varianty sars-cov-2 v Če ské republice
Post on 29-Apr-2022
2 Views
Preview:
TRANSCRIPT
Varianty SARS-CoV-2 v České republice
Zpráva ke dni 25. 06. 2021 (24. kalendářní týden roku 2021)
Vydalo: COG-CZ
COVID-19 Genomics CZ Consortium
Kontaktní osoby: Jan Pačes (jan.paces@img.cas.cz)
a Michal Kolář (kolarmi@img.cas.cz),
Ústav molekulární genetiky AV ČR
Obsah
1. Přispěvatelé
2. Celkové zhodnocení
3. Týdenní přehled odebraných vzorků
4. Časový vývoj viru SARS-CoV-2 na území ČR
5. Varianty viru SARS-CoV-2 na území ČR
6. Přehled proteinových mutací na celogenomové úrovni v českých krajích
7. Přehled proteinových mutací na celogenomové úrovni - časová řada
8. Vyobrazení Spike proteinu variant SARS-CoV-2
9. Fylogenetická analýza izolátů SARS-CoV-2 z České republiky
10. Znázornění mutací SARS-CoV-2 v reprezentaci haplotypové sítě
11. Přílohy
2 Varianty SARS-CoV-2 v České republice
1. Přispěvatelé
Karel Berka, Michaela Jaroměřská, Artsemi Yuschkevich
Katedra fyzikální chemie, Univerzita Palackého v Olomouci
Martin Čech
Ústav organické chemie a biochemie, AV ČR
Zoltán Fussy, Vladimír Hampl, Blanka Hamplová, Štěpánka Hrdá, Jiří Novák, Ruth
Tachezy, Sebastian Cristian Treitli
Přírodovědecká fakulta Univerzity Karlovy, BIOCEV
Miluše Hradilová, Michal Kolář, Ondřej Moravčík, Jan Pačes, Lucie Pfeiferová, Martin
Zmuda
Ústav molekulární genetiky, AV ČR
Magdalena Jančářová
Katedra parazitologie, Přírodovědecká fakulta Univerzity Karlovy
Helena Jiřincová, Alexander Nagy, Timotej Šuri, Jaromíra Večeřová
Národní referenční laboratoř pro chřipku a nechřipková respirační virová onemocnění, SZÚ
Martin Kolísko, Serafim Nenarokov, Jeffrey Silberman, Radek Šíma, Monika Wisniewska
Parazitologický ústav, Biologické centrum, AV ČR
Jaroslav Nunvář
Katedra genetiky a mikrobiologie, Přírodovědecká fakulta Univerzity Karlovy
Miroslav Ruda
CESNET
Rastislav Slavkovský
Ústav molekulární a translační medicíny, Univerzita Palackého v Olomouci
Monika Čechová
Fakulta informatiky, Masarykova Univerzita
Markéta Tomková
University of California Davis, UC Davis Genome Center
Hana Medová
Výpočetní a datové kapacity poskytuje Elixír-CZ (www.elixir-czech.cz).
3 Varianty SARS-CoV-2 v České republice
2. Celkové zhodnocení
Tato zpráva vznikla za účelem zavedení pravidelného monitoringu variant SARS-CoV-2 na
území České republiky. Slouží výhradně pro vědecké účely.
Na území České republiky bylo od 1.1.2021 do 18.6.2021 zaznamenáno 53 linií SARS-CoV-2,
z toho čtyři Varianty hodné pozornosti (VOC) a dvě Varianty hodné zájmu (VOI) dle stávající
klasifikace ECDC. V deseti týdnech předcházejících datové uzávěrce zprávy (týdny 15 - 24) se
nejčastěji vyskytovala varianta alfa (B.1.1.7). V České republice se v tomto období objevily
Varianty hodné pozornosti delta (B.1.167.2) a gamma (P.1). Varianta hodná pozornosti beta
(B.1.351) a varianta B.1.258 postupně ustupují. Sporadicky byly nalezany Varianty hodné
zájmu B.1.160 a kappa (B.1.617.1). Mezi ostatními variantami jsme pozorovali nárůst varianty
C.36.3. Dále byly potvrzeny minoritní výskyty variant B.1.221, B.1.1.277, B.1.177.8, B.1.416.1,
B.1.1.318 a B.1.1.170. Varianty jsou členěny dle PANGO klasifikace https://cov-lineages.org/,
jejich podrobný popis je uveden v Příloze totoho dokumentu a na webových stránkách
http://virus.img.cas.cz/.
Výběr vzorků pro sekvenaci izolátů SARS-CoV-2 populace České republiky neprobíhal podle
jednotné metodiky. Vzorky byly vybírány tendenčně dle rozhodnutí jednotlivých klinik
a laboratoří. Dostupný dataset tedy nepředstavuje reprezentativní vzorek populace.
Závěry odvozené z předkládaných výsledků je nutno brát pouze jako orientační, neodrážejí
celkovou situaci v ČR. Pro území České republiky jsou k dispozici sekvenační data
shromažďovaná Ústavem molekulární genetiky AV ČR, dále pak data o sekvenaci českých
izolátů uložená v databázi GISAID. Ke dni zpracování této zprávy byly od 1.1.2021 pro území
České republiky k dispozici údaje o sekvenaci celkem 4 533 vzorcích, které byly vybrány po
kontrole kvality pro další analýzy.
Největším úskalím sekvenace variant SARS-CoV-2 zůstává nesystematický sběr dat,
nedostatečný počet osekvenovaných vzorků z české populace a chybějící metadata (pacientův
zdravotní stav, prodělání nemoci COVID-19 a vakcinace). Dalším problémem je nepropojenost
s pracovištěmi veřejné zpráy, které sledují výskyt SARS-CoV-2 v rámci ČR, např. ÚZIS.
Sekvenační data je důležité doplnit výsledky z diskriminačních PCR.
4 Varianty SARS-CoV-2 v České republice
3. Týdenní přehled odebraných vzorků
Sekvenace izolátů SARS-CoV-2 z území České republiky probíhá v několika akademických,
univerzitních a soukromých laboratořích. V grafu je vynesen počet vzorků odebraných v daném
týdnu s udáním labratoře, která vzorek zpracovala. Ke dni vypracování této zprávy byly
k dispozici údaje o sekvenaci 4 415 vzorků od 1.1. 2021 do 18.6.2021. (Graf je na následující
straně.)
Vysvětlivky:
Bioptic Lab - Bioptická laboratoř s.r.o.
FN Motol - Fakultní nemocnice v Motole, Praha
MN Ústí nad Labem - Masarykova nemocnice Ústí nad Labem
SVÚ Praha - Státní veterinární ústav Praha
BTÚ AV ČR - Biotechnologický ústav AV ČR
GHC - GHC Genetics s.r.o.
NRL SZÚ ČR - Národní referenční laboratoře pro chřipku a nechřipková respirační virová
onemocnění ČR
Tilia Lab - Tilia Laboratories s.r.o.
CEITEC MU - Centrum CEITEC Masarykova univerzita v Brně
IMTM Olomouc - Ústav molekulární a translační medicíny, CATRIN, Univerzita Palackého v Olomouci
ÖAW - Österreichische Akademie der Wissenschaften
TU Dresden - Technische Universität Dresden
CMBG FN Brno - Centrum molekulární biologie a genetiky, Fakultní nemocnice Brno
KN Liberec - Krajská nemocnice Liberec
PřF UK BIOCEV - Biotechnologické a biomedicínské centrum Akademie věd a Univerzity Karlovy
ve Vestci
ÚMG AV ČR - Ústav molekulární genetiky AV ČR, v. v. i.
5 Varianty SARS-CoV-2 v České republice
6 Varianty SARS-CoV-2 v České republice
4. Časový vývoj viru SARS-CoV-2 na území ČR
Graf znázorňuje průběh linií viru SARS-CoV-2 izolovaných na území České republiky od
1.1.2021 do 18.6.2021. V grafu je na vertikální ose vyneseno množství vzorků osekvenovaných
v daném týdnu. Celkově je znázorněno 4 419 vzorků. Výchozí data jsou uvedena v Tabulce 5 a
v Tabulce 6.
7 Varianty SARS-CoV-2 v České republice
5. Varianty viru SARS-CoV-2 na území ČR
Graf uvádí frekvenci výskytu variant SARS-CoV-2 ve vzorcích s datem odběru mezi 1.1.2021 a
18.6.2021 ve členění podle krajů. Pro tuto analýzu bylo z celkového datasetu 4 533 vybráno 4
475 vzorků, u nichž je dostupná validní sekvence celého genomu a informace o datu a místu
odběru. V grafu jsou vyneseny jen varianty přítomné v alespoň jednom kraji nejméně ve dvou
izolátech a zároveň ve více než 1 % analyzovaných vzorků. Od měsíce května tohoto roku
dochází k záchytům variant delta (B.1.617.2), kappa (B.1.617.1) a C.36.3. Počet vzorků
z daného kraje je uveden na svislé ose vlevo. Data o nejčastěji se vyskytujících variantách
identifikovaných v ČR jsou uvedena v Příloze v Tabulce 3, kompletní data v Tabulce 4.
8 Varianty SARS-CoV-2 v České republice
6. Přehled proteinových mutací na celogenomové úrovni v českých
krajích
Data získaná sekvenací celého genomu viru SARS-CoV-2 ukazují přítomnost mutací
v jednotlivých krajích ČR. Mutace jsou porovnávány s referenčním izolátem wuhanské varianty
SARS-CoV-2 (ref.č. NC_045512.2 o délce 29 903 bp). V izolátech z České republiky bylo
nalezeno již více jak 4 000 mutací (substitucí a delecí) v genomu viru SARS-CoV-2. Grafický
přehled zahrnuje frekvence aminokyselinových delecí a substitucí, které se v jednom kraji
vyskytovaly ve více jak 10% a zároveň jsou z daného kraje dostupné alespoň tři izoláty
obsahující tuto mutaci. Celkový počet vzorků z daného kraje je uveden na dolní ose. V pravé
části grafu jsou znázorněny substituce a delece ve virových proteinech charakteristické pro
danou variantu. Řádek Další mutace ukazuje střední počet mutací, které nejsou znázorněny v
heatmapě, ve vzorcích z daného kraje/týdne. Ukazuje tak mutační nálož nad rámec mutací
uvedených v heatmapě. Mutace jsou uvedeny ve formátu:
<protein>:<aminokyselina v referenční sekvenci><pozice v proteinu><aminokyselina v mutované
sekvenci><->.
Výchozí data jsou uvedena v Tabulce 7.
(Graf je na následující straně.)
9 Varianty SARS-CoV-2 v České republice
7. Přehled proteinových mutací na celogenomové úrovni - časová řada
Data získaná sekvenací celého genomu viru SARS-CoV-2 ukazují, jak se virus mění v čase.
Mutace jsou porovnávány s referenčním izolátem wuhanské varianty SARS-CoV-2
(ref.č. NC_045512.2 o délce 29 903 bp). V izolátech z České republiky bylo nalezeno již více
jak 4 000 mutací (substitucí a delecí) v genomu viru SARS-CoV-2. Grafický přehled zahrnuje
frekvence aminokyselinových mutací, které se v jednom týdnu vyskytovaly ve více jak 10% a
zároveň jsou z daného týdne dostupné alespoň tři izoláty obsahující tuto mutaci. Celkový počet
vzorků z daného kraje je uveden na spodní ose. V pravé části grafu jsou znázorněny substituce
a delece ve virových proteinech charakteristické pro danou variantu. Řádek Další mutace
ukazuje střední počet mutací, které nejsou znázorněny v heatmapě, ve vzorcích z daného kraje/
týdne. Ukazuje tak mutační nálož nad rámec mutací uvedených v heatmapě. Mutace jsou
uvedeny ve formátu:
<protein>:<aminokyselina v referenční sekvenci><pozice v proteinu><aminokyselina v mutované
sekvenci><->.
Výchozí data jsou uvedena v Tabulce 8.
(Graf je uveden na následující straně.)
11 Varianty SARS-CoV-2 v České republice
8. Vyobrazení Spike proteinu variant SARS-CoV-2
Vyobrazení trimerické struktury Spike proteinu viru SARS-CoV-2. Spike protein je vyznačen
v reprezentaci cartoon v šedé barvě, červeně jsou zvýrazněny pozice mutací, šedými kostkami
místa glykosylace. Vazebná doména proteinu (receptor-binding domain, RBD), zodpovědná za
navázání receptoru ACE2, je vyznačena žlutou barvou, zeleně aminokyseliny přímo se vážící
na receptor ACE2. V panelu jsou vyobrazeny varianta alfa (B.1.1.7), beta ( B.1.351), delta
(B.1.617.2) a C.36.3 (tzv. thajská ex Egypt), a to v pohledech ze směru vazebné domény a
v pohledu ze strany.
varianta alfa (B.1.1.7) Animace k nahlédnutí na molstar.org.
varianta beta (B.1.351) Animace k nahlédnutí na molstar.org.
13 Varianty SARS-CoV-2 v České republice
Varianta delta (B.1.617.2) Animace k nahlédnutí na molstar.org.
varianta C.36.3 Animace k nahlédnutí na molstar.org.
14 Varianty SARS-CoV-2 v České republice
9. Fylogenetická analýza izolátů SARS-CoV-2 z České republiky
Fylogenetický strom sestavený ze 561 sekvencí, z toho 235 sekvencí pochází z českých izolátů,
326 zahraničních vzorků je vzato jako referenční. Referenční sekvence ze zahraničí jsou
vyznačeny černými linkami s původem uvedeným v textu (země či region a období odběru),
české sekvence jsou vyznačeny barevnými linkami a silnější linky označují sekvence vzorků
odebrané od 5. 5. 2021. Genotyp určený pomocí PANGO Linie jsou vyznačeny barevnými
výsečemi. České varianty viru SARS-CoV-2 náležejí převážně do linie B.1, zejména varianty
alfa (B.1.1.7), která také akumuluje nejvíce mutačních změn. Za pozornost stojí nově se
objevivší "indická" varianta delta (B.1.617.2) a C.36.3.
