animation 5.1a animation 5.1b peek start לפי החוק השני של מנדל

79

Post on 20-Dec-2015

236 views

Category:

Documents


4 download

TRANSCRIPT

Page 1: ANIMATION 5.1A ANIMATION 5.1B peek START לפי החוק השני של מנדל
Page 2: ANIMATION 5.1A ANIMATION 5.1B peek START לפי החוק השני של מנדל

ANIMATION 5.1A

ANIMATION 5.1B peek

Page 3: ANIMATION 5.1A ANIMATION 5.1B peek START לפי החוק השני של מנדל
Page 4: ANIMATION 5.1A ANIMATION 5.1B peek START לפי החוק השני של מנדל

START

לפי החוק השני של מנדל

Page 5: ANIMATION 5.1A ANIMATION 5.1B peek START לפי החוק השני של מנדל

לפי החוק השני של מנדל

Page 6: ANIMATION 5.1A ANIMATION 5.1B peek START לפי החוק השני של מנדל

ANIMATION 5.1B

Page 7: ANIMATION 5.1A ANIMATION 5.1B peek START לפי החוק השני של מנדל

לפי החוק השני של מנדללא

Page 8: ANIMATION 5.1A ANIMATION 5.1B peek START לפי החוק השני של מנדל
Page 9: ANIMATION 5.1A ANIMATION 5.1B peek START לפי החוק השני של מנדל
Page 10: ANIMATION 5.1A ANIMATION 5.1B peek START לפי החוק השני של מנדל
Page 11: ANIMATION 5.1A ANIMATION 5.1B peek START לפי החוק השני של מנדל
Page 12: ANIMATION 5.1A ANIMATION 5.1B peek START לפי החוק השני של מנדל
Page 13: ANIMATION 5.1A ANIMATION 5.1B peek START לפי החוק השני של מנדל

“They are linked” or“pr is linked to vg”

or "הם בתאחיזה"

And…The farther the genes are

from each other ,the more likely that a

crossover occurs between them.

The testcrossed dihybrids’ offspringratio diverges from ¼ : ¼ : ¼ : ¼

and from 50% paternal, 50% recombinant

Page 14: ANIMATION 5.1A ANIMATION 5.1B peek START לפי החוק השני של מנדל

A B

The farther the genes are from each other ,the more likely that a crossover occurs between them.

Page 15: ANIMATION 5.1A ANIMATION 5.1B peek START לפי החוק השני של מנדל
Page 16: ANIMATION 5.1A ANIMATION 5.1B peek START לפי החוק השני של מנדל
Page 17: ANIMATION 5.1A ANIMATION 5.1B peek START לפי החוק השני של מנדל
Page 18: ANIMATION 5.1A ANIMATION 5.1B peek START לפי החוק השני של מנדל

תדירות רקומביננטיםמרחק גנטי

10.7 cM

Page 19: ANIMATION 5.1A ANIMATION 5.1B peek START לפי החוק השני של מנדל

With genetic distances, we can build ‘Genetic Maps’ for an organism

Page 20: ANIMATION 5.1A ANIMATION 5.1B peek START לפי החוק השני של מנדל
Page 21: ANIMATION 5.1A ANIMATION 5.1B peek START לפי החוק השני של מנדל

Map distances are additive

To resolve between 2 possibilities, do cross with B and C

OR, do 3-point test cross of A, B, and C

Page 22: ANIMATION 5.1A ANIMATION 5.1B peek START לפי החוק השני של מנדל

Recomb: sc - ec?

56=12+14+14+16

Page 23: ANIMATION 5.1A ANIMATION 5.1B peek START לפי החוק השני של מנדל

Recomb: sc - vg?

502=241+231+14+16

sc and vg -unlinked

Page 24: ANIMATION 5.1A ANIMATION 5.1B peek START לפי החוק השני של מנדל

Recomb: ec - vg?

