Arbre du vivant : 3 Hypothèses

Réverse gyrase des hyperthermophiles

eubactérie

euryarchaebacterie

crénoarchaebacterie

LUCA génome ADN

LUCA génome ARN

De LUCA à aujourd’hui

Gène A

Dup

lica

tion

du

gène

A

Dif

fére

ncia

tion

de

la c

opie

Sec

onde

dup

lica

tion

Évo

luti

on d

es n

ouve

lles

cop

ies

Ressemblance

x

x’

A CBx x’ x’

Homologie

Convergence

x

x

A CBx’ x x’ x

x’

A CBx x’ x

Réversion

Similitude et Homologie

A CB

x

x x’

x’

x

réversionA CB

x

x’ x

x

x’

convergence

A CB

x

x x’

x’

x’

homologie

x’ x’A B

x

x

parallélisme

C D x

x

Gènes orthologues ou paralogues

1a 2a 3a 1b 2b 3b

Duplication de gène

Arbre réel, les gènes a sont orthologues entre eux, les b aussi, mais les a et les b sont paralogues.

1a 2b3a

1a 2a 3a

Avec des gènes orthologues

Avec des gènes paralogues

Arbres de taxons obtenus

T0

T1

T2 T3

T4

N5

N6

N7

N8

Réseau

T0

T1 T2 T3 T4

N5

N6

N7

N8

Arbre

Réseau Et Arbre

D et G forment un groupe PolyphylétiqueEx:pinnipèdes

Mono, para, polyphylieA

C

B

DE

F

G

B,C et D forment un groupe monophylétiqueEx:mammifères

C

B

DC et D forment un groupe paraphylétiqueEx: poissons

Qui sont des poissons?

Myxines

Lamproies

Poissons cartilagineux

Poissons osseux

Tétrapodes

Poissons cartilagineux

Poissons osseux

Tétrapodes

Pinnipèdes

Belette

Ours

Souris

Phoque

Otarie

Ca rn iv o re s

Pinnipèdes

Arbre obtenu avec une séquence protéique partielle de l’-globine

Homologie, paralogie

Place des apétales au sein des Angiospermes

Bessey

Engler et Prantl

Auteur(s)

évoluées

Les Ranales considérées comme ancestrales ont un strobile bisexué

À partir de 1915

primitives

Le strobile des apétales rappelle celui des gnétales. Ils sont tous deux à sexes séparés

1887-1915

Interprétation des apétales

InterprétationDate

Éponges 1

Sous classe Ordre Sous ordre Famille

Pachastrissa Tetractinom. Astrophorida Euastrophor. Calthropellidae

Erylus Tetractinom. Astrophorida Euastrophor. Geodiidae

Pachymatisma Tetractinom. Astrophorida Euastrophor. Geodiidae

Penares Tetractinom. Astrophorida Euastrophor. Ancorinidae

Stryphnus Tetractinom. Astrophorida Euastrophor. Ancorinidae

Discodermia Tetractinom. Astrophorida Streptosclerop Theonellidae

Corallistes Tetractinom. Astrophorida Streptosclerop Corallistidae

Poecillastra Tetractinom. Astrophorida Streptosclerop Pachastrellidae

Cynachyrella Tetractinom. Spinophorida Tetillidae

EuastrophoridaAstrophorida Streptosclerophorida

Tetractinomorpha Spirophorida

Pachastrissa Euastr.

Erylus Euastr.

Penares Euastr.

Pachymatisma Euastr.

Stryphnus Euastr

Discodermia Strepto.

Corallistes Strepto.

Poecillastra Strepto.

Cinachyrella Spino..

Éponges 2

Strepto

Alignement et phylogénie 1

1 A T G A A G G T

2 A T G A A G G T

3 T T A G A A G G

4 T T C * * A G G

5 T C C A G G G C

6 T C C C G G G C

1 2 3 4 5 6 7 8

1TA

3CG

8GT

2CT

5GA

8CG

4AG

6GA

3CA

4G*

5A*

4AC

* *A

1TA

3CG

8GT

2CT

5GA

8CG

4AG

6GA

3CA

6G*

7G*

4AC

A G * *

1TA

3CG

8GT

2CT

5GA

8CG

4AG

6GA

3CA

6G*

5A*

4AC

1

2

3

4

5

6

1

2

3

4

5

6

1

2

3

4

5

6

Le 3e arbre présenté ici est le consensus des 2 autres .

A * * G* * A G

Alignement et phylogénie

AlignementNb

d’arbresLg

Lg min

Lg Max

CI RI

1 1 12 12 19 1 1

2 1 12 12 19 1 1

3 3 12 12 18 1 1

Arbres calculés par une méthode de maximum de parcimonie, en utilisant 3 alignements différents pour les séquences des mêmes 6

taxons

Comparaison du monomère P3 de PRD1 (gauche) et du monomère

d’hexaèdre de l’Adénovirus (droite).

The two jelly rolls in each subunit are indicated with green and blue, and labeled as V1 and V2 for the PRD1 protein and as P1 and P2 for the Adenovirus protein.

Répartition des virus apparentés dans l’arbre universel du vivant.