1 substituce/kbp
B.1.1.7
EPI ISL2189547
CZE-OL2021-05-01
PT02820 CZE2021-04-28
EPI ISL 2323228 CZE-MO 2021-05-01
EPI ISL2466504CZE-PH2021-05-05
EPI ISL 2036085 CZE 2021-05-07
EPI ISL1201885Brazil 21-01-21
EPI ISL 2420839 CZE-PL 2021-04-29
EPI ISL1163828Italy21-02-04
EPI ISL2380453
CZE-ST2021-04-23
EPI ISL1303507Brazil21-01-22
IMG30S 7315 CZE-MO
2021-04-23
EPI ISL 2403199 CZE-OL 2021
-05-14
EPIISL 2
189534 C
ZE-OL 20
21-04-30
EPI ISL 1502911 Panama 20-12-20
EPI ISL 2323262 CZE-MO 2021-05-04
2021-050140098CZE-LI 2021-05-07
EPI ISL1970598CZE2021-04-26
EPI ISL2466507
CZE-PH2021-05-14
EPI ISL802771
Spain
20-10-20
EPI ISL2227860CZE2021-05-11
EPI ISL1470182
Estonia
21-03-10
EPI ISL 2323210 CZE-MO 2021-04-30
EPIISL2403200CZE-OL2021-05-14
EPI ISL940891
South
Africa
21-01-19
EPI ISL1752671CZE2021-03-31
2021-0501
50369 CZ
E-LI 2021-0
5-06
EPI ISL22408
24Italy
21-05-20
EPIISL
130000
1 CZE-JM
2021-02
-14
U130727 CZE-US 2021-05-04
2021-050170392CZE-LI 2021-05-09
EPI ISL2227856CZE2021-05-11
EPI ISL 256
5981CZE-
OL 2021-0
5-27
EPI ISL 1509845 Bulgaria 21
-03-21
EPI ISL2324944
CZE-ST2021-05-06
IMG30S
7335CZE-M
O2021-04-26
EPI ISL2420864CZE-PL2021-05-03
EPI ISL1970589CZE2021-04-28
EPI ISL 1500987 France 21-01-21
EPI ISL 2323177 CZE-MO2021-04-27
EPI ISL2323211
CZE-MO2021-04-30
EPI ISL2403223
CZE-OL2021-05-17
EPI ISL1171654Brazil 21-02-09
EPI ISL 2403215 CZE-OL 2021-05-16
IMG30S
7336 CZE-MO
2021-04-26
EPI ISL1508838Romania21-02-02
EPI ISL 2562064CZE-PL2021-04-27
EPI ISL2227849CZE2021-05-10
EPI ISL2189552CZE-OL2021-05-01
EPI ISL2403218CZE-OL2021-05-17
EPI ISL2323244
CZE-MO2021-05-03
EPI ISL2323195
CZE-MO2021-04-28
EPI ISL1970597CZE2021-04-26
EPI ISL1501134
France21-02-26
EPI ISL 2420883 CZE-PL 2021-05-06
EPI ISL2439020
CZE-KR
2021-01-07
EPI ISL 2420824 CZE-PL 2021-04-27
EPI ISL451157India20-05-02
EPI ISL1502928
Panama20-12-21
EPI ISL 2420820 CZE-PL 2021-04-26
EPI ISL 2346357 CZE-OL 2021-05-11
EPI ISL 1489925Poland 20-05-20
EPI ISL 451076 Sichuan 20-02-08
EPI ISL 2380444CZE-ST2021-04-23
EPI ISL232318
6 CZE-MO 202
1-04-28
EPI ISL2162291
Spain
21-05-12
EPI ISL 2420878 CZE-PL 2021-05-05
EPI ISL 1111
261Peru 20-05-19
EPI ISL871991
Spain
20-08-25
2021-050150513CZE-LI 2021-05-07
MW462652 USA 20
-12-28
EPI ISL2466509
CZE2021-05-12
EPI ISL 1509853 Bulgaria 21-0
3-22
EPI ISL 2382539 CZE-ST 2021-04-23
MW71115
9 Italy 20
-12-31
IMG30S
7322CZE-M
O2021-04-24
VN24306 CZE2021-05-01
EPI ISL2325003CZE-VY2021-05-05
EPIISL
232322
0 CZE-MO
2021-04-30
EPI ISL 2463285
CZE-PH 2021-04-29
EPI ISL2181391
USA21-05-11E
PI ISL2466510
CZE-MO2021-05-17
EPIISL2368756USA21-05-20
EX19532 CZE2021-04-29
EPI ISL1190930Estonia21-02-10
EPI ISL1196294Brazil 20-10-26
IMG30S1608CZE-IMG30S1608
2021-050150486 CZE-LI2021-05-07
MW71460
0 USA 202
1-02EPI ISL
1502989Panam
a21-01-10
EPI ISL 1069198 Anhui 20-01-28
EPI ISL1468457Brazil 21-02-02
2021-050110323 CZE-LI 2021-05-07
EPI ISL1588507
CZE2021-03-11
EPI ISL2562078CZE-PH2021-05-05
EPI ISL1502847
Panama20-05-14
EPI ISL1502900
Panama20-12-20
EPI ISL2325005CZE-VY2021-05-05
IMG30S7513CZE-MO2021-05-12
EPIISL
232317
5 CZE-M
O 2021-0
4-27
EPI ISL 2323180 CZE-MO 2021-04-27
EPI ISL 1909815 CZE-OL 2021-04-26
U130681
CZE-US2021-05-03
EPI ISL2562077CZE-PH2021-05-05
EPI ISL2562076CZE-PH2021-05-05
EPI ISL1468461Brazil 21-02-10
U130806CZE-US
2021-05-04
EPIISL 4
16142 De
nmark 20
-02-26
EPIISL2403219
CZE-OL2021-05-17
KU14280CZE2021-04-27
EPI ISL 1970584 CZE 2021-04-28
EPI ISL 2420852 CZE-PL 2021-05-01
EPI ISL 2189560 CZE-OL 2021-05-03
EPI ISL 935017 Romania 21-01-31
EPI ISL2346341
CZE-OL2021-05-11
EPI ISL2227861CZE2021-05-11
EPIISL
234636
0 CZE-
OL202
1-05-11
EPI ISL1299949
CZE-JM
2021-02-19
EPI ISL1301639Mexico20-04-22
EPI ISL1908857
Spain
21-04-26
EPI ISL 1909818 CZE-O
L 2021-04-26
EPI ISL1970593CZE2021-04-28
MW869023 USA 21-03-07
EPIISL2420812
CZE-PL2021-04-25
EPI ISL 2346374 CZE-OL 2021-05-13
EPI ISL2380448CZE-ST2021-04-23
EPI ISL1501133
France21-02-26
EPI ISL 232
3213CZE-M
O 2021-04-3
0
2021-050150343CZE-LI 2021-05-06
EPI ISL2386345Germany21-05-20
EPI ISL1303538Brazil 21-02-15
EPI ISL1502895
Panama20-12-20
EPI ISL2324998
CZE-VY2021-05-05
EPI ISL 1502978 Panama 21-01-08
EPI ISL 2420841 CZE-PL 2021-04-29
EPI ISL 1402347 CZE-JM 2021-03-12
KU14510 CZE2021-04-28
EPI ISL 2324935 CZE-ZL 2021-04-30
EPI ISL 837646 Mexico20-04-11
EPI ISL 1909795 CZE-OL 2021-04-26
EPI ISL 1971080CZE-US2021-04-26
EPI ISL2227855CZE2021-05-13
EPI ISL2420821
CZE-PL2021-04-26
EPIISL
463742
Cyprus
20-03-22
EPI ISL 2323189 CZE-MO2021-04-28
IMG30S7516
CZE-MO2021-05-12
EPI ISL2420828CZE-PL2021-04-27
EPI ISL 436720 Italy 20-03-20
IMG30S 7343 CZE-MO 2021-04-26
EPI ISL 1401707 Slovakia 21-03-10
VN24279 CZE 2021-04-30
EPI ISL1140097
Lithuania21-01-22
EPI ISL2420874
CZE-PL
2021-05-05
EPI ISL959283
Iran20-04-06
HD72198 CZE2021-04-27
EPI ISL 837623 Mexico20-04-01
EPI ISL1707064
CZE-JM
2021-02-12
EPI ISL 2323201 CZE
-MO 2021-04-29
EPI ISL653798
Italy20-11-03
EPI ISL 1909797 CZE-OL 2021-04-26
EPIISL2183779Israel21-05-09
HD72489 CZE 2021-04-29
EPIISL2181311USA21-05-11
EPI ISL 1970601 CZE 2021-04-27
KU14311CZE 2021-04-27
IMG30S 7332
CZE-MO 202
1-04-26
EPI ISL1588440
CZE2021-01-26
EPI ISL 2346378 CZE-OL 2021-05-13
EPIISL
232319
1 CZE-MO
2021-04-28
EPI ISL 1501244 France 21-03-22
EPI ISL2562083CZE-US2021-04-30
EPI ISL2227841
CZE2021-05-10
EPI ISL 2036084 CZE 2021-05-04
EPI ISL2323225
CZE-MO2021-05-01
EPI ISL 1850660Germany 21-04-27
EPI ISL 2323207 CZE-MO 2021-04-30
EPI ISL 811147 cat21-01-06
EPI ISL 256
5969CZE-
OL 2021-05
-31
EPI ISL 437459 Saudi Arabia 20-03-23
EPI ISL1360318
India20-12-19
EPI ISL2346368
CZE-OL2021-05-12
EPI ISL1420787CZE-JM2021-02-15
EPI ISL 2181593 USA 21-05-11
EPI ISL 1502930 Panama 20-12-21
EPI ISL 455708 Vietnam20-04-10
EPI ISL2380446CZE-ST2021-04-23
EPI ISL1502885
Panama20-08-19
EPI ISL1652107
Singapore
21-04-13
EPI ISL 232
3216CZE-M
O 2021-04-3
0
EPI ISL 242
0854CZE-P
L 2021-05-0
1
EPI ISL2324942
CZE-US2021-05-06
EPI ISL2189566CZE-OL2021-04-30
KU14239 CZE2021-04-27
EPI ISL1970617CZE2021-04-28
EPI ISL2420860CZE-PL2021-04-30
MW642493
USA21-01-26
EPI ISL2323205CZE-MO2021-04-29
EPIISL2566598
Spain
21-06-05
IMG30S6078CZE-ST2021-04-08
EPI ISL1360328
India21-01-05
EPI ISL 2323204 CZE-MO 2021-04-29
U131099 CZE-US 2021-05-06
EPI ISL2323203
CZE-MO2021-04-29
EPI ISL802765
Spain
20-10-23
EPI IS
L2380406
CZE-ST2021-04-21
EPI ISL 2180835 USA 21-05-09
EPI ISL 2323258
CZE-M
O 2021-05-04
EPI ISL2189564
CZE-O
L2021-05-03
EPI ISL2361091
CZE-OL2021-05-12
EPI ISL 1401380 Bulgaria 21-03-06
EPI ISL 2403210 CZE-OL 2021-05-16
EPI ISL1970609CZE2021-04-28
EPI ISL1502886
Panama20-08-22
EPIISL
150248
3 Italy 21
-03-23
EPI ISL2323240
CZE-MO2021-05-03
2021-050130082CZE-LI 2021-05-07
EPI ISL2323176
CZE-MO2021-04-27
EPI ISL2403227
CZE-OL2021-05-17
IMG30N1811CZE 2021-03-20
EPI ISL2323194
CZE-MO2021-04-28
EPI ISL 1509815 B
ulgaria 21-02-24
EPI ISL2388855
Germ
any21-05-20
EPI ISL2562079
CZE-PH2021-05-05
EPIISL
232325
1 CZE-MO
2021-05
-03
EPI ISL 2346380CZE-OL2021-05-13
EPI ISL1970612CZE2021-04-28
EPI ISL 2346366 CZE-OL 2021-05-15
EPI ISL 513071 SaudiArabia20-06-23
EPI ISL2346343CZE-OL2021-05-11
EPI ISL 2036082 CZE 2021-05-03
HD72331 CZE2021-04-28
EPI ISL 2346367 CZE-OL 2021-05-12
EPI ISL2348868Belgium21-05-20
EPI ISL 2420863 CZE-PL 2021-05-03
EPI ISL223523
0 Greece 21-05
-11
EPI ISL1909804
CZE-O
L2021-04-26
EPI ISL1752674CZE2021-04-12
EPI ISL1502983
Panama21-01-09
EPI ISL2229775
USA21-05-09
EPI ISL 2420896 CZE-PL 2021-05-10
EPI ISL 1502893 Panama 20-12-20
EPI ISL1502892
Panama20-12-20
EPI ISL1970624CZE2021-04-28
EPI ISL 2420829 CZE-PL 2021-04-27
MW84889
8 USA 21
-03-26
EPI ISL 422416 Taiwan20-03-18
EPI ISL2189533
CZE-OL2021-04-30
EPI ISL 2227843 CZE 2021-05-08
EPI ISL 2324
946 CZE 20
21-05-04
EPI ISL 416028 Brazil 20-03-03
EPI ISL2380455CZE-PH2021-04-24
EPI ISL861684Brazil 21-01-02
IMG30S 7321 CZE-MO 2021-04-23
EPI ISL1970611CZE2021-04-28
EPI ISL 2403226 CZE-OL 2021-05-17
EPI ISL2227869
CZE2021-05-11
EPI ISL2227870CZE2021-05-10
EPI ISL1502959
Panama21-01-05
EPI ISL2388867
Germ
any21-05-20
EPI ISL1381066Brazil21-01-11
EPI ISL1171643Brazil21-01-18
IMG30S
7342 CZE-MO
2021-04-26
EPI ISL2348488
CZE-MO2021-04-28
EPI ISL 475613 USA 20-03-26
EPI ISL2370480
USA21-05-22
EPI ISL792101Brazil 20-03-22
EPI ISL832010Brazil 20-10-14
EPI ISL2562061
CZE-MO2021-05-14
EPIISL
653794 It
aly 20-11
-03
EPI ISL2565982
CZE-OL2021-05-30
EPI ISL 2227844 CZE 2021-05-10EPI ISL 2420836 CZE-PL 2021-04-28
IMG30S
7323 CZE-MO
2021-04-24
EPI ISL 12
51071 Ital
y 21-02-26
HD72934CZE2021-05-01
EPIISL
203608
8 CZE 20
21-05-03
EPI ISL836977Brazil 20-12-08EPI ISL
848198Canada
20-12-24
EPI ISL1360316
India20-12-17
EPI ISL1403561Italy21-03-20
EPI ISL 2403208 CZE-OL 20
21-05-15
EPI ISL 2420835 CZE-PL 2021-04-28
EPI ISL2324921
CZE-PH2021-04-25
EPI ISL 525639 USA20-03-30
EPI ISL 2189
537CZE-O
L 2021
-04-30
EPI ISL 2420855 CZE-PL 2021-05-01
EPI ISL2227846CZE2021-05-11
EPI ISL788968
Italy20-09-01
EPI ISL 1502908 Panama 20-12-20
EPI ISL 1853012 Ge
rmany 21-04-27
EPI ISL 1818766 Switzerland 21-04-25
EPIISL
421275
Russia20-03-18
EPI ISL 2420870 CZE
-PL 2021-05-04
EPIISL
434538
Costa R
ica20-03-20
EPI ISL2189542CZE-OL2021-04-30
EPI ISL 2420888 CZE-PH 2021-05-06
IMG30S6101CZE-PH2021-04-08
EPI ISL 2420837 CZE-PL 2021-04-28
EPIISL1588697CZE2021-03-05
EPI ISL2545566CZE-ZL2021-04-14
EPI ISL984252Brazil 21-01-12
EPI ISL1970622CZE2021-04-26
IMG30S
7340CZE-M
O2021-04-26
EPIISL 2
565971 C
ZE-OL 20
21-05-28
EPI ISL437481
Saudi Arabia20-03-18
EPI ISL1971085CZE-US2021-04-26
EPI ISL1970613CZE2021-04-28
IMG30S1615CZE-IMG30S1615
U130618 CZE-US 2021-05-03
EPI ISL 2324938 CZE-VY 2021-05-04
EPI ISL 2
346376 C
ZE-OL 202
1-05-13
EPI ISL 1303031 Togo 20-03-29
EPI ISL 2545582 CZE-JM 2021-04-24
IMG30S
7327CZE-MO2021-04-24
EPI ISL2357743
CZE-PH2021-05-05
EPI ISL1937888
CZE-OL2021-04-26
EPI ISL1139066Brazil 20-03-28
EPI ISL2346346
CZE-OL2021-05
-11
EPI ISL 2189538 CZE-OL 2021-04-30
EPI ISL2403220CZE-OL2021-05-17
EPIISL
872034
Italy20-0
4-06
EPI ISL 479820 Japan 20-03-08
EPI ISL2325004CZE-VY2021-05-05
EPI ISL1402372CZE-JM2021-02-25
EPI ISL1171662Brazil 21-02-15
2021-050150662 CZE-LI 2021-05-09
EPI ISL2323198
CZE-MO2021-04-28
EPI ISL1360409Mexico21-01-18
EPI ISL1196292Brazil 20-10-19
EPI ISL1381054Brazil21-02-11
PT02899CZE
2021-05-02
EPI ISL 2323190 CZE-MO 2021-04-28
EPI ISL 1402355 CZE-JM 2021-02-24
MW771887
USA21-02-28
EPI ISL 451319 Sichuan 20-01-27
EPI ISL 2276004 Italy 21-05-20
U130680CZE-US2021-05-03
U130606CZE-US2021-05-03
EPIISL
232323
5 CZE-M
O 2021
-05-01
EPI ISL2565972CZE-OL2021-05-31
EPI ISL861674Brazil 20-12-16
IMG30S6238CZE-ST2021-04-08
EPI ISL 2323229 CZE-MO2021-05-01
MW059036 United Kingdom20-01-29
EPI ISL2348849Belgium21-05-20
EPI ISL2545564CZE-JM2021-04-16
EPI ISL 2380447 CZE-ST 2021-04-23
IMG30S7514CZE-MO2021-05-12
EPI ISL1502986
Panama21-01-10
EPI ISL491115
Germany
20-04-27
EPI ISL 2189540 CZE-OL 2021-04-30
EPI ISL 1502988 Panama 21-01-10
EPI ISL 1502994 Panama 21-01-11
EPI ISL 1111079Peru20-03-31
HD72935CZE2021-05-01
EPI ISL2036081
CZE2021-05-06
EPI ISL2420862
CZE-PL2021-05-03
EPI ISL1299963
CZE-JM
2021-02-20
EPI ISL 2403229 CZE-OL 2021-05-17
EPI ISL2036086
CZE2021-05-06
EPI ISL 1970594 CZE 2021-04-28
EPI ISL2324992
CZE-PL2021-04-23
EPI ISL1360306
India20-12-07
MT611451Egypt 20-06-02
EPIISL
722871
Italy20-0
8-28
EPI ISL1502903
Panama20-12-20
EPI ISL 2420858 CZE-PL 2021-04-30
EPI ISL2357739
CZE-PH2021-05-04
HD72451CZE2021-04-29
EPI ISL 416042 Hangzhou 20-01-26
EPI ISL 837651 Mexico20-04-14
EPI ISL 2420892 CZE-PL 2021-05-07
EPI ISL756294Brazil 20-10-26
EPI ISL1502905
