VITEK 2 ja anaeroobide diagnostika

Katrin Eimra

VITEK® 2 Compact Süsteem

� VITEK 2 Compact� Densichek (Susp. tihedus)

� Kaartide kassetid� Arvuti� Printer

TTöööökkääikik

TTöööökkääik ik Esimene etapp

• Bakteri suspensiooni tegemine (Densichek)

• Kõigi kaardide puhul kasutataks suspensiooni tegemis eks:

1. Steriilset füsioloogilist lahust

2. Sama suspensiooni tihedust (va. YST ja ANC)

TTöööökkääik ik Teine etapp

Triipkoodide lugemine = jälgitavus

TTöööökkääik ik Kolmas etapp

• Asetada kassettvaakumkambrisse;

• Kaartide täitmine võtab AINULT 70 sek.

Asetatakse kassett laadimiskambrisse

Kaartide automaatne paigutamine inkubaatorisse-lugejasse

Kaartide automaatne sulgemine

TTöööökkääik ik Neljas etapp

Karusell � Karussell keerleb ja iga testkaartliigub 15 minutigalugemispositisoonile.

� Lugemispeas liigub testkaart läbioptikasüsteemi ja seejärelkarussellile tagasi, kus jätkub kaartiinkubeerimine järgmiselugemistsüklini.

� Kui lugemistsüklid on lõpetatud, lükkab aparaat kaardid kasutatudkaartide kogumiskarpi.

Analüüsi lõpp

� Kaartide automaatne eemaldamine

Testkaart

APIAPI

Testkaart

Jälgitavustriipkood: kaardi tüüp, Lotnr. ja aegumiskuupäev

TurvalisusHermetiliselt suletud kaart: puudub reagentide lisamine

Kvaliteet64 pesaMIK

NutikasVäike ja kerge nagu krediitkaart

Suspensiooni transpordi kõrs

Kile

Identifitseerimise kaardid• VITEK 2 GN (Ref 21341) – Gram negatiivsete bakterite s amastamiseks

– 159 liiki 3 kuni 10 tunniga (kineetiline)

– Ainult 1 kaart fermenteerivate ja mittefermenteerivate jaoks

• VITEK 2 GP (Ref 21342) – Gram positiivsete kokkide sama stamiseks

– 123 liiki 3 kuni 8 tunniga (kineetiline)

• VITEK 2 YST (Ref 21343) – Seente samastamiseks

– 52 liiki 18 tunniga (lõppunkt)

• VITEK 2 NH (Ref. 21346) – Neisseria ja Haemophilus samastamiseks

– 37 liiki 6 tunniga (lõppunkt)

•• VITEK 2 ANC (VITEK 2 ANC ( RefRef 21347) 21347) –– Anaeroobide ja Anaeroobide ja KorKor üüüünebakteritenebakteritesamastamiseks (ksamastamiseks (k äättesaadav koos 3.01 ttesaadav koos 3.01 UpdategaUpdatega ))

–– 63 liiki 6 tunniga (63 liiki 6 tunniga ( lõppunktlõppunkt ))

UUSUUSanaeroobide kaart!

� Anaeroobid ja Corynebakterium

� Suspensiooni tihedus: 2,7–3,3 (McF)

� Kultuuri vanus:– Korüünebakterid

18 - 24 h– Anaeroobid

18 - 72 h

� Toote nr. 21347� Säilivus 18 kuud� 3 Off-line testi

ANC kaardi Off-line testid

Substraadid I

well # mnemonic Substrate name wavelength time4 dGAL D-GALACTOSE 660 3605 LeuA Leucine ARYLAMIDASE 660 3606 ELLM ELLMAN 430 3607 PheA Phenylalanine ARYLAMIDASE 660 3608 ProA L-Proline ARYLAMIDASE 660 36010 PyrA L-Pyrrolydonyl-ARYLAMIDASE 660 36011 dCEL D-CELLOBIOSE 660 36013 TyrA Tyrosine ARYLAMIDASE 660 36015 APPA Ala-Phe-Pro ARYLAMIDASE 660 36018 dGLU D-GLUCOSE 660 36020 dMNE D-MANNOSE 660 36022 dMAL D-MALTOSE 660 36028 SAC SACCHAROSE/SUCROSE 660 36030 ARB ARBUTIN 660 36033 NAG N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE 660 36034 BGLUi 5-Bromo-4-chloro-3-indoxyl-beta-glucoside 660 36036 URE UREASE 660 360

