lain :
a. Parasit : Organisme patogen (penyakit) yang menyerang ikan dapat
digolongkan sebagai parasit. Contoh organisme tersebut adalah jamur,
bakteri, protozoa, cacing dan udang renik. Berdasarkan sifat
serangannya, organisme patogen dapat dibedakan menjadi dua jenis,
yakni patogen asli dan organisme patogen potensial.
b. Nonparasit : Penyakit nonparasit adalah segala jenis penyakit yang bukan
disebabkan oleh parasit, melainkan oleh berbagai jenis hama, lingkungan,
pakan dan keturunan (genetis).
2.3 Bakteri
Menurut Mahyuddin (2010), bakteri merupakan mikroorganisme dengan
struktur intraseluler yang sederhana yang mempunyai daerah penyebaran relatif
luas. Ukuran bakteri relatif lebih besar dari pada virus yaitu 0,3-0,5 µ. Ciri-ciri
bakteri adalah berbentuk rantai atau benang, tumbuh dan bertambah banyak
dalam kelompok, koloninya berwarna dan berkilau/tidak, halus atau kasar,
metabolisme aerob atau anaerob, membutuhkan media tertentu untuk
mengulturnya, serta menghasilkan asam atau gas.
Menurut Said (2007), bakteri adalah organisme satu sel yang menyerang
lebih luas pada ikan. Biasanya, bakteri timbul karena inangnya mengalami stres.
Faktor-faktor yang menyebabkan ikan menjadi stres sangat banyak, baik karena
faktor kimia, fisika maupun biologi. Tanda-tanda penyakit bakteri pada ikan, yaitu
permukaan tubuh ikan berwarna merah darah pada bagian dada, perut, dan
pangkal sirip; selaput lendir berkurang sehingga tubuh ikan tidak licin; terjadi
7 kerusakan pada sisik, sirip, dan kulit; insang berwarna keputih-putihan hingga
kebiru-biruan; kurang aktif bergerak, lemah dan kehilangan keseimbangannya.
Menurut Puspitasari et al. (2012), Nama bakteri berasal dari kata
“bakterion” (bahasa Yunani) yang berarti tongkat atau batang. Sejalan dengan
pertambahnya pengetahuan, sekarang bakteri digunakan untuk mikroorganisme
bersel satu, berkembang biak dengan pembelahan diri, serta memiliki ukuran
mikron sehingga hanya tampak dengan mikroskop.
2.4 Jenis-Jenis Bakteri
2.4.1 Berdasarkan Cara Mendapatkan Makanan
Menurut Saraswati dan Setiawardhana (2011), jenis bakteri berdasarkan
cara mendapatkan makanan tergolong sebagai berikut :
Bakteri Heterotrof, Memperoleh makanan berupa zat organik dari
lingkungannya (sisa organisme, sampah atau zat dalam tubuh organisme
lain).
Bakteri saprofit (mendapat zat organik dari sampah, kotoran, bangkai)
Contoh: Escherichia coli, Lactobacillus bulgaricus .
Bakteri parasit ( kebutuhan zat organik diperoleh dari tubuh inang) Contoh
(semua bakteri patogen): Mycobacterium tuberculosis, Clostridium tetani.
Bakteri Autotrof, dapat menyusun sendiri zat-zat organik dari zat anorganik.
Bakteri Fotoautotrof (mengubah zat anorganik dengan bantuan cahaya
melalui fotosintesis) Contoh: Bakteriopurpurin (bakteri ungu)
Bakterioklorofil (bakteri hijau)
Bakteri Kemoautotrof (mengubah zat anorganik dengan energi kimia),
Contoh: Nitrosomonas sp. (memecah amoniak menjadi nitrit, air dan
energi) , Nitrobacter sp.
8 2.4.2 Berdasarkan Kebutuhan Oksigen
Menurut Saraswati dan Setiawardhana (2011), bakteri berdasar
Kebutuhan oksigen digolongkan sebagai berikut :
1. Bakteri Aerob adalah bakteri yang memerlukan oksigen bebas untuk
reaksi pernafasannya Contoh: Nitrosomonas sp., Mycobacterium
tuberculosis, Nitrosococcus sp., Nitrobacter sp.
2. Bakteri Anaerob adalah bakteri yang tidak memerlukan oksigen bebas
untuk reaksi pernafasannya Contoh: Lactobacillus bulgaricus (bakteri
asam susu), Clostridium tetani, Mycrococcus denitrificans.
2.4.3 Berdasarkan Lapisan Peptidoglikan Dinding Sel
Menurut Saraswati dan Setiawardhana (2011), berdasar lapisan
peptidoglikan dinding sel digolongkan sebagai berikut :
1. Bakteri Gram Positif memiiki warna ungu, lapisan peptidoglikan dinding sel
tebal Contoh: Neisseria gonorhoe, Treponema pallidum, Vibrio cholera,
Bacillus sp.
2. Bakteri Gram Negatif memeliki warna merah muda, lapisan peptidoglikan
dinding sel tipis Contoh: Propioni bacterium, Streptococcus metans,
Staphylococcus aureus, Escherichia coli.
2.5 Morfologi
Menurut Adam (1992), bentuk morfologi bakteri dapat dibagi dalam 3
bagian :
Bentuk Basil (Basillus)
Basil berbentuk seperti tongkat pendek, agak silindris. Bentuk basil meliputi
sebagian besar bakteri.
9
Bentuk Coccus (Bulat)
Bentuk coccus adalah bentuk bakteri seperti bola-bola kecil. Gologan ini
tidak sebanyak basil.
Bentuk Spiral (Spiral)
Bentuk spiral adalah bakteri yang berbentuk seperti spiral, atau panjang
berbengkok-bengkok. Golongan ini tidak banyak bila dibandingkan dengan
basil dan coccus.
Menurut Tranggono dan Latifah (2007), bakteri adalah mikroorganisme
bersel tunggal yang hanya dapat dilihat dengan mikroskop. Walaupun bentuknya
sederhana sekali, namun bakteri terdiri dari ribuan spesies yang berbeda.
Mereka dibagi atas 3 kelompok besar bersdasarkan bentuknya, yaitu :Coccus
yang bulat, Bacillus yang seperti batang, langsing atau setengah bulat, Spirillae
yang berbentuk spiral.
2.6 Reproduksi
Bakteri pada umumnya berkembang biak dengn jalan membelah diri.
Menurut Adam (1992), telah dikemukakan bahwa bakteri pada umumnya
memperbanyak diri (berkembang dengan jalan membagi diri. Di dalam suasana
yang cukup baik, misalnya dalam media pembenihan, bakteri memperbanyak diri
dengan cepat. Telah dapat diperhitungkan bahwa dalam waktu 10 jam, dari 1
bakteri bisa menjadi berjuta-juta.
Bakteri berkembang biak dengan pembelahan baik seacara transfersal
maupun biner. Menurut Saparinto (2009), bakteri mempunyai jenis dan
penyebaran paling banyak, berukuran antara 0,3-0,5 mikron dengan keragaman
morfologi, ekologi dan fisiologis yang tinggi, secara umum, bakteri berkembang
biak dengan pembelahan tranfersal atau biner dan mempunyai lingkungan hidup
dengan rentang yang luas.
10 2.7 Identifikasi Bakteri
Pada masa sekarang teknik identifikasi yang populer yaitu secara
konvensional (Biokimiawi) dan dengan AIS (Automatic Identification System)
yaitu menggunakan Vitek 2 compact.
a. Metode Konvensional
Menurut Yusuf (2009), Identifikasi bakteri meliputi pemeriksaan morfologi,
pewarnaan gram, dan uji biokimia antara lain : uji O/F (Oksidatif/Fermentatif), uji
oksidase, uji katalase, uji motilitas, produksi indol, uji TSIA (Triple Sugar Iron
Agar), dan uji gula. Pengamatan morfologi koloni bakteri dilakukan setelah
mendapatkan biakan murni. Pengamatan ini meliputi warna, bentuk, tepian
koloni, elevasi atau permukaan koloni dan struktur dalam koloni. Pewarnaan
gram bertujuan untuk menentukan apakah bakteri tersebut termasuk di dalam
kelompok bakteri gram positif atau kelompok bakteri gram negatif. Uji katalase
adalah untuk mengetahui sifat bakteri dalam menghasilkan enzim katalase.
Tujuan uji oksidase adalah untuk mengetahui ada tidaknya enzim oksidase pada
bakteri.
Uji O/F medium (Oksidatif/Fermentatif) bertujuan untuk mengetahui sifat
oksidasi atau fermentasi bakteri terhadap glukosa. Uji motilitas bertujuan untuk
mengetahui apakah bakteri tersebut motil atau tidak dan untuk mengetahui
produksi indol dari Tryptophane. Uji TSIA (Triple Sugar Iron Agar) bertujuan
untuk membedakan jenis bakteri berdasarkan kemampuan memecahkan
dextrose, laktosa, sukrosa dan pembebasan sulfida, selain itu uji TSIA berfungsi
untuk mengetahui apakah bakteri tersebut menghasilkan gas, H2S atau tidak. Uji
gula bertujuan untuk mendeterminasi kemampuan bakteri dalam mendegradasi
gula dan menghasilkan asam organik yang berasal dari tiap-tiap jenis gula, yaitu
glukosa, sukrosa, maltosa, arabinosa, manitol dan inositol.
11 b. Metode Automatis
Teknik identifikasi bakteri mengalami suatu perkembangan yaitu dengan
menggunakana identifikasi secara automatis.Menurut Thomas et al. (2001),
Identifikasi bakteri secara automatis dan uji kerentanan telah dikembangan dan
dikomersialkan dalam dua dekade. Salah satu identifikasi secara automatis ini
dapat menggunakan Vitek 2 (bioMe’rieux). Tetapi hanya beberapa yang tersedia
dipasar. Vitek 2 (bioMe’rieux) merupakan tekonologi berbasis fluoresensi, dimana
dapat digunakan untuk identifikasi dan uji kerentanan pada isolat gram negatif.
Dalam identifikasi bakteri secara automatis biasanya menggunakan alat
yaitu Vitek 2 system. Menurut Wallet et al. (2005), vitek 2 system merupakan alat
identifikasi yang menggunakan card identfication. Misalnya GP (Gram Positive)
card dan GN (Gram Negative) card. Dimana pada alat ini terdapat database yang
dipergunakan untuk analisis dalam identifikasi bakteri secara automatis. Hasil
dari identifikasi menggunakan vitek ini berupa prosentase kebenaran dari
pengujian yang telah dicocokan pada database. Prosedur identifikasi bakteri
dengan vitek ini yaitu dengan membuat suspensi menggunakan 0.45% sodium
chloride dan menyesuaikan kekeruhan (density) dengan standar Mc Farland
yang diukur dengan densycheck system (bioMerieux). Kemudian dipergunakan
card identification untuk identifikasi bakteri secara automatis.
12
3. METODE DAN TEKNIK PENGAMBILAN DATA
3.1 Metode Pengambilan Data
Metode kerja yang digunakan dalam Praktek Kerja Magang (PKM) ini
adalah metode deskriptif. Menurut Danim (2003), penelitian deskriptif
(descriptive research) ini dimaksudkan untuk mendeskripsikan secara sistematis
dan akurat suatu situasi atau area populasi tertentu yang bersifat faktual.
Penelitian deskriptif juga berarti penelitian yang dimaksudkan untuk menjelaskan
fenomena atau karakteristik individual, situasi, atau kelompok tertentu secara
akurat. Dengan kata lain, tujuan dari penelitian deskriptif adalah mendiskripsikan
seperangkat peristiwa atau kondisi saat ini.