Panama20-12-20
EPI ISL1970603CZE2021-04-27
2021-050110322CZE-LI 2021-05-07
EPI ISL2189565
CZE-O
L2021-05-03
EPI ISL 1085735 France 21-02-11
EPI ISL2227859CZE2021-05-10
EPI ISL2420885CZE-PL2021-05-06
EPI ISL468313Brazil 20-03-23
EPI ISL2324931
CZE-PH2021-04-23
EPI ISL2420834CZE-PL2021-04-28
EPI ISL416036Brazil 20-03-05
EPI ISL1909812
CZE-OL2021-04-26
EPI ISL2380452
CZE-PH
2021-04-23
VN23642CZE 2021-04-28
U130896
CZE-US
2021-05-
05
EPIISL244
3327CZE-PH2021-05-11
2021-050110299CZE-LI 2021-05-07
EPI ISL1492298CZE-MO2021-02-20
EPI ISL 2420893 CZE-PL 2021-05-09
MW155633Australia 20-07-27
EPI ISL2420876
CZE-PL
2021-05-05
EPI ISL872020Italy20-08-23
EPI ISL2562074CZE-PH2021-05-09
EPI ISL802752
Spain
20-10-21
EPI ISL 2420872 CZE-PL 2021-05-04
HD72164 CZE 2021-04-27
EPI ISL2324936CZE-ZL2021-04-30
U130619 CZE-US 2021-05-03
2021-050150531CZE-LI 2021-05-07
IMG30S1269CZE-IMG30S1269
EPI ISL 1828727 CZE-US 2021-04-23
EPI ISL691707
Spain
20-08-18
EPI ISL 2095541 France 21-05-10
EPI ISL 2346373 CZE-OL 2021-05-13
EPI ISL2323234
CZE-MO2021-05-01
IMG30S
7326CZE-MO2021-04-24
EPI ISL1039695Brazil 21-01-19
EPI ISL1502992
Panama21-01-10
EPIISL
569882
Italy20-04-01
EPIISL 1
402339 C
ZE-JM 20
21-01-14
EPI ISL2403222
CZE-OL2021-05-17
KU14279CZE2021-04-27
EPI ISL685139Japan20-04-06
IMG30S5501CZE2021-04-14
EPI ISL2227848CZE2021-05-11
EPI ISL2420897CZE-PL2021-05-10
EPI ISL2420889
CZE-PL2021-05-07
EPI ISL2420890
CZE-PL2021-05-07
EPI ISL1971086CZE-US2021-04-26
EPI ISL2189557
CZE-OL2021-05-01
EPI ISL 513022 SaudiArabia20-05-24
EPI ISL2420859CZE-PL2021-04-30
EPI ISL455697Vietnam20-03-22
EPIISL 1
909799 C
ZE-OL 20
21-04-26
EPI ISL 965951 Spain 21-01-26
EPI ISL940886
South
Africa
21-01-05
EPI ISL 912921 France 20-12-28
EPI ISL794817
Italy20-12-17
EPI ISL691732
Spain
20-10-09
EPI ISL 512928 Saudi Arabia 20-04-01
EPI ISL 2562066CZE-PL2021-04-27
EPI ISL2420898
CZE-PL2021-05-10
EPIISL 2
403195 C
ZE-OL 20
21-05-14
EPIISL2180715USA21-05-10
EPI ISL 1502990 Panama 21-01-10
EPIISL2189539CZE-OL2021-04-30
EPI ISL691725
Spain
20-08-26
IMG30S
5495 CZ
E 2021-0
4-14
EPI ISL 2346375 CZE-OL 2021-05-13
EPI ISL1502963
Panama21-01-06
2021-050110255CZE-LI 2021-05-06
EPI ISL437751SaudiArabia20-03-30
EPI ISL2420884
CZE-PL2021-05-06
EPI ISL1970581
CZE2021-04-26
EPI ISL1970620CZE2021-04-28
EPI ISL 1909816 CZE-OL 2021-04-26
EPI ISL419664Austria20-03-23
EPI ISL 1336
747 Italy 21-0
3-06
EPI ISL 2323174 CZE-MO 2021-04-26
EPI ISL691709
Spain
20-08-18
EPI ISL1970578CZE2021-04-28
HD73196 CZE2021-05-03
EPI ISL1171655Brazil21-02-11
EPI ISL 2420894 CZE-PL 2021-05-09
EPIISL1897606
Singapore
21-04-28
EPI ISL776761Brazil 20-03-26
EPI ISL2565976CZE-OL2021-05-28
EPI ISL692720Japan20-07-24
EPI ISL 2403206CZE-OL2021-05-15
EPI ISL 2324996 CZE-PL 2021-04-23
EPI ISL 1752683 CZE 2021-04-13
EPI ISL 2420857 CZE-PL 2021-05-01
EPI ISL1078995Brazil 21-02-09
EPI ISL2346342
CZE-OL2021-05-11
EPI ISL691714
Spain
20-08-18
EPI ISL 2420853 CZE-PL 2021-05-01
EPI ISL 2420818 CZE-PL 2021-04-26
EPI ISL 2323181 CZE-MO 2021-04-27
EPI ISL 2403188 CZE-OL 2021
-05-13
EPI ISL 1970583 CZE 2021-04-27
EPI ISL2545604Belgium
21-06-07
EPI ISL 2420816 CZE-PL 2021-04-26
EPI ISL2227866CZE2021-05-10
EPI ISL 2323178 CZE-MO 2021-04-27
EPI ISL2391926Spain21-05-25
EPI ISL882673Brazil 21-01-15
EPI ISL 1483782 France 21-03-24
EPIISL2403190
CZE-OL2021-05-14
IMG30S4794CZE2021-04-14
EPI ISL 2420830 CZE-PL 2021-04-27
U131127CZE-US
2021-05-06
EPI ISL437302
Austria20-04-17
EPI ISL 2380445 CZE-PH 2021-04-23
EPI ISL1707067CZE-JM2021-03-11
EPI ISL2420875
CZE-PL2021-05-05
EPI ISL 2036087 CZE 2021-05-03
2021-050150459CZE-LI 2021-05-07
EPI ISL691717
Spain
20-08-18
EPI ISL 1585261CZE 2021-02-12
EPI ISL2420880
CZE-PL
2021-05-06
MW793618 USA 21-02-24
EPI ISL 1139068Brazil 20-03-25
EPI ISL2324937CZE-VY2021-05-04
U131076 CZE-US2021-05-06
EPI ISL 2403217 CZE-OL 2021-05-17
EPI ISL2323214
CZE-MO2021-04-30
EPI ISL 1501110 France 21-02-26
EPI ISL1588726CZE2021-03-15
EPI ISL 2189563 CZE-OL 2021-05-03
EPI ISL2357740
CZE-PH2021-05-02
EPI ISL 2545583 CZE-JM 2021-04-23
EPI ISL 2130602 Germany 21-05-11
EPI ISL 2324947 CZE-ST 2021-05-12
EPI ISL1935600Belgium21-04-29
EPI ISL1360375
India21-02-24
EPI ISL 582511 Ukraine20-08-07
EPI ISL2405325Switzerland21-05-26
EPI ISL 1
909800 C
ZE-OL 20
21-04-26
EPI ISL 1401708 Slovakia 21-03-10
EPI ISL2346354CZE-OL2021-05-11
EPI ISL 2227839 CZE 2021-05-12
EPI ISL2420868CZE-PL2021-05-04
EPI ISL2565983
Japan21-06-06
EPI ISL 1401409 Bulgar
ia 21-03-08
EPI ISL833161Brazil 20-11-26
EX18033 CZE2021-04-27
EPI ISL1468433Brazil20-12-01
EPI ISL 582510 Ukraine20-08-07
EPI ISL2131316Belgium21-05-10
EPI ISL 1970582 CZE 2021-04-26
U130700
CZE-U
S2021-05-03
EPI ISL 1501007 France 21-01-28
EPI ISL428851Russia20-04-02
EPI ISL 463745 Cyprus20-04-01
EPI ISL2227460CZE-OL2021-04-30
EPI ISL755651Brazil 20-12-10
EPI ISL2189567
CZE-OL2021-04-30
EPI ISL1502842
Panama20-04-21
EPI ISL2346351CZE-OL2021-05-11
EPI ISL 2323208 CZE-MO2021-04-30
EPI ISL1096129Brazil21-02-08
EPI ISL 1502894 Panama 20-12-20
EPI ISL1897623
Singapore
21-04-27
EPI ISL2420845
CZE-PL2021-04-29
EPI ISL1971081CZE-US2021-04-26
EPI ISL1970615CZE2021-04-28
EPI ISL871994
Spain
20-10-11
EPI ISL 1502836 Panama 20-04-12
IMG30S
7320 CZE-MO
2021-04-23
EPI ISL2213584Switzerland21-05-11
IMG30S 7317 CZE-MO 2021-04-23
IMG30S
7512CZE-M
O2021-05-12
EPI ISL 2420848 CZE-PL 2021-04-29
EPI ISL2228593
Sweden
21-05-14
EPI ISL2323248
CZE-MO2021-05-03
EPI ISL1517408
CostaRica
21-02-15
EPI ISL802773
Spain
20-10-20
EPI ISL2420856CZE-PL2021-05-01
EPI ISL2324930
CZE-PH2021-04-26
EPI ISL872006
Italy20-09-06
EPI ISL 2403212 CZE-OL 2021-05-16
EPI ISL2403230
CZE-OL2021-05-18
EPI ISL 539850 Hong Kong 20-03-25
EPI ISL2227852CZE2021-05-13
EPI ISL2524770Spain21-06-08
EPI ISL 2323259 CZE-MO 2021-05-04
EPI ISL 2325001 CZE-VY 2021-05-05
EPI ISL2562060CZE-PA2021-05-25
EPI ISL1970587CZE2021-04-28
IMG30S6243CZE-PH2021-04-09
EPI ISL 2
189546 C
ZE-OL 202
1-05-01
EPI ISL861683Brazil 21-01-04
EPI ISL 2420843 CZE-PL 2021-04-29
EPI ISL2189561CZE-OL2021-05-03
EPI ISL 1501083 France 21-02-17
EPI ISL691720
Spain
20-08-18
EPI ISL 2346362 CZE-OL 2021-05-12
EPI ISL751397Italy20-03-24
EPI ISL 2323184 CZE-MO 2021-04-27
EPI ISL 2348861 Belgiu
m 21-05-20
EPI ISL691730
Spain
20-09-09
EPIISL2386509Germany21-05-22
EPI ISL 2323256
CZE-M
O 2021-05-04
HD73185 CZE2021-05-03
EPI ISL 2348856 Belgium 21-05-20
EPI ISL2323233
CZE-MO2021-05-01
EPI ISL 232
3236CZE-
MO 2021-0
5-01
EPI ISL 419311 Japan20-03-13
IMG30S7344CZE-MO2021-04-26
EPI ISL1971084CZE-US2021-04-26
EPI ISL1620161
Singapore
21-04-11
IMG30S 7345
CZE-MO 2021
-04-26
EPI ISL 1111
125Peru 20-05-08
EPI ISL 1645605 Germany 21-04-10
EPI ISL836143Brazil20-12-07
LV76696
CZE2021-05-03
EPI ISL 1401349 Bulgaria 21-03-04
EPI ISL2545562CZE-JM2021-04-21
EPI ISL1970596CZE2021-04-28
EPI ISL2227461
CZE-OL2021-05-01
EPI ISL 2361089 CZE-OL 2021-05-11
EPIISL
232319
2 CZE-MO
2021-04-28
EPI ISL 2545479CZE-JM2021-03-04
EPI ISL 2323245 CZE-MO 2021-05-03
U130624 CZE-US 2021-05-03
EPI ISL2323252
CZE-MO2021-05-04
EPI ISL 1509885 Bulgaria
21-03-23
EPI ISL427391
Turkey20-04-13
EPI ISL 2380403
CZE-PH 2021-04-21
EPI ISL 2403231 CZE-OL 2021-05-18
EPI ISL1498860CZE-PL2021-03-09
KU14206 CZE2021-04-27
EPIISL
232318
5 CZE-M
O 2021
-04-28
EPI ISL 1501054 France 21-02-18
EPI ISL 913036 Spain 21-01-12
EPI ISL 232
3218CZE-M
O 2021-04-3
0
EPI ISL2189545
CZE-OL2021-05-01
EPI ISL 2325000
CZE-VY 2021-05-05
EPI ISL 1401407 Bulgaria 21
-03-08
EPI ISL 2420866 CZE-PL 2021-05-03
EPI ISL1502915
Panama20-12-20
EPI ISL2323231
CZE-MO2021-05-01
EPI ISL2380454
CZE-PH2021-04-23
EPI ISL1005682
France21-01-28
EPI ISL 1828725 CZE-PH 2021-04-23
IMG30S
850CZE
-PH2021
-01-05
EPI ISL2357738
CZE-US2021-05-03
EPI ISL 2323
215 CZE-MO
2021-04-30
EPI ISL 407976 Belgium20-02-03
EPIISL2189541
CZE-OL2021-04-30
EPI ISL1970580CZE2021-04-27
EPI ISL 2565968 CZE-OL 2021-05-28
EX19606 CZE2021-04-29
EPI ISL 2189555 CZE-OL 2021-05-01
EPIISL2357745
CZE-PH2021-05-07
EPI ISL2403213CZE-OL2021-05-16
EPI ISL691718
Spain
20-08-18
EPI ISL2420847
CZE-PL
2021-04-29
EPI ISL2346344CZE-OL2021-05-11
EPI ISL1219031Brazil21-01-23
EPI ISL1055771India20-03-29
EPI ISL2189551CZE-OL2021-05-01
U131194CZE-US2021-05-07
IMG30S
7337CZE-MO2021-04-26
EPI ISL1402348CZE-JM2021-03-12
EPI ISL 2551130 Italy 21-06-05
EPI ISL 1970608 CZE 2021-04-27
EPI ISL1970610CZE2021-04-28
EPI ISL1909802CZE-OL2021-04-26
EPI ISL2420879CZE-PL2021-05-05
IMG30S7325 CZ
E-MO 2021-04-24
EPI ISL1469959Belgium
20-03-31
EPI ISL2036083CZE2021-05-03
EPI ISL 735346 Turkey20-06-19
EPI ISL1970619CZE2021-04-28
EPI ISL528693UnitedArabEmirates20-05-05
EPI ISL 1846345 Germany 21-04-27
EPI ISL1970592CZE2021-04-27
EPI ISL2380451
CZE-ST2021-04-23
EPI ISL1752678
CZE2021-04-13
EPI ISL 1406586 F
rance 21-03-16
U130996
CZE-US
2021-05-
05
KU14654 CZE2021-04-29
MW831546 USA 21-03-22
EPI ISL1001459
France21-01-27
IMG30S6075CZE-ST2021-04-08
EPI ISL2227854CZE2021-05-13
EPI ISL1121325Brazil 21-01-19
EPI ISL 690669 Japan20-05-07
KU14446 CZE2021-04-28
EPI ISL197059
9 CZE2021-0
4-26
EPI ISL1402349
CZE-JM
2021-01-11
EPI ISL539548
Spain
20-06-26
EPI ISL2398923
USA21-05-20
EPI ISL1171652Brazil21-02-01
2021-050150496 CZE-LI 2021-05-07
EPI ISL223523
5 Greece 21-05
-10
2021-050150487 CZE-LI2021-05-07
EPI ISL 2551104 Italy 21-06-05
U131126CZE-US
2021-05-06
EPI ISL2324922
CZE-PH2021-04-27
EPI ISL 2324945 CZE-ZL 2021-05-11
NC 045512.2
EPI ISL 2324999 CZE-VY2021-05-05
EPIISL
190979
3 CZE-OL202
1-04-26
EPI ISL2357746
CZE-ST2021-05-11
EPI ISL2420814
CZE-PL
2021-04-26
EPIISL
126141
8 CZE-KR
2021-01
-06
EPIIS
L2189544
CZE-OL2021-04-30
EPI ISL1233836CZE-OL2021-03-01
EPI ISL1804840CZE2021-04-20
EPI ISL2516878Spain21-06-08
2021-050150656 CZE-LI 2021-05-09
IMG30S 7
257CZE
-MO2021
-05-17
EPI ISL 1209394 France 21-01-21
VN24635CZE 2021-05-02
EPI ISL 2189548 CZE-OL 2021-05-01
EPI ISL 1502899 Panama 20-12-20
EPI ISL 2420871 CZE-PL 2021-05-04
EPI ISL 2420822 CZE-PL 2021-04-27
EPI ISL2227857CZE2021-05-12
EPI ISL 1644664 Germany 21-04-10
EPI ISL1380061
Italy20-12-18
EPI ISL1970604CZE2021-04-27
EPI ISL1219037Brazil21-01-21
EPI ISL 2227840 CZE 2021-05-13
EPI ISL2323196CZE-MO2021-04-28
EPI ISL1970595CZE2021-04-28
EPI ISL1502128
Spain21-02-10
U130644CZE-US2021-05-03
EPI ISL2420895CZE-PL2021-05-09
EPIISL
498563
Italy20-0
7-06
EPI ISL2189536
CZE-OL2021-04-30
EPI ISL1196289Brazil 20-09-28
MW863062 USA 21-03-08
IMG30S 7341 CZE-MO 2021-04-26
EPI ISL 2227868 CZE 2021-05-10
U130716 CZE-US 2021-05-04
EPI ISL1402337CZE-JM2021-03-10
EPI ISL2357742CZE-PH2021-05-04
EPI ISL1196300Brazil21-02-04
IMG30S
7328CZE-MO2021-04-24
EPI ISL2362614Belgium
21-05-21
EPI ISL 2346363 CZE-OL 2021-05-12
EPI ISL 2323257 CZE-MO2021-05-04
EPI ISL 1970605 CZE 2021-04-27
EPI ISL417879
Slovakia20-03-06
EPI ISL2189556
CZE-OL2021-05-01
EPI ISL2545599Belgium21-06-06
EPI ISL2346350CZE-OL2021-05-11
EPI ISL2227864
CZE2021-05-10
EPI ISL1250984Italy21-02-19
U130605CZE-US2021-05-03
EPI ISL2227862CZE2021-05-12
EPI ISL 19
09813 CZ
E-OL2021
-04-26
EPI ISL 2466502
CZE-LI 2021-05-02
U130763CZE-US 2
021-05-04
EPI ISL 2
403209 C
ZE-OL 202
1-05-15
EPI ISL2562084CZE-US2021-04-30
EPI ISL2562062
CZE-PH2021-05-25
EPI ISL 912913 France 21-01-12
IMG30S
7259CZE
-MO2021
-04-18
EPI ISL 2346348 CZE-OL 2021-05-11
EPI ISL2565970
CZE-OL2021-05
-30
EPIISL
569876
Italy20-03-31
EPI ISL1502843
Panama20-04-22
EPI ISL 2420849CZE-PL2021-04-29
EPI ISL1360382
India21-03-03
EPI ISL 1299940 CZE-JM2021-02-18
EPI ISL 1936112Egypt21-05-02
EPI ISL1358299Brazil21-02-09
EPI ISL2325006
CZE-PL2021-05-04
EPI ISL443286France20-04-02
EPI ISL2380450
CZE-ST2021-04-23
EPI ISL 2439101CZE 2021-02-03
