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Analysis Program Installation Manual

Advanced class v1.1

- 목 차 -

1. mRNA-Seq Sample Data

2. ExDEGA

3. JAVA Setup

4. Cytoscape Setup (STRING, ClueGO)

5. GSEA Setup

6. MeV Setup

7. 분석매뉴얼

★ Installer 다운로드 후, 설치까지 진행 꼭 부탁드립니다.

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1. mRNA-Seq Sample Data

mRNA-Seq Sample Data Download

분석 워크샵에서 설명할 때 사용할 human mRNA-seq data입니다. ExDEGA 설치 후 파일을 열면 ExDEGA와 연동

됩니다.

2. ExDEGA

ExDEGA_v2.5.0_Installer.zip

ExDEGA 설치 파일입니다. 압축을 풀고 ‘Setup’ 파일을 실행하여 ExDEGA를 설치합니다.

설치 후 1번에서 다운로드 받은 sample data을 열면 ExDEGA 시작 화면이 나옵니다.

시작 버튼을 누르면 아래와 같이 좌측에 Gene category, 우측에 DEG Analysis 필터 창이 열립니다.

ExDEGA 설치 및 구동에 오류가 있으면 ExDEGA 오류 해결 매뉴얼 (Download link)을 확인해주세요.

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3. JAVA Setup

https://www.java.com/ko/download/win10.jsp

Cytoscape, MeV, GSEA 프로그램을 실행하기 위해서는 Java가 필요합니다. JAVA 홈페이지에서 Windows용 Java를

다운로드 받아 설치합니다.

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4. Cytoscape Setup

https://github.com/cytoscape/cytoscape/releases/3.7.0/

상기 링크로 접속하여 Cytoscape_3_7_0_windows_64bit.exe을 다운로드 받아 설치합니다.

설치 후 Cytoscape 프로그램을 실행하면 아래와 같이 프로그램이 실행됩니다.

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4-1. String App

Cytoscape의 상단메뉴 Apps에서 App Manager를 클릭합니다. stringApp을 선택하고 Insatll 버튼을 눌러 STING

을 설치합니다.

Apps 하위목록에 STRING이 추가되면 STRING이 제대로 설치된 것입니다.

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4-2. ClueGO App

Cytoscape의 상단메뉴 Apps에서 App Manager 클릭합니다. ClueGO를 선택하고 Install 버튼을 눌러 ClueGO

를 설치합니다.

Apps 하위목록에 추가된 ClueGO를 클릭합니다.

License를 받으라는 창이 뜨면 Get-license 버튼을 눌러 ClueGO license를 신청하는 웹사이트로 들어갑니다.

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Request a license key를 누릅니다.

Accept를 선택하고 Continue 버튼을 누릅니다.

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본인의 이름, 소속 등의 정보를 입력하고 Submit 버튼을 누릅니다. 분홍색으로 표시된 칸의 내용은 모두 입

력해야 합니다. 소속이 기업인 경우엔 발급에 제한이 있을 수 있으니 출신학교를 입력하여 신청해주시길 바

랍니다.

ClueGO license는 2~3일 안에 본인의 이메일로 옵니다. (3일 후에도 license가 오지 않으면 말씀해주세요.)

Cytoscape 상위 메뉴 중 Apps 하위목록에서 ClueGO를 클릭하고 license를 받으라는 창이 뜨면 Re-license

버튼을 누릅니다.

License String에 이메일로 받은 ClueGO license를 입력하고 Name or Organisation에는 본인의 이름을 입력한

후 Register Application 버튼을 누릅니다.

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Cytoscape의 왼쪽에 있는 Control Panel에 ClueGO가 추가되면 ClueGO가 제대로 설치된 것입니다.

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5. GSEA Setup

https://www.gsea-msigdb.org/gsea/register.jsp

GSEA 홈페이지에서 본인의 이메일 주소와 소속을 입력하여 회원가입을 합니다.

GSEA 홈페이지에서 Downloads를 누르고 가입한 이메일 주소로 로그인합니다.

download GSEA_Win_4.0.3-installer.exe를 클릭하여 GSEA 설치 파일을 다운로드 받습니다.

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설치 후 GSEA 프로그램을 열면 아래와 같이 프로그램이 실행됩니다.

GSEA Sample Data

GSEA input, results 파일입니다.

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6. MeV Setup

MeV Download

MeV 설치 파일입니다. 압축을 해제한 후 MeV 또는 TMEV 파일을 클릭하여 MeV 프로그램을 실행합니

다.

MeV 프로그램을 실행하였을 때 아래와 같은 화면이 나와야 MeV가 제대로 작동하는 것입니다.

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7. 분석 매뉴얼

Data Analysis Manual

ExDEGA, MeV를 이용한 Clustering, GSEA, STRING, ClueGO의 분석 방법이 설명되어 있는 매뉴얼입니다.