zb med informationszentrum lebens- wissenschaften...16. märz 2017 zentrales servicezentrum für...
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Seite
ZB MED – Informationszentrum Lebens-
wissenschaftenPublikation von Forschungsdaten in den Lebens-
wissenschaften –Fachrepositorium Lebenswissenschaften
SeiteSeiteBirte Lindstädt – ZB MED – Forschungsdatenmanagement
ZB MED – Informationszentrum Lebenswissenschaften
16. März 2017
Zentrales Servicezentrum für Fachinformationen und
Forschungsunterstützung in den Lebenswissenschaften
(Deutsche Zentralbibliothek für Medizin, Gesundheit, Umwelt,
Ernährung und Agrar)
seit 1.1.2014 Stiftung des öffentlichen Rechts
weltweit größte Bibliothek der Fächerkombination Medizin,
Gesundheit, Ernährungs-, Umwelt- und Agrarwissenschaften
wichtige Arbeitsgebiete sind der Einsatz für
Open Access und Open Data
angewandte Forschung u.a. zur Verbesserung
der ZB MED-Services
2
SeiteSeiteBirte Lindstädt – ZB MED – Forschungsdatenmanagement
Ziele und Strategien des Forschungsdatenmanagement
Aufzeigen bereits vorhandener Infrastrukturen
Identifizierung von Lücken
„Long tail“ der Forschungsdaten
Aufbau eigener Publikationsinfrastrukturen in Kooperation mit
lebenswissenschaftlichen Fachcommunities
Nachweis von lebenswissenschaftlichen Forschungsdaten im
Suchportal LIVIVO
316. März 2017
SeiteSeiteBirte Lindstädt – ZB MED – Forschungsdatenmanagement 16. März 2017 4
ZB MED und Forschungsdaten: eine Einordnung
12. März 201524. Februar 201524. Februar 2015
Beraten Publizieren Vernetzen
• FAQs
• persönliche Beratung
• Workshops mit
unterschiedlichen
Zielgruppen
• Vorträge
• Tutorials
PUBLISSOPUBLIKATIONSPORTAL LEBENSWISSENSCHAFTEN
• DOI-Service
• Lebenswissenschaft-
liche Forschungs-
datenrepositorien
(Recherche)
• Publikationsinfra-
struktur
• DINI/nestor AG
Forschungsdaten
• Vorträge auf
lebenswissenschaft-
lichen und
bibliothekarischen
Tagungen
• AK Forschungsdaten
der Leibniz-
Gemeinschaft
Angewandte Forschung
4
SeiteSeiteBirte Lindstädt – ZB MED – Forschungsdatenmanagement
Was sind Forschungsdaten in den
Lebenswissenschaften?
511. März 2017
Inhalt der Daten
Patienten-/personenbezogene Daten, z.B
– Bilddaten aus bildgebenden Verfahren (z.B. MRT),
– Sensordaten aus Biosignal- oder Vitalparametermessung (z.B. EKG, EEG),
– Biomaterialdaten aus Laboruntersuchungen (z.B. Blutproben, Genom-
Daten),
– Befunddaten aus ärztlichen Diagnostik (z.B. Anamnese)
Daten aus Grundlagenforschung, z.B.
– Genom-Sequenzierungsdaten (Mensch, Tier, Pflanze)
– Proteindaten
Messwerte (Boden, Wetter, Emissionen, Blutwerte)
SeiteSeiteBirte Lindstädt – ZB MED – Forschungsdatenmanagement
Was sind Forschungsdaten in den
Lebenswissenschaften?