Substraadid II

well # mnemonic Substrate name wavelength time37 BGURi 5-Bromo-4-chloro-3-indoxyl-beta-glucuronide 6 60 36039 BGALi BETA-GALACTOPYRANOSIDASE Indoxyl 660 36041 AARA ALPHA-ARABINOSIDASE 430 36042 AGALi 5-Bromo-4-chloro-3-indoxyl-alpha-galactoside 660 36043 BMAN BETA-MANNOSIDASE 430 36044 ARG ARGININE GP 660 36045 PVATE PYRUVATE 660 36051 MTE MALTOTRIOSE 660 36053 ESC ESCULIN hydrolyse 660 36054 BdFUC BETA-D-FUCOSIDASE 430 36055 BNAGi 5-Bromo-4-chloro-3-indoxyl-beta-N-acetyl-glucosamid e 660 36056 AMANi 5-Bromo-4-chloro-3-indoxyl-alpha-mannoside 66 0 36057 AlFUC ALPHA-L-FUCOSIDASE 430 36059 PHOS PHOSPHATASE 430 36060 lARA L-ARABINOSE 660 36061 dRIB2 d-Ribose 2 660 36062 OPS Phenylphosphonate 430 36063 AARAF ALPHA-L-ARABINOFURANOSIDASE 430 36064 dXYL D-XYLOSE 660 360

Kvaliteedikontrolli organismid

� Bacteroides ovatus ATCC BAA-1304� Bacteroides ovatus ATCC BAA-1296� Bacteroides vulgatus ATCC 8482� Clostridium perfringens ATCC 13124� Clostridium septicum ATCC 12464� Clostridium sordellii ATCC 9714� Corynebacterium striatum ATCC BAA-1293� Parabacteroides distasonis ATCC BAA-1295

ANC kasutamiseks valideeritud söötmed

� Corynebacterium:– CBA– CNA– TSAB– TSAHB

� Anaeroobid:– CBA– CDC– BRU– CHBA– TSAB– TSAHB

� Gram positiivsed anaeroobid, AINULT:– CNA– CDC PEA– PEA

Söötmete lühendid:

BRU = Brucella Agar with 5% Sheep Blood, Hemin, and Vitamin K

CBA = Columbia Blood Agar with 5% Sheep Blood

CDC = CDC Anaerobe Agar with 5% Sheep Blood

CDC PEA = CDC Blood Agar with PEA

CHBA = Columbia Horse Blood Agar

CNA = Columbia CNA Agar with 5% Sheep Blood

PEA = Phenylethyl Alcohol Agar with 5% Sheep Blood

TSAB = Trypticase Soy Agar with 5% Sheep Blood

TSAHB = Trypticase Soy Agar with 5% Horse Blood

Brosnikoff et al. “Evaluation of the New VITEK®2 Anaerobic & Corynebacteria (ANC) Identification Card”

� ANC idetifitseerimise kaart vs. 16S rRNA geeni sekveneerimine (16S)

– Korratavus!– Nõudlikud/keerukad organismid!– Kliinilised ja kommertsiaalsed isolaadid!– Substraadi reproduktiivsus!

� Teostuse kriteeriumid:– ≥ 90% õige samastamine– ≤ 40% madal samastamine– ≤ 5% vale samastamine– ja ≤ 5% määramatuid organisme ≥ 95% CI´s (confidence

interval).

Kliinilised isolaadid

Table 3. Clinical Isolate Performance - Cumulative Results . Performance Criteria Required Actual Within ≥95% CI Overall Correct ID ≥ 90% 95.1% (347/365) Yes (≥ 317/365) Low Discrimination ID ≤ 40% 4.9% (18/365) Yes (≥ 164/365) Incorrect ID ≤ 5% 4.6% (17/365) Yes (≥ 27/365) Unidentified ≤ 5% 0.3% (1/365) Yes (≥ 27/365)

Incorrect/Unidentified

Table 4. Clinical Isolates - Incorrec t / Discrepant Identifications . ANC Identification V2 Confidence 16S Identification Bacteroides caccae Very Good Bact. thetaiotaomicron

Actinomyces naeslundii Very Good Bifidobacterium spp Actinomyces naeslundii Acceptable Propionibacterium acnes