3.2 Teknik Pengambilan Data
Pengambilan data adalah prosedur yang sistematis untuk memperoleh
data yang diperlukan. Pada Praktek Kerja Magang (PKM) ini dilakukan dengan
dua macam data, yaitu pengambilan data primer dan data sekunder. Data primer
didapatkan dengan cara mencatat hasil observasi, wawancara serta partisipasi
aktif, sedangkan data sekunder yaitu data atau informasi yang dikumpulkan dan
dilaporkan oleh seseorang untuk suatu tujuan tertentu maupun sebagai
pengetahuan ilmiah.
3.2.1 Data Primer
Data primer merupakan data yang diperoleh dari sumber secara
langsung, baik dengan melakukan observasi, wawancara maupun partisipasi
aktif. Menurut Istijanto (2005), data primer adalah data asli yang dikumpulkan
oleh periset untuk menjawab masalah risetnya secara khusus. Data ini tidak
tersedia karena memang belum ada riset sejenis yang pernah dilakukan atau
hasil riset yang sejenis sudah terlalu kedaluwarsa. Jadi, periset perlu melakukan
13 pengumpulan atau pengadaan data sendiri karena tidak bisa mengandalkan data
dari sumber lain.
a. Observasi
Observasi merupakan salah satu teknik pengumpulan data yang cukup
efektif untuk mempelajari suatu sistem. Observasi adalah pengamatan langsung
terhadap suatu kegiatan yang sedang dilakukan. Pada waktu melakukan
observasi, analisis sistem dapat ikut juga berpartisipasi atau hanya mengamati
saja orang-orang yang sedang melakukan suatu kegiatan tertentu yang
diobservasi (Susilowati dan Purnama, 2011).
Dalam Praktek Kerja Magang (PKM) ini kegiatan observasi yang
dilakukan adalah dengan cara mengamati dan mencatat kegiatan apa yang
dilakukan dalam identifikasi ikan yang terinfeksi bakteri serta
mendokumentasikan hal-hal yang berkaitan dalam kegiatan penanganan di
Laboratorium Mikrobiologi, Loka Pemeriksaan Penyakit Ikan dan Lingkungan
(LP2IL) Serang, Banten
b. Wawancara
Informasi dapat diperoleh dari pihak-pihak terkait, tidaklah cukup dengan
melakukan observasi. Karena untuk memperoleh informasi juga dapat dilakukan
dengan wawancara langsung kepada pihak-pihak terkait. Menurut Santosa dan
Hamdani (2007), salah satu cara pengumpulan data yang diterapkan dan
dipandang penting peranannya adalah wawancara. Wawancara merupakan
proses tanya jawab atau interaksi antara pihak pencari data atau peneliti selaku
pewawancara (interviewer) dengan responden atau nara sumber yang berposisi
sebagai pihak yang diwawancari (Interviewee). Dengan demikian, proses ini
hanya dapat terjadi apabila kedua pihak bersedia melaksanakan komunikasi atau
14 terutama pihak yang akan diwawancari bersedia meluangkan waktu untuk
melakukannya.
Praktek Kerja magang (PKM) ini, wawancara dilakukan dengan pimpinan
lokasi pada Laboratorium Penyakit Ikan, karyawan, analis dan perorangan yang
terkait dengan identifikasi bakteri pada ikan meliputi sejarah berdirinya, struktur
organisasi, prosedur teknis pemeriksaan penyakit ikan ikan, permasalah dan
kendala yang sering dihadapi serta rencana pengembangan pemeriksaan
penyakit ikan dan lingkungan.
c. Partisipasi Aktif
Partisipasi aktif diperoleh melalui kegiatan yang dilakukan sehari-hari
untuk mendapatkan data. Menurut Djaelani (2013), Observasi partisipasi
merupakan metode pengumpulan data yang digunakan untuk mendapatkan data
penelitian melalui pengamatan dan pengindraan dimana observer atau peneliti
benar-benar berada dalam keseharian pelaku yang diteliti atau informan,
keberadaan peneliti dapat terlibat secara aktif maupun tidak aktif.
Kegiatan Praktek Kerja Magang (PKM) ini, partisipasi aktif dilakukan
dengan turut serta dan berperan dalam kegiatan identifikasi bakteri pada ikan,
dimana dapat digunakan untuk mendapatkan data dan informasi mengenai teknik
identifikasi bakteri secara automatis pada ikan konsumsi air tawar yang
diterapkan pada Laboratorium Mikrobiologi di Loka Pemeriksaan Penyakit Ikan
dan Lingkungan (LP2IL) Serang, Banten
3.2.2 Data Sekunder
Data sekunder dikumpulkan dari beberapa sumber atau pustaka. Menurut
Wibisono (2003), data sekunder dikumpulkan dari sumber-sumber tercetak,
dimana data tersebut telat dikumpulkan oleh pihak lain. Sumber data sekunder ini
misalnya dari buku, laporan, perusahaan, jurnal, internet dan sebagainya.
15
Praktek Kerja Magang (PKM) ini, pengambilan data sekunder didapat dari
telaah pustaka serta data yang diperoleh dari pihak lembaga pemerintah maupun
karyawan dan individu yang terkait dengan teknik identifikasi bakteri secara
automatis pada Laboratorium Mikrobiologi di Loka Pemeriksaan Penyakit Ikan
dan Lingkungan (LP2IL) Serang, Banten.
16
4. HASIL PRAKTEK KERJA MAGANG
4.1 Keadaan Umum Lokasi PKM
4.1.1 Sejarah Berdirinya LP2IL Serang, Banten
Loka pemeriksaan penyakit ikan dan lingkungan (LP2IL) Serang, Banten
mulai didirikan pada tahun 2009, dengan didirikannya bangunan laboratorium di
Jl. Raya Carita, Desa Pasauran, Kecamatan Cinangka, Anyer Lor, Kabupaten
Serang, Propinsi Banten. Loka Pemeriksaan Penyakit Ikan dan Lingkungan
(LP2IL) Serang merupakan unit pelaksana teknis dibidang pemeriksaan hama,
penyakit ikan dan lingkungan yang bertanggung jawab kepada Direktur Jenderal
Perikanan Budidaya, Kementerian Kelautan dan Perikanan. LP2IL tersebut
didirikan pada lahan seluas ±5,9 hektar.
Pada tahun 2010, LP2IL dilengkapi fasilitas pendukung dan peralatan
serta sumber daya manusia. Kegiatan operasional dan aktivitas laboratorium
menginduk pada kegiatan satker Direktorat Kesehatan Ikan dan Lingkungan.
Sejak tanggal 30 Desember 2010, berdasarkan Peraturan Menteri Kelautan dan
Perikanan Nomor: PER.28/MEN/2010, LP2IL mempunyai tugas melaksanakan
pada pemeriksaan hama, penyakit ikan dan lingkunganya. Namun demikian,
LP2IL Serang dapat mandiri dalam menjalakan anggarannya sejak tahun 2012.
Peran serta LP2IL Serang dalam pengembangan sistem kesehatan ikan dan
lingkungan di Indonesia telah dilakukan sejak awal pendiriannya. Visi dan Misi
telah dicanangkan, rencana strategis pun telah ditetapkan dengan melakukan
kegiatan-kegiatan dan membangun sarana - prasarana serta melakukan kegiatan
perekayasaan. LP2IL menerapkan pengujian sesuai dengan ISO 17025 dan
melakukan monitoring penyakit dan lingkungan.
17 4.1.2 Lokasi dan Letak Geografis LP2IL Serang, Banten
Loka Pemeriksaan Penyakit Ikan dan Lingkungan (LP2IL) Serang, Banten
(Gambar 1) berlokasi di Jalan Raya Carita, Desa Umbul Tanjung, Kecamatan
Cinangka, PO BOX 123 Anyer Lor Serang, Banten. Lokasi LP2IL terletak pada
6.23o Lintang Selatan dan 105.83o Bujur Timur, dapat dilihat pada Lampiran 1.
Luas lahan total Loka Pemeriksaan Penyakit Ikan dan Lingkungan (LP2IL)
Serang, Banten mencapai ±5.9 hektar yang berdekatan dengan pantai, lahannya
digunakan untuk bercocok tanam yaitu tanaman anggur, buah naga, pohon
pisang dan cabai, dengan bangunannya yang terdiri dari laboratorium,
perpustakaan, rumah dinas, guest house, asrama, dan kolam (bak uji lapang).
Adapun batas–batas wilayahnya adalah sebagai berikut:
Sebelah Utara : Desa Labuan
Sebelah Barat : Selat Sunda
Sebelah Selatan : Anyer
Sebelah Timur : Gunung Karang
Gambar 1. LP2IL Serang Banten
4.1.3 Struktur, Organisasi dan Tenaga Kerja
Sesuai dengan struktur organisasi Loka Pemeriksaan Penyakit Ikan dan
Lingkungan (LP2IL) - Serang yang terdiri dari Kepala Loka, Kepala Urusan Tata
Usaha, kepala Subseksi Metode Pemeriksaan, Subseksi Pelayanan Operasional,
18 serta Kelompok Jabatan Fungsional dalam penjabaran tugas sehari-hari dibantu
oleh pelaksana-pelaksana yang mengelola kegiatan. Struktur organisasi LP2IL
Serang (Gambar 2).
Gambar 2. Struktur Organisasi LP2IL – Serang
Dalam rangka memudahkan pelaksaan kegiatan-kegiatan Loka
Pemeriksaan Penyakit Ikan dan Lingkungan Serang, maka dilakukanpembagian
tugas sesuai struktur organisasi yang ada, yaitu sebagai berikut:
Urusan Tata Usaha mempunyai tugas melakukan penyusunan rencana,
program dan anggaran, urusan tata usaha dan rumah tangga, serta evaluasi
dan penyusunan laporan.
Subseksi Metode Pemeriksaan mempunyai tugas melakukan penyusunan
dan penerapan metode, pengujian dan analisis data di bidang pemeriksaan
hama, penyakit ikan, dan lingkungannya, serta monitoring dan pengawasan
(surveillance).
Subseksi Pelayanan Operasional mempunyai tugas melakukan pelayanan
teknis di bidang kesehatan ikan, dan lingkungannya serta pengolahan data,
pengelolaan system informasi, dan diseminasi informasi mengenai hama,
penyakit ikan, dan lingkungannya;
KEPALA
KASUBSIE. PELAYANAN
OPERASIONAL
KELOMPOK JABATAN
FUNGSIONAL
KASUBSIE. METODE
PEMERIKSAAN
KAUR. TATA USAHA
19
Kelompok Jabatan Fungsional mempunyai tugas melaksanakan kegiatan
yang berkaitan dengan pemeriksaan hama, penyakit ikan, dan
lingkungannya, serta kegiatan lain yang sesuai dengan tugas masing-masing
jabatan fungsional berdasarkan peraturan perundang-undangan.
Sampai dengan tahun 2016 jumlah pegawai LP2IL - Serang adalah 41
orang (PNS) dengan Rincian data kepegawaian LP2IL Serang, Banten dapat
dilihat pada Lampiran 2.
