blok licencjacki genetyczny - biol.uni.lodz.pl studenta/prezentacje_instytutow/blok... · 1-d, 2-d...
TRANSCRIPT
Blok licencjacki genetyczny
pozwala na uzyskanie szczegółowej wiedzy
z zakresu genetyki na poziomie komórkowym
i molekularnym
Jeśli chcesz wiedzieć: • w jaki sposób geny decydują o rozwoju
i funkcjonowaniu organizmów
• na czym polegają mutacje
• co leży u podłoża chorób genetycznych i nowotworowych
• jakie metody badawcze są wykorzystywane w genetyce
molekularnej, cytogenetyce
• co to są uszkodzenia DNA i jak sobie z nimi radzić
• jak wykorzystać dane z zakresu genetyki w biologii,
mikrobiologii, cytobiochemii
wybierz blok genetyczny
Gdzie można realizować prace
licencjackie?
• Katedra Genetyki Molekularnej (Instytut Biochemii)
• Katedra Cytobiochemii (Instytut Biochemii)
• Pracownia Cytogenetyki (Instytut Biologii Eksperymentalnej)
• Zakład Genetyki Drobnoustrojów (Instytut Mikrobiologii, Biotechnologii i Immunologii)
Do kogo należy się zgłaszać
w związku z realizacją pracy
licencjackiej?
• prof. dr hab. Wanda Małgorzata Krajewska Katedra Cytobiochemii
• prof. dr hab. Katarzyna Woźniak Katedra Genetyki Molekularnej
• dr hab. Renata Kontek prof. nadzw. UŁ Pracownia Cytogenetyki
• dr hab. Paweł Stączek prof. nadzw. UŁ Zakład Genetyki Drobnoustrojów
Krótki „przewodnik” po bloku
genetycznym
czyli:
czym zajmują się poszczególne
jednostki naukowe i jakie proponują
tematy prac licencjackich w roku
akademickim 2018/2019
• Relacje pomiędzy autofagią, starzeniem i reakcją komórki na uszkodzenia DNA
w nabłonku barwnikowym siatkówki
• Znaczenie modyfikacji epigenetycznych w reakcji komórki na uszkodzenia DNA
• Ekspresja genów szlaku BER w chorobie Alzheimera
• Zmienność genów naprawy DNA w chorobach depresyjnych
• Białka naprawy dwuniciowych pęknięć DNA jako cele dla spersonalizowanej terapii
przeciwnowotworowej opartej na syntetycznej letalności
• Genetyczne uwarunkowania chorób nowotworowych
• Identyfikacja mechanizmu uwrażliwiania komórek nowotworowych na leki
przeciwnowotworowe za pomocą inhibitorów naprawy DNA
Tematyka prac badawczych realizowanych
w Katedrze Genetyki Molekularnej:
Proponowane tematy prac licencjackich:
• Edytowanie genomów – narzędzie biologii molekularnej i medycyny
• Reakcja łańcuchowa polimerazy – nowe oblicza standardowej techniki
badawczej
• Sekwencjonowanie DNA – historia i nowoczesność
• Sekwencje mikrosatelitarne i ich wykorzystanie w medycynie
i sądownictwie
Proponowane tematy prac licencjackich:
Źródła grafiki: materiały Katedry Genetyki Molekularnej UŁ
• Klonowanie macierzystych komórek embrionalnych – problemy techniczne
i etyczne
• Proces naprawy DNA – Nobel w dziedzinie chemii w 2015 roku
• Długie niekodujące RNA
Katedra Cytobiochemii pracownicy samodzielni:
prof. dr hab. Wanda Małgorzata Krajewska (kierownik Katedry)
prof. dr hab. Magdalena Bryś,
dr hab. Anna Krześlak, prof. nadzw. UŁ,
dr hab. Małgorzata Rogalińska, prof. nadzw. UŁ
TEMATY BADAWCZE:
• Zaburzenia sygnalizacji modulowanej przez receptory związane z białkami G
w procesie transformacji nowotworowej
• Znaczenie homeostazy wapniowej w powstawaniu i progresji nowotworów
• Epigenetyczna regulacja receptora androgenów w raku piersi
• Czynniki genetyczne wpływające na niepłodność mężczyzn
Katedra Cytobiochemii
TEMATY BADAWCZE:
• Rola białek Polycomb w regulacji ekspresji genów związanych
z transformacją nowotworową oraz procesem autofagii
• Znaczenie zaburzenia modyfikacji histonów w progresji nowotworów
• Wpływ zaburzeń O-glikozylacji białek mitochondrialnych na metabolizm komórek
nowotworowych
• Poszukiwanie nowych związków przeciwnowotworowych indukujących apoptozę
komórek białaczkowych
• Personalizacja terapii przewlekłej białaczki limfocytowej
MATERIAŁ
Nowotwory endometrium, jelita grubego, piersi, prostaty, tarczycy,
białaczka limfocytowa B-komórkowa
METODY
• Hodowle komórkowe, modele zwierzęce
• Real-Time PCR
• Western blotting
• ChiP (chromatin immunoprecipitation)
• interferencja RNA
• wektory plazmidowe do wyciszania lub nadekspresji genów
• obrazowanie immunofluorescencyjne
• sekwencjonowanie DNA
• testy oceniające przeżywalność, proliferację i zdolność komórek do migracji
Katedra Cytobiochemii
Planowane tematy prac licencjackich*
• Onkowirusy
• Wpływ nonylofenolu na proces nowotworzenia
• HPV a nowotwory głowy i szyi
• Długie niekodujące RNA i ich znaczenie w procesie nowotworzenia