EPI ISL 913034 Spain 21-01-01
EPI ISL2357737CZE-PH2021-04-29
EPI ISL471459Morocco20-04-19
EPI ISL2420891CZE-PL2021-05-07
EPI ISL2189562CZE-OL2021-05-03
EPI ISL2227863CZE2021-05-10
EPI ISL861685Brazil 21-01-02
EPI ISL 1372
186Belgium 2
1-01-26
IMG30S 7333
CZE-MO 2021
-04-26
VN23640CZE 2021-04-28
EPIISL
653814 It
aly 20-04
-11
EPIIS
L218954 3
CZE-OL2021-04 -30
EPI ISL 2420819 CZE-PL 2021-04-26
EPIISL
2324997
CZE-VY
2021-05-
05
EPI ISL 2346352 CZE-OL 2021-05-11
EPI ISL2598398
Australia
21-06-12
EPI ISL1502896
Panama20-12-20
EPI ISL2227853CZE2021-05-13
LV73011 CZ
E 2021-04-29
EPI ISL871984
Spain
20-08-17
EPI ISL 431785 Fujian 20-01-23
EPI ISL 2443325 CZE-PL 2021-05-04
EPI ISL1970616CZE2021-04-28
EPI ISL2189530CZE-OL2021-04-30
EPI ISL1081958Romania20-12-03
EPI ISL2227851CZE2021-05-12
EPI ISL2323219
CZE-MO2021-04-30
EPI ISL1935601
Belgium
21-04-29
EPI ISL1502967
Panama21-01-06
EPI ISL2536214
Italy21-06-08
HD73074CZE2021-05-01
KU14458 CZE2021-04-28
EPI ISL1111233Peru20-03-16
IMG30S5515CZE 2021-04-14
EPI ISL2227867CZE2021-05-10
EPI ISL 884088 Bangladesh20-12-02
EPI ISL1502984
Panama21-01-09
EPI ISL691729
Spain
20-09-01
EPI ISL 1111197Peru20-03-16
EPI ISL 2346345 CZE-OL 2021-05-11
EPI ISL2227865
CZE2021-05-10
EPI ISL 2227842 CZE2021-05-10
2021-050150523CZE-LI 2021-05-07
EPI ISL 2189554 CZE-OL 2021-05-01
EPIISL
232317
9 CZE-
MO202
1-04-27
IMG30S
7331 CZE-MO
2021-04-26
EPI ISL2323239
CZE-MO2021-05-03
EPI ISL2545565CZE-JM2021-04-15
EPI ISL2325002CZE-VY2021-05-05
EPI ISL 1936104
Egypt 21-05-02
EPI ISL 2466505
CZE-PH 2021-05-14
EPI ISL861626Brazil 20-03-26
EPI ISL1117691
Italy21-02-18
EPI ISL751356Italy20-03-12
EPI ISL150986
4 Bulgaria 21-0
3-22
EPI ISL2361090CZE-OL2021-05-12
EPI ISL 2420873CZE-PL2021-05-05
EPI ISL2466503CZE-PA2021-05-04
EPI ISL 2323261 CZE-MO 2021-05-04
EPI ISL2227858CZE2021-05-13
LV71787CZE2021-04-27
EPI ISL 2323
254 CZE-MO
2021-05-03
EPI ISL691710
Spain
20-08-18
EPI ISL2189535
CZE-OL2021-04-30
EPI ISL 232
3238CZE-M
O 2021-05-0
1
EPI ISL1970590CZE2021-04-26
EPI ISL 2323223
CZE-M
O 2021-05-01
EPI ISL1219034Brazil 21-01-22
EPI ISL 454499 Kazakhstan 20-04-16
EPI ISL2598073
USA21-06-08
EPI ISL1303540Brazil21-02-15
EPI ISL 2189559CZE-OL 2021-05
-03
EPIISL2391913Spain21- 05-25
EPI ISL 2323
247CZE-M
O 2021
-05-03
EPI ISL493199Taiwan20-03-17
EPI ISL613419Guadeloupe20-03-18
EPI ISL1293065Brazil21-01-31
EPI ISL1502897
Panama20-12-20
EPI ISL236523
5 Greece 21-0
5-20
OA02158 CZE2021-04-27
EPI ISL471423Romania20-06-04
IMG30S5512CZE-IMG30S5512
EPI ISL 1517393CostaRica 20-12-30
2021-050150504CZE-LI 2021-05-07
EPI ISL691731
Spain
20-10-09
EPI ISL 2323200 CZE-MO 2021-04-29
EPI ISL2420813
CZE-PL2021-04-26
EPI ISL979971Ukraine20-05-28
EPI ISL1300005CZE-JM2021-02-14
EPI ISL 2420867 CZE-PL 2021-05-04
EPI ISL2189532
CZE-OL2021-04-30
EPI ISL2562059CZE-VY2021-04-28
EPI ISL 2420831 CZ
E-PL 2021-04-28
EPI ISL2346377
CZE-OL2021-05-13
EPI ISL 1300013 CZE-JM 2021-02-14
IMG30S7346 CZ
E-MO 2021-04-
26
EPI ISL1401390
Bulgaria21-03-06
EPI ISL 2316402Germany 21-05-26
EPI ISL1041199Hungary21-01-19
EPI ISL2357744
CZE-MO2021-04-30
EPI ISL 2346355 CZE-OL 2021-05-11
EPI ISL2420877
CZE-PL
2021-05-05
EPI ISL1402345
CZE-JM
2021-01-08
IMG30S7515CZE-MO2021-05-12
EPI ISL539496Andorra20-03-13
EPI ISL2361359
CZE-OL2021-04-26
EPI ISL2516935
Spain
21-0 6-0 8
EPI ISL 1502985 Panama 21-01-10
EPI ISL 2403204 CZE-OL 2021-05-14
2021-050150505CZE-LI 2021-05-07
IMG30S6046CZE-ST2021-04-06
EPI ISL2420817CZE-PL2021-04-26
IMG30S4833CZE2021-04-14
EPI ISL1824683Spain21-04-29
EPI IS
L2562075
CZE-PH2021-05-06
EPI ISL 1909788 CZE-OL 2021-04-26
KU14547 CZE2021-04-28
EPI ISL 528711 United Arab Emirates 20-04-26
EPI ISL1585247
CZE2021-02-12
EPI ISL 222
7847CZE 2
021-05-10
U130602 CZE-US 2021-05-03
EPI ISL 1114767Romania21-02-20
EPI ISL2324923
CZE-ST2021-04-29
EPI ISL2501060
Cambodia
21-06-06
EPI ISL 2420886 CZE-PL 2021-05-07
EPI ISL 232
3202CZE-M
O 2021-04-
29
EPI ISL2324934CZE-ZL2021-04-30
EPI ISL1502961
Panama21-01-05
EPI ISL2420861
CZE-PL2021-05-02
EPI ISL1970606CZE2021-04-27
EPI ISL 1402364 CZE-JM 2021-02-25
EPI ISL2346356CZE-OL2021-05-11
EPIISL
849662
Italy20-0
7-24
EPI ISL232319
9 CZE-MO 2021
-04-28
EPI ISL 1190766
Cameroon 20-12-07
EPI ISL 2346364 CZE-OL 2021-05-12
EPI ISL1246954
Spain
21-02-01
EPI ISL2398535
USA21-05-20
IMG30S
7319 CZE-MO
2021-04-23
EPI ISL1003769
France 21-01-27
EPIISL2189531
CZE-OL2021-04-30
EPI ISL 1500991 France 21-01-21
EPI ISL 2403228 CZE-OL 2021-05-17
EPI ISL2357736
CZE-US2021-04-29
EPI ISL654868Vietnam
20-03-15
IMG30S6095CZE-ST2021-04-08
EPI ISL2346353CZE-OL2021-05-11
EPI ISL1970614CZE2021-04-28
EPI ISL2443326
CZE-PH2021-0
5-07
EPI ISL 2346347 CZE-OL 2021-05-11
EPI ISL906072Brazil21-01-19
EPI ISL691721
Spain
20-08-18
HD72813 CZE2021-04-30
EPI ISL 2323250
CZE-M
O 2021-05-03
EPI ISL1970588CZE2021-04-28
EPI ISL1970623CZE2021-04-28
LV71514CZE2021-04-27
EPI ISL 2545581 CZE 2021-04-25
EPI ISL1502901
Panama20-12-20
EPI ISL1970602CZE2021-04-27
EPI ISL 2403194 CZE-OL
2021-05-14
EPI ISL1502890
Panama20-12-20
EPI ISL2324920
CZE-PH2021-04-23
EPI ISL2562071
CZE-MO2021-04-23
EPI ISL480199Japan20-03-31
EPI ISL2181324
USA21-05-11
EPI ISL 23
46369 CZ
E-OL2021
-05-12
EPI ISL965934
Spain 21-01-14
EPIISL
232326
0 CZE-MO
2021-05-04
EPI ISL2323182CZE-MO2021-04-27
EPI ISL 2565977
CZE-O
L 2021-05-31
EPIISL2227268
Iran21-05-11
EPI ISL2324941
CZE-JC
2021-04-30
EPI ISL882671Brazil 21-01-13
CoV209
282CZE
-OL202
1-04-30
EPI ISL1503127
Panama21-01-19
EPI ISL 2420844 CZE-PL 2021-04-29
EPI ISL 1293351 Togo 20-03-20
IMG30S1243CZE-IMG30S1243
EPI ISL1909782
CZE-OL2021-04-23
EPI ISL2324948
CZE-PH2021-05-09
EPI ISL468656Croatia20-04-09
EPI ISL 2403193 CZE-OL 2021-05-14
EPI ISL2380449CZE-ST2021-04-23
EPI ISL 256
5980CZE-
OL 2021-05
-27
EPI ISL 2189558 CZE-OL 2021-05-03
EPI ISL1970621CZE2021-04-24
HD72202 CZE 2021-04-27
EPI ISL2131310Belgium
21-05-10
EPI ISL2323221
CZE-MO2021-04-30
IMG30S
7339CZE-MO2021-04-26
U130999 CZE-US 2021-05-05
EPI ISL2346359
CZE-OL2021-05-11
EPI ISL 2346349 CZE-OL 2021-05-11
EPI ISL 2346371CZE-OL2021-05-12
EPI ISL 1502993 Panama 21-01-10
EPI ISL2324932CZE-ZL2021-04-27
EPI ISL 2403189 CZE-OL 2021-05-14
EPI ISL2562080CZE-PH2021-05-03
EPI ISL 2420823 CZE-PL 2021-04-27
EPI ISL 232
3227CZE-
MO 2021-0
5-01
EPI ISL 468156 Romania20-05-08
EPI ISL 2565973 CZE-OL 2021-05-28
EPI ISL 1509843 Bulg
aria 21-03-21
EPI ISL2420984
CZE-PH2021-05-19
EPI ISL 2323246 CZE-MO 2021-05-03
EPI ISL2562069
CZE-MO2021-04-24
EPI ISL1909785
CZE-OL2021-04-26
EPI ISL 2323
237 CZE-MO
2021-05-01
EPI ISL 9
13039 Sp
ain 21-01-
09
EPI ISL 2387128 Germany 21-05-20
EPI ISL2323264
CZE-MO2021-05-04
EPI ISL913060
Spain
21-01-08
EPI ISL 2420881 CZE-PL 2021-05-06
EPI ISL 5698
73Italy 20-03-31
EPI ISL 417880 Slovakia 20-03-08
EPI ISL 2403214 CZE-OL 2021-05-16
EPI ISL1502968
Panama21-01-06
EPI ISL718162Malaysia20-04-01
EPI ISL 2403187 CZE-OL
2021-05-13
EPI ISL1970586CZE2021-04-28
OA02157 CZE2021-04-27
EPI ISL1502991
Panama21-01-10
EPI ISL 2323242
CZE-M
O 2021-05-03
EPI ISL2323249
CZE-MO2021-05
-03
EPIISL
602677
South A
frica20-08-31
VN24307 CZE2021-05-01
EPI ISL1468450Brazil21-02-09
EPI ISL 2324940
CZE-JC 2021-04-29
EPI ISL 2189553 CZE-OL 2021-05-01
EPI ISL 1401384 Bulgaria21-03-06
EPI ISL 2189529CZE-OL2021-04-30
EPI ISL 1406623 F
rance 21-03-17
EPI ISL1828728
CZE-PH2021-04-23
EPI ISL 2346358 CZE-OL 2021-05-11
EPI ISL 2324995 CZE-PL 2021-04-23
EPI ISL 2323232 CZE-MO 2021-05-01
EPI ISL 1640750Germany 21-04-13
EPI ISL2323263
CZE-MO2021-05-04
VN23670 CZE 2021-04-28
EPI ISL2357741
CZE-PH2021-05-02
EPI ISL 1396717 France 21-03-12
U130997CZE-US2021-05-05
IMG30S1596CZE-IMG30S1596
2021-050110313 CZE-LI 2021-05-07
EPI ISL 2420826 CZE-PL 2021-04-27
U130907
CZE-US2021-05-05
EPI ISL2380456CZE-PH2021-04-24
EPI ISL 965960 Spain 21-01-24
EPIISL
232319
7 CZE-MO
2021-04-28
IMG30S7329 C
ZE-MO2021-0
4-25
EPI ISL 2562081 CZE-PH 2021-04-29
EPI ISL2323209
CZE-MO2021-04-30
U130613
CZE-US2021-05-03
EPI ISL430469Greece20-02-29
EPI ISL1970600CZE2021-04-27
EPI ISL755645Brazil20-12-08
EPIISL
2380443
CZE-PH
2021-04-
23
EPI ISL 2420887 CZE-PL 2021-05-06
IMG30S 733
4 CZE-MO 2
021-04-26
EPI ISL2323226
CZE-MO2021-05-01
EPI ISL 2323193 CZE-MO2021-04-28
EPI ISL 1909794 CZE-OL 2021-04-26
MW882049 USA 21-03-08
EPI ISL 2403225CZE-OL2021-05-17
2021-050130081CZE-LI 2021-05-07
EPI ISL1360365India21-02-14
EPI ISL933715env20-09-14
EPI ISL2189549
CZE-OL2021-05-01
IMG30S 7324 CZE-MO 2021-04-2
4
EPI ISL2324933
CZE-ZL2021-04-30
U130922CZE-US2021-05-05
EPI ISL 1502877 Panama 20-07-29
EPI ISL 2323206 CZE-MO 2021-04-30
EPI ISL2346361
CZE-OL2021-05-12
EPI ISL 2323222
CZE-M
O 2021-05-01
EPI ISL 2346379 CZE-OL 2021-05-13
EPI ISL 2562065CZE-PL2021-04-27
EPI ISL2179819
Spain 21-05-09
EPI ISL 2420882 CZE-PL 2021-05-06
EPI ISL 2466506
CZE-LI 2021-05-14
EPI ISL2227850
CZE2021-05-11
IMG30S
2655 CZE202
1-04-14
EPI ISL2323212
CZE-MO2021-04-30
EPI ISL 2323255 C
ZE-MO 2021-05-0
4
EPI ISL 2323187CZE-MO2021-04-28
EPI ISL1971082CZE-US2021-04-26
EPI ISL 2323230 CZE-MO 2021-05-01
EPI ISL455019India20-05-02
2021-050130074CZE-LI 2021-05-07
EPI ISL 2323183 CZE-MO 2021-04-27
EPI ISL 232
3217CZE-
MO 2021-0
4-30
EPI ISL1970591CZE2021-04-26
IMG30S
7338CZE-MO2021-04-26
EPI ISL1501098
France21-02-22
U130764CZE-US
2021-05-04
EPI ISL2323243
CZE-MO2021-05-03
EPI ISL1096126Brazil21-02-03
EPIISL
788952 It
aly 20-09
-03
EPI ISL2324943
CZE-US2021-05-06
EPI ISL1360329
India21-01-06
EPI ISL 1502970 Panama21-01-06
EPI ISL2562068
CZE-MO2021-04-25
EPI ISL1970618CZE2021-04-29
EPI ISL2438863CZE-PH2021-02-17
EPI ISL 1970585 CZE 2021-04-24
EPI ISL 1970579 CZE 2021-04-29
EPI ISL 2346370 CZE-OL 2021-05-12
IMG30S6063CZE-ST2021-04-08
EPI ISL2466508CZE-PH2021-05-17
EPI ISL 1209390 Franc
e 21-02-10
EPI ISL 684439 Japan20-03-31
EPI ISL1970607CZE2021-04-27
KU14457 CZE2021-04-28
EPIISL2403191
CZE-OL2021-05-14
EPI ISL1909817
CZE-OL2021-04-26
IMG30S
7330CZE-MO2021-04-26
EPI ISL 2420832 CZE-PL 2021-04-28
EPI ISL691705
Spain
20-08-19
EPI ISL2323241
CZE-MO2021-05-03
EPIISL
569885
Italy20-04-08
LV76101 CZE2021-05-03
EPI ISL2420842
CZE-PL2021-04-29
EPI ISL2189550
CZE-OL2021-05-01
EPI ISL2562070
CZE-MO2021-04-23
EPI ISL2562067
CZE-MO2021-04-28
EPI ISL 2323
188 CZE-MO
2021-04-28
EPI ISL2323253
CZE-MO2021-05-03
EPI ISL1620160
Singapore
21-04-09
EPI ISL2562082
CZE2021-05-04
EPI ISL2420833
CZE-PL2021-04-28
EPI ISL2323224
CZE-M
O2021-05-01
EPI ISL1502889
Panama20-12-20
EPI ISL1171667Brazil 21-02-16
EPI ISL 2227845 CZE 2021-05-09
B.1.258 P.1P.2B.1.177
B.1.160B.1.351
B.1.617.2
B.1.221
B.1.1.1
C.36.3
15 Varianty SARS-CoV-2 v České republice
10. Znázornění mutací SARS-CoV-2 v reprezentaci haplotypové sítě
Na tvorbu haplotypové sítě byl použit výběr sekvencí 432 vzorků z České republiky
shromážděných shromážděných od 23. 4. 2021, u kterých byla k dispozici metadata a které
prošly přísnějším filtrem na kvalitu. Velikost uzlů odpovídá počtu vzorků s identickou sekvencí
DNA. Spojnice naznačují pravděpodobné příbuzenské vztahy, počet krátkých kolmých úseček
odpovídá počtu mutačních změn. Uzly jsou vybarveny podle kraje, v případě více krajů jako
koláčový graf. V síti jsou patrné krajově specifické drobné shluky, jejichž vznik je však ovlivněn
nerovnoměrností sběru vzorků. Obrovský shluk v pravé části grafu představuje vzorky náležející
k variantě alfa (B.1.1.7). Je patrné, že i v rámci této varianty existuje mnoho drobných odchylek
od nejběžnějšího genotypu, který je reprezentován největším kruhem ve středu. Ostatní
varianty jsou spíše vzácné. Za pozornost stojí rozrůstající se varianta delta (B.1.617.2) a
vzácná varianta C.36.3.