4.2 Kedudukan, Tugas dan Fungsi LP2IL Serang, Banten
Sesuai dengan Peraturan Menteri Kelautan dan Perikanan Nomor:
PER.28/MEN/2010, Loka Pemeriksaan Penyakit Ikan dan Lingkungan (LP2IL)
Serang, Banten merupakan Unit Pelaksana Teknis (UPT) di bidang pemeriksaan
hama, penyakit ikan dan lingkungan. LP2IL Serang, Banten berada dibawah dan
bertanggung jawab kepada Direktur Jenderal Perikanan Budidaya (DJPB). Untuk
melaksanakan tugas pokok tersebut, LP2IL - Serang menyelenggarakan fungsi :
(1) Penyusunan rencana, program dan anggaran, serta evaluasi dan
penyusunan laporan di bidang pemeriksaan hama, penyakit ikan, dan
lingkungannya;
(2) Penyusunan dan penerapan metode di bidang pemeriksaan hama, penyakit
ikan, dan lingkungannya;
(3) Pengujian dan analisis data di bidang pemeriksaan hama, penyakit ikan, dan
lingkungannya;
(4) Pelaksanaan pelayanan teknis di bidang kesehatan ikan, dan lingkungannya;
(5) Pelaksanaan monitoring dan pengawasan (surveillance) mengenai
penyebaran penyakit ikan, zonasi dan eradikasi hama dan penyakit ikan;
(6) Pengolahan data, pengelolaan system informasi, dan diseminasi informasi
mengenai hama, penyakit ikan, dan lingkungannya;
20 (7) Pelaksanaan urusan tata usaha dan rumah tangga LP2IL-Serang.
4.3 Visi dan Misi LP2IL Serang, Banten
Dalam rangka mendukung terwujudnya pembangunan perikanan dan
kelautan yang lebih terarah, terukur, konsisten dan akuntabel di bidang penyakit
ikan dan lingkungannya, diperlukan visi dan misi yang dapat menggambarkan
harapan dan kenyataan yang akan diperoleh melalui kebijakan dan program,
serta kegiatan yang dilakukan. Dalam RPJMN III LP2IL Serang menetapkan
visinya sebagai berikut: “Terdepan dalam Pengelolaan Kesehatan Ikan dan
Lingkungan”.
Perwujudan visi yang telah ditetapkan diformulasikan dalam bentuk
penetapan misi. Misi LP2IL pada periode tahun 2015-2019 adalah sebagai
berikut:
a. Meningkatkan kualitas tata kelola organisasi menuju tata kelola pemerintah
yang bersih, transparan dan akuntabel;
b. Melakukan pelayanan yang professional dan berorientasi pada kepuasan
pelangganan;
c. Mewujudkan LP2IL Serang sebagai rujukan nasional di bidang pengelolaan
kesehatan ikan dan lingkungan;
d. Meningkatkan peran LP2IL Serang dalam pengendalian mutu, khasiat dan
keamanan obat ikan.
Selanjutnya sebagai tata nilai bagi setiap pegawai LP2IL Serang, telah
ditetapkan sebuah motto dalam aktivitas sehari-hari, yaitu: “Profesional, Cepat,
Tepat dan Akurat” (Pro CETA).
21 4.4 Sarana dan Prasarana
4.4.1 Sarana Laboratorium Mikrobiologi LP2IL Serang, Banten
Laboratorium Mikrobiologi LP2IL Serang memiliki layanan diagnosa yang
meliputi pemeriksaan dan pengujian ALT bakteri, identifikasi bakteri dan jamur
dengan metode konvensional, serologis dan automatic identification system.
Sarana yang dimiliki laboratorium Mikrobiologi, Loka Pemeriksaan Penyakit Ikan
dan Lingkungan (LP2IL) Serang, Banten terdiri dari ruang sterilisasi, ruang
pembuatan media, ruang inkubasi dan ruang pengujian. Fungsi dari ruangan
tersebut antara lain:
a. Ruang Sterilisasi: fungsi dari ruang sterilisasi adalah untuk melakukan
serangkaian proses sterilisasi baik bagi alat maupun bahan yang akan
digunakan dalam pengujian sampel.
b. Ruang Pembuatan Media: fungsi dari ruang pembuatan media adalah untuk
melakukan kegiatan dalam pembuatan media, mulai dari preparasi alat dan
bahan hingga penyimpanan media di lemari penyimpanan.
c. Ruang Inkubasi: fungsi dari ruang inkubasi adalah ruang yang berisi
inkubator yang digunakan untuk menyimpan isolat pada suhu ruang.
d. Ruang pengujian : fungsi dari ruang identifikasi adalah ruang yang digunakan
dalam serangkaian kegiatan identifikasi mulai dari subkultur dan pemurniaan
hingga pembacaan hasil identifikasi.
4.4.2 Prasarana Laboratorium Mikrobiologi LP2IL Serang, Banten
Laboratorium Mikrobiologi Loka Pemeriksaan Penyakit Ikan dan
Lingkungan (LP2IL) Serang, Banten memiliki prasarana yang mendukung tugas
pelaksanaan kegiatan identifikasi bakteri yang mempengaruhi hasil diagnosa
sampel bakteri yang diujikan. Prasarana yang ada di laboratorium Mikrobiologi
Loka Pemeriksaan Penyakit Ikan dan Lingkungan (LP2IL) Serang, Banten
22 meliputi alat komunikasi, komputer, vitek 2 compact, printer, penyejuk ruangan,
dan lampu UV dengan fungsinya sebagai berikut:
a. Alat komunikasi: merupakan prasarana penunjang yang penting karena akan
menghubungkan satu sama lain dengan lebih cepat. Alat komunikasi yang
ada di laboratorium Mikrobiologi Loka Pemeriksaan Penyakit Ikan dan
Lingkungan (LP2IL) Serang, Banten berupa telephone sebanyak satu buah.
b. Komputer: fungsi sebagai peyimpan data dan pengelola data serta penyarian
informasi yang berkaitan dengan identikfikasi bakteri.
c. Vitek 2 Compact : sebagai alat untuk pendugaan/identifikasi bakteri secera
automatis (Automatic Identification System)
d. Printer: berfungsi sebagai alat pencetak dokumen-dokumen yang dibutuhkan
dalam proses identifikasi.
e. Penyejuk ruangan (AC): fungsi dari peyejuk ruagan adalah untuk
meyesuaikan suhu optimal sesuai kebutuhan laboratorium, jumlah alat
penyejuk ruangan sebanyak 4 buah.
f. Lampu UV: berfungsi dalam kegiatan mensterilisasikan seluruh ruangan yang
ada di laboratorium Mikrobiologi, kegiatan sterilisasi ruangan dilakukan setiap
hari selama kurang lebih 15-20 menit dimulai dari pukul 07.30 WIB.
4.5 Kegiatan Identifikasi Bakteri
4.5.1 Mekanisme Pengelolaan Sampel
Prosedur mekanisme pengelolaan sampel di Loka Pemeriksaan Penyakit
Ikan dan Lingkungan (LP2IL) Serang, Banten, dimulai dari customer
menyerahkan sampel dan wajib mengisi formulir permohonan pemeriksaan
sampel (FPPS) yang diberikan oleh penata usaha lab (PUL), Kemudian penata
usaha lab (PUL) menerima sampel dan melakukan verifikasi permintaan
23 customer. Dilakukan penggantian identitas sampel dengan No/Kode Lab
(Gambar 3) pada sampel sesuai dengan urutan buku induk.
I / 91/ VIII / 16
Keterangan :
: Jenis sampel yang masuk
(I : Ikan, U : Udang, A : air,
L : Lain-lain)
: Kode Sampel
: Bulan sampel masuk
: Tahun sampel masuk
Gambar 3. Contoh Pemberian Kode Sampel
Selanjutnya manajer teknik (MT) akan membuat formulir STP (Surat
Tugas Pengujian) dan memarafnya. Surat tugas pengujian (STP) beserta sampel
diserahkan kepada penyelia lab dan penyelia akan melekukan verifikasi
kesusaian sampel dengan STP. Kemudian sampel yang telah disetujui
diserahkan pada analisis laboratorium beserta STP. Analis akan melakukan
pengujian dan mengisi work sheet analis dan mengisi laporan hasil uji sementara
(LHUS) dan ditandatangani/diparaf. Kemudian LHUS diserahkan kepada
penyelia untuk diverifikasi dan ditandatangani. LHUS yang telah disahkan
diberikan kepada penata usaha lab (PUL) untuk diubah menjadi laporan hasil uji
(LHU).
LHU beserta LHUS diserahkan ke manajer teknik (MT) untuk diverifikasi
dan diberikan ke penata usaha lab (PUL) untuk diserahkan ke customer serta
mengarsipkan LHU dan LHUS. Prosedur makanisme dapat disimpulkan dalam
Lampiran 3. Contoh Formulir Permohonan Pemeriksaan Sampel (FPPS), Surat
Tugas Pengujian (STP), work sheet, Laporan Hasil Uji Sementara (LHUS) dan
Laporan Hasil Uji (LHU) dapat dilihat pada Lampiran 4 sampai Lampiran 8.
v
24 4.5.2 Sterilisasi Alat dan Bahan
Alat dan bahan yang digunakan untuk pengujian dalam Laboratorium
Mikrobiologi harus dalam keadaan yang steril, dimana steril merupakan suatu
keadaan alat dan bahan yang terbebas dari pencemar dan agen pencemar,
sehingga diperlukan tahap sterilisasi sebagai tahap awal. Menurut Achmad et al.
(2011), sterilisasi adalah suatu cara untuk membebaskan suatu benda dari jasad
hidup, baik terkait dengan wadah atau alat yaang digunakan, media bagi jasad
mikro, spesimen (benda yang menjadi sumber diperolehnya jasad mikro yang
dikehendaki), maupun lingkungan/ruang kerja.
Pada kegiatan Praktek Kerja Magang (PKM) yang dilakukan pada Loka
Pemeriksaan Penyakit Ikan dan Lingkungan (LP2IL) Serang, Banten, tahapan
awal yang dilakukan dalam mengawali semua proses di Lab. Mikrobiologi adalah
sterilisasi. Kegiatan sterilisasi alat dan bahan yang dilakukan dibagi menjadi dua
tahap yaitu: sterilisasi pra kegiatan dan sterilisasi pasca kegiatan.
a. Sterilisasi pra kegiatan yaitu mensterilkan alat maupun bahan dengan
beberapa proses, meliputi :
- Perebusan menggunakan uap bertekanan tinggi (autoklaf) dengan suhu
121oC selama 15 menit.
- Pengeringan menggunakan oven dengan suhu 60 oC selama 24 jam.
- Setelah 24 jam alat di ambil dan disimpan pada rak-rak alat steril dan alat
siap untuk digunakan.
b. Sterilisasi pasca kegiatan yaitu sterilisasi yang dilakukan pada pada
peralatan yang telah digunakan, meliputi beberapa proses sebagai berikut :
- Pemisahan alat-alat dari bahan yang telah digunakan, misalnya cawan
petri yang berisi agar (media) maupun bakteri dibersihkan dengan
semacam pinset dan dimasukkan kedalam plastik tahan panas.
25
- Alat yang telah dipisahkan dari media maupun bakteri dimasukkan dalam
panci, serta untuk sisa media maupun bakteri dimasukkan dalam plastik
tahan panas rangkap tiga dan dimasukkan dalam panci beserta pinset dan
sarung tangan yang digunakan kemudian diberi desinfektan.
- Pemberian desinfektan secukupnya yang memiliki sifat anti bakteri.
- Penambahan air diberikan hingga mencapai sekitar 3cm dari batas atas
panci.
- Ditutup dan dimasukkan kedalam alat destruksi, selama 2 jam.
- Kemudian setelah selesai, alat dimasukkan dalam dish driyer selama 1
jam.
- Setelah kering, proses selanjutnya adalah pembungkusan dengan kertas
(untuk gelas tabung dan cawan petri), khusus untuk gelas tabung dilakukan
penutupan dengan menggunakan kapas. Setelah semua terbungkus rapih,
lalu dimasukan kedalam plastik anti panas dan berlanjut ke tahap sterilisasi
pra kegiatan begitu pula selanjutanya.
