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UTILIDAD DE LA SECUENCIACIÓN MASIVA PARA EL ESTUDIO DE
BIOMARCADORES A PARTIR DE ADN CIRCULANTE EN PACIENTES CON
CÁNCER DE PULMÓN
Clara Pérez-Barrios, Miguel Barquín Del Romo, Ricardo Sánchez Pérez, Alejandro Rodríguez,
Nieves Ortiz, María Del Carmen Turpín, Mariano Provencio, Atocha Romero Alfonso
Hospital Universitario Puerta de HierroCongreso Nacional Laboratorio Clínico 2018
INTRODUCCIÓN
Tsao AS et al. J Thorac Oncol. 2016
Medicina personalizada en cáncer de pulmón:
• Fármacos dirigidos hacia dianas
moleculares: TKIs
• EGFR, ALK, ROS1
• ADN circulante:
- Estudios no invasivos
Tecnologías de alta sensibilidad <1%
Congreso Nacional Laboratorio Clínico 2018
OBJETIVOS
Evaluar la utilidad de un kit de secuenciación masiva para el estudio de mutaciones
somáticas relacionadas con cáncer de pulmón a partir de ADN circulante obtenido
de sangre.
Oncomine™ Lung cfDNA Assay
- LOD=0,1%
- 169 hotspots
- 11 genes:
ALK, BRAF, EGFR, ERBB2, KRAS, MAP2K1,
MET, NRAS, PIK3CA, ROS1, TP53Congreso Nacional Laboratorio Clínico 2018
MATERIAL Y MÉTODOS
- Muestras: 10 pacientes y 2 controles sanos.
- Extracción de ADN circulante: sistema Maxwell® RSC ccfDNA Plasma kit.
- NGS: kit Oncomine™ Lung cfDNA Assay y secuenciación en un equipo Ion S5™
Sequencer.
- Confirmación de las mutaciones por PCR digital QuantStudio 3D.
Mutados EGFR en tratamiento con TKIs
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RESULTADOS
NGS
• 10 pacientes:
-19 mutaciones
-Mediana de frecuencia
alélica mutada (MAF)= 0,29%
• Controles sanos:
- No mutaciones
TP53(n=4)
EGFR(n=15)
Sensitizing(n=9)
Resistencia(n=6)
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RESULTADOS
NGS vs dPCR
- 17 mutaciones confirmadas por dPCR
MAF=13,42 % MAF=13,54%
0 5 10 15 20 25
16
14
12
10
8
6
4
2
0
dPCR
NG
S
Pearson´s r= 0,991
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CONCLUSIONES
• La NGS de alta sensibilidad permite la detección y cuantificación de mutaciones
relacionadas con cáncer de pulmón a partir de ADN circulante, lo que facilita el
estudio de biomarcadores de forma no invasiva.
• La PCR digital es una buena alternativa para la confirmación de los resultados
obtenidos por secuenciación masiva.
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¡¡Gracias !!
@LiquidBiopsyLab
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