�������
������
���������
�������
��������
�������
������
��� ����� ������
��������� �� �����
���������
������������
���������������
���������
���������������
���������
����������
�����
�����������
�������
��������
�������������������������� ��������
��� ������
������
16 Varianty SARS-CoV-2 v České republice
11. Přílohy
Varianty a mutace koronaviru
Všechny viry, tak jako všechny živé organizmy, během času mutují. Koronaviry patří mezi RNA
viry, jejichž genetická informace je uložena v molekule RNA. Přestože mají opravné
mechanismy a mutace se v nich hromadí pomaleji než v jiných RNA virech, mutují rychlostí
zhruba 25 mutací za rok.
Jak se počet mutací viru SARS-CoV-2 vyvíjí v čase. Převzato ze nextstrain.org.
Některé mutace mohou zvýšit vazbu viru na buňku a tím zvýšit jeho infekčnost nebo mohou
změnit tvar místa, proti kterému si hostitelský organismus vyrobil protilátky. Tak dochází k úniku
viru před protilátkami. Při šíření viru v populaci dochází k zakonzervování těch mutací, které
jsou lépe adaptovány na hostitelkou buňku. Tím vznikají nové varianty viru obsahujicí až desítky
mutací. Podle dopadu jednotlivých variant na vývoj epidemie je rozdělujeme na:
Variant of High Consequence - varianta s významným následkem, VOHC,
Variant of Concern – varianta hodná pozornosti, VOC,
Variant of Interest - varianta hodná zájmu, VOI,
Variant under Monitoring – varianta sledovaná, VUM.
•
•
•
•
17 Varianty SARS-CoV-2 v České republice
Klasifikaci variant se celosvětově věnuje několik organizací, proto přiřazení varianty do dané
skupiny nemusí být jednotné. V této zprávě se používá rozdělení dle ECDC (European Centre
for Disease Prevention and Control, www.ecdc.europa.eu/).
Varianta hodná pozornosti (VOC) je varianta, kde máme experimentálně ověřená data
o zvýšené přenositelnosti, závažnějším průběhu onemocnění, snížené neutralizaci protilátkami
generovanými během předchozí infekce nebo očkování, snížení účinnosti léčby, snížení
účinnosti vakcín, nebo selhání diagnostické detekce. V současnosti patří mezi VOC varianty
alfa (B.1.1.7), B.1.1.7+E484K, beta (B.1.351), gamma P.1 a delta (B.1.617.2). Jejich přehled je
uveden v Tabulce 1.
Varianta hodná zájmu (VOI) je varianta, kde na základě mutací můžeme předpokládat změnu
vazby viru na buňku, imunitní únik nebo sníženou účinnost léčby. Důsledkem těchto změn je
lokálně zvýšené množství dané varianty. Aktuální varianty hodné zájmu jsou eta (B.1.525),
epsilon (B.1.427/B.1.429), B.1.616, kappa B.1.617.1, B.1.617.3, B.1.620, B.1.621 a theta P.3.
(podrobněji v Tabulce 2).
Varianty sledované (VUM) jsou varianty, které se objevují ve větším množství během plošného
sekvenování. V těchto týdnech je nejvíce pozornosti soustředěno na Variantu sledovanou
C.36.3 ((oprvé objevenou v Thajsku u cestovatelů z Egypta). O většině z nich zatím není
dostatek informací, aby byly zařazeny do nějaké vyšší kategorie. Jejich šíření je však vhodné
pečlivě monitorovat.
Jako Varianta s významným následkem zatím nebyla označena žádná známá varianta.
Alfa (B.1.1.7; 20I/501Y.V1; britská varianta)
Varianta B.1.1.7 se poprvé objevila v září 2020 v Kentu ve Velké Británii, proto dostala
přídomek "britská". Do konce roku 2020 byla příčinou téměř 60 % všech nemocí COVID-19
v Londýně. Počátkem roku 2021 se tato varianta, asi o 50 % více infekční než wuchanský
kmen, rozšířila do celé Evropy včetně Česka. V Čechách byla poprvé detekována 16. ledna a
v současnosti je tu dominantní. Nese mutaci N501Y v jednom ze šesti klíčových kontaktních
míst ve spike proteinu, tím zlepšuje schopnost viru přichytit se na buněčný receptor ACE2
hostitelského organismu. Z této varianty se ve Spojeném království vyvinula
varianta B.1.1.7+E484K, kde další mutace snižuje účinnost protilátkové odpovědi organismu
proti napadnutí virem.
Pro tuto variantu jsou charakteristické mutace spike proteinu: H69-, V70-, Y144-, (E484K*),
(S494P*), N501Y, A570D, D614G, P681H, T716I, S982A, D1118H (K1191N*).
Charakteristické mutace varianty alfa. Převzato ze outbreak.info.
18 Varianty SARS-CoV-2 v České republice
Beta (B.1.351; 20H/501.V2; jihoafrická varianta)
Jihoafrická varianta má některé mutace společné s variantou B.1.1.7. Dnes se již rozšířila do
celého světa, včetně České republiky. U nás byla poprvé pozorována v únoru tohoto roku.
Obsahuje mutace K417N a E484K, u kterých je potvrzeno, že snižují účinek léčebných
monoklonálních protilátek (bamlanivimab a jiné). Infekce touto variantou zhoršuje průběh
onemocnění u mladších lidí.
Pro tuto variantu jsou charakteristické mutace spike proteinu: D80A, D215G, L241-, L242-,
A243-, K417N, E484K, N501Y, D614G, A701V.
Charakteristické mutace varianty beta. Převzato ze outbreak.info.
Gamma (P.1; 20J/501Y.V3; brazilská varianta)
Poprvé byla detekována na konci roku 2020 v Tokiu. Vyskytla se u čtyř turistů, kteří přiletěli
z brazilského státu Amazonas. Ve městě Manaus v Brazílii se masivně rozšířila a je nyní
zodpovědná za většinu tamních nákaz. Je více nakažlivá než původní varianta koronaviru.
Uniká již získané imunitě po prodělání onemocnění COVID-19, takže často dochází
k opakovanému prodělání nemoci. Onemocnění touto variantou má těžší průběh u jedinců
mladších 65ti let. Dvě mutace zodpovědné za imunitní únik (K417T, E484K) se shodují
s variantou jihoafrickou, ale obě varianty je získaly nezávisle na sobě.
Pro tuto variantu jsou charakteristické mutace spike proteinu: L18F, T20N, P26S, D138Y,
R190S, K417T, E484K, N501Y, D614G, H655Y, T1027I.
Charakteristické mutace varianty Gamma. Převzato ze outbreak.info.
Delta (B.1.617.2; 21A; G/452R.V3; indická varianta)
Indická varianta je původcem strmého nárůstu pandemie v Indii v první polovině tohoto roku. Ve
Spojeném království se tato varianta šíří rychleji než do té doby dominantní varianta britská,
proto její chování vyvolává obavy. Obsahuje jiný set klíčových mutací než předcházející tři
varianty, a to L452R, T478K a P681R. U prvních dvou mutací se jedná o mutace ovlivňující
imunitní odpověď. Spolu s ní se z Indie šíří další dvě varianty, kappa (B.1.617.1) a B.1.617.3,
které také obsahují mutaci L452R.
19 Varianty SARS-CoV-2 v České republice
Pro tuto variantu jsou charakteristické mutace spike proteinu: T19R, E157-, F158-, L452R,
T478K, D614G, P681R, D950N.
Charakteristické mutace varianty delta. Převzato z outbreak.info.
Mutace ve Spike proteinu u variant sledovaných, zájmu a pozornosti
Varianty jsou definovány na základě nejčastěji se vyskytujících mutací odlišných od
referenčního kmenu. V následujícím obrázku jsou znázorněny hlavní mutace (nesznonymní
delece a substituce, s prevalencí > 75 % v rámci linie) u variant sledovaných, zájmu a
pozornosti prokázaných na území České republiky.
Zdroje: ECDC, outbreak.info a nextstrain.org.
Pozn.: Characteristické mutace byly definovány dle: Julia L. Mullen, Ginger Tsueng, Alaa Abdel
Latif, Manar Alkuzweny, Marco Cano, Emily Haag, Jerry Zhou, Mark Zeller, Nate Matteson,
Kristian G. Andersen, Chunlei Wu, Andrew I. Su, Karthik Gangavarapu, Laura D. Hughes, and
the Center for Viral Systems Biology outbreak.info. Available online: https://outbreak.info/
(2020)
20 Varianty SARS-CoV-2 v České republice
12. Varianty hodné pozornosti
Tab. 1: Varianty klasifikované evropskou organizací ECDC jako Varianty hodné pozornosti (www.ecdc.europa.eu). Výčet charakteristických mutací byl rozšířen dle CDC (www.cdc.gov).
PANGO LINIE MUTACE VE SPIKE PROTEINUNEXSTRAIN
LINIE
PRVNI
DETEKCEVLASTNOSTI
Alfa (B.1.1.7)
Δ69/70, Δ144, (E484K*), (S494P*), N501Y,
A570D, D614G, P681H, T716I, S982A,
D1118H (K1191N*)
20I/501Y.V1 Velká Británie
Přibližně o 50 % vyšší přenos. Pravděpodobně vyšší závažnost na základě hospitalizací a míry
úmrtnosti. Minimální dopad na neutralizaci léčbou monoklonálními protilátkami EUA. Minimální
dopad na neutralizaci pomocí rekonvalescentních a postvakcinačních sér.
B.
1.1.7+E484K
Δ69/70, Δ144, E484K, (S494P*), N501Y,
A570D, D614G, P681H, T716I, S982A,
D1118H (K1191N*)
20I/501Y.V1 Velká Británie
Přibližně o 50 % vyšší přenos. Pravděpodobně vyšší závažnost na základě hospitalizací a míry
úmrtnosti. Minimální dopad na neutralizaci léčbou monoklonálními protilátkami EUA. Minimální
dopad na neutralizaci pomocí rekonvalescentních a postvakcinačních sér.
Beta (B.1.351)D80A, D215G, Δ241/242/243, K417N,
E484K, N501Y, D614G, A701V20H/501.V2
Jihoafrická
republika
Přibližně o 50 % vyšší přenos. Snížení neutralizace některými, ale ne všemi způsoby léčby
monoklonálními protilátkami EUA. Mírné snížení neutralizace pomocí rekonvalescentních
a postvakcinačních sér.
Gamma (P.1)L18F, T20N, P26S, D138Y, R190S, K417T,
E484K, N501Y, D614G, H655Y, T1027I 20J/501Y.V3
Japonsko /
Brazílie
Snížení neutralizace některými, ale ne všemi způsoby léčby monoklonálními protilátkami EUA.
Snížená neutralizace pomocí rekonvalescentních a postvakcinačních sér.
Delta (B.
1.617.2)
(T19R, (G142D), Δ156, Δ157, R158G,
L452R, T478K, D614G, P681R, D950N20A/S:4784K
Indie -
prosinec
2020
Zvýšený výskyt vzhledem k variantě B.1.1.7. Potenciální snížení neutralizace léčbou
monoklonálními protilátkami. Potenciální snížená neutralizace postvakcinačním sérem.
(*) Detekováno v některých sekvencích dané linie.
21 Varianty SARS-CoV-2 v České republice
13. Varianty hodné zájmu
Tab. 2: Varianty klasifikované evropskou organizací ECDC jako Varianty hodné zájmu (www.ecdc.europa.eu). Výčet charakteristických mutací byl rozšířen dle CDC (www.cdc.gov).
PANGO LINIE MUTACE VE SPIKE PROTEINUNEXSTRAIN
LINIEPRVNI DETEKCE VLASTNOSTI
Eta (B.1.525)A67V, Δ69/70, Δ144, E484K, D614G,
Q677H, F888L20A/S:484K
Velká Británie / Nigérie -
prosinec 2020
Potenciální snížení neutralizace léčbou monoklonálními protilátkami. Potenciální snížení
neutralizace pomocí rekonvalescentních a postvakcinačních sér.
B.1.427/B.1.429 S13I, W152C, L452R, D614G 20C/S:452RUSA (Kalifornie) - září
2020
Přibližně o 20 % vyšší přenos. Mírný pokles v citlivosti na bamlanivimab a etesevimab.
Snížení neutralizace pomocí rekonvalescentních a postvakcinačních sér.
Theta (P.3) E484K, N501Y, D614G, P681H Filipíny - leden 2021Potenciální snížení neutralizace léčbou monoklonálními protilátkami. Potenciální snížená
neutralizace postvakcinačním sérem.
B.1.616 V483A, D614G, H655Y, G669S 20A Francie - únor 2021
Kappa (B.
1.617.1)
(T95I), G142D, E154K, L452R,
E484Q, D614G, P681R, Q1071H20A/S:154K Indie - prosinec 2020
Potenciální snížení neutralizace léčbou monoklonálními protilátkami. Potenciální snížená
neutralizace postvakcinačním sérem.
B.1.617.3T19R, G142D, L452R, E484Q,
D614G, P681R, D950N20A Indie - únor 2021
Potenciální snížení neutralizace léčbou monoklonálními protilátkami. Potenciální snížená
neutralizace postvakcinačním sérem.
B.1.620 S477N, E484K, D614G, P681H neznámý - únor 2021Potenciální snížení neutralizace léčbou monoklonálními protilátkami. Potenciální snížená
neutralizace postvakcinačním sérem.
B.1.621R346K, E484K, N501Y, D614G,
P681HKolumbie - leden 2021
Potenciální snížení neutralizace léčbou monoklonálními protilátkami. Potenciální snížená
neutralizace postvakcinačním sérem.
(*) Detekováno v některých sekvencích dané linie.
22 Varianty SARS-CoV-2 v České republice
14. Nejčastější varianty viru SARS-CoV-2 na území ČR
Tab. 3: Relativní zastoupení variant SARS-CoV-2 v krajích České republiky. Tabulka uvádí frekvenci výskytu variant SARS-CoV-2 ve vzorcích s datem odběru mezi 1. 1. 2021 a
18.6.2021 ve členění podle krajů. Pro tuto analýzu bylo vybráno z celkového datasetu 4 533, u nichž je dostupná validní sekvence celého genomu a informace o datu odběru. V tabulce
jsou uvedeny jen varianty přítomné v alespoň jednom kraji nejméně ve dvou izolátech a zároveň ve více než 1 % analyzovaných vzorků. Počet vzorků, ve kterých byla identifikována
daná varianta, je uveden v posledním sloupci. Počet vzorků z daného kraje je uveden v posledním řádku. Barevně jsou označeny Varianty hodné pozornosti (Variants of Concern, tmavší
zabarvení) a Varianty hodné zájmu (Variants of Interest, světlejší zabarvení).