4.5.3 Preparasi Alat dan Bahan
Pada Praktek Kerja Magang (PKM) di Loka Pemeriksaan Penyakit Ikan
dan Lingkungan (LP2IL) Serang, preparasi alat dan bahan bertujuan untuk
mempermudah dalam melakukan identfikasi bakteri. Kegiatan preparasi alat
pada Laboratorium Mikrobiologi, LP2IL Serang ini berupa pemberian nomor atau
label pada alat yang akan digunakan (Gambar 4). Tujuan dari pemberian nomor
atau label ini agar tidak terjadi kesalahan atau kekeliruan pada kegiatan
identifikasi bakteri. Menurut Hardi et al. (2011) pemberian tanda pada setiap
tabung reaksi dilakukan untuk memudahkan pekerjaan.
26
Gambar 4. Pemberian tanda pada tabung reaksi
Rincian dari alat dan bahan yang digunakan dalam proses identifikasi
bakteri secara automatis menggunakan Vitek 2 Compact di LP2IL Serang,
Banten dapat dilihat pada Lampiran 9 dan 10. sedangkan intruksi pengoprasian
alat dalam identifikasi bakteri secara automatis dengan vitek 2 compact dapat
dilihat pada Lampiran 11.
4.5.4 Pembuatan Media Kultur
Pada Praktek Kerja Magang (PKM) di Loka Pemeriksaan Penyakit Ikan
dan Lingkungan (LP2IL) Serang, pembuatan media kultur berguna untuk
menumbuhkan bakteri pada suatu media tertentu. Pembuatan media ini
dilakukan dalam kondisi yang steril sehingga menimalisir kontaminasi pada
media. Menurut Sutarma (2000), media adalah suatu subtansi yang
komposisinya terdiri dari nutrisi tertentu yang diperlukan untuk menumbuhkan
dan mempelajari sifat-sifat bakteri.
Tahapan dalam pembuatan media kultur yaitu :
1. Mempersiapkan botol scoot (wadah untuk media)
2. Media ditimbang sesuai dengan kebutuhan
3. Dihomogenkan menggunakan aquades sesuai dengan ukuran
4. Media disterilisasi dengan autoklaf 121oc selama 15 menit.
27
5. Setelah selesai, media di dinginkan dengan dimasukkan kedalam water
bath agar tidak memadat. Jika memadat dapat dicairkan menggunakan
microwave selama 15 menit.
6. Media dituangkan pada tabung reaksi atau cawan petri.
7. Ditunggu 24 jam untuk mengetahui kontaminasi pada media
8. Diberi label dan dibungkus
9. Di inkubasi dalam showcase dengan suhu -100C.
Pada identifikasi bakteri dengan vitek 2 compact, media yang dibutuhkan
yaitu TSA (Tryptic Soy Agar) sebagai media tumbuh dan media untuk pemurnian
dan subkultur, media darah (Blood Agar) sebagai media pengkaya dan media
yang digunakan saat isolasi bakteri dan NB+Glyserol untuk media awetan
bakteri serta MR-VP (Methyl Red–Voges Prokaeur) yang dibutuhkan dalam
suplemental test (Tes untuk pemisahan). Untuk komposisi media dapat dilihat
pada Lampiran 13 dan perhitungan perbandingan media dan aquades dapat
dilihat pada Tabel 1.
Tabel 1. Perhitungan Media dengan Perbandingan Aquades
NO MEDIA JUMLAH
MEDIA (Gram) AQUADES
1 Triptic Soy Agar (TSA) 16 384 ml
2 Blood Agar 8 92 ml
3 NB+ gly 20,8 79,2 ml
4 MR-VP 1,7 48,3 ml
4.5.5 Persiapan Sampel
Pada Loka Pemeriksaan Penyakit Ikan dan Lingkungan (LP2IL) Serang,
sampel dapat berupa isolat maupun organisme. Persiapan sampel dikakukan
ketika terdapat sampel masuk dan parameter yang di ujikan sesuai dengan
28 keinginan customer. Pada Praktek Kerja Magang (PKM) di Laboratorium
Mikrobiologi, LP2IL Serang, didapatkan sampel berupa organisme (ikan), udang,
isolat dan air. Akan tetapi yang dipergunakan dalam Praktek Kerja Magang
(PKM) untuk identifikasi bakteri berupa ikan.
Pada sampel yang masuk berupa organisme dapat dilakukan tahap-tahap
persiapan sampel dimulai dari penanganan sampel hingga subkultur bakteri.
a. Penangan Sampel
Dalam penangan sampel akurasi hasil pengujian sangat ditentukan oleh
cara pengambilan dan penanganan sampel yang benar. Sehingga harus
dikerjakan dengan teliti dan sesuai prosedur yang digunakan. Sampel yang
digunakan berasal dari ikan yang sakit, ikan yang masih hidup, ikan yang sekarat
atau ikan yang mati segar (sekurang-kurangnya dalam waktu 2 jam).
Tahap penanganan sampel dilakukan dengan cara:
1 Sampel yang datang, di lihat gejala klinisnya. Gejala klinis merupakan tanda-
tanda yang terdapat pada morfologis seperti terdapat perubahan fisik seperti
adanya lesi. Bila terdapat lesi dilakukan pembedahan/penyayatan disekitar
lesi untuk di isolasi dan didapatkan koloni murni.
2 Bila sampel yang datang tidak menunjukan gejala klinis, dilakukan
pembedahan / bedah bangkai pada ikan dan dilakukan pengamatan
abnormalitas pada organ, selanjutnya dilakukan isolasi pada organ target
yaitu pada ginjal, hati dan limfa yang dikerjakan secara aseptis.
Gejala klinis pada ikan yang sakit biasanya ditandai dengan adanya
pendarahan, luka pada tubuh, sirip yang gripis dan berenang abnormal. Menurut
Hardi et al. (2014), gejala klinis ikan nila yang terinfeksi sama dengan gejala
pada ikan lele yang diinjeksi dengan A. hydrophila yaitu adanya pendarahan
29 pada organ yang terinfeksi, sisik lepas, sirip gripis dan Luka/borok di tempat
infeksi.
b. Isolasi Bakteri
Isolasi bakteri dapat dilakukan terhadap organ target. Organ target yang
dimaksud adalah lesi tubuh, darah, cairan abnormal atau organ dalam (hati, limfa
dan ginjal) dimana dilakukan dalam kondisi aseptis. Isolasi bakteri berujuan untuk
menumbuhkan bakteri patogen dengan di isolasi pada umum TSA (Tryptic Soy
Agar) atau media lain yang sejenis. Menurut Kismiyati, et al. (2009), isolasi
bakteri bertujuan untuk mendapatkan bakteri yang menyerang pada sampel yang
diduga terinfeksi bakteri. Sumber isolasi pada ikan adalah semua bagian tubuh
yang mengalami kelainan patologi yang diduga disebabkan oleh penyakit
bakterial dari bagian tubuh eksternal maupun internal. Isolasi bakteri ini dilakukan
dengan menggunakan media agar yang bersifat umum, yaitu media Triptic Soy
Agar (TSA) atau Nutrient Agar (NA).
Tingkat keberhasilan isolasi akan lebih baik apabila menggunakan media
yang diperkaya, antara lain media agar darah, media serum atau media agar
coklat. Kelebihan penggunaan isolasi menggunakan media agar darah selain
sebagai media diperkaya, sekaligus dapat digunakan sebagai media untuk
diferensiasi berdasar sifat hemolisanya. Dimana pada Praktek Kerja Magang
(PKM) di Laboratorium Mikrobiologi LP2IL Serang, isolasi bakteri dilakukan
dengan media diperkaya yaitu media darah untuk menumbuhkan bakteri dapat
dilihat pada Gambar 5.
Tahap isolasi bakteri antara lain sebagai berikut.
1. Isolasi bakteri pada permukaan luar tubuh
Dilakukan pemeriksaan terhadap lesi pada permukaan tubuh
Seluruh permukaan tubuh didesinfeksi dengan iodine 2%
30
Apabila ditemukan lesi, pada bagian tersebut disterilkan dengan
menempelkan spatula panas pada bagian permukaan lesi.
Dilakukan penyayatan tepat pada bagian bawah lesi, kemudian penampang
sayatan bagian dalam di usapkan pada media.
Bagian media agar yang telah diusap dengan organ tubuh dilakukan
penggoresan kuadran sedemikian rupa sehingga mendapatkan koloni
tunggal.
2. Isolasi terhadap organ dalam tubuh
Isolasi pada bagian organ dalam tubuh dilakukan apabila ikan
menunjukan gejala infeksi yang sistemik atau apabila terdapat lesi (luka) pada
organ tersebut.
Dilakukan nekropsi dan dilanjutkan pengamatan terhadap organ target
Apabila terdapat lesi pada organ dalam, organ diambil dengan pinset.
Sedangkan apabila tidak ditemukan lesi, isolasi dilakukan terhadap ginjal.
Selanjutnya pada permukaan organ didesinfeksi dengan iodine 2%
dilanjutkan dengan sterilisasi bagian permukaan organ dengan cara
menempelkan spatula panas. Tepat dibawah permukaan organ yang
disterilisasi, organ di sayat dan kemudian pada bagian penampang sayatnya
diusapkan pada media umum. Isolasi dilakukan dengan ose steril dengan
menjaga prinsip-prinsip kerja steril.
Pada bagian media yang telah diusap dengan jaringan dilakukan
penggoresan secara kuadran pada media dengan tujuan mendapatkan
biakan bakteri dengan koloni tunggal.
Media diinkubasi selama 24 jam pada suhu 250C sampai dengan 300C.
Setelah itu dilakukan pengamatan karakteristik koloni bakteri secara
makrokopis diantaranya: bentuk, elevasi, dan tepian.
31
.
Gambar 5. Isolasi bakteri pada media darah
4.5.6 Pemurnian Isolat Bakteri
Pemurnian bakteri bertujuan untuk memperoleh dominasi bakteri yang
telah tumbuh dan untuk mendapatkan koloni tunggal. Menurut Huda et al. (2012),
pemurnian isolat bakteri bertujuan untuk memisahkan hasil inokulasi yang terdiri
dari banyak koloni yang berlainan jenis sehingga didapat koloni murni pada
setiap cawan petri.
Pada Praktek Kerja Magang (PKM) di Loka Pemeriksaan Penyakit Ikan
dan Lingkungan (LP2IL) Serang, tahapan yang dilakukan untuk pemurnian
bakteri yaitu menyiapkan isolat yang telah tumbuh. Koloni bakteri yang diambil
untuk dimurnikan adalah koloni yang dominan. kemudian disiapkan media
berupa TSA (Tryptic Soy Agar) dan Jarum ose. Proses pengerjaan dilakukan
pada BSC (Biosafety Cabinet) dengan prinsip aseptis. Kemudian dilakukan
pemurnian dengan memanaskan jarum ose bulat diatas bunsen dan dipilih koloni
tunggal yang akan diinokulasi pada media baru lalu dilakukan strike 4 kuadran
untuk mendapatkan koloni tunggal dan dominasi bakteri (Gambar 6). Setelah
dilakukan strike pada semua isolat disimpan pada inkubasi dengan suhu 30oC.
Apabila ditemukan beberapa koloni bakteri yang berbeda bentuk dilakukan
32 proses pemurnian, Pemurnian dilakukan dengan mengulang kembali metode
gores kuadran sampai didapatkan koloni tunggal dan murni.