Art der Daten:
Bilder (z.B. MRT, Satellitenaufnahmen),
Videos (z.B. Operationsfilme, Interviews),
statistische Daten,
sog. Big Data (z.B. genomische Sequenzen, Daten von Landmaschinen),
geräteabhängige Daten (z.B. Röntgengerät, Emissionsmessgerät)
Metadaten, z.B. zu klinischen Studien
Klassifikationen und Codes zu Krankheiten oder Materialien (z.B. International
Statistical Classification of Diseases and Related Health Problems (ICD)),
Ontologien, Thesauri
Datenmodelle, Methodenbeschreibungen, Softwaretools
616. März 2017
SeiteSeiteBirte Lindstädt – ZB MED – Forschungsdatenmanagement
Herausforderungen des Forschungsdatenmangements in
der Medizin
Schutz persönlicher Interessen (Personenbezug von Phänotypdaten, *omics-
Daten, Biomaterial) / Pflicht zur Anonymisierung
Gesetzliche Aufbewahrungsfristen (minimal und maximal)
Rechtlicher Rahmen: Geflecht aus MBO-Ä (ärztliche Schweigepflicht), Bundes-/
Landesdatenschutzgesetz, Gesetz zur wirtschaftlichen Sicherung der
Krankenhäuser und zur Regelung der Krankenhauspflegesätze
Urheberrecht
Ethische Aspekte bzgl. Erhebung und Nutzung
Komplexes Regelwerk bzgl. klinischer Studien („Gute klinische Praxis“)
Schutz kommerzieller Interessen (Innovationsschutz)
proprietäre Formate
„Big Data“, z.B. Genomdaten (5V's: volume, variety, velocity, veracity and value)
7
Quelle: Frank Meinecke (2016): Forschungsdatenmanagement und Open Data: http://www.publisso.de/fileadmin/user_upload/PUBLISSO/Praesentationen/Vortrag-FDM-
Meineke_Herausgebertreffen2015.pdf.
16. März 2017
SeiteSeite
Publikationswege für Forschungsdaten
Generisches/institutionelles (Forschungsdaten-) Repositorium
Zusammen mit Volltext/Journalartikel / supplementary material
Data paper in einem data journal
Fachliches (Forschungsdaten-) Repositorium
817. Mai 2017
SeiteSeiteBirte Lindstädt – ZB MED – Forschungsdatenmanagement
Generisches/institutionelles Repositorium
917. Mai 2017
SeiteSeiteBirte Lindstädt – ZB MED – Forschungsdatenmanagement
Generisches/institutionelles Repositorium
1017. Mai 2017
SeiteSeiteBirte Lindstädt – ZB MED – Forschungsdatenmanagement
Publikation von zugrundeliegenden Daten über DRYAD
16. März 2017 11
Forschungsdaten
– zugrundeliegende
Daten zu einem GMS-
Zeitschriftenartikel
über Dryad
– Kostenübernahme
durch ZB MED
SeiteSeiteBirte Lindstädt – ZB MED – Forschungsdatenmanagement 16. März 2017 12
Living Books
4 laufende Buchprojekte
Nächster Schritt: Ausbau der Plattform
für Zeitschriften und Kongresse
DFG gefördert
SeiteSeite
Multimediaeinbindung
Index der Videos, Tabellen etc.
Abspielen von multimedialen Inhalten im TextAbgestufte
Gliederung (4)
Versionierung
CC-Lizenz
16. März 2015Ursula Arning – ZB MED - Infrastrukturmaßnahme: wissenschaftliches Publizieren, DVMD-Fachtagung 13
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Data Journal
14
http://openhealthdata.metajnl.com/
17. Mai 2017
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Data Journal
1517. Mai 2017
https://www.journals.elsevier.com/genomics-data/
SeiteSeiteBirte Lindstädt – ZB MED – Forschungsdatenmanagement
Fachliche (Forschungsdaten-) Repositorien
1617. Mai 2017
SeiteSeiteBirte Lindstädt – ZB MED – Forschungsdatenmanagement
Fachliche (Forschungsdaten-) Repositorien
1717. Mai 2017
Fachrepositorium
Lebenswissenschaften von
ZB MED
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Fachrepositorium Lebenswissenschaften
in PUBLISSO – Open-Access-Publikationsportal
18
PUBLISSO-Publikationsangebote
ZeitschriftenBücher
ForschungsdatenKongresse
Erstpublikationen Fachrepositorium Lebenswissenschaften
GO
LD
GR
ÜN
- basierend auf DRUPAL (open source)
- Software wird der Community zur Verfügung gestellt
- basierend auf Fedora
(open source)
- in Kooperation mit dem
Hochschulbibliotheks-
zentrum NRW (hbz)
alle lebenswissenschaftliche
Fächer
16. März 2017
SeiteSeiteBirte Lindstädt – ZB MED – Forschungsdatenmanagement
Fachrepositorium Lebenswissenschaften
Wohin geht die Entwicklung?