LINIE ČR JHČ JHM KVK HKK LBK MSK OLK PAK PLK PRAHA STR ULK VYS ZLK NEURČENO POČET
B.1.1.7 0.8020 0.8310 0.4120 0.9800 0.6320 0.8680 0.8700 0.8890 0.9630 0.9560 0.8150 0.9150 0.8980 0.7810 0.6360 0.7940 3587
B.1.258 0.1050 0.1170 0.3550 0 0.2330 0.0464 0.0407 0.0206 0 0.0301 0.0933 0.0467 0.0234 0.1250 0.1820 0.1070 470
B.1.221 0.0165 0 0.1010 0 0.0344 0 0.0037 0.0026 0 0.0055 0.0095 0 0 0 0 0.0163 74
B.1.351 0.0147 0 0.0101 0.0098 0.0061 0.0596 0.0037 0.0823 0 0.0027 0.0106 0.0055 0 0 0 0.0054 66
B.1.160 0.0087 0.0260 0.0068 0.0098 0.0243 0.0066 0.0037 0 0 0 0.0035 0.0027 0 0 0.0909 0.0163 39
B.1.1 0.0063 0 0.0101 0 0.0040 0.0066 0.0111 0.0026 0 0 0.0095 0.0027 0 0 0 0.0098 28
B.1.617.2 0.0058 0 0 0 0 0 0.0259 0 0 0 0.0106 0.0027 0.0234 0 0 0.0065 26
B.1 0.0045 0 0.0101 0 0.0121 0 0.0037 0 0 0 0.0047 0 0 0.0312 0 0.0054 20
B.1.1.153 0.0029 0 0.0270 0 0.0040 0.0066 0 0 0 0 0 0 0.0078 0 0 0.0011 13
B.1.177 0.0020 0 0 0 0.0101 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0.0043 9
C.36.3 0.0020 0.0130 0 0 0 0.0066 0.0185 0 0 0 0.0012 0 0 0.0312 0 0 9
P.1 0.0018 0 0.0034 0 0 0 0 0 0 0 0.0059 0 0.0156 0 0 0 8
B.1.1.317 0.0011 0 0.0101 0 0.0020 0 0 0 0 0 0 0.0027 0 0 0 0 5
B.1.1.46 0.0007 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0.0234 0 0 0 3
B.1.258.3 0.0007 0 0.0101 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 3
Ostatní 0.0257 0.0130 0.0439 0 0.0385 0 0.0185 0.0026 0.0370 0.0055 0.0366 0.0220 0.0078 0.0312 0.0909 0.0337 115
Počet vzorků 4475 77 296 102 494 151 270 389 27 366 847 364 128 32 11 921
23 Varianty SARS-CoV-2 v České republice
15. Úplný přehled variant viru SARS-CoV-2 na území ČR
Tab. 4: Relativní zastoupení variant SARS-CoV-2 v krajích České republiky. Tabulka uvádí frekvenci výskytu variant SARS-CoV-2 ve vzorcích s datem odběru mezi 1. 1. 2021 a
18.6.2021 ve členění podle krajů. Pro tuto analýzu bylo vybráno z celkového datasetu 4 533, u nichž je dostupná validní sekvence celého genomu a informace o datu odběru. V tabulce
jsou uvedeny všechny identifikované varianty. Počet vzorků, ve kterých byla identifikována daná varianta, je uveden v posledním sloupci. Počet vzorků z daného kraje je uveden v
posledním řádku. Barevně jsou označeny Varianty hodné pozornosti (Variants of Concern, tmavší zabarvení) a Varianty hodné zájmu (Variants of Interest, světlejší zabarvení).
LINIE ČR JHČ JHM KVK HKK LBK MSK OLK PAK PLK PRAHA STR ULK VYS ZLK NEURČENO POČET
B.1.1.7 0.8020 0.8310 0.4120 0.9800 0.6320 0.8680 0.8700 0.8890 0.9630 0.9560 0.8150 0.9150 0.8980 0.7810 0.6360 0.7940 3587
B.1.258 0.1050 0.1170 0.3550 0 0.2330 0.0464 0.0407 0.0206 0 0.0301 0.0933 0.0467 0.0234 0.1250 0.1820 0.1070 470
B.1.221 0.0165 0 0.1010 0 0.0344 0 0.0037 0.0026 0 0.0055 0.0095 0 0 0 0 0.0163 74
B.1.351 0.0147 0 0.0101 0.0098 0.0061 0.0596 0.0037 0.0823 0 0.0027 0.0106 0.0055 0 0 0 0.0054 66
B.1.160 0.0087 0.0260 0.0068 0.0098 0.0243 0.0066 0.0037 0 0 0 0.0035 0.0027 0 0 0.0909 0.0163 39
B.1.1 0.0063 0 0.0101 0 0.0040 0.0066 0.0111 0.0026 0 0 0.0095 0.0027 0 0 0 0.0098 28
B.1.617.2 0.0058 0 0 0 0 0 0.0259 0 0 0 0.0106 0.0027 0.0234 0 0 0.0065 26
B.1 0.0045 0 0.0101 0 0.0121 0 0.0037 0 0 0 0.0047 0 0 0.0312 0 0.0054 20
B.1.1.153 0.0029 0 0.0270 0 0.0040 0.0066 0 0 0 0 0 0 0.0078 0 0 0.0011 13
B.1.1.277 0.0029 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0.0035 0.0082 0 0.0312 0 0.0065 13
B.1.177.8 0.0022 0 0.0068 0 0 0 0 0 0 0 0.0035 0 0 0 0 0.0054 10
B.1.177 0.0020 0 0 0 0.0101 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0.0043 9
B.1.527 0.0020 0 0.0068 0 0.0040 0 0 0 0 0 0.0012 0 0 0 0 0.0043 9
C.36.3 0.0020 0.0130 0 0 0 0.0066 0.0185 0 0 0 0.0012 0 0 0.0312 0 0 9
B.1.416.1 0.0018 0.0130 0.0034 0 0 0 0 0 0 0 0.0035 0 0 0 0.0909 0.0022 8
P.1 0.0018 0 0.0034 0 0 0 0 0 0 0 0.0059 0 0.0156 0 0 0 8
C.35 0.0013 0 0 0 0.0061 0 0 0 0 0 0.0024 0 0 0 0 0.0011 6
B.1.1.219 0.0011 0 0.0034 0 0.0081 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 5
B.1.1.317 0.0011 0 0.0101 0 0.0020 0 0 0 0 0 0 0.0027 0 0 0 0 5
B.1.1.318 0.0011 0 0 0 0 0 0.0074 0 0 0 0.0035 0 0 0 0 0 5
B.1.620 0.0011 0 0.0068 0 0 0 0.0037 0.0026 0 0 0.0012 0 0 0 0 0 5
B.1.1.170 0.0009 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0.0043 4
24 Varianty SARS-CoV-2 v České republice
LINIE ČR JHČ JHM KVK HKK LBK MSK OLK PAK PLK PRAHA STR ULK VYS ZLK NEURČENO POČET
B.1.1.243 0.0009 0 0.0034 0 0 0 0 0 0 0 0 0.0027 0 0 0 0.0022 4
B.1.617.1 0.0009 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0.0035 0.0027 0 0 0 0 4
C.36 0.0009 0 0 0 0.0020 0 0 0 0 0 0.0035 0 0 0 0 0 4
P.2 0.0009 0 0.0068 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0.0078 0 0 0.0011 4
B.1.1.46 0.0007 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0.0234 0 0 0 3
B.1.2 0.0007 0 0 0 0.0040 0 0 0 0 0 0.0012 0 0 0 0 0 3
B.1.258.14 0.0007 0 0 0 0 0 0.0074 0 0 0 0 0.0027 0 0 0 0 3
B.1.258.3 0.0007 0 0.0101 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 3
A 0.0004 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0.0012 0.0027 0 0 0 0 2
B.1.1.1 0.0004 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0.0012 0 0 0 0 0.0011 2
B.1.1.397 0.0004 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0.0024 0 0 0 0 0 2
B.1.258.12 0.0004 0 0 0 0.0020 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0.0011 2
B.1.258.15 0.0004 0 0 0 0.0040 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 2
A.2.5 0.0002 0 0 0 0 0 0 0 0 0.0027 0 0 0 0 0 0 1
A.21 0.0002 0 0.0034 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1
B.1.1.141 0.0002 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0.0012 0 0 0 0 0 1
B.1.1.266 0.0002 0 0 0 0 0 0 0 0 0.0027 0 0 0 0 0 0 1
B.1.1.351 0.0002 0 0 0 0 0 0 0 0.0370 0 0 0 0 0 0 0 1
B.1.1.374 0.0002 0 0 0 0.0020 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1
B.1.1.39 0.0002 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0.0011 1
B.1.1.523 0.0002 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0.0012 0 0 0 0 0 1
B.1.153 0.0002 0 0 0 0.0020 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1
B.1.177.35 0.0002 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0.0011 1
B.1.177.77 0.0002 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0.0011 1
B.1.177.86 0.0002 0 0 0 0.0020 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1
B.1.213 0.0002 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0.0011 1
B.1.396 0.0002 0 0 0 0.0020 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1
B.1.411 0.0002 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0.0027 0 0 0 0 1
B.1.533 0.0002 0 0.0034 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1
25 Varianty SARS-CoV-2 v České republice
LINIE ČR JHČ JHM KVK HKK LBK MSK OLK PAK PLK PRAHA STR ULK VYS ZLK NEURČENO POČET
B.1.623 0.0002 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0.0012 0 0 0 0 0 1
C.16 0.0002 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0.0012 0 0 0 0 0 1
Ostatní 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
Poče vzorků 4475 77 296 102 494 151 270 389 27 366 847 364 128 32 11 921
26 Varianty SARS-CoV-2 v České republice
16. Nejčastější varianty viru SARS-CoV-2 na území ČR - časová řada
Tab. 5: Tabulka uvádí relativní zastoupení výskytu nejčastějších variant SARS-CoV-2 ve vzorcích od 1. 1. 2021. Pro tuto analýzu bylo vybráno z celkového datasetu 4 533 vzorků,
u nichž je dostupná validní sekvence celého genomu a informace o datu odběru. V tabulce jsou uvedeny jen varianty přítomné v daném týdnu nejméně ve třech izolátech a zároveň ve
více než 10 % analyzovaných vzorků. Barevně jsou označeny Varianty hodné pozornosti (Variants of Concern, tmavší zabarvení) a Varianty hodné zájmu (Variants of Interest, světlejší
zabarvení). Počet vzorků, ve kterých byla identifikována daná varianta, je uveden v posledním sloupci. Počet vzorků z daného kraje je uveden v posledním řádku.
TÝDEN 2020_53 2021_01 2021_02 2021_03 2021_04 2021_05 2021_06 2021_07 2021_08 2021_09 2021_10 2021_11 2021_12 2021_13 2021_14 2021_15 2021_16 2021_17 2021_18 2021_19 2021_20 2021_21 2021_22 NEURČENOVŠECHNY
TÝDNY
POČET
VZORKŮ
B.1.1.7 0 0.3790 0.4720 0.6670 0.4290 0.8470 0.8780 0.6760 0.7510 0.7460 0.8140 0.8440 0.9060 0.9620 0.9630 0.7720 0.8740 0.9490 0.8480 0.9580 0.9000 1 1 0.6900 0.8020 3587
B.1.258 0.7000 0.3580 0.3610 0.2000 0.3710 0.1070 0.0694 0.1980 0.1810 0.1650 0.1090 0.0855 0.0507 0.0275 0.0031 0.0945 0.0117 0 0.0061 0 0 0 0 0.1240 0.1050 470
B.1.221 0 0.0491 0 0.0333 0.0429 0.0098 0.0222 0.0514 0.0181 0.0268 0.0211 0.0112 0.0145 0 0.0093 0.0098 0 0 0 0 0 0 0 0.0265 0.0165 74
B.1.351 0 0 0 0 0 0 0 0.0158 0.0036 0.0268 0.0491 0.0335 0.0145 0.0055 0.0062 0 0.0702 0.0064 0 0 0.0500 0 0 0 0.0147 66
B.1.160 0 0.0561 0.0556 0 0.0571 0.0033 0.0083 0.0079 0.0072 0 0 0 0 0 0 0.0163 0 0 0 0 0 0 0 0.0354 0.0087 39
B.1.1 0 0.0140 0.0278 0 0.0429 0.0130 0.0083 0 0.0036 0.0045 0 0 0 0 0.0062 0.0033 0.0059 0 0 0 0 0 0 0.0531 0.0063 28
B.1.617.2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0.0175 0.0160 0.0727 0.0252 0 0 0 0 0.0058 26
B.1 0.1000 0.0175 0 0.0333 0.0143 0.0033 0 0.0040 0.0036 0.0045 0 0.0037 0 0.0055 0 0.0065 0 0 0 0 0 0 0 0.0265 0.0045 20
B.1.1.153 0 0.0105 0 0 0 0 0.0028 0.0119 0.0108 0.0134 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0.0029 13
B.1.1.277 0 0.0105 0.0278 0.0333 0 0.0033 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0.0195 0 0 0 0 0 0 0 0 0.0029 13
B.1.177.8 0 0 0 0 0 0.0065 0 0.0158 0.0072 0 0 0 0 0 0 0.0065 0 0 0 0 0 0 0 0 0.0022 10
B.1.177 0 0.0175 0 0 0 0 0.0028 0 0.0036 0 0 0.0037 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0.0089 0.0020 9
C.36.3 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0.0096 0.0242 0.0168 0 0 0 0 0.0020 9
B.1.416.1 0.1000 0.0070 0 0 0.0286 0 0.0028 0 0 0 0 0 0 0 0 0.0033 0 0 0 0 0 0 0 0.0089 0.0018 8
P.1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0.0029 0.0064 0.0303 0 0 0 0 0 0.0018 8
C.35 0 0.0175 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0.0089 0.0013 6
B.1.1.219 0 0.0140 0 0 0 0 0 0.0040 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0.0011 5
B.1.1.318 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0.0031 0.0130 0 0 0 0 0 0 0 0 0.0011 5
B.1.1.170 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0.0130 0 0 0 0 0 0 0 0 0.0009 4
Ostatní 0.1000 0.0491 0.0556 0.0333 0.0143 0.0065 0.0056 0.0158 0.0108 0.0134 0.0070 0.0186 0.0145 0 0.0093 0.0423 0.0175 0.0128 0.0182 0 0.0500 0 0 0.0177 0.0168 75
Počet vzorků 10 285 36 60 70 307 360 253 277 224 285 269 138 182 323 307 342 313 165 119 20 14 3 113 4475 4475
27 Varianty SARS-CoV-2 v České republice
17. Úplný přehled variant viru SARS-CoV-2 na území ČR - časová řada
Tab. 6: Tabulka uvádí relativní zastoupení výskytu všech variant SARS-CoV-2 ve vzorcích od 1. 1. 2021. Pro tuto analýzu bylo vybráno z celkového datasetu 4 533 vzorků, u nichž je
dostupná validní sekvence celého genomu a informace o datu odběru. V tabulce jsou uvedeny jen varianty přítomné v daném týdnu nejméně ve třech izolátech a zároveň ve více než
10 % analyzovaných vzorků. Počet vzorků, ve kterých byla identifikována daná varianta, je uveden v posledním sloupci. Počet vzorků dostupných z daného týdne je uveden v posledním
řádku. Barevně jsou označeny Varianty hodné pozornosti (Variants of Concern, tmavší zabarvení) a Varianty hodné zájmu (Variants of Interest, světlejší zabarvení).