Gambar 6. Pemurnian Bakteri pada media TSA
4.5.7 Pengawetan dan Subkultur Isolat Bakteri
Pengawetan bakteri dilakukan untuk memperpanjang daya simpan isolat
dengan dimasukkan pada freeze dan subkultur / peremajaan bakteri adalah
proses untuk memperoleh koloni bakteri baru yang telah dimurnikan sebelumnya,
selain itu juga dapat digunakan untuk mendapatkan isolat berumur 24-48 jam
agar meminimalisir error pada saat karakterisasi. Subkultur juga berguna untuk
membuat kultur stock dan kultur kerja. Menurut Wijayati et al. (2014)
berpendapat bahwa subkultur bertujuan agar bakteri memulai metabolisme
kembali setelah penyiapan.
Pada Praktek Kerja Magang (PKM) di Loka Pemeriksaan Penyakit Ikan
dan Lingkungan (LP2IL) Serang, subkultur dilakukan dengan menginokulasi
kembali menggunakan jarum ose bulat yang telah dipanaskan diatas bunsen dan
dilakukan strike pada media baru baik TSA miring maupun TSA plate kemudian
di inkubasi dapat dilihat pada Gambar 7. Menurut Anggraini et al. (2013),
Peremajaan bakteri dilakukan dengan memindahkan satu sampai empat ose
mikroba dari masing masing stok murni kedalam medium nutrien agar baru
33 didalam tabung reaksi dalam bentuk miring. Digoreskan pada medium nutrien
agar, kemudian diinkubasi pada suhu 35–37oC selama 24 jam.
Gambar 7. Subkultur bakteri pada TSA miring
Sedangkan, untuk pengawetan bakteri dilakukan dengan menginokulasi
pada media NB + Glyserol dan disimpan dalam deep freeze (Gambar 8).
Menurut Sugiawan (2000), pengawetan mikroba salah satunya dengan cara
pengering-bekuan (freeze drying). Teknik ini merupakan salah satu cara
pengawetan mikroba melalui proses sublimasi. Suspensi mikroba (bakteri,
khamir, atau kapang) dalam medium cair yang berfungsi pula sebagai medium
pelindung (cryoprotective medium) diisikan sebanyak 0,2 ml ke dalam ampul-
ampul stern yang sudah diberi kertas label di dalamnya, lalu dibekukan hingga
mencapai suhu -45 °C,
Gambar 8. Pengawetan bakteri
34 4.6 Pengujian Isolat Bakteri dengan Vitek 2 Compact
4.6.1 Alat dan Bahan
Pada proses identifikasi bakteri secara AIS (Automatic Identification
System) menggunakan Vitek 2 Compact diperlukan alat dan bahan untuk
menunjang proses identifikasi. Pada Praktek Kerja Magang (PKM) di Loka
Pemeriksaan Penyakit Ikan dan Lingkungan (LP2IL) Serang, adapun alat yang
digunakan, antara lain : dispensette, mikropipet, densichek, vitek 2 cassete, vitek
2 compact, obyek glass. Sedangkan bahan yang digunakan meliputi : tabung
disposable, vitek card identification, larutan fisiologis, blue tip, tisue, media kultur,
isolat bakteri, KOH 3%.
4.6.2 Persiapan Isolat
Persiapan isolat digunakan untuk memilih isolat yang akan di uji dengan
Vitek 2 compact. isolat yang digunakan dalam identifikasi secara automatis
memiliki umur kultur yang berbeda-beda sesuai dengan card idetification
(Lampiran 12) dan yang telah murni.
Pada Praktek Kerja Magang (PKM) di Loka Pemeriksaan Penyakit Ikan
dan Lingkungan Serang, umur kultur isolat yang dipergunakan adalah 18-24 jam
dikarenakan bakteri tergolong jenis bakteri gram negatif sehingga menggunakan
GN card.
4.6.3 Pengamatan Morfologi Bakteri
Pengamatan morfologi bakteri yang dilakukan di laboratorium Mikrobiologi
Loka Pemeriksaan Penyakit Ikan dan Lingkungan (LP2IL) Serang, Banten
meliputi pengamatan karakteristik koloni bakteri secara makrokopis dan
mikrokopis. Pengamatan secara makrokopis meliputi pengamatan warna, bentuk,
elevasi, opacity dan pinggiran. Sedangkan dalam pengamatan secara mikrokopis
dilakukan pewarnaan sederhana untuk mengetahui morfologi sel.
35
a. Morfologi Koloni Bakteri
Pengamatan koloni bakteri dilakukan di laboratorium Mikrobiologi Loka
Pemeriksaan Penyakit Ikan dan Lingkungan (LP2IL) Serang, Banten memiliki
tujuan untuk mengetahui karakteristik koloni bakteri secara makrokopis meliputi
warna, bentuk, margin, elevasi, opacity dan ukuran. Menurut Kismiyati et al.
(2009), pengamatan morfologi koloni bakteri dilakukan setelah mendapatkan
biakan murni. Pengamatan ini meliputi warna, bentuk, tepian koloni, elevasi atau
permukaan koloni dan struktur dalam koloni. Keterangan karakteristik ( dapat
dilihat pada Gambar 9). setiap koloni bakteri yang ada pada isolat murni memiliki
karakteristik yang berbeda-beda.
Gambar 9. Karakteristik Koloni Bakteri (Cappuccino dan Natalie 2005)
b. Morfologi Sel Bakteri
Pengamatan koloni bakteri secara mikrokopis untuk mengetahui bentuk
sel dari koloni bakteri. Dilakukan dengan cara pewarnaan sederhana dengan
mengunakan safranin, giemsa, metilen blue atau pewarna lainnya.
Pada Praktek Kerja Magang (PKM) di laboratorium Mikrobiologi, Loka
Pemeriksaan Penyakit Ikan dan Lingkungan (LP2IL) Serang, kegiataan
36 pewarnaan yang dilakukan untuk mengidentifikasi morfologi sel bakteri,
menggunakan pewarna sederhana safranin. Dengan cara sebagai berikut:
a. Teteskan larutan fisiologis steril / aquades ke obyek glass sebanyak satu
tetes dengan menjaga prinsip-prinsip kerja aseptis.
b. Kemudian koloni bakteri diambil dengan menggunakan ose steril dan
diusapkan pada kaca benda yang berisi larutan fisologis.
c. Dihomogenkan dan diratakan dengan mengunakan ose steril.
d. Fiksasi di atas Bunsen hingga mengering.
e. Dilakukan pemberian warna sederhana, dengan menggunakan pewarna
safranin. Diteteskan pada seluruh permukaan dan diratakan.
f. Ditunggu selama 45 detik, dibilas dengan air mengalir dan dikering anginkan.
g. Setelah kering, diidentifikasi di bawah mikroskop dengan perbesaran 400x
dengan pemberian minyak imersi.
h. Didapatkan hasil (Gambar 10).
Gambar 10. Koloni Bakteri (Tanda Panah) secara Mikrokopis
Prinsip dari pewarnaan sederhana yaitu dengan memberi zat pewara baik
safranin, methylen blue, giemsa dll. Menurut Purwani et al. (2013), Obyek glass
disterilkan dan difiksasi. Diambil 1 tetes aquades steril dan diteteskan pada
obyek glass. Diambil 1-2 ose isolate mikrobia dan dicampurkan pada aquades di
37 obyek glass. Preparat dikeringkan dengan fiksasi, dengan melalukan pada lidah
api Bunsen. Preparat yang sudah kering diberi metylen blue dan dibiarkan 3
menit, setelah itu dicuci dengan air mengalir dan dikeringkan. Preparat diamati
dengan mikroskop dengan perbesaran 100 x 10.
4.6.4 Pengujian Gram
Proses pengujian Uji Gram berfungsi untuk mengetahui bakteri tersebut
adalah bakteri gram positif atau bakteri gram negatif. Pada Praktek Kerja
Magang (PKM) di Loka Pemeriksaan Penyakit Ikan dan Lingkungan Serang
(LP2IL) Serang, pengujian gram dilakukan dengan uji KOH 3% pada biakan
murni. Mekanisme pengujian gram yaitu dengan mencampurkan setetes 3%
KOH dengan biakan padat bakteri umur 24 – 48 jam di atas objek glass dan
diulang 2 kali untuk memastikan kebenarannya. Pengujian gram dilakukan
dengan menggunakan mikropipet dan dilakukan didalam BSC (Biosafety
Cabinet) dapat dilihat pada Gambar 11.
Menurut Huda et al. (2012), apabila suspensi berubah menjadi berlendir,
lengket dan terangkat seperti benang bersama jarum ose, berarti bakteri gram
negatif (-). Apabila suspensi tetap encer, tidak terangkat dengan jarum ose,
berarti bakteri Gram positif (+). Hasil uji gram dapat dilihat pada gambar
Gambar 11. Uji Gram dengan KOH 3%
38 4.6.5 Pemilihan Card
Pada pengujian identifikasi bakteri secara automatis dengan vitek 2
compact terdapat berbagai jenis card yang digunakan. Card yang digunakan
memiliki berbagai fungsi yang berbeda dan standar kekeruhan yang berbeda
untuk mengidentifikasi organisme sesuai spesifikasi dari jenis card, standar
kekeruhan menggunakan satuan McFarland yang dapat dilihat pada Lampiran 12
Oleh karena itu diperlukan pemilihan card agar tidak salah dalam
penggunaannya. Prinsip dari card identification ini memiliki media uji biokimiawi
yang telah di modifikasi sedemikian rupa sehingga dapat digunakan untuk
identifikasi secara automatis.
Adapun jenis card untuk pengujian sampel adalah sebagai berikut :
ANC (Anaerobic and Corynebacteria Identification Card)
ANC merupakan card yang digunakan untuk mengidentifikasi automatis
pada organisme anaerobic dan spesies Corynebacterium. Pengujian sebelum
digunakan card ini yaitu dengan menginkubasi secara anaerob (dengan
ditumbuhkan ke media umum dan ditambah parafin).
BCL (Bacillus identification Card)
BCL merupakan card yang digunakan untuk identifikasi organisme yang
bersifat aerobic endospore yaitu famili Bacillaceae. Pengujian sebelum
digunakan card ini yaitu dengan dilakukan uji gram, bentuk sel, morfologi koloni
pada media umum (TSA) serta pewarnaan spora.
CBC (Corynebacteria Identification Card)
CBC merupakan card yang digunakan untuk identifikasi bakteri coryneform
(genus Corynebacterium). Pengujian sebelum digunakan card ini yaitu dengan
menginkubasi secara anaerob (dengan ditumbuhkan ke media umum dan
ditambah parafin).
39
GN (Gram-Negative Identificatin Card)
GN digunakan untuk identifikasi bakteri yang memiliki sifat gram negatif
(memiliki dinding sel tipis). Pengujian sebelum digunakan card ini yaitu dengan
uji gram.
GP (Gram-Possitve Identification Card)
GP card digunakan untuk identifikasi bakteri secara automatis yang memiliki
sifat gram positif. Pengujian sebelum digunakan card ini yaitu dengan uji gram.
NH (Neisseria-Haemophilus Identification Card)
NH merupakan card yang digunakan untuk identifikasi bakteri dengan sistem
automatis fastidious organisms (Bakteri yang susah tumbuh). Pengujian sebelum
digunakan card ini yaitu dengan menumbuhkan ke dalam media spesifik.
YST (Yeast Identification Card)
YST merupakan card yang digunakan untuk identifikasi jamur. Pengujian
sebelum digunakan card ini yaitu dengan menumbuhkan ke media PDA
(Potatoes Dextrose Agar) untuk identifikasi Jamur.