• Witamina D i jej znaczenie
• Otyłość a nowotwory
* Istnieje możliwość realizowania innych prac z zakresu biologii molekularnej
i genetyki po uzgodnieniu tematu z opiekunem
Katedra Cytobiochemii
Pracownia Cytogenetyki
dr hab. Renata Kontek prof. nadzw. UŁ ([email protected];) – kierownik Pracowni
dr hab. Alina Błaszczyk prof. nadzw. UŁ ([email protected])
dr Beata Marciniak adiunkt ([email protected])
Tematyka badawcza:
• cytotoksyczność związków pochodzenia naturalnego (potencjalnych biofarmaceutyków)
oraz związków chemicznych syntetyzowanych de novo o charakterze przeciwnowotworowym
• ocena poziomu apoptozy i nekrozy w komórkach
• analiza stopnia proliferacji komórek (indeks mitotyczny) oraz przebiegu cyklu komórkowego
• genotoksyczność związków o potencjalnej aktywności przeciwnowotworowej
• poziom stresu oksydacyjnego
Materiał badawczy: • prawidłowe i nowotworowe komórki człowieka
Metody: hodowle komórkowe, test MTT, test komety (analiza uszkodzeń i naprawy DNA), cytometria
przepływowa (badanie apoptozy i cyklu komórkowego), podwójne barwienia fluorochromami,, metody fluorescencyjne pozwalające na analizę struktur komórkowych (np. mikrotubul i wrzeciona podziałowego), badanie poziomu stresu oksydacyjnego w komórkach, mikroskopia świetlna i fluorescencyjna
Pracownia Cytogenetyki
Tematy planowanych prac licencjackich w roku 2018/2019:
• Jak starzeją się komórki? (dr hab. R. Kontek prof. nadzw. UŁ)
• Test kometowy (comet assay) w analizie genotoksyczności (dr hab. R. Kontek prof. nadzw. UŁ)
• Chromosomy w jądrze interfazowym (dr hab. A. Błaszczyk prof. nadzw. UŁ)
• Nanocząstki węglowe w terapii chorób nowotworowych (dr hab. A. Błaszczyk prof. nadzw. UŁ)
• Substancje pochodzenia naturalnego w terapii przeciwnowotworowej (dr B. Marciniak)
• i inne w zależności od zainteresowań studenta
dr hab. Paweł Stączek, prof. nadzw. UŁ - kierownik zakładu, dr Anita Ciesielska, dr Aleksandra Strzelczyk, dr Paulina Jęcz, mgr Adrian Soboń
• Oznaczanie aktywności biologicznej nowosyntetyzowanych związków (m.in. pochodnych tiosemikarbazydu, ferroceny, azirydyny) jako potencjalnych leków
antybakteryjnych
Pochodne tisemikarbazydu:
- Małocząsteczkowe związki (masa <400)
- Syntetyzowane w wyniku reakcji hydrazydu kwasu heterokarboksylowego z odpowiednim
izotiocyjanianem
- Siarkoorganiczne odpowiedniki semikarbazydów – hydrazydów kwasu karbaminowego (aminomocznika)
ogólny wzór tiosemikarbazydu
Wykazują właściwości: antybakteryjne, przeciwgrzybicze,
przeciwwirusowe, przeciwpasożytnicze, owadobójcze i chwastobójcze,
przeciwnowotworowe, przeciwzapalne, antydepresyjne
Zakład Genetyki Drobnoustrojów
Zakład Genetyki Drobnoustrojów
• Analiza ekspresji genów patogenności chorobotwórczych grzybów skórnych
(dermatofitów) w odpowiedzi na czynniki środowiskowe charakterystyczne dla
fazy zakażenia
• komputerowe analizy genomów
dermatofitów
Trichophyton
Microsporum
Epidermophyton
• pomiar ekspresji wybranych
genów, w tym transporterów leków
z rodziny białek ABC, przy
zastosowaniu technik
qPCR oraz RNAseq
• porównawcza analiza proteomu
dermatofitów hodowanych
w obecności zmiennych parametrów
środowiskowych
Proteomic analysis
Sample preparation
1-D, 2-D SDS-PAGE
LC-MS/MS, MALDI TOF/TOF
Protein identification using bioinformatic software
(eg. Mascot)
Analysis of changes in protein profile
PCA- principal component
analysis
Transcriptomic analysis
RNA libraries preparation
Data processing (clean reads)
sequencing (total reads)
gene assembly
analysis of changes in
gene expression
analysis of contigs, transcript
annotation, etc.
newly discovered
genes
Tematyka prac licencjackich dla bloku genetycznego:
• Ewolucja genów oporności
• Rola integronów w lekooporności u bakterii
• Nowe metody odkrywania antybiotyków (genomika, transkryptomika,
metabolomika)
• Małe cząsteczki RNA biorące udział w regulacji ekspresji genów
• Topoizomerazy jako cele molekularne dla leków przeciwbakteryjnych
i przeciwnowotworowych
• Bakteryjna regulacja ekspresji genów
• Plazmidy jako wielofunkcyjne narzędzia w biologii bakterii
Studentów pragnących poszerzyć swoje
zainteresowania genetyką zapraszamy
do: Sekcji Genetycznej
Studenckiego Koła Naukowego Biologów (opiekun dr Ewelina Synowiec)
Sekcji Cytogenetycznej
Studenckiego Koła Naukowego Biologów (opiekun dr hab. Alina Błaszczyk, prof. nadzw. UŁ)