498=241+231+14+12

sc and vg -unlinked

ec and vg -unlinked

Page 25: ANIMATION 5.1A ANIMATION 5.1B peek START לפי החוק השני של מנדל
Page 26: ANIMATION 5.1A ANIMATION 5.1B peek START לפי החוק השני של מנדל
Page 27: ANIMATION 5.1A ANIMATION 5.1B peek START לפי החוק השני של מנדל
Page 28: ANIMATION 5.1A ANIMATION 5.1B peek START לפי החוק השני של מנדל
Page 29: ANIMATION 5.1A ANIMATION 5.1B peek START לפי החוק השני של מנדל

B A

a b

Page 30: ANIMATION 5.1A ANIMATION 5.1B peek START לפי החוק השני של מנדל
Page 31: ANIMATION 5.1A ANIMATION 5.1B peek START לפי החוק השני של מנדל

ALSOFig 5.15Map with

356 cM

Page 32: ANIMATION 5.1A ANIMATION 5.1B peek START לפי החוק השני של מנדל

P A/A D/D E/E X a/a d/d e/e

F1 trihybrid is test-crossed

A D E 380a d e 405a D E 40A d e 35a d E 65A D e 70a D e 3A d E 2

1000

Recomb: a - d?

80=40+35+3+2A 8.0 D

Page 33: ANIMATION 5.1A ANIMATION 5.1B peek START לפי החוק השני של מנדל

P A/A D/D E/E X a/a d/d e/e

F1 trihybrid is test-crossed

A D E 380a d e 405a D E 40A d e 35a d E 65A D e 70a D e 3A d E 2

1000

Recomb: d - e?

140=70+65+3+2A 8.0 D

D 14.0 E

D A E

A D E

D E A

?

Page 34: ANIMATION 5.1A ANIMATION 5.1B peek START לפי החוק השני של מנדל

P A/A D/D E/E X a/a d/d e/e

F1 trihybrid is test-crossed

A D E 380a d e 405a D E 40A d e 35a d E 65A D e 70a D e 3A d E 2

1000

Recomb: a - e?

210=40+35+65+70

A 8.0 DD 14.0 E A 21.0 E

Page 35: ANIMATION 5.1A ANIMATION 5.1B peek START לפי החוק השני של מנדל

P A/A D/D E/E X a/a d/d e/e

F1 trihybrid is test-crossed

A D E 380a d e 405a D E 40A d e 35a d E 65A D e 70a D e 3A d E 2

1000

Recomb: a - e?

210=40+35+65+70

A 8.0 DD 14.0 E A D E

a d e

A D E

220=40+35+65+70 +3+3+2+2

X X

A 8.0 D 14.0 E 22.0

Page 36: ANIMATION 5.1A ANIMATION 5.1B peek START לפי החוק השני של מנדל
Page 37: ANIMATION 5.1A ANIMATION 5.1B peek START לפי החוק השני של מנדל

Recomb: cv - ct?

93/1448=45+40+3+5ct 6.4 cv

Page 38: ANIMATION 5.1A ANIMATION 5.1B peek START לפי החוק השני של מנדל
Page 39: ANIMATION 5.1A ANIMATION 5.1B peek START לפי החוק השני של מנדל

P pure lines: (v+) cv ct X v (cv+ ct +)

Page 40: ANIMATION 5.1A ANIMATION 5.1B peek START לפי החוק השני של מנדל
Page 41: ANIMATION 5.1A ANIMATION 5.1B peek START לפי החוק השני של מנדל
Page 42: ANIMATION 5.1A ANIMATION 5.1B peek START לפי החוק השני של מנדל

A D E 380a d e 405a D E 40A d e 35a d E 65A D e 70a D e 3A d E 2

1000A 8.0 D 14.0 E

22.0

Page 43: ANIMATION 5.1A ANIMATION 5.1B peek START לפי החוק השני של מנדל

Recomb: v - ct+?

191/1448=89+94+3+5ct 6.4 cvv 13.2 ct

Page 44: ANIMATION 5.1A ANIMATION 5.1B peek START לפי החוק השני של מנדל

Recomb: v - cv+?