Pada Praktek Kerja Magang (PKM) di Laboratoirum Mikrobiologi, Loka
Pemeriksaan Penyakit Ikan dan Lingkungan (LP2IL) Serang, Banten. Card
identification yang digunakan dalam proses identifikasi adalah GN (Gram-
Negative Identification Card) (Gambar 12), karena bakteri yang diuji tergolong
dalam gram negatif.
Gambar 12. GN card identification
40 4.6.6 Mekanisme Pengujian dengan Vitek 2 Compact
Pada pengujian dengan Vitek 2 Compact di Laboratorium Mikrobiologi,
Loka Pemeriksaan Penyakit Ikan dan Lingkungan (LP2IL) Serang, tahapan yang
dilakukan sebagi berikut :
1. Gunakan isolate bakteri yang muda dan koloni murni.
2. Siapkan masing-masing 3 tabung untuk setiap isolate.
3. Tabung 1 dan 2 diisi dengan 3 ml larutan fisiologis dan tabung ke 3 dibiarkan
kosong kemudian disusun pada cassete.
Keterangan : Tabung 1 digunakan untuk pengujian, tabung 2 digunakan
untuk menambahkan sahline, tabung 3 digunakan untuk pembuangan.
4. Ambil koloni bakteri, buat suspensi pada sahline dan dihomogenisasi.
5. Untuk kekeruhan inokulum dapat dilakukan menggunakan alat Densicheck
dengan cara:
- Tabung inokulum yang akan diukur dibersihkan terlebih dahulu pada
bagian luarnya dengan tisu.
- Masukkan tabung ke lubang pengukuran pada densicheck, putar 360º
selama 2 detik.
- Angka hasil pengukuran akan muncul dalam satuan McFarland dapat
dilihat pada Lampiran 12.
6. Jika kekeruhan kurang maka tambahkan koloni bakteri.
7. Jika kekeruhan berlebih, maka ambil sejumlah volume inokulum dan
diencerkan dengan menambahkan sahline pada tabung 2 dan bila volume
pada tabung berlebih dapat dibuang ke tabung 3.
8. Letakkan card Vitek 2, sesuai dengan urutan untuk identifikasi.
9. Masukkan card Vitek kedalam alat dan ditunggu sampai hasil keluar.
Untuk instruksi penggunaan alat dapat dilihat pada Lampiran 10.
41 4.6.7 Pembacaan Hasil
Pada pengujian sampel dengan vitek 2 compact, setelah sampel
dimasukkan dalam alat, sampel akan dianalisis secara automatis dengan well
seperti uji biokimiawi yang telah dimodifikasi dan dimasukkan dalam card
identification. Well pada GN Card dapat dilihat pada Lampiran 14. Hasil yang
telah dianalisis berupa lembar print hasil identifikasi (dapat dilihat pada Lampiran
15, dimana memiliki keterangan sebagai berikut :
- Tipe card, number cassete, status, tanggal pengujian.
- Organisme yang berhasil di identfikasi.
- Prosentase kebenaran (Probability).
- Analysis organism dan Test to separate (Tes pemisahan untuk
menentukan spesies dengan uji tambahan Suplementas test).
- Biochemical details.
Hasil yang diperoleh dalam identifikasi dengan Vitek 2 compact
dinyatakan dalam prosentase untuk kebenaran organisme yang berhasil di
identifikasi. Untuk prosentase dalam hasil analisis dengan vitek 2 compact dapat
dilihat pada Tabel 2.
Tabel 2. Keterangan Hasil Identifikasi
Confidence level Choice % Probability
Excellent 1 96 to 99
Very Good 1 93 to 95
Good 1 89 to 92
Acceptable 1 85 to 88
Low discrimination 2 to 3
Inconclusive >3 n/a
Unidentified Organism 0 n/a
42
Pada vitek 2 compact, hasil yang diperoleh berasal dari kemiripan bakteri
yang diuji dengan database pada alat. Dimana terdapat limit keberterimaan yaitu
jika %probaility > 85% maka hasil tersebut masih dapat diterima. Jika , < 85%
maka bakteri yang teridentifikasi masih meragukan dan harus diulang kembali
dalam pemurnian.
Seringkali dalam lembar hasil identifikasi muncul dua organisme yang
teridentifikasi (Gambar 13). Dengan demikian harus dilakukan pemisahan (Test
to Separate) yaitu dengan melakukan suplemental test untuk memisahkan
bakteri yang teridentifikasi sehingga dapat diketahui spesies dari bakteri tersebut.
Gambar 13. Lembar hasil identifikasi
Praktek Kerja Magang (PKM) di Laboratorium Mikrobiologi, Pemeriksaan
Penyakit Ikan dan Lingkungan (LP2IL) Serang, Banten, didapatkan hasil seperti
Gambar 13. Untuk itu perlu dilakukan pemisahan yaitu dengan suplemental test
melalui uji VP (Voges Prokaeur).
Uji VP (Voges Prokaeur) bertujuan untuk mendeteksi kemampuan bakteri
dalam menghasilkan asetoin dan/atau diasetil pada media. Prosedur pengujian
uji VP yaitu dilakukan inokulasi bakteri dan dihomogenkan pada media MR-VP
dan dinkubasi selama 24 jam dengan suhu 30oC. Setelah 24jam, ditambahkan
43 reagen VP-1 dengan volume ½ dari volume suspensi bakteri yang digunakan,
dan kemudian ditambahkan reagen VP-2 dengan volume ½ dari volume reagen
VP-1 yang ditambahkan, kemudian dihomogenkan dan ditunggu hingga
beberapa menit sampai terjadi reaksi.
Untuk hasil uji VP (Voges Prokaeur), jika terjadi perubahan warna pada
media menjadi warna merah dinyatakan positif (+) dan jika tidak terjadi
perubahan warna pada media dinyatakan negatif (-) (Gambar 14).
Gambar 14. Hasil Uji- VP
Ketika uji-VP selesai dilakukan untuk tes pemisahan maka dilihat kembali
lembar hasil analisa (Gambar 13), jika mendapatkan hasil positif (+) maka bakteri
tersebut termasuk dalam A.hydrophilla dan jika uji-VPnya mendapatkan hasil
negatif (-) maka bakteri tersebut termasuk dalam A.caviae. Ketika VP (+) dapat
dinyatakan bahwa bakteri tersebut dapat memproduksi asetoin dari fermentasi
glukosa sehingga dapat merubah warna media menjadi merah dan ketika VP (-)
berarti sebaliknya.
4.6.8 Bakteri yang Teridentifikasi
Pada identifikasi bakteri didapatkan hasil bahwa bakteri dapat
digolongkan menurut gramnya (lapisan peptidoglikan) yaitu gram negatif dan
gram positif. Menurut Benson (2001), bakteri yang tergolong dalam gram positif
berasal dari kelompok Bacillus, Clostridium, Sporolactobacillus, Mycobacterium,
44 Lactobacillus, Listeria, Kurthia, Corynebacterium, Propionibacterium,
Arthrobacter, Sporosarcina, Micrococcus, Planococcus, Staphylococcus dan
Streptococcus. Sedangkan untuk gram negatif berasal dari kelompok
Pseudomonas, Aeromonas, Alcaligenes, Halobacterium, Flavobacterium,
Shigella, Klbesiella, Neisseria, Veillonella, Escherichia, Enterobacter, Citrobacter,
Erwinia, Proteus, Providencia, Morganella, Salmonella.
Pada Praktek Kerja Magang (PKM) di Loka Pemeriksaan Penyakit Ikan
dan Lingkungan (LP2IL) Serang, Banten didapatkan hasil berdasar analisis dari
Vitek 2 Compact, antara lain :
a) Aeromonas hydrophila
Bakteri A. hydrophila ditemukan pada organ target yaitu hati. Setelah
dilakukan inokulasi pada media TSA dan di identfikasi dengan vitek 2 compact,
menunjukan bahwa 98% terdapat bakteri A. hydrophila dapat dilihat pada
Gambar 15.
Gambar 15. Hasil identifikasi bakteri A.hydropila
Hasil dari pengamatan morfologi dengan pewarnaan menunjukkan bahwa
bakteri A. hydrophila memiliki bentuk batang (Gambar 16). Bakteri A. hydrophila
merupakan bakteri patogen dimana dapat menyerang ikan dan dapat
menyebabkan kematian masal. Menurut Haryani et al. (2012), bakteri Aeromonas
hydrophila adalah jenis bakteri yang bersifat pathogen dan dapat menyebabkan
45 penyakit sistemik serta mengakibatkan kematian secara masal. Penularan
bakteri Aeromonas hydrophila sangat cepat melalui perantara air, kontak bagian
tubuh ikan, atau peralatan budidaya yang tercemar/terkontaminasi bakteri.
Bakteri ini bersifat patogen, menyebar secara cepat pada padat penebaran yang
tinggi dan dapat mengakibatkan kematian benih sampai 100%.
Gambar 16. Bakteri A.hydrophila
b) Aeromonas caviae
Bakteri A. caviae ditemukan pada organ target yaitu terletak pada ginjal. .
Setelah dilakukan inokulasi pada media TSA dan di identfikasi dengan vitek 2
compact, menunjukan bahwa 98% terdapat bakteri A. caviae. Hasil dari vitek 2
compact dapat dilihat pada Gambar 17.
Gambar 17. Hasil identifikasi bakteri A.caviae
46
Hasil dari pengamatan morfologi dengan pewarnaan menunjukkan bahwa
bakteri A. caviae memiliki bentuk batang (Gambar 18). Bakteri A. caviae
biasanya menyerang pada ikan air tawar yaitu pada lele, dimana bakteri tersebut
dapat menimbulkan luka dan pendarahan bagian tubuh luar maupun oragn
dalam. Menurut Kurniawan et al. (2014), gejala klinis ikan lele yang diinfeksi
bakteri A. caviae menunjukkan adanya luka kemerahan pada tubuh, sungut, sirip
dan ekor, serta geripis pada sirip punggung, sirip dada, dan sirip perut.
Sedangkan menurut Kabata (1985) dalam Kurniawan et al. (2014), warna tubuh
menjadi gelap, timbul pendarahan yang selanjutnya akan menjadi borok
(hemorrhagic) diikuti oleh luka-luka borok dan borok pada kulit yang dapat
meluas ke jaringan otot, hemoragi insang, rongga mulut, sirip, dan sisik.
Kemampuan berenang menurun dan sering di atas permukaan air karena
insangnya rusak sehingga sulit bernafas, terjadi pendarahan pada organ bagian
dalam seperti hati, ginjal maupun limpa.
Gambar 18. Bakteri A. caviae
c) Aeromonas veronii
Bakteri A. veronii ditemukan pada organ target yaitu terletak pada darah
koloni bening. Setelah dilakukan inokulasi pada media TSA dan di identfikasi
47 dengan vitek 2 compact, menunjukan bahwa 96% terdapat bakteri A. caviae.
Hasil dari vitek 2 compact dapat dilihat pada Gambar 19.
Gambar 19. Hasil identifikasi bakteri A.veronii
Hasil dari pengamatan morfologi dengan pewarnaan menunjukkan bahwa
bakteri A. veronii memiliki bentuk batang (Gambar 20). Menurut Roberts et al.
(2006), Bakteri A. veronii merupakan salah satu spesies dari aeromonas yang
tergolong dalam bakteri gram-negatif, heterofermentatif. A.veronii menginfeksi
pada luka yang berakibat pendarahan, organ pencernaan, saluran empedu,
septic arthritis atau septicemia. A.veronii merupakan bakteri yang langka.
