virüslerin sınıflandırılması ve tanım yöntemleri

Virüslerin Sınıflandırılması Virüslerin Sınıflandırılması ve Tanım Yöntemlerive Tanım Yöntemleri

Dr. Erdal PolatDr. Erdal Polat

ViryonViryon

• Viryon: Hücre dışındaki olgun virüs veya başka hücreleri infeksiyona uğratabilen virüsdür

VirüslerVirüsler

• Virüsler çok küçük canlılar olduklarından Virüsler çok küçük canlılar olduklarından ışık mikroskobuyla görülmezlerışık mikroskobuyla görülmezler

• Poxvirus ve Herpesvirus gibi büyük virüslerPoxvirus ve Herpesvirus gibi büyük virüsler

• Giemsa Giemsa

• Viktorya mavisi ile boyandığında ışık Viktorya mavisi ile boyandığında ışık mikroskobuyla görülebilirler, ancak yapıları mikroskobuyla görülebilirler, ancak yapıları ışık mikroskobuyla aydınlatılamazışık mikroskobuyla aydınlatılamaz

Virüslerin (viryon) EM yapısıVirüslerin (viryon) EM yapısı • DNA veya RNADNA veya RNA• Tek veya çift telli çekirdek asidiTek veya çift telli çekirdek asidi• Çekirdek asidi çeviren kapsid denen protein Çekirdek asidi çeviren kapsid denen protein tabakası tabakası • Bazı virüslerde dışta lipitten zengin bir zar Bazı virüslerde dışta lipitten zengin bir zar vardır. Bu zarlı virüsler genellikle etere vardır. Bu zarlı virüsler genellikle etere duyarlıdırlarduyarlıdırlar• Zarın üzerindeki glikoproteinden oluşan Zarın üzerindeki glikoproteinden oluşan çıkıntılar peplomer olarak adlandırılırçıkıntılar peplomer olarak adlandırılır

Virüslerin (viryon) EM yapısı Virüslerin (viryon) EM yapısı

Virüslerin (viryon) EM yapısı Virüslerin (viryon) EM yapısı

Virüslerin sınıflandırılmasıVirüslerin sınıflandırılması

• Virüslerin sınıflandırılmasında;

•

• Virüsün büyüklüğü

• Morfolojisi

• Simetrisi

• Kapsidin simetrisi

Virüslerin büyüklüğüVirüslerin büyüklüğü

• Elektron mikroskobu

• Kollodyon zarlarından süzerek (por çapı bilinen)

• Ultrasantrifüj’de çöktürme ile

Virüsün (viryon) şekilleriVirüsün (viryon) şekilleri

• Toparlak

• İnce uzun

• Tuğla

• Mermi

Şeklinde olanları vardır

Virüsün (viryon) şekilleriVirüsün (viryon) şekilleri

Virüsler kapsid simetrisine göre Virüsler kapsid simetrisine göre

• Kübik şekilli

• Yirmi yüzlü (kapsomer ve protomerlerden yapılı çıkıntılar daha belirgindir)

• Sarmal (kapsid ve çekirdek asidinden oluşan nükleokapsid şeritler, helezon yaparlar)

• Karışık simetrili olarak ayrılırlar

Virüsün (viryon) şekilleriVirüsün (viryon) şekilleri

Virüslerin sınıflandırılmasıVirüslerin sınıflandırılması

• Fiziksel etkenlerin virüse etkisi

• Kimyasal maddeler karşı (etre) duyarlılığ

• İmmünoloji

• Yaptıkları patolojik ve histolojik değişiklikler

• Oluşturdukları hastalıklar

• Konak türü

Tütün Mozaik VirusTütün Mozaik Virus

Bakteriyofaj veya fajlarBakteriyofaj veya fajlar

Virüslerin sınıflandırılmasıVirüslerin sınıflandırılması

• Doğal taşınma yolları

• Solunum yolu virusları (RSV)

• Sindirim sistemi virusları (Rotavirus)

• Yerleştikleri organ ve doku hücrelerine göre

• MSS (Poliovirus)

• Karaciğer (HCV, HBV)

Virüslerin sınıflandırılmasıVirüslerin sınıflandırılması

• Virüslerin hürcedeki replikasyon durumuna göre BALTİMORE SINIFLAMASI

• 1971 yılında ortaya konmuştur

• Memeliler DNA ve RNA sentezini hücre çekirdeğinde yaparlar

• Buna karşı sitoplazmada replike olan virüsler kendi polimerazlarını yapmaları gerekir

Virüslerin sınıflandırılmasıVirüslerin sınıflandırılması

• Memelilerde RNA’yı kopya olarak kullanan RNA yada DNA sentezi yapabilen enzimi yoktur