284/1448=45+40+89+94 +3+3+5+5

ct 6.4 cvv 13.2 ct

19.6

Page 45: ANIMATION 5.1A ANIMATION 5.1B peek START לפי החוק השני של מנדל

A D E 380a d e 405a D E 40A d e 35a d E 65A D e 70a D e 3A d E 2

1000

Page 46: ANIMATION 5.1A ANIMATION 5.1B peek START לפי החוק השני של מנדל

Fruitfly (Drosophila melanogaster)

Page 47: ANIMATION 5.1A ANIMATION 5.1B peek START לפי החוק השני של מנדל

Tomato

Page 48: ANIMATION 5.1A ANIMATION 5.1B peek START לפי החוק השני של מנדל

Tomato

Page 49: ANIMATION 5.1A ANIMATION 5.1B peek START לפי החוק השני של מנדל

Tomato

Page 50: ANIMATION 5.1A ANIMATION 5.1B peek START לפי החוק השני של מנדל

Tomato

Page 51: ANIMATION 5.1A ANIMATION 5.1B peek START לפי החוק השני של מנדל

S

A Meta-analysis

II.D.Beyond mapping

?- ?+

Page 52: ANIMATION 5.1A ANIMATION 5.1B peek START לפי החוק השני של מנדל

Interference (I) = 1 - c.o.c. =

In our example

Interference:

Page 53: ANIMATION 5.1A ANIMATION 5.1B peek START לפי החוק השני של מנדל

1. Calculate recombinant frequencies for each pair of genes :

2. Represent linkage relations in a linkage map :

3. Determine the double recombinant classes.

4. Calculate the frequency and number of double recombinants expected if there is no interference :

5. Calculate interference :

Interference:

Page 54: ANIMATION 5.1A ANIMATION 5.1B peek START לפי החוק השני של מנדל

onward

Page 55: ANIMATION 5.1A ANIMATION 5.1B peek START לפי החוק השני של מנדל

•IAתדירות רקומבינציה מהכלאה עצמית •IB שימוש בכרומוזום Y'כ-'בוחן •II– 2 "הגבול" בין תאחיזה להפרדה עצמאית •III רואים – שלא התחשבות בשיחלופים

"mapping function”•IV טטרדות – מיוזות בודדות, ומיפוי בין גן

לצנטרומר

שיטות מיפוי נוספות

Page 56: ANIMATION 5.1A ANIMATION 5.1B peek START לפי החוק השני של מנדל

תדירות רקומביננטיםמרחק גנטי

10.7 cM

Page 57: ANIMATION 5.1A ANIMATION 5.1B peek START לפי החוק השני של מנדל
Page 58: ANIMATION 5.1A ANIMATION 5.1B peek START לפי החוק השני של מנדל

Choose to do F1 self cross?

pr vg 0.0535 pr+ vg 0.4465

pr vg+ 0.4465pr+ vg+ 0.0535

תדירות רקומבינציה מהכלא עצמית•

Self cross!

0.0535 0.4465 0.4465 0.0535 )0.0535(2 ( ) … …

… … etc.

0.0535 X 0.4465

How does it work. . .?

Do a thoughtexperiment

Page 59: ANIMATION 5.1A ANIMATION 5.1B peek START לפי החוק השני של מנדל

תדירות רקומבינציה מהכלא עצמית•

pr vg 0.0535 pr+ vg 0.4465

pr vg+ 0.4465pr+ vg+ 0.0535

0.0535 0.4465 0.4465 0.0535 )0.0535(2 ( ) … …

… … etc.