Gambar 20. Bakteri A. Veronii
48
d. Aeromonas sobria
Bakteri A. sobria ditemukan pada organ target yaitu terletak pada darah
koloni putih kuning. Setelah dilakukan inokulasi pada media TSA dan di
identfikasi dengan vitek 2 compact, menunjukan bahwa 96% terdapat bakteri A.
sobria. Hasil dari vitek 2 compact dapat dilihat pada Gambar 21.
Gambar 21. Hasil identifikasi bakteri A.sobria
Hasil dari pengamatan morfologi dengan pewarnaan menunjukkan bahwa
bakteri A. veronii memiliki bentuk batang (Gambar 22). Menurut Austin (2012),
A.sobria merupakan bakteri yang menyebabkan penyakit internal dan eksternal.
Infeksi A.sobria ditandai dengan berenang tidak normal, terdapat haemorrhages
(pendarahan) dan terdapat luka pada kulit. A.sobria merupakan spesies dari
Aeromonas spp. yang menyerang ikan air tawar dan infeksinya juga terdapat
pada hati, ginjal dan limfa.
Gambar 22. Bakteri A. sobria
49
5. KESIMPULAN DAN SARAN
5.1 Kesimpulan
Berdasarkan hasil Praktek Kerja Magang (PKM) mengenai identifikasi
bakteri Vibrio sp. pada sampel didapatkan kesimpulan sebagai berikut:
• Teknik yang digunakan untuk identifikasi bakteri yaitu menggunakan
Automatic Identification System yaitu dengan alat Vitek 2 compact
• Automatic Identification System (Vitek 2 compact) memiliki kelebihan
yaitu identifikasi secara cepat dibandingkan dengan metode konvensional
(uji biokimiawi).
• Bakteri yang diperoleh dari serangkaian teknik identifikasi dengan metode
Automatic Identification System pada sampel adalah A. hydrophila,
A.sobria, A. caviae dan A. veronii
5.2 Saran
Sebaiknya perlu dikembangkan lagi dengan menambah database dalam
pengujian dengan metode identifikasi secara automatis menggunakan vitek 2
compact sehingga banyak organisme yang dapat identifikasi.
50
DAFTAR PUSTAKA
Adam, S. 1992. Dasar-Dasar Mikrobiologi dan Parasitologi untuk Perawat. EGC.
Jakarta. 115 hlm. Ahmad, Mugiono, T. Arlianti dan C.Azmi. 2011. Panduan Lengkap Jamur.
Penebar Swadaya. Jakarta. 252 hlm. Afrianto, E., E. Liviawaty, Z. Jamaris, dan Hendi. 2015. Penyakit Ikan. Penebar
Swadaya. Jakarta. 220 hlm. Amri, K dan Khairuman. 2008. Buku Pintar Budi Daya 15 Ikan Konsumsi.
AgroMedia Pustaka. Jakarta. 358 hlm. Anggraini, D., N. Rahmawati dan S. Hafsah. 2013. Formulasi gel antijerawat dari
ekstrak etil asetat gambir. Jurnal Penelitian Farmasi Indonesia. 1(2), : 62-66.
Austin, B. 2012. Bacterial Fish Pathogen. Springer science. New York. 143 p. Benson. 2001. Microbiological Applications Lab Manual, Eighth Edition. The
McGraw−Hill Companies. 478 p. Cappucino, James G dan Natalie Sherman. 2005. Microbiology : A Laboratory
Manual International Edition 7th ed. San Francisco : Pearson Education Inc., publishing as Benjamin Cummings. 528 p.
Danim, S. 2003. Riset keperawatan: Sejarah dan Metodologi. EGC. Jakarta. 297
hlm. Djaelani, A.R. 2013. Teknik pengumpulan data dalam penelitian kualitatif.
Majalah Ilmiah Pawiyatan. 20 (1) : 82-92. Hardi, E.H., Sukenda, E.Haris dan A.M.Lusiastuti. 2011. Toksisitas produk
ekstrasellular (ECP) Streptococcus agalactiae pada Ikan Nila (Oreochromis niloticus). Jurnal Natur Indonesia. 13 (3): 187-199
., C. A. Pebrianto, T. Hidayanti dan R.T. Handayani. 2014. Infeksi
Aeromonas hydrophila melalui jalur yang berbeda pada ikan Nila (Oreochromis niloticus) di Loa Kulu Kutai Kartanegara Kalimantan Timur. Jurnal kedokteran hewan. 8 (2) : 130-133.
Haryani, A., R. Grandiosa, I.D. Buwono dan A. Santika. 2012. Uji efektivitas daun
pepaya (Carica papaya) untuk pengobatan infeksi bakteri Aeromonas hydrophila pada ikan Mas koki (Carassius auratus). Jurnal Perikanan dan Kelautan. 3 (3) : 213-220.
Huda, C., Salni dan Melki. 2012. Penapisan aktivitas antibakteri dari bakteri yang
berasosiasi dengan karang lunak Sarcophyton sp. Maspari journal. 4 (1) : 69-76.
51 Istijanto. 2005. Riset Sumber Daya Manusia. PT Gramedia Pustaka Utama.
Jakarta. 283 hlm. Kismiyati, S.Subekti, R. W. N. Yusuf dan R. Kusdarwati. 2009. Isolasi dan
identifikasi bakteri gram negatif pada luka ikan Maskoki (Carassius auratus) akibat infestasi ektoparasit Argulus sp. Jurnal Ilmiah Perikanan dan Kelautan 1 (2) : 129-134.
Kurniawan, A., Sarjito dan S.B. Prayitno. 2014. Pengaruh pemberian ekstrak
daun binahong (Anredera cordifolia) pada pakan terhadap kelulushidupan dan profil darah Lele Dumbo (Clarias gariepinus) yang diinfeksi Aeromonas caviae. Journal of Aquaculture Management and Technology. 3 (3) : 76-85.
Mahyuddin, K. 2010. Panduan Lengkap Agribisnis Patin. Penebar Swadaya.
Jakarta. 212 hlm. Nadeak, A. 2009. Kawasan basis sektor perikanan dan kelautan. Jurnal
Perencanaan & Pengembangan Wilayah. 4 (3) : 102-110. Pakpahan, H.T, R. W. E. Lumintang, dan D. Susanto. 2006. Hubungan Motivasi
Kerja Dengan Perilaku Nelayan Pada Usaha Perikanan Tangkap. Jurnal Penyuluhan. 2 (1) : 26-34.
Purwani, E., E. Retnaningtyas dan D. Widowati.2013. Pengembangan model
pengawet alami dari ekstrak lengkuas (Languas galanga), kunyit (Curcuma domestica) dan jahe (Zingiber officinale) sebagai pengganti formalin pada daging segar. Seminar Nasional IX Pendidikan Biologi FKIP UNS : 629 – 634.
Puspitasari, F.D., M. Shovitri dan N. D. Kuswytasari. 2012. Isolasi dan
karakterisasi bakteri aerob proteolitik dari tangki septik. Jurnal Sains dan Seni ITS. 1 (1) : 1-4.
Ratnawati, A., U. Purwaningsih dan Kurniasih. 2013. Histopatologis dugaan
Edwardsiella tarda sebagai penyebab kematian ikan Maskoki (Crassius auratus): postulat koch. Jurnal Sain Veteriner. 31 (1) : 55-65.
Roberts, M. T. M., D.A. Enoch, K. A. Harris dan J. A. Karas. 2006. Aeromonas
veronii biovar sobria bacteraemia with septic arthritis confirmed by 16S rDNA PCR in an immunocompetent adult. Journal of Medical Microbiology. 55 :241–243.
Said, A. 2007. Budidaya Ikan Kakap. JP Books. Jakarta. 60 hlm. Santosa, P.B dan M. Hamdani. 2007. Statistika Deskriptif dalam Bidang Ekonomi
dan Niaga. Erlangga. Jakarta. 300 hlm. Saparinto, C. 2009. Budi Daya Ikan di Kolam Terpal. Penebar Swadaya. Jakarta.
100 hlm.
52 Saraswati, D.A dan Setiawardhana. 2011. Sistem pendeteksian bakteri dengan
histogram citra biner. Jurnal matematika dan ilmu pengathuan alam. 14 (2) : 12-18.
Sitanggang, M. 2008. Mengatasi Penyakit & Hama pada Ikan Hias. AgroMedia
Pustaka. Jakarta. 53 hlm. Sugiawan, W. 2000. Teknik pengawetan bakteri, khamir dan kapang dengan
metode pengering-bekuan (freeze drying). Temu teknis fungsional non peneliti : 29-39.
Supriyadi, H. 2004. Membuat Ikan Hias Tampil Sehat & Prima. PT AgroMedia
Pustaka. Jakarta. 70 hlm. Susanto, H. 2014. Budidaya 25 Ikan di Pekarangan. Penebar Swadaya. Jakarta. Susilowati, B.E dan B.E.Purnama. 2011. Analisis dan perancangan sistem
informasi pasien Rumah Sakit Umum Nirmala Suri Sukoharjo. Journal Speed – Sentra Penelitian Enginering dan Edukasi. 3 (4) : 10-17.
Sutarma. 2000. Kultur media bakteri temu teknis fungsional non peneliti. 52-57. Thomas, K. W. L., P.C.Tam, Z. K. Liu and A.F.B.Cheng. 2001. Evaluation of
VITEK 2 Rapid identification and susceptibility testing system against gram-negative clinical isolates. Journal of clinical microbiology. 39 (8) : 2964-2966.
Tranggono, I.R dan F. Latifah. 2007. Buku Pegangan Ilmu Pengetahauan
Kosmetik. PT Gramedia Pustaka Utama. Jakarta. 223 hlm. Wallet, F., C. Louiz, E. Renaux, N. Lemaitre and R.J. Courcol. 2005.
Performances of VITEK 2 colorimetric cards for Identification of gram-positive and gram-negative bacteria. Journal of clinical microbiology. 43 (9) : 4402-4406.
Wibisono, D. 2003. Riset Bisnis Panduan bagi Praktisi dan Akademisi. PT.
Gramedia Pustaka. Jakarta. 310 hlm. Wijayati, N., C. Astutiningsih dan S. Mulyati. 2014. Transformasi α-Pinena
dengan bakteri Pseudomonas aeruginosa ATCC 25923. Journal of Biology & Biology Education. 6 (1) : 24-28.
Yusuf, R. W. N. 2009. Isolasi dan Identifikasi bakteri gram negatif pada luka ikan
Maskoki (Carassius Auratus) akibat infestasi ektoparasit Argulus Sp. (Skripsi). Universitas Airlangga: Surabaya. (tidak dipublikasikan). 81 hlm.