• Oysa virüslerde bu enzimi vardır

• Reverse transkriptaz(RT) enzimi

• Bu enzimlerin hata düzeltme fonksiyonları yoktur bu nedenle sıklıkla yanlış nükleotid dizisine girer ve sık mutasyona neden olur

Virüslerin sınıflandırılmasıVirüslerin sınıflandırılması

• Pozitif yönelimli RNA virüslerinde viryon

içinde RNA’ya bağımlı RNA polimeraz (RbRP) yoktur

• Bu virüsler hücreye girdikten sonra genomlarını m-RNA olarak kullanarak RbRP enzimini sentezlerler

Virüslerin sınıflandırılmasıVirüslerin sınıflandırılması

• Negatif yönelimli RNA virüslerinde RbRP enzimi vardır

• Virus hücre içine girdikten sonra bu enzimle pozitif RNA (M RNA) sentezler

Virüslerin sınıflandırılmasıVirüslerin sınıflandırılması

• Pox virüslerin dışındaki DNA’lı virüsler hücre çekirdeğinde replike olurlar

• DNA virüslerinden DNA genomlarında 5 - 3 yönünde yazılan iplik

• m-RNA (T:U değişimi dışında) ile aynı diziye sahiptir

• Bu nedenle anlamlı yada pozitif yönelimli iplik olarak kabul edilir

Virüslerin sınıflandırılmasıVirüslerin sınıflandırılması

• RNA’lı virüslerin çoğu sitoplazmada replike olurlar

• ANCAK

• Retroviruslar

• Orthomiksoviruslar

• Bornaviruslar

• HDV

çekirdekte replike olurlar

Virüslerin sınıflandırılmasıVirüslerin sınıflandırılması

• Çekirdek asidi• DNA• RNA• Çekirdek asidi Tek veya çift telli Düz ve dairemsi Parçalı veya tek parça• Molekül ağırlığı

Virüsün (viryon) şekilleriVirüsün (viryon) şekilleri

RNA Genomlu virüslerRNA Genomlu virüsler

Bunyaviridae ve Arenaviridae Bunyaviridae ve Arenaviridae

Influenza virusInfluenza virus

Virüslerin sınıflandırılmasıVirüslerin sınıflandırılması

• I- Çift İplikli DNA Virüsleri

• Çekirdekte replike olanlar

• Hücresel DNA polimerazı kullanlar

• Adenovirideae

• Herpesvirideae

• Papovavirideae

Virüslerin sınıflandırılmasıVirüslerin sınıflandırılması

• I- Çift İplikli DNA Virüsleri

• Sitoplazmada replike olanlar

• Replikasyon ve transkripsiyon için tüm enzimlere sahiptir

• Poxvirus

Virüslerin sınıflandırılmasıVirüslerin sınıflandırılması

II-Tek İplikli DNA virüsler

• Çekirdekte replike olanlar

• Hücresel polimerazla çift iplik ara form DNA oluşur ve bu formdan hücresel RNA polimeraz translasyon oluşur

• Parvovirus B19

• TTV

• Sen V

Virüslerin sınıflandırılmasıVirüslerin sınıflandırılması

III- Çift iplikli RNA virüsler• Sitoplazmada replike olanlar

• Genomları segmentlidir

• RNA’ya bağımlı polimerazlar var

• Rotavirus

Virüslerin sınıflandırılmasıVirüslerin sınıflandırılması

IV-Tek iplikli, pozitif / RNA virüsleri

• Sitoplazmada replike olurlar

• Genomları m- RNA olarak görev yapar

• Transkripsiyon süreçlerine göre:

• Polisistronik m- RNA’ sı olanlar

• M- RNA poliproteindir

• Viral proteazlarca kesilirler

Virüslerin sınıflandırılmasıVirüslerin sınıflandırılması

• Yapısal ve yapısal olmayan

• Picarnoviridae, Flaviviridae

• Karmaşık transkripsiyonu olanlar

• İki aşamalı trankripsiyon

• İlk aşamada yapısal olmayan

• İkinci aşamada yapısal olan

• Togoviridae, Coronoviridae

Virüslerin sınıflandırılmasıVirüslerin sınıflandırılması

• V- Tek iplikli negatif polariteli • Negatif RNA kalıbından viryona ait RNA

polimerazdan pozitif RNA oluşur• Pozitif RNA, m-RNA görevi yürütür• Nukleusta replike olanlar• Orthomyxviruslar, Bornaviruslar• Sitoplazmada replike olanlar• Rhopdoviruslar, Paramyxoviruslar