TÝDEN 2020_53 2021_01 2021_02 2021_03 2021_04 2021_05 2021_06 2021_07 2021_08 2021_09 2021_10 2021_11 2021_12 2021_13 2021_14 2021_15 2021_16 2021_17 2021_18 2021_19 2021_20 2021_21 2021_22 NEURČENOVŠECHNY
TÝDNY
POČET
VZORKŮ
B.1.1.7 0 0.3790 0.4720 0.6670 0.4290 0.8470 0.8780 0.6760 0.7510 0.7460 0.8140 0.8440 0.9060 0.9620 0.9630 0.7720 0.8740 0.9490 0.8480 0.9580 0.9000 1 1 0.6900 0.8020 3587
B.1.258 0.7000 0.3580 0.3610 0.2000 0.3710 0.1070 0.0694 0.1980 0.1810 0.1650 0.1090 0.0855 0.0507 0.0275 0.0031 0.0945 0.0117 0 0.0061 0 0 0 0 0.1240 0.1050 470
B.1.221 0 0.0491 0 0.0333 0.0429 0.0098 0.0222 0.0514 0.0181 0.0268 0.0211 0.0112 0.0145 0 0.0093 0.0098 0 0 0 0 0 0 0 0.0265 0.0165 74
B.1.351 0 0 0 0 0 0 0 0.0158 0.0036 0.0268 0.0491 0.0335 0.0145 0.0055 0.0062 0 0.0702 0.0064 0 0 0.0500 0 0 0 0.0147 66
B.1.160 0 0.0561 0.0556 0 0.0571 0.0033 0.0083 0.0079 0.0072 0 0 0 0 0 0 0.0163 0 0 0 0 0 0 0 0.0354 0.0087 39
B.1.1 0 0.0140 0.0278 0 0.0429 0.0130 0.0083 0 0.0036 0.0045 0 0 0 0 0.0062 0.0033 0.0059 0 0 0 0 0 0 0.0531 0.0063 28
B.1.617.2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0.0175 0.0160 0.0727 0.0252 0 0 0 0 0.0058 26
B.1 0.1000 0.0175 0 0.0333 0.0143 0.0033 0 0.0040 0.0036 0.0045 0 0.0037 0 0.0055 0 0.0065 0 0 0 0 0 0 0 0.0265 0.0045 20
B.1.1.153 0 0.0105 0 0 0 0 0.0028 0.0119 0.0108 0.0134 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0.0029 13
B.1.1.277 0 0.0105 0.0278 0.0333 0 0.0033 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0.0195 0 0 0 0 0 0 0 0 0.0029 13
B.1.177.8 0 0 0 0 0 0.0065 0 0.0158 0.0072 0 0 0 0 0 0 0.0065 0 0 0 0 0 0 0 0 0.0022 10
B.1.177 0 0.0175 0 0 0 0 0.0028 0 0.0036 0 0 0.0037 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0.0089 0.0020 9
B.1.527 0 0.0035 0 0.0167 0.0143 0 0.0028 0.0040 0 0 0 0 0 0 0 0.0098 0 0 0 0 0 0 0 0.0089 0.0020 9
C.36.3 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0.0096 0.0242 0.0168 0 0 0 0 0.0020 9
B.1.416.1 0.1000 0.0070 0 0 0.0286 0 0.0028 0 0 0 0 0 0 0 0 0.0033 0 0 0 0 0 0 0 0.0089 0.0018 8
P.1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0.0029 0.0064 0.0303 0 0 0 0 0 0.0018 8
C.35 0 0.0175 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0.0089 0.0013 6
B.1.1.219 0 0.0140 0 0 0 0 0 0.0040 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0.0011 5
B.1.1.317 0 0.0070 0 0 0 0 0 0 0 0.0045 0 0.0037 0.0073 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0.0011 5
B.1.1.318 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0.0031 0.0130 0 0 0 0 0 0 0 0 0.0011 5
B.1.620 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0.0073 0 0.0031 0.0065 0.0029 0 0 0 0 0 0 0 0.0011 5
B.1.1.170 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0.0130 0 0 0 0 0 0 0 0 0.0009 4
B.1.1.243 0 0 0.0278 0 0 0 0 0 0 0 0.0035 0.0037 0 0 0 0.0033 0 0 0 0 0 0 0 0 0.0009 4
B.1.617.1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0.0031 0.0033 0.0029 0 0.0061 0 0 0 0 0 0.0009 4
C.36 0 0.0035 0 0 0 0 0 0 0.0072 0 0 0 0 0 0 0 0.0029 0 0 0 0 0 0 0 0.0009 4
P.2 0 0 0 0 0 0 0.0028 0.0040 0 0 0 0.0074 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0.0009 4
28 Varianty SARS-CoV-2 v České republice
TÝDEN 2020_53 2021_01 2021_02 2021_03 2021_04 2021_05 2021_06 2021_07 2021_08 2021_09 2021_10 2021_11 2021_12 2021_13 2021_14 2021_15 2021_16 2021_17 2021_18 2021_19 2021_20 2021_21 2021_22 NEURČENOVŠECHNY
TÝDNY
POČET
VZORKŮ
B.1.1.46 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0.0096 0 0 0 0 0 0 0.0007 3
B.1.2 0 0.0070 0 0 0 0.0033 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0.0007 3
B.1.258.14 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0.0065 0.0029 0 0 0 0 0 0 0 0.0007 3
B.1.258.3 0 0 0 0 0 0 0 0.0040 0 0.0089 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0.0007 3
A 0 0.0035 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0.0033 0 0 0 0 0 0 0 0 0.0004 2
B.1.1.1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0.0033 0 0.0032 0 0 0 0 0 0 0.0004 2
B.1.1.397 0.1000 0 0 0.0167 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0.0004 2
B.1.258.12 0 0.0035 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0.0033 0 0 0 0 0 0 0 0 0.0004 2
B.1.258.15 0 0.0070 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0.0004 2
A.2.5 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0.0061 0 0 0 0 0 0.0002 1
A.21 0 0 0 0 0 0 0 0.0040 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0.0002 1
B.1.1.141 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0.0029 0 0 0 0 0 0 0 0.0002 1
B.1.1.266 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0.0035 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0.0002 1
B.1.1.351 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0.0061 0 0 0 0 0 0.0002 1
B.1.1.374 0 0.0035 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0.0002 1
B.1.1.39 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0.0037 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0.0002 1
B.1.1.523 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0.0500 0 0 0 0.0002 1
B.1.153 0 0.0035 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0.0002 1
B.1.177.35 0 0 0 0 0 0.0033 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0.0002 1
B.1.177.77 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0.0033 0 0 0 0 0 0 0 0 0.0002 1
B.1.177.86 0 0 0 0 0 0 0 0 0.0036 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0.0002 1
B.1.213 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0.0089 0.0002 1
B.1.396 0 0.0035 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0.0002 1
B.1.411 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0.0031 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0.0002 1
B.1.533 0 0 0.0278 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0.0002 1
B.1.623 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0.0029 0 0 0 0 0 0 0 0.0002 1
C.16 0 0.0035 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0.0002 1
Ostatní 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
Počet vzorků 10 285 36 60 70 307 360 253 277 224 285 269 138 182 323 307 342 313 165 119 20 14 3 113 4475
29 Varianty SARS-CoV-2 v České republice
18. Přehled proteinových mutací na celogenomové úrovni
Tab. 7: Relativní zastoupení aminokyselinových mutací v krajích České republiky. Mutace jsou porovnávány s referenčním izolátem wuhanské varianty SARS-CoV-2 (ref.č. NC_045512.2
o délce 29 903 bp). Tabulka zahrnuje frekvence aminokyselinových substitucí, které se v jednom kraji vyskytovaly ve více jak 10 % vzorků a zároveň jsou z daného kraje dostupné
alespoň tři izoláty obsahující tuto mutaci. Řádek Ostatní uvádí součet frekvencí všech ostatních identifikovaných mutací.
Celkový počet vzorků z daného kraje je uveden na posledním řádku.
Mutace jsou uvedeny ve formátu <protein>:<aminokyselina v referenční sekvenci><pozice v proteinu><aminokyselina v mutované sekvenci><->.
KRAJ JHČ JHM KVK HKK LBK MSK OLK PAK PLK PRAHA STR ULK VYS ZLK NEURČENO
ORF7a:T120I 0 0 0 0 0 0.0331 0 0 0.0026 0.0129 0 0.0078 0 0 0.0064
ORF8:Q27* 0.8312 0.4338 0.9804 0.6358 0.8543 0.8676 0.8645 0.9630 0.9486 0.8089 0.9155 0.8837 0.7879 0.6364 0.7811
ORF1a:F3677- 0.8312 0.2649 0.9902 0.6258 0.9205 0.8787 0.9719 0.9630 0.9486 0.8312 0.9155 0.8992 0.7576 0.6364 0.7908
S:N501Y 0.8312 0.4205 0.9902 0.6338 0.8609 0.8640 0.9668 0.9630 0.9537 0.8171 0.8583 0.8760 0.7576 0.6364 0.7307
ORF1b:P1000L 0 0 0 0 0 0.0257 0 0 0.0026 0.0117 0.0027 0.0233 0 0 0.0064
S:S98F 0 0.1126 0.0098 0.0362 0.0397 0.0074 0.0051 0 0.0488 0.0176 0.0218 0 0.0303 0 0.0333
ORF1a:I2501T 0.1169 0.3675 0 0.2435 0.0464 0.0515 0.0205 0 0.0334 0.0973 0.0518 0.0233 0.1515 0.1818 0.1062
S:T19R 0 0 0 0 0 0.0257 0 0 0 0.0106 0.0027 0.0233 0 0 0.0064
ORF3a:V202L 0.0130 0.1060 0 0.0342 0 0.0037 0.0077 0 0.0051 0.0141 0 0 0 0 0.0182
S:T478K 0 0 0 0 0 0.0294 0.0077 0 0 0.0106 0.0027 0.0233 0 0 0.0064
S:E156- 0 0 0 0 0 0.0257 0 0 0 0.0117 0.0027 0.0233 0 0 0.0064
ORF7a:Y75H 0 0.0762 0.0098 0.0141 0.0331 0.0147 0.0256 0 0.0026 0.0059 0.0245 0.0078 0.2424 0.3636 0.0086
S:N439K 0.1169 0.3675 0 0.2414 0.0397 0.0551 0.0205 0 0.0334 0.0973 0.0518 0.0233 0.1818 0.1818 0.1062
ORF1b:T216P 0 0.1159 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
S:S982A 0.8312 0.4007 0.9804 0.6278 0.8013 0.8529 0.8875 0.9630 0.9512 0.8089 0.9155 0.8605 0.7576 0.6364 0.7779
ORF1b:P314L 1 0.9834 1 0.9980 0.9934 0.9926 0.9821 1 0.9846 0.9906 0.9510 0.9767 1 1 0.9453
ORF1b:G662S 0 0 0 0 0 0.0257 0 0 0 0.0106 0.0027 0.0310 0 0 0.0064
ORF1b:V711I 0.1169 0.3477 0 0.2354 0.0464 0.0515 0.0205 0 0.0283 0.0973 0.0518 0.0233 0.1515 0.1818 0.1052
ORF8:Y73C 0.8312 0.4238 0.9804 0.6258 0.8543 0.8566 0.8645 0.9630 0.9486 0.8077 0.9155 0.8837 0.7879 0.6364 0.7800
ORF1a:C4056G 0 0.1159 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
S:D950N 0 0 0 0 0 0.0257 0 0 0 0.0106 0.0027 0.0233 0 0 0.0064
30 Varianty SARS-CoV-2 v České republice
KRAJ JHČ JHM KVK HKK LBK MSK OLK PAK PLK PRAHA STR ULK VYS ZLK NEURČENO
ORF1b:D445E 0 0.1060 0 0.0342 0 0 0.0026 0 0.0051 0.0082 0 0 0 0 0.0139
ORF1a:A1708D 0.8312 0.4007 0.9804 0.6237 0.8609 0.8603 0.8900 0.9630 0.9486 0.8089 0.9101 0.8837 0.7576 0.6364 0.7843
ORF7a:V82A 0 0 0 0 0 0.0257 0 0 0 0.0141 0.0027 0.0078 0 0 0.0011
ORF1a:M4241I 0.1169 0.3477 0 0.2374 0.0464 0.0515 0.0205 0 0.0283 0.0985 0.0518 0.0233 0.1515 0.1818 0.1052
S:D614G 1 0.9967 1 1 0.9272 0.9926 0.9974 1 0.9974 0.9953 0.9973 0.9690 1 1 0.9850
S:A570D 0.8312 0.4040 0.9804 0.6258 0.8013 0.8566 0.8875 0.9630 0.9512 0.7913 0.8202 0.8605 0.7576 0.6364 0.7618
ORF14:G50N 0.8442 0.4768 0.9314 0.6419 0.8808 0.8971 0.8900 0.9630 0.9563 0.8441 0.9292 0.9457 0.8182 0.6364 0.8133
ORF1a:F2328C 0 0.1192 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
ORF1a:E1209D 0 0.1060 0 0.0362 0 0 0.0026 0 0.0051 0.0082 0 0 0 0 0.0139
S:L452R 0.0130 0.0033 0 0.0020 0.0066 0.0441 0 0 0.0026 0.0176 0.0054 0.0233 0.0303 0 0.0064
ORF14:E51Q 0.7403 0.3940 0.8529 0.6056 0.8079 0.7868 0.8440 0.8889 0.9126 0.7831 0.8801 0.8682 0.7879 0.5455 0.7414
N:G204R 0.1039 0.0596 0.0098 0.0262 0.0662 0.1176 0.0460 0.0741 0.0386 0.0621 0.0490 0.0698 0.0606 0.0909 0.0687
S:D1118H 0.8312 0.4139 0.9804 0.6258 0.8013 0.8603 0.8900 0.9630 0.9512 0.8101 0.9155 0.8605 0.7576 0.6364 0.7790
S:T716I 0.8312 0.4007 0.9804 0.6258 0.8013 0.8566 0.8875 0.9630 0.9512 0.8089 0.9155 0.8605 0.7576 0.6364 0.7768
S:P681R 0 0 0 0 0 0.0257 0 0 0 0.0152 0.0054 0.0233 0 0 0.0064
S:V70- 0.9610 0.7649 0.9804 0.8712 0.8477 0.9154 0.9105 0.9630 0.9794 0.9062 0.9673 0.8837 0.9394 0.8182 0.8863
ORF8:R52I 0.8312 0.3841 0.9804 0.6358 0.8543 0.8676 0.8593 0.9630 0.9486 0.8089 0.9074 0.8837 0.7879 0.6364 0.7285
N:D63G 0 0 0 0 0 0.0257 0 0 0 0.0106 0.0027 0.0233 0 0 0.0043
ORF1a:T1001I 0.8312 0.4040 0.9804 0.6217 0.8609 0.8566 0.8900 0.9630 0.9460 0.8101 0.9128 0.8837 0.7576 0.6364 0.7865
M:I82T 0.0130 0 0 0 0.0066 0.0515 0 0 0 0.0188 0.0027 0.0233 0.0303 0 0.0064
N:S235F 0.8312 0.4272 0.4314 0.5332 0.8609 0.8603 0.8849 0.7037 0.9229 0.7866 0.8883 0.8760 0.7879 0.6364 0.7682
S:F157- 0 0 0 0 0 0.0257 0 0 0 0.0117 0.0027 0.0233 0 0 0.0064
M:V66L 0.0130 0 0 0.0020 0.0199 0 0.0026 0 0.0026 0.0106 0.0272 0.1395 0 0 0.0322
N:D3L 0.8312 0.4139 0.4314 0.5352 0.8609 0.8676 0.8875 0.7407 0.9254 0.7890 0.8937 0.8837 0.7879 0.6364 0.7704
ORF14:Q46* 0 0.1060 0 0.0362 0 0.0037 0.0026 0 0.0051 0.0117 0 0 0 0 0.0172
ORF1b:A1392T 0 0 0 0 0.1921 0 0 0 0.0051 0.0094 0.0109 0.0078 0 0 0.0343
S:T95I 0 0.1026 0.0294 0.0020 0 0.0331 0.0077 0.0370 0.0103 0.0387 0.0109 0.0078 0 0 0.0107
ORF8:F120- 0 0 0 0 0 0.0257 0 0 0 0.0106 0.0027 0.0233 0 0 0.0064
ORF3a:Q38R 0 0.1060 0 0.0342 0 0.0037 0.0026 0 0.0051 0.0094 0 0 0 0 0.0161
31 Varianty SARS-CoV-2 v České republice
KRAJ JHČ JHM KVK HKK LBK MSK OLK PAK PLK PRAHA STR ULK VYS ZLK NEURČENO
ORF1b:H1213Y 0.1169 0.3675 0 0.2394 0.0464 0.0515 0.0205 0 0.0334 0.0973 0.0518 0.0233 0.1515 0.1818 0.1052
ORF1a:I2230T 0.8312 0.4106 0.9804 0.6217 0.8609 0.8640 0.8875 0.9630 0.9460 0.8089 0.9128 0.8837 0.7273 0.6364 0.7800
S:P681H 0.8312 0.4139 0.9804 0.6318 0.8013 0.8713 0.8900 1 0.9512 0.8159 0.9183 0.8605 0.7576 0.6364 0.7833
ORF1a:G3676- 0.8312 0.2649 0.9902 0.6258 0.9205 0.8787 0.9719 0.9630 0.9512 0.8312 0.9155 0.8992 0.7576 0.6364 0.7908
S:H69- 0.9610 0.7649 0.9804 0.8712 0.8477 0.9228 0.9105 0.9630 0.9794 0.9062 0.9673 0.8837 0.9697 0.8182 0.8873
ORF3a:S26L 0 0 0 0 0 0.0257 0 0 0 0.0164 0.0054 0.0233 0 0 0.0064
ORF1b:A1521S 0.1169 0.3510 0 0.2334 0.0464 0.0515 0.0205 0 0.0283 0.0973 0.0518 0.0233 0.1515 0.1818 0.1052
N:R203K 0.8442 0.4768 0.4314 0.5594 0.8808 0.8934 0.8900 0.7778 0.9280 0.8265 0.9101 0.9457 0.8485 0.6364 0.7940
N:R203M 0 0 0 0 0 0.0257 0 0 0 0.0141 0.0054 0.0233 0 0 0.0054
N:D377Y 0 0 0 0 0 0.0257 0 0 0 0.0164 0.0054 0.0465 0 0 0.0064
ORF1a:S528L 0.1688 0 0 0 0 0 0 0.0370 0.0360 0.0035 0 0.0155 0 0 0.0268
N:P199L 0 0.1060 0 0.0342 0 0.0037 0.0026 0 0.0051 0.0117 0 0 0 0 0.0172
S:Y144- 0.8442 0.4305 0.9804 0.6237 0.8079 0.8713 0.8900 0.9630 0.9512 0.8148 0.9101 0.8527 0.7576 0.6364 0.7768
N:G204P 0.7403 0.3907 0.4216 0.5292 0.8079 0.7831 0.8440 0.7037 0.8895 0.7644 0.8583 0.8682 0.7879 0.5455 0.7242
ORF8:D119- 0 0 0 0 0 0.0257 0 0 0 0.0106 0.0027 0.0233 0 0 0.0064
ORF8:K68* 0.7532 0.3974 0.9314 0.6197 0.8079 0.7831 0.8338 0.7778 0.9152 0.7515 0.8747 0.8527 0.7879 0.6364 0.7457
Ostatní 3 5 2 3 5 4 5 2 3 3 3 3 4 5 4
Počet vzorků 77 302 102 497 151 272 391 27 389 853 367 129 33 11 932
32 Varianty SARS-CoV-2 v České republice
19. Přehled proteinových mutací na celogenomové úrovni - časová řada
Tab. 8: Relativní zastoupení aminokyselinových mutací v posledních třech kalendářních týdnech tohoto roku. Mutace jsou porovnávány s referenčním izolátem wuhanské varianty SARS-
CoV-2 (ref.č. NC_045512.2 o délce 29 903 bp). Grafický přehled zahrnuje frekvence aminokyselinových substitucí, které se v jednom týdnu vyskytovaly ve více jak 10% a zároveň jsou
z daného týdne dostupné alespoň tři izoláty obsahující tuto mutaci. Počet vzorků dostupných z daného týdne je uveden v posledním řádku.