54 Lampiran 2. Data Pegawai LP2IL Serang, Banten
No. Nama Jabatan
1 Yayan Sofyan, A.Pi, M.P Kepala Loka
2 drh. Muhammad Aziz Hakim Ka. Ur. Tata Usaha
3 Cahyadi, A.Pi Kepala SubSeksi Pelayanan Operasional
4 Suherman, S.Si Kepala SubSeksi Metode Pemeriksaan
5 Bambang Widyo Prastowo, S.Pi, M.Si Perekayasa Muda
6 Manja Meyky Bond, S.Pi, M.Si Perekayasa Muda
7 Wiwin Wiyani, A.Pi PHPI Pertama
8 Betutu Senggagau, S.Pi, M.Si Perekayasa Muda
9 drh. Joko Suwiryono Pranata Laboratorium
10 Nefa Yulia, S.T PHPI Pertama
11 Indriasih, S.Si PHPI Pertama
12 Swastika Dita Soraya, S.Pi Pranata Laboratorium
13 Tanjung Penataseputro, S.KH Perekayasa Pertama
14 Ellis Mursitorini, S.Pi PHPI Pertama
15 Dwi Rahwanto, S.Pi PHPI Pertama
16 Niezha Eka Putri, S.Si PHPI Pertama
17 Suzana Meidwi Ratriningrum, S.T Pranata Laboratorium
18 Yan Evan, S.Pi PHPI Pertama
19 Didik Santoso, S.Pi PHPI Pertama
20 Dinarti, S.Si PHPI Pertama
55 Lampiran 2 (lanjutan)
No. Nama Jabatan
21 Rd. Kusyadi, S.St.Pi Pranata Laboratorium
22 Ronny Irawan Wibisana, S.T Pranata Komputer
23 Isnawati, A.Md.Pi Pengadm. Keuangan
24 Nur Alim A Analis Kepegawaian
25 Reynaldo Pengelola Laboratorium
26 Iman Suseno, A.Md Bendahara Pengeluaran
27 Sukmawati, A.Md Arsiparis Pelaksana
28 Nana Heryana Pengelola Laboratorium
29 Subhan Teknisi Litkayasa Pertama
30 Robani Pengelola Laboratorium
31 Taufik Penata Usaha RTP
32 Muktari Pengelola Laboratorium
33 Jamingun Pengelola Laboratorium
34 Sodirin Teknisi Jaringan instalasi
35 Faturrohman Pengelola Laboratorium
36 drh. Ratna Amalia Kurniasih PHPI Ahli Pratama
37 Ezra Yuni Tyastutiningsih, S. Farm Pengelola Laboratorium
38 Agus Firmansyah, S.E Penyiap Bahan
39 Silvian Rusminar, A.md Pengelola Laboratorium
40 Sofian Ansori, S.Si PHPI Ahli Pratama
41 Indra Pratama, A.Md Teknisi Peralatan dan Instalasi
62 Lampiran 9. Alat yang digunakan dalam identifikasi bakteri
Bunsen
Nampan
BSC
Obyek glass
Sectio set
Beaker glass
Sprayer
Cawan Petri
Mikropipet
Timbangan digital
Autoklaf
Waterbath
63 Lampiran 9 (Lanjutan)
Laminary Air Flow
Gelas Ukur
Hot Plate
Show case
Tabung reaksi
Jarum Ose
Inkubator
Mikroskop
Desikator
64 Lampiran 9 (Lanjutan)
Pipet tetes
Oven
Vitek 2 compact
Cassete
Densycheck
Dispensette
Card identification
Botol scoot
Kulkas
65 Lampiran 10. Bahan yang digunakan dalam identifikasi bakteri
Ikan sampel
Spuit
Iodine
Blood agar
TSA
Aquadest
Tisu
KOH 3%
Larutan Pewarna
Tisu lensa
Reagen VP
Minyak emersi
66 Lampiran 11. Instruksi Pengoprasian Kerja Alat
a. Prosedur Pengoprasian Analitical Balance
Hubungkan kabel POWER ke stop contact.
Untuk mengaktifkan, tekan tombol POWER pada posisi ON.
Diamkan sebentar sampai display angka pada monitor
menunjukan angka nol.
Timbang wadah / alas yang akan digunakan (catat beratnya).
Masukan bahan yang akan ditimbang sesuai dengan kebutuhan
dengan cara menambahkan berat wadah dengan berat bahan.
Atau tekan tombol ZERO setelah menimbang wadah / alas yang
akan digunakan (untuk mengembalikan pada angka nol),
kemudian masukkan bahan yang akan ditimbang sesuai dengan
yang diinginkan.
Setelah selesai penggunaan, tekan kembali tombol pada posisi
OFF dan lepaskan kabel.
b. Prosedur Pengoprasian Waterbath
Hubungkan kabel power ke sumber listrik.
Cek / isi akuades sampai pada batas yang tertera di dalam mesin.
Tekan tombol ON/OFF
Atur suhu, dengan cara menekan tombol kecil / select dan
memutar tombol besar hingga angka yang diinginkan.
Tunggu hingga beberapa menit sampai suhu yang diinginkan.
Masukkan botol yang berisi sampel dalam posisi separuh
mengapung.
Tutup kembali mesin.
Setelah selesai ambil sampel.
67 Lampiran 11 (lanjutan)
Matikan dengan menekan tombol OFF.
Cabut kabel power dengan hati-hati.
c. Prosedur Pengoprasian Hot plate
Hubungkan kabel power supply ke sumber listrik.
Tekan tombol ON pada sisi kiri untuk menyalakan alat.
Masukan magnetic stirrer bar ke dalam Erlenmeyer/botol berisi
yang akan dipanaskan dan letakkan tepat ditengah plate.
Atur suhu dengan memutar knop suhu kecepatan (RPM).
Setelah selesai, putar kembali knop kecepatan dan suhu ke posisi
minimal.
Tekan tombol OFF pada sisi kiri untuk mematikan alat
Cabut kabel power dengan hati-hati.
d. Prosedur Pengoprasian Autoklaf
Hubungkan kabel power supply sumber listrik.
Tekan tombol ON pada bagian sisi kanan untuk meyalakan alat.
Buka bagian depan autoklaf, isi botol exhaust dengan air sampai
batas Iow Level Water.
Buka penutup autoklaf dengan cara memutar tuas pada bagian
atas berlawanan arah jarum jam.
Angkat keranjang bagian dalam, kemudian isi autoklaf dengan
aquades sampai sensor terendam.
Masukkan peralatan dan bahan yang akan distrilisasi ke dalam
keranjang dan letakkan keranjang di dalam autoklaf. Tutup
kembali penutup autoklaf, dan kunci penutup dengan cara
memutar tuas searah jarum jam.
68 Lampiran 11 (lanjutan)
Tekan tombol MODE pada panel untuk memilih mode autoklaf
(mode sterilisasi, sterilisasi-penghangat atau pemanas).
Atur suhu autoklaf dengan menekan tombol tanda panah atas
atau panah bawah pada sisi kiri panel.
Tekan tombol START untuk memulai sterilisasi.
Setelah selesai, ambil peralatan dan bahan dengan cara yang
sama seperti saat memasukan peralatan dan bahan.
Keringkan peralatan yang telah steril dalam oven 600C.
Tekan tombol OFF pada bagian sisi kanan alat untuk memetikan
inkubator.
Cabut kabel power dengan hati-hati.
e. Prosedur Pengoprasian Horizontal Laminar Flow Cabinets-Streamline
Hubungkan kabel power dengan horizontal laminar flow cabinets-
streamline.
Buka penutup kaca bagian depan alat, kemudian kipas dihidupkan
dan dibiarkan selama 3 menit sebelum bekerja. Lampu dihidupkan
pada strip 1 (lampu putih).
Bersihkan alas dengan alkohol 70%. Hindari penggunaan
desinfektan yang mengandung chlorine.
Siapkan bahan yang akan digunakan dan letakkan didalam alat.
Minimalisir aktifitas dalam ruangan.
Setelah selesai rapikan semua alat dan bahan, kemudian
bersihkan alas laminar dengan alkohol 70%.
Matikan lampu, kipas dan tutup kembali alat dengan penutup kaca
secara hati-hati, kemudian nyalakan lampu UV dengan hati-hati.
69 Lampiran 11 (lanjutan)
Matikan lampu UV dengan hati-hati.
Kabel penghubung dapat dilepaskan dari power.
f. Prosedur Pengoprasian BioSafety Cabinet (BSC)
Hubungkan kabel power untuk meyalakan cabinet.
Tekan tombol ON/OFF untuk menyalakan cabinet.
Tekan tombol FAN untuk mengaktifkan kipas, untuk
menonaktifkan kipas, tekan kembali tombol FAN.
Tekan tombol FL LAMP jika membutuhkan lampu penerangan,
untuk menonaktifkan, tekan kembali tombol FL LAMP.
Tekan tombol UV LAMP untuk melakukan sterilisasi, sebelum
mengaktifkan UV LAMP, setting terlebih dahulu lamanya UV lamp
bekerja dengan cara:
a. Tekan tombol MODE
b. Atur waktu yang diinginkan dengan menggunakan tombol >>
dan ^.
Lampu UV akan nonaktif secara otomatis ketika timernya telah
habis.
Setelah selesai penggunaan, tekan kembali tombol ON/OFF dan
lepaskan kabel power.
g. Prosedur Pengoprasian Vitek 2 Compact
1. Cara Memulai Sistem
- Hidupkan PC (Power Conditioner) dan Hidupkan UPS
- Tekan power switch ON yang terletak dibagian samping alat
- Hidupkan CPU dan Monitor
- Alat akan melakukan inisialisasi ± 15 menit
70 Lampiran 11 (lanjutan)
- Pada komputer untuk masuk ke windows masukkan user name
dan pasword
- Setelah terbuka, untuk masuk ke menu aplikasi Vitek 2 Compact ,
klik dua kali pada gambar/icon Vitek 2 Systems dan masukkan
user name dan password.
- Kemudian cek status , (OK, Warning atau Error).
2. Cara Mengakhiri Sistem
- Tutup seluruh aplikasi pada tampilan monitor komputer.
- Shut down computer dari menu start pada tampilan komputer.
- Matikan instrument dengan menekan tombol “status/menu key”.
- Kemudia pilih “maintenance.”
- Kemudian pilih “shutdown”.
- Pilih “Yes” dan tunggu proses selesai
3. Menjalankan Pemeriksaan
- Masukkan cassete ke dalam “Filler”.
- Tekan “Start Fill”.
- Lampu indicator pada filler “ON”, tungg proses ± 2 menit dan bunyi
alarm.
- Ambil cassete dan pindahkan ke “Loader”.
- Lampu indicator loader “ON”.
- Tunggu hingga proses selesai
- Ambil cassete dari Loader
71 Lampiran 11 (lanjutan)
Keterangan :
1. Filler
2. Loader
4. Melihat Hasil dan Cetak Hasil
- Pada menu utama pilih “Enter Isolate View”
- Kemudian akan muncul tampilan sebagi berikut :
1
2
72
Lampiran 11 (lanjutan)
- Pilih date test di View by
- Pilih show all di Filter by yang akan dilihat
- Pilih tanggal dan no isolate
- Untuk cetak hasil pilih gambar “Printer”
- Pilih mode untuk cetak dan klik “Print All”, kemudian tekan “OK”.
73 Lampiran 12. Standar kekeruhan Card Identification
No Kartu Umur Kultur Densitas Inokulum
(McFarland)
1 GN 18-24 0.50-0.63
2 GP 12-48 0.50-0.63
3 BCL 18-24 1.80-2.20
4 YST 18-72 1.80-2.20
5 CBC 18-24 2.70-3.30
6 NH 18-24 2.70-3.30
7 ANC b. Corynebacteria 18-24 c. Anaerobic 18-72
2.70-3.30
74 Lampiran 13. Media Tumbuh dalam Identfikasi Bakteri dengan Vitek 2 compact
No. Nama Media Komposisi
1. Triptic Soy Agar (TSA) - Pepton from casein 15 g/l - Pepton from soymeal 5 g/l - Sodium chloride 5 g/l - Agar-agar 15 g/l
2. Blood Agar - Nutrient substrate 20,0 g/l - Sodium chloride 5,0 g/l - Agar-agar 15 g/l
3. MR-VP - Peptone from meat 7.0 - D(+)glucose 5.0 - Phosphate buffer 5.0.
top related