Clostridium paraputrificum Acceptable Clostridium septicum Unidentified NA Clostridium sordellii

Clostridium bifermentens Low discrimination Clostridium sordellii Fusobacterium nucleatum Excellent Fusobacterium necrophorum

Cl. barati/clostridioforme/septicum Low discrimination Clostridium tertium Clostridium clostridioforme Excellent Clostridium ramosum Fusobacterium nucleatum Excellent Fusobacterium necrophorum

Prevotella bivia Excellent Prevotella melaninogenica Actinomyces naeslundii Acceptable Actinomyces israelii

Prevotella disiens Excellent Prevotella intermedia Clostridium subterminale Excellent Clostridium difficile

Bacteroides ovatus Excellent Bacteroides fragilis Fusobacterium nucleatum Excellent Clostridium clostridioforme

Coryne. pseudodiphtheriticum Good Corynebacterium urealyticum Cl. butyricum / clostridioforme Low discrimination Clostridium tertium

Table 5. Performance Summary by Species for Clinical Isola te Testing . Results by Species Total #

Tested % Overall Correct

% Low Discrimination

% Incorrect ID

% Unidentified

Actinomyces israellii 2 50 0 50 0 Actinomyces meyeri 2 100 0 0 0 Arcanobacterium haemolyticum 4 100 0 0 0 Arcanobacterium pyogenes 2 100 0 0 0 Bacteroides caccae 3 100 0 0 0 Bacteroides distasonis 7 100 0 0 0 Bacteroides fragilis 40 97.5 0 2.5 0 Bacteroides ovatus 8 100 0 0 0 Bacteroides stercoris 1 100 0 0 0 Bacteroides thetaiotaomicron 21 95.2 4.8 4.8 0 Bacteroides uniformis 6 100 0 0 0 Bacteroides ureolyticus 1 100 0 0 0 Bacteroides vulgatus 13 100 0 0 0 Bifidobacterium spp. 4 75 25 25 0 Clostridium barati 1 100 0 0 0 Clostridium bifermentens 5 100 100 0 0 Clostridium butyricum 1 100 100 0 0 Clostridium cadaveris 3 100 0 0 0 Clostridium clostridioforme 4 75 25 25 0 Clostridium difficile 4 75 0 25 0 Clostridium paraputrificum 5 100 0 0 0 Clostridium perfringens 32 100 0 0 0 Clostridium ramosum 11 90.9 0 9.1 0 Clostridium septicum 8 87.5 0 12.5 0 Clostridium sordellii 2 0 0 50 50 Clostridium sporogenes 2 100 100 0 0 Clostridium subterminale 1 100 100 0 0 Clostridium tertium 7 71.4 0 28.6 0 Corynebacterium amycolatum 2 100 0 0 0 Corynebacterium diphtheriae 3 100 66.7 0 0 Corynebacterium jeikeium 10 100 0 0 0 Corynebacterium pseudodiphtheriticum 9 100 0 0 0 Corynebacterium striatum 20 100 5 0 0 Corynebacterium ulcerans 2 100 0 0 0 Corynebacterium ureolyticum 5 80 0 20 0 Eggerthella lenta 9 100 0 0 0 Eubacterium limosum 3 100 0 0 0 Finegoldia magna 14 100 0 0 0 Fusobacterium mortiferum 3 100 0 0 0 Fusobacterium necrophorum 7 71.4 0 28.6 0 Fusobacterium nucleatum 7 100 14.3 0 0 Lactobacillus gasseri 2 100 0 0 0 Micromonas micros 7 100 0 0 0 Peptostreptococcus anaerobius 3 100 0 0 0 Prevotella bivia 7 100 14.3 0 0 Prevotella buccae 3 100 0 0 0 Prevotella intermedia 3 66.7 0 33.3 0 Prevotella melaninogenica 4 75 25 25 0 Prevotella oralis 1 100 0 0 0 Propionibacterium acnes 35 97.1 0 2.9 0 Veillonella spp. 6 100 0 0 0 Cumulative Totals (See Table 4) 365 95.1 4.9 4.6 0. 3

Total Isolates Correct ID Low

Discrimination Incorrect ID No ID

Challenge Isolates 150 98.0% 5.0% 2.0% 0.0%Clinical Isolates 365 95.1% 4.9% 4.6% 0.3%