0.0535 X 0.4465

Can’t do F1 test cross?…must SELF-CROSS the dihybrids

z=0.024

Page 60: ANIMATION 5.1A ANIMATION 5.1B peek START לפי החוק השני של מנדל

…?Can’t do F1 test crossתדירות רקומבינציה מהכלא עצמית•must SELF-CROSS the dihybrids

z=0.024

Page 61: ANIMATION 5.1A ANIMATION 5.1B peek START לפי החוק השני של מנדל

Can’t do F1 test cross?…must SELF-CROSS the dihybrids

Page 62: ANIMATION 5.1A ANIMATION 5.1B peek START לפי החוק השני של מנדל

תדירות רקומבינציה מהכלאה עצמית• כ-'בוחן'Yשימוש בכרומוזום •

שיטות מיפוי נוספות

Page 63: ANIMATION 5.1A ANIMATION 5.1B peek START לפי החוק השני של מנדל

X-chromosome mapping- use Y as ‘tester’ כ-'בוחן'Yשימוש בכרומוזום

Page 64: ANIMATION 5.1A ANIMATION 5.1B peek START לפי החוק השני של מנדל

X-chromosome mapping- use Y as ‘tester’Human

כ-'בוחן'Yשימוש בכרומוזום

Гемофилия?

Page 65: ANIMATION 5.1A ANIMATION 5.1B peek START לפי החוק השני של מנדל

HumanX-chromosome mapping- use Y as ‘tester’ כ-'בוחן'Yשימוש בכרומוזום

Page 66: ANIMATION 5.1A ANIMATION 5.1B peek START לפי החוק השני של מנדל

HumanX-chromosome mapping- use Y as ‘tester’ כ-'בוחן'Yשימוש בכרומוזום

Page 67: ANIMATION 5.1A ANIMATION 5.1B peek START לפי החוק השני של מנדל
Page 68: ANIMATION 5.1A ANIMATION 5.1B peek START לפי החוק השני של מנדל

•IAתדירות רקומבינציה מהכלאה עצמית •IB שימוש בכרומוזום Y'כ-'בוחן •II– 2 "הגבול" בין תאחיזה להפרדה עצמאית

שיטות מיפוי נוספות

Page 69: ANIMATION 5.1A ANIMATION 5.1B peek START לפי החוק השני של מנדל

40% board

X 2 "הגבול" בין תאחיזה להפרדה עצמאית –

Page 70: ANIMATION 5.1A ANIMATION 5.1B peek START לפי החוק השני של מנדל
Page 71: ANIMATION 5.1A ANIMATION 5.1B peek START לפי החוק השני של מנדל

X 2 "הגבול" בין תאחיזה להפרדה עצמאית –

44%

Page 72: ANIMATION 5.1A ANIMATION 5.1B peek START לפי החוק השני של מנדל

X 2 "הגבול" בין תאחיזה להפרדה עצמאית –

assume they are unlinked

ההשערה (היפותיזה) שאנחנו בודקים: "A & B"אינם בתאחיזה

Page 73: ANIMATION 5.1A ANIMATION 5.1B peek START לפי החוק השני של מנדל

X 2 "הגבול" בין תאחיזה להפרדה עצמאית –

Page 74: ANIMATION 5.1A ANIMATION 5.1B peek START לפי החוק השני של מנדל

P~0.007

בתאחיזהכן B ו-Aואומרים ש-

לא בתאחיזהB ו-Aש-

התוצאות

X 2 "הגבול" בין תאחיזה להפרדה עצמאית –

/היפותזה

Page 75: ANIMATION 5.1A ANIMATION 5.1B peek START לפי החוק השני של מנדל
Page 76: ANIMATION 5.1A ANIMATION 5.1B peek START לפי החוק השני של מנדל

R/_ Y/_

Page 77: ANIMATION 5.1A ANIMATION 5.1B peek START לפי החוק השני של מנדל
Page 78: ANIMATION 5.1A ANIMATION 5.1B peek START לפי החוק השני של מנדל
Page 79: ANIMATION 5.1A ANIMATION 5.1B peek START לפי החוק השני של מנדל

התוצאות

Epistasisהתוצאות בהחלט החזיקו את ההשערה של

0.975 > P > 0.9