Mutace jsou uvedeny ve formátu <protein>:<aminokyselina v referenční sekvenci><pozice v proteinu><aminokyselina v mutované sekvenci>.
TÝDEN 2020_53 2021_01 2021_02 2021_03 2021_04 2021_05 2021_06 2021_07 2021_08 2021_09 2021_10 2021_11 2021_12 2021_13 2021_14 2021_15 2021_16 2021_17 2021_18 2021_19 2021_20 2021_21 2021_22 NEURČENO
ORF1a:P2110L 0 0 0 0 0 0.0292 0.0028 0 0.0071 0.0044 0.0137 0.0037 0 0 0.0031 0 0 0.0031 0 0 0.1500 0 0 0
ORF1a:P2260S 0 0 0.1111 0 0 0 0 0.0039 0.0143 0.0044 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
ORF7a:T120I 0 0.0070 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0.0172 0.0217 0.0599 0.0252 0 0 0 0
ORF8:Q27* 0 0.3972 0.4722 0.6667 0.4429 0.8474 0.8678 0.6732 0.7571 0.7434 0.8014 0.8339 0.9078 0.9632 0.9630 0.7662 0.8682 0.9288 0.8323 0.9412 0.9000 1 1 0.6228
ORF1a:F3677- 0 0.3624 0.4167 0.6500 0.4286 0.8442 0.8264 0.6732 0.7464 0.7566 0.8459 0.8598 0.7872 0.9632 0.9784 0.7825 0.9312 0.9598 0.8802 0.9496 0.9500 1 1 0.6667
S:N501Y 0 0.3728 0.4722 0.6667 0.4286 0.8442 0.8678 0.6890 0.7500 0.7611 0.8253 0.8561 0.9220 0.9526 0.8796 0.7532 0.9398 0.9381 0.8683 0.9328 0.9500 1 1 0.3070
ORF1b:R2613H 0 0 0 0 0 0.0032 0 0 0 0 0 0.0074 0 0.0053 0.0062 0 0 0.0062 0 0 0.1500 0 0 0
S:D215H 0 0 0 0 0 0 0 0 0.0036 0 0 0.0037 0 0.0105 0.0216 0.0097 0 0.0031 0.0299 0.0168 0 0.2143 0 0
ORF1b:P1000L 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0.0172 0.0155 0.0778 0.0252 0.0500 0 0 0
ORF1a:I2501T 0.7000 0.3728 0.3611 0.2167 0.3714 0.1104 0.0689 0.2087 0.1821 0.1814 0.1164 0.0849 0.0496 0.0263 0.0031 0.1071 0.0143 0 0.0060 0 0 0 0 0.1140
ORF1a:T1542I 0 0 0.1111 0 0 0 0 0 0.0036 0 0 0 0 0.0053 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
S:T19R 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0.0172 0.0155 0.0719 0.0252 0 0 0 0
S:T478K 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0.0258 0.0186 0.0719 0.0252 0 0 0 0
S:E156- 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0.0172 0.0155 0.0719 0.0252 0.0500 0 0 0
ORF7a:Y75H 0 0.0139 0 0.0167 0 0.0065 0.0275 0.0039 0.0321 0.0044 0.0137 0.0148 0.0355 0.0211 0.0185 0.0162 0.0344 0.0124 0.0299 0.0336 0.1500 0 0 0.0175
S:N439K 0.7000 0.3693 0.3611 0.2167 0.3714 0.1104 0.0689 0.2047 0.1857 0.1814 0.1164 0.0812 0.0496 0.0316 0.0031 0.1071 0.0143 0 0.0060 0 0 0 0 0.1228
S:S982A 0 0.3728 0.4444 0.6667 0.4286 0.8474 0.8705 0.6654 0.7464 0.7389 0.7705 0.8229 0.9078 0.9474 0.9630 0.7630 0.8739 0.9412 0.8443 0.9580 0.8500 1 1 0.6228
ORF1b:P314L 1 0.9965 1 1 1 1 1 0.9921 0.9893 0.9823 0.9966 0.9889 1 0.9842 0.9352 0.9935 0.9799 0.9474 0.9940 0.9832 0.9500 1 1 0.7018
ORF1b:G662S 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0.0201 0.0155 0.0719 0.0252 0 0 0 0
ORF1b:V711I 0.7000 0.3659 0.3611 0.2167 0.3714 0.1104 0.0661 0.1969 0.1786 0.1681 0.1130 0.0812 0.0496 0.0263 0.0031 0.1071 0.0143 0 0.0060 0 0 0 0 0.1053
ORF8:Y73C 0 0.3798 0.4722 0.6667 0.4429 0.8442 0.8650 0.6693 0.7536 0.7345 0.8014 0.8339 0.9078 0.9579 0.9630 0.7630 0.8653 0.9319 0.8323 0.9412 0.9000 1 1 0.6228
S:D950N 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0.0172 0.0155 0.0719 0.0252 0 0 0 0
ORF1a:A1708D 0 0.3693 0.4444 0.6667 0.4286 0.8442 0.8705 0.6654 0.7464 0.7345 0.7945 0.8413 0.8936 0.9579 0.9630 0.7630 0.8739 0.9443 0.8503 0.9496 0.9000 1 1 0.6667
ORF7a:V82A 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0.0031 0.0032 0.0201 0.0031 0.0539 0.0252 0 0 0 0
ORF1a:M4241I 0.7000 0.3693 0.3611 0.2167 0.3714 0.1071 0.0661 0.1969 0.1786 0.1726 0.1130 0.0812 0.0496 0.0263 0.0031 0.1071 0.0143 0 0.0060 0 0 0 0 0.1140
S:D614G 1 0.9965 1 1 1 1 0.9890 0.9921 1 1 0.9692 0.9779 1 0.9842 0.9969 0.9935 0.9971 0.9907 0.9940 1 1 1 1 0.9474
S:A570D 0 0.3693 0.4444 0.6667 0.4286 0.8474 0.8705 0.6654 0.7500 0.7389 0.7705 0.8229 0.9078 0.9474 0.8086 0.7630 0.8768 0.9412 0.8443 0.9580 0.8500 1 1 0.4912
33 Varianty SARS-CoV-2 v České republice
TÝDEN 2020_53 2021_01 2021_02 2021_03 2021_04 2021_05 2021_06 2021_07 2021_08 2021_09 2021_10 2021_11 2021_12 2021_13 2021_14 2021_15 2021_16 2021_17 2021_18 2021_19 2021_20 2021_21 2021_22 NEURČENO
ORF14:G50N 0.1000 0.4599 0.5556 0.7167 0.4714 0.8409 0.8540 0.6890 0.7714 0.7522 0.8082 0.8524 0.9149 0.9632 0.9722 0.8279 0.8911 0.9783 0.9102 0.9580 0.9000 1 1 0.7368
S:L452R 0 0.0035 0 0 0 0 0 0.0039 0.0036 0 0 0 0 0 0.0031 0.0032 0.0229 0.0248 0.1078 0.0420 0 0 0 0
ORF14:E51Q 0 0.3693 0.4722 0.6500 0.4286 0.7630 0.8209 0.6102 0.7286 0.6947 0.7774 0.8155 0.8794 0.9211 0.9290 0.7305 0.8109 0.8885 0.8323 0.8992 0.8000 1 1 0.6316
ORF1a:K2085- 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0.1500 0 0 0
N:G204R 0.1000 0.0801 0.0833 0.0667 0.0429 0.0779 0.0248 0.0354 0.0321 0.0442 0.0308 0.0369 0.0355 0.0368 0.0432 0.1006 0.0802 0.0898 0.0778 0.0588 0.1500 0 0 0.1053
S:D1118H 0 0.3728 0.4444 0.6667 0.4286 0.8474 0.8705 0.6693 0.7500 0.7389 0.7705 0.8229 0.9149 0.9474 0.9630 0.7695 0.8768 0.9412 0.8443 0.9580 0.9000 1 1 0.6316
S:T716I 0 0.3693 0.4444 0.6667 0.4286 0.8474 0.8678 0.6654 0.7464 0.7389 0.7705 0.8229 0.9078 0.9474 0.9630 0.7630 0.8739 0.9412 0.8443 0.9580 0.9000 1 1 0.6228
S:P681R 0 0 0 0 0 0 0 0 0.0036 0 0 0 0 0 0.0031 0.0032 0.0201 0.0155 0.0778 0.0252 0 0 0 0
S:V70- 0.7000 0.7526 0.8056 0.8833 0.8000 0.9578 0.9366 0.8583 0.9321 0.9115 0.8801 0.8967 0.9645 0.9789 0.9660 0.8799 0.8854 0.9443 0.8563 0.9748 0.9000 1 1 0.7632
ORF8:R52I 0 0.3937 0.4444 0.6667 0.4286 0.8377 0.8623 0.6654 0.7393 0.7345 0.7945 0.8339 0.9078 0.9632 0.9506 0.7662 0.8682 0.8297 0.8144 0.9412 0.9000 1 1 0.5439
ORF1a:I2086- 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0.1500 0 0 0
N:D63G 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0.0172 0.0093 0.0719 0.0252 0 0 0 0
M:L34F 0 0 0 0 0 0.0065 0 0 0 0 0 0.0074 0 0.0211 0.0031 0 0 0.0124 0 0.0084 0.1500 0 0 0.0088
ORF1a:T1001I 0 0.3693 0.4444 0.6667 0.4286 0.8506 0.8733 0.6654 0.7464 0.7301 0.7945 0.8413 0.8936 0.9579 0.9630 0.7662 0.8711 0.9474 0.8503 0.9496 0.8500 1 1 0.6667
M:I82T 0 0.0035 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0.0031 0.0130 0.0172 0.0279 0.0958 0.0420 0.0500 0 0 0
S:T208M 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0.0084 0 0.2143 0 0
N:S235F 0 0.3693 0.4722 0.6500 0.4143 0.7468 0.6529 0.5551 0.7357 0.7257 0.7979 0.8339 0.8936 0.9211 0.9599 0.7597 0.8653 0.9474 0.8443 0.9580 0.9000 1 1 0.6579
ORF1a:E3764D 0.2000 0.0592 0.2222 0.0167 0.0286 0.0130 0.0083 0.0512 0.0643 0.0354 0.0103 0.0185 0.0142 0 0 0.0130 0.0029 0 0 0 0 0 0 0.0439
S:F157- 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0.0172 0.0155 0.0719 0.0252 0.0500 0 0 0
ORF1a:A541V 0 0.0070 0 0 0 0.0162 0.0028 0 0.0036 0.0044 0.0103 0 0 0.0053 0 0.0097 0.0029 0.0155 0.0060 0.1681 0.0500 0 0 0
N:D3L 0 0.3728 0.5000 0.6500 0.4143 0.7500 0.6556 0.5512 0.7357 0.7257 0.8014 0.8376 0.8936 0.9211 0.9630 0.7662 0.8711 0.9443 0.8443 0.9580 0.9000 1 1 0.6754
ORF8:F120- 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0.0172 0.0155 0.0719 0.0252 0 0 0 0
ORF1a:T2087- 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0.1500 0 0 0
ORF1b:H1213Y 0.7000 0.3693 0.3611 0.2167 0.3714 0.1104 0.0689 0.2087 0.1821 0.1770 0.1164 0.0849 0.0496 0.0263 0.0031 0.1071 0.0143 0 0.0060 0 0 0 0 0.1053
ORF1a:I2230T 0 0.3728 0.4444 0.6667 0.4286 0.8474 0.8705 0.6693 0.7464 0.7389 0.7911 0.8413 0.8936 0.9526 0.9630 0.7597 0.8682 0.9443 0.8443 0.9412 0.8500 1 1 0.6667
S:P681H 0 0.3728 0.4722 0.6667 0.4286 0.8571 0.8788 0.6693 0.7500 0.7389 0.7671 0.8229 0.9149 0.9474 0.9660 0.7857 0.8825 0.9412 0.8503 0.9580 0.9000 1 1 0.6491
ORF1a:G3676- 0 0.3624 0.4167 0.6500 0.4286 0.8442 0.8264 0.6732 0.7464 0.7566 0.8459 0.8598 0.7872 0.9632 0.9784 0.7825 0.9341 0.9598 0.8802 0.9496 0.9500 1 1 0.6667
S:H69- 0.7000 0.7526 0.8056 0.8833 0.8000 0.9578 0.9366 0.8583 0.9321 0.9115 0.8801 0.8967 0.9645 0.9789 0.9691 0.8799 0.8883 0.9474 0.8563 0.9748 0.9000 1 1 0.7719
ORF3a:S26L 0 0 0 0 0 0.0032 0 0.0039 0 0 0 0 0 0 0.0031 0.0032 0.0201 0.0155 0.0778 0.0252 0 0 0 0
ORF1b:T1064I 0 0.0070 0.1111 0 0.0286 0 0 0.0039 0.0036 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0.0060 0 0 0 0 0
ORF1b:A1521S 0.7000 0.3624 0.3611 0.2167 0.3714 0.1104 0.0661 0.1969 0.1786 0.1681 0.1130 0.0812 0.0496 0.0263 0.0031 0.1071 0.0143 0 0.0060 0 0 0 0 0.1053
N:R203K 0.1000 0.4530 0.5556 0.7000 0.4429 0.7662 0.6639 0.5748 0.7536 0.7478 0.8082 0.8524 0.9007 0.9211 0.9722 0.8214 0.8883 0.9783 0.9042 0.9580 0.9000 1 1 0.7193
N:R203M 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0.0031 0.0032 0.0201 0.0124 0.0778 0.0252 0 0 0 0
N:D377Y 0 0 0 0 0 0 0 0 0.0036 0.0044 0 0 0 0 0.0031 0.0032 0.0201 0.0248 0.0778 0.0252 0 0 0 0
ORF3a:A143S 0 0 0.1111 0 0 0 0 0.0039 0.0107 0.0044 0 0 0 0 0 0.0032 0 0 0 0 0 0 0 0
34 Varianty SARS-CoV-2 v České republice
TÝDEN 2020_53 2021_01 2021_02 2021_03 2021_04 2021_05 2021_06 2021_07 2021_08 2021_09 2021_10 2021_11 2021_12 2021_13 2021_14 2021_15 2021_16 2021_17 2021_18 2021_19 2021_20 2021_21 2021_22 NEURČENO
S:Y144- 0 0.3659 0.4444 0.6833 0.4286 0.8474 0.8733 0.6732 0.7536 0.7389 0.7705 0.8229 0.9220 0.9474 0.9691 0.7695 0.8739 0.9381 0.8443 0.9748 0.9000 1 1 0.6404
ORF3a:S216P 0.3000 0.0174 0.0278 0.0167 0.0286 0.0195 0.0055 0.0118 0.0107 0.0310 0.0068 0.0037 0 0 0 0.0032 0 0 0 0 0 0 0 0.0175
N:G204P 0 0.3659 0.4722 0.6333 0.4000 0.6883 0.6391 0.5276 0.7107 0.6903 0.7774 0.8155 0.8582 0.8789 0.9290 0.7240 0.8052 0.8885 0.8263 0.8992 0.8000 1 1 0.6140
ORF8:D119- 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0.0172 0.0155 0.0719 0.0252 0 0 0 0
ORF8:K68* 0 0.3833 0.4722 0.6333 0.4429 0.7825 0.8292 0.6220 0.7036 0.6681 0.7363 0.8229 0.8652 0.9368 0.9321 0.7208 0.8195 0.8700 0.8144 0.9076 0.8000 1 1 0.5965
Ostatní 5 5 4 2 5 2 2 4 4 4 5 3 3 5 3 4 5 4 5 4 5 3 2 5
Počet vzorků 10 287 36 60 70 308 363 254 280 226 292 271 141 190 324 308 349 323 167 119 20 14 3 114
35 Varianty SARS-CoV-2 v České republice
top related