análisis de restricción, mapa de restricción2010
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Análisis de Restricción, Mapa de restricción
Análisis
• Depende de:– Tamaño de los fragmentos– Grado de resolución• Los pasos a seguir• Digestión con la enzima en un tampón a T° y Temperatura,
detección de la digestión con EDTA y T° de almacenamiento.
• Carga en un gel de concentración adecuada al tamaño de fragmento, comparación con marcador de peso
• Electroforesis, estudio de bandas resultantes.
La longitud del sitio de reconocimiento y corte varia (4-8 nt)
Diferentes ER pueden tener el mismo sitio de Reconocimiento. Se conocen como Isoesquisomeros. (Sac I y Sst I)
Sitios de reconocimiento puede ser ambiguo o no ambiguo. (Bam HI / Hinf I)
El sitio de reconocimiento para una enzima puede contener el sitio de restricción para otra. (Bam HI y Sau3A I)
La mayoria de los sitios de reconocimiento y corte son palindromicos
Características de las Secuencias de Reconocimiento de las ER
Bases Teóricas de enzimas de restricción
La actividad de las enzimas de restricción depende de unas condiciones precisas :
pH Temperatura Concentración de sal Iones
Una unidad enzimática (u) se define como la cantidad de una enzima requerida para digerir 1 ug de DNA bajo condiciones optimas:
3-5 u/ug de ADN genómico 1 u/ug de ADN plasmico
Reacción enzimática
• Buffer (10X) 2 μL• DNA (1 μg) 1 μL• Enzimas 2 unidades• H2O _________
20 μL Volumen total
Enzimas: BAM HI, ECO RI, HIN DIII, KPN I,
Organización del gel cargado con λ ADN/Enzimas de restricción
Mar
cad
or
λ D
NA
un
cut
λ D
NA
/BA
M H
I
λ D
NA
/EC
O R
I
λ D
NA
/HIN
DII
I
λ D
NA
/KP
N I
A B C D E FMarcador λ DNA/Eco RI
Mapeo con enzimas de restricción
• Un mapa de restricción es una descripción de los sitios de corte de una
ER en un fragmento de DNA
– Caracterizar un DNA desconocido
– Prerrequisito para su posterior manipulación
• Como se puede hacer un mapa de restricción?
– Digestión de DNA con varias enzimas de restricción
– Digestión parcial de un DNA marcada en un extremo.
Identificación molecular
2) Cortes con 2 enzimas de restricción permitieron discriminar entre varias especies del género Penicillium :
Penicillium expansum, Penicillium solitum, Penicillium viridicatum, Penicillium brevicompactum
Fragmentos de restricción con Taq I
M1 M2 7 8 9 Ps Pb Pv Pc 2 4 10 12 M2 Pv
Fragmentos de restricción con Hind III
M1 M2 Pc Pb Ps P7 PC AN P12 P13 P14 P15 P16 P17 Pv M1
Enzimas de restricciónEnzimas de restricción
Enzimas de restricciónEnzimas de restricción
Enzimas de restricciónEnzimas de restricción
Mar
cado
rM
arca
dor
Mar
cado
rM
arca
dor
Mar
cado
rM
arca
dor
Mar
cado
rM
arca
dor
Mad
reM
adre
Mad
reM
adre
HijoHijo
HijoHijo
Padr
e al
egad
oPa
dre
aleg
ado
Padr
e al
egad
oPa
dre
aleg
ado
Mix
Mix
Mix
Mix
Tests sencillosTests sencillosde paternidadde paternidad
Digestión doble
Mapeo con enzimas de restricción
Mapeo con enzimas de restricción
Mapeo con enzimas de restricción
Digestión parcial de un DNA marcada en un extremo
Hay tres ingredientes obligatorios en el mismo tubo:
1. DNA: Libre de contaminantes tales como fenol o etanol. Sal en exceso interfiere con la digestión de muchas enzimas, aunque algunas son mas tolerantes a la sal.
2. Un buffer apropiado: Diferentes enzimas cortan óptimamente en diferentes buffers, debido a las diferentes preferencias en fuerza iónica..
3. La enzima de restricción:
Otros: BSA, DTT.
Vectores y enzimas de restricción. En un plásmido (P) de 3 Kbp se quiere clonar un fragmento de DNA (D) de ratón de 1,5 Kbp. Tanto P como D se tratan con los enzimas de restricción EcoRI y HindIII y posteriormente se añade DNA ligasa. Para determinar el tamaño de las moléculas circulares resultantes después de la ligación se dispone de dos enzimas de restricción:
- PvuII: Es capaz de cortar una vez en P y ninguna en D - DdeII: No corta en P y tiene una única diana en D
P (3Kbp)
MCSEcoRI(30) HindIII (50)
PvuII (2200)
D (1.5Kbp)
EcoRI HindIIIDdeII
(1 Kbp) (0.5 Kbp)Representa gráficamente la movilidad electroforética que presentarían en un gel de agarosa: A. El plásmido sin cortar B. El inserto sin cortar C. El plásmido cortado por EcoRI + HindIII D. El plásmido resultante de la ligación cortado por Dde + PvuII
Vectores y enzimas de restricción. Deducir el mapa de restricción de un bacteriófago de DNA lineal, a partir de los siguientes datos:
Enzima de restricción Fragmentos obtenidos (Kb)
Bam HI 5 10
Hind III 5 10
Sma I 2 13
Bam HI + Hind III 5 *
Bam HI + Sma I 2 5 8
Hind III + Sma I 2 3 10
* Intensidad de banda mayor de la esperada para su peso molecular (al ser observada bajo luz UV)
En una población de centeno se ha aislado un gen de secuencia única. Se extrae el ADN genómico de 10 plantas diferentes de la población, se digiere con EcoRI, los fragmentos producidos se separan mediante electroforesis en gel de agarosa y se transfieren mediante un Southern (transferencia en condiciones desnaturalizantes) a una membrana de nilón. Posteriormente, se hibrida esta membrana empleando como sonda radiactiva el gen de secuencia única de centeno clonado en un vector bacteriano. Por último, se realiza una autorradiografía colocando una película fotográfica junto a la membrana y se revela obteniéndose los resultados indicados en el siguiente esquema :