animation 5.1a animation 5.1b peek start לפי החוק השני של מנדל
Post on 20-Dec-2015
236 views
TRANSCRIPT
ANIMATION 5.1A
ANIMATION 5.1B peek
START
לפי החוק השני של מנדל
לפי החוק השני של מנדל
ANIMATION 5.1B
לפי החוק השני של מנדללא
“They are linked” or“pr is linked to vg”
or "הם בתאחיזה"
And…The farther the genes are
from each other ,the more likely that a
crossover occurs between them.
The testcrossed dihybrids’ offspringratio diverges from ¼ : ¼ : ¼ : ¼
and from 50% paternal, 50% recombinant
A B
The farther the genes are from each other ,the more likely that a crossover occurs between them.
תדירות רקומביננטיםמרחק גנטי
10.7 cM
With genetic distances, we can build ‘Genetic Maps’ for an organism
Map distances are additive
To resolve between 2 possibilities, do cross with B and C
OR, do 3-point test cross of A, B, and C
Recomb: sc - ec?
56=12+14+14+16
Recomb: sc - vg?
502=241+231+14+16
sc and vg -unlinked
Recomb: ec - vg?
498=241+231+14+12
sc and vg -unlinked
ec and vg -unlinked
B A
a b
ALSOFig 5.15Map with
356 cM
P A/A D/D E/E X a/a d/d e/e
F1 trihybrid is test-crossed
A D E 380a d e 405a D E 40A d e 35a d E 65A D e 70a D e 3A d E 2
1000
Recomb: a - d?
80=40+35+3+2A 8.0 D
P A/A D/D E/E X a/a d/d e/e
F1 trihybrid is test-crossed
A D E 380a d e 405a D E 40A d e 35a d E 65A D e 70a D e 3A d E 2
1000
Recomb: d - e?
140=70+65+3+2A 8.0 D
D 14.0 E
D A E
A D E
D E A
?
P A/A D/D E/E X a/a d/d e/e
F1 trihybrid is test-crossed
A D E 380a d e 405a D E 40A d e 35a d E 65A D e 70a D e 3A d E 2
1000
Recomb: a - e?
210=40+35+65+70
A 8.0 DD 14.0 E A 21.0 E
P A/A D/D E/E X a/a d/d e/e
F1 trihybrid is test-crossed
A D E 380a d e 405a D E 40A d e 35a d E 65A D e 70a D e 3A d E 2
1000
Recomb: a - e?
210=40+35+65+70
A 8.0 DD 14.0 E A D E
a d e
A D E
220=40+35+65+70 +3+3+2+2
X X
A 8.0 D 14.0 E 22.0
Recomb: cv - ct?
93/1448=45+40+3+5ct 6.4 cv
P pure lines: (v+) cv ct X v (cv+ ct +)
A D E 380a d e 405a D E 40A d e 35a d E 65A D e 70a D e 3A d E 2
1000A 8.0 D 14.0 E
22.0
Recomb: v - ct+?
191/1448=89+94+3+5ct 6.4 cvv 13.2 ct
Recomb: v - cv+?
284/1448=45+40+89+94 +3+3+5+5
ct 6.4 cvv 13.2 ct
19.6
A D E 380a d e 405a D E 40A d e 35a d E 65A D e 70a D e 3A d E 2
1000
Fruitfly (Drosophila melanogaster)
Tomato
Tomato
Tomato
Tomato
S
A Meta-analysis
II.D.Beyond mapping
?- ?+
Interference (I) = 1 - c.o.c. =
In our example
Interference:
1. Calculate recombinant frequencies for each pair of genes :
2. Represent linkage relations in a linkage map :
3. Determine the double recombinant classes.
4. Calculate the frequency and number of double recombinants expected if there is no interference :
5. Calculate interference :
Interference:
onward
•IAתדירות רקומבינציה מהכלאה עצמית •IB שימוש בכרומוזום Y'כ-'בוחן •II– 2 "הגבול" בין תאחיזה להפרדה עצמאית •III רואים – שלא התחשבות בשיחלופים
"mapping function”•IV טטרדות – מיוזות בודדות, ומיפוי בין גן
לצנטרומר
שיטות מיפוי נוספות
תדירות רקומביננטיםמרחק גנטי
10.7 cM
Choose to do F1 self cross?
pr vg 0.0535 pr+ vg 0.4465
pr vg+ 0.4465pr+ vg+ 0.0535
תדירות רקומבינציה מהכלא עצמית•
Self cross!
0.0535 0.4465 0.4465 0.0535 )0.0535(2 ( ) … …
… … etc.
0.0535 X 0.4465
How does it work. . .?
Do a thoughtexperiment
תדירות רקומבינציה מהכלא עצמית•
pr vg 0.0535 pr+ vg 0.4465
pr vg+ 0.4465pr+ vg+ 0.0535
0.0535 0.4465 0.4465 0.0535 )0.0535(2 ( ) … …
… … etc.
0.0535 X 0.4465
Can’t do F1 test cross?…must SELF-CROSS the dihybrids
z=0.024
…?Can’t do F1 test crossתדירות רקומבינציה מהכלא עצמית•must SELF-CROSS the dihybrids
z=0.024
Can’t do F1 test cross?…must SELF-CROSS the dihybrids
תדירות רקומבינציה מהכלאה עצמית• כ-'בוחן'Yשימוש בכרומוזום •
שיטות מיפוי נוספות
X-chromosome mapping- use Y as ‘tester’ כ-'בוחן'Yשימוש בכרומוזום
X-chromosome mapping- use Y as ‘tester’Human
כ-'בוחן'Yשימוש בכרומוזום
Гемофилия?
HumanX-chromosome mapping- use Y as ‘tester’ כ-'בוחן'Yשימוש בכרומוזום
HumanX-chromosome mapping- use Y as ‘tester’ כ-'בוחן'Yשימוש בכרומוזום
•IAתדירות רקומבינציה מהכלאה עצמית •IB שימוש בכרומוזום Y'כ-'בוחן •II– 2 "הגבול" בין תאחיזה להפרדה עצמאית
שיטות מיפוי נוספות
40% board
X 2 "הגבול" בין תאחיזה להפרדה עצמאית –
X 2 "הגבול" בין תאחיזה להפרדה עצמאית –
44%
X 2 "הגבול" בין תאחיזה להפרדה עצמאית –
assume they are unlinked
ההשערה (היפותיזה) שאנחנו בודקים: "A & B"אינם בתאחיזה
X 2 "הגבול" בין תאחיזה להפרדה עצמאית –
P~0.007
בתאחיזהכן B ו-Aואומרים ש-
לא בתאחיזהB ו-Aש-
התוצאות
X 2 "הגבול" בין תאחיזה להפרדה עצמאית –
/היפותזה
R/_ Y/_
התוצאות
Epistasisהתוצאות בהחלט החזיקו את ההשערה של
0.975 > P > 0.9