Virüslerin sınıflandırılmasıVirüslerin sınıflandırılması• Genomlarının segmentli olup, olmamasına

göre

• I- Genomları segmentsiz olanlar• Bornaviridae• Paramyxoviridae• Rhapdoviridae• II- Genomları segmentli olanlar• İnfluenzae (7-8)• Kırım- Kongo HH (2)• Lassa Humması (3)

Virüslerin sınıflandırılmasıVirüslerin sınıflandırılması

• III- Segmentlerden en az biri pozitif yönelimli diğerleri negatif yönelimli olanlar

• AMBİSENSE

• Arenaviruslar

• Bunyaviruslar

Virüslerin sınıflandırılmasıVirüslerin sınıflandırılması

• VI- Tek iplikli (Diploid), RT taşıyan pozitif RNA virüsler

• Retrovirüsler• Replikasyon süreci iki dönemde olur• Erken dönem (sitoplazmada)• RT aktivitesi ile • (+) RNA’dan-(-) DNA• (-) DNA’dan- (+) DNA

Virüslerin sınıflandırılmasıVirüslerin sınıflandırılması

• Nukleus porunda geçiş

• Preintegrasyon komplwksi

• İki iplikli v - DNA oluşumu

• IN. (İntegraz)

• P17 (Matrix Pr)

• Wpr

Virüslerin sınıflandırılmasıVirüslerin sınıflandırılması

• Geç dönem (Nukleusda)

• Proviral DNA oluşumu

• Hücresel RNA polimeraz

• Transkripsiyon

• Viral genom ve proteinler (sitoplazma)

• Sitoplazma zarında olgunlaşma ve salınım

• Viral proteaz katkısıyla

Virüslerin sınıflandırılmasıVirüslerin sınıflandırılması

• VII- Kısmi çift iplikli DNA virüsleri• % 70 çift iplikli• % 30 tek iplikli• REPLİKASYON SÜRECİ• Sitoplazmada• Kapsidten ayrılan genom (rc DNA- kısmi

DNA)

Virüslerin sınıflandırılmasıVirüslerin sınıflandırılması

• Çkirdekte

• Viral enzimlerce kısa ipliği düzeltir

• Kovalen bağlarla bağlı, kapalı, sirküler DNA (ccc- DNA) oluşur

• Hücresel RNA polimeraz-II yardımıyla transkripsiyon

• 3.5 kb.lık pregenomik RNA (pg RNA)

• 2.4, 2.1 diğer subgenomik m-RNA

Virüslerin sınıflandırılmasıVirüslerin sınıflandırılması• Sitoplazma

• 3.5 Kb’lık pg RNA’dan

• Kapsid içinde

• RT ile

• (-) DNA (tam)

• (+) DNA (eksik)

• Diğer 2.4 ve 2.1 m RNA’dan

• Zarf proteinleri

• Viryon olgunlaşması

Virüslerin tanımıVirüslerin tanımı

• Viral infeksiyonların tanısı genellikle serolojik yöntemler ile konur

• Akut ve konvelesan dönem serumlarında titre artışı özgül IgM pozitifliği önemlidir

• Serolojik testlerde pozitif çıkan AİDS ve Hepatit C sonuçlarının konfirmasyonunun yapılmalıdır

• Moleküller yöntemler

Virüslerin tanımıVirüslerin tanımı

• Zorunlu hücre içi paraziti olduklarından, canlı hücreye gereksinim vardır.

• Virüslerin üretiminde

• Deney Hayvanları

• Embriyonlu Yumurta

• Hücre Kültürleri

Deney hayvanlarıDeney hayvanları• Her virüs deney hayvanlarında üretilemez

• En uygun hayvan maymunlardır, ancak bunun da kullanımı oldukça zordur

Deney hayvanlarıDeney hayvanları

• En sık kullanılan deney hayvanları farelerdir

• Periton ve intratekal inokülasyon yapılır

• HSV-I

• Kuduz

• Rubella üretilebilir

Embriyonlu yumurtaEmbriyonlu yumurta

• Embriyonun • Sarı keseye

6-7. günü (Kuduz, Togavirus)• Amniotik keseye

8-9. günü (Kabakulak)• Kariyoallontik keseye

9-11. günü(Influenzae)• Koriyoallontoik zara

11-13.günü(HSV-1, 2, Variola (çiçek))

Hücre kültürüHücre kültürü

• Günümüzde en sık kullanılan hücre kültürüdür

• Tavşan ve maymun böbreği• Fare kas dokusu• İnsan embriyonu• Akciğer• Böbrek• Karsinoma dokuları