19
Ausgangspunkt
„ElliNet“ (Erfassung im Verbundkatalog)
Neukonzeption
Hochschulschriftenserver
Graue Literatur
Monographien
Softwareumstellung
(Unselbstständige) Publikationsarten
Institutionelle Sicht
Kongressbeiträge
Zeitschriftenartikel
(Buch) Kapitel
Forschungsdaten
Neue Medientypen
(direkt im Repository erfasst)
16. März 2017
SeiteSeiteBirte Lindstädt – ZB MED – Forschungsdatenmanagement
Schritte beim Ausbau des Fachrepositoriums
Lebenswissenschaften
1. Entwicklung eines Metadatenschemas
(„Erfassungsmaske“)
2. technische Implementierung der
Erfassungsmaske
3. Erprobung durch Publikation realer
Forschungsdaten
16. März 2017 20
abgeschlossen
weitgehend abgeschlossen
Kontakte zu Kooperationspartnern
SeiteSeiteBirte Lindstädt – ZB MED – Forschungsdatenmanagement 21
Publikation von
Forschungsdaten im
Fachrepositorium
Ziele
Sicherstellung der Nachnutzbarkeit der
Forschungsdaten
Publikation singulärer Forschungsdaten
(„raw research data“) sowie von
Forschungsdaten, die mit einem
Volltext verknüpft sind („enhanced
publication)
Lizenzierung der Daten im Sinne von
Open Data, also der Möglichkeit zur
Nachnutzung
dauerhafte Archivierung von
Forschungsdaten aus den
Lebenswissenschaften (geplant)
16. März 2017
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Metadatenschema Fachrepositorium – Pflichtfelder
16. März 2017 22
Metadatum
(übergeordneter Begriff)Feldname Feldname (untergeordnet)
Titel Titel
Urheberschaft Autor*in (Linked Data: Gemeinsame Normdatei
GND)
Nachname
Vorname
ORCID (optional)
Affiliation (optional)
Körperschaft (wenn kein Autor vorhanden)
Dateiupload Hochzuladende Datei
Format (xls, jpeg, etc.)
Medientyp (Bild, Video, Software, etc.)
Größe
Zugriffsrechte (open access, Embargo) Embargofristende
Copyrightjahr
Lizenz Empfehlung: Open Data Commons
Open Database Licence (ODbL)
DOI Neu
Vorhanden
Zuletzt hochgeladen
Erschließung Abstract / Hinweise zur Nutzung Sprache
Fachgruppenzuordnung (Medizin, Umwelt,
Agrar, Ernährung, interdisziplinär)
DDC-Klassifikation (lebenswiss. Fachgruppen)
Sprache (dt.,engl., frz., span., ital.)
SeiteSeiteBirte Lindstädt – ZB MED – Forschungsdatenmanagement
Metadatenschema Fachrepositorium – optionale Felder
16. März 2017 23
Metadatum
(übergeordneter Begriff)Feldname Feldname (untergeordnet)
Beteiligte Beteiligte Personen (Linked Data:
Gemeinsame Normdatei GND)
ORCID
Affiliation
Förderer Förder-ID
Erfassung Schlagworte (GND, AGROVOC) Sprache
Datenerhebungsform (z.B. Probe,
Interview, Genomsequenzierung)
Erhebungszeit Zeitpunkt
Zeitraum
Erfassungsort Koordinaten (Point)
Koordinaten (Box)
Externe Referenzen Verwendete Publikationen
Zugehörige Publikationen
Versionen Vorgänger
Nachfolger
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„Enhanced Publication“ – Dateihierarchie
24
„Kind-Objekt“
16. März 2017
SeiteSeiteBirte Lindstädt – ZB MED – Forschungsdatenmanagement
Viewer für Bilder und Videos
16. März 2017 25
High-resolution zoomable images(Basis: OpenSeadragon)
SeiteSeite
LIVIVO - Struktur
16. März 2017 26
Knowledge Environment / Base
Semantische Suche unter Nutzung
von Fachthesauri (MeSH,
AGROVOC, UMTHES)
Einbindung PUBLISSO und weiterer
Forschungsdatenrepositorien
(DataCite)
SeiteSeiteBirte Lindstädt – ZB MED – Forschungsdatenmanagement
Indexierung von Forschungsdaten in LIVIVO
16. März 2017 27
SeiteSeite
Danke! Fragen?
Birte Lindstädt
Open-Access-Publizieren und
-Beraten
Forschungsdatenmanagement
Gleueler Straße 60
50931 Köln
lindstaedt@zbmed.de
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