BİTKİ VİRÜS HASTALIKLARINDA GEN KLONLAMA VE SUSTURULMASI

11 ARALIK 2013-26 MAYIS 2014

NEBRASKA ÜNİVERSİTESİ-LİNCOLN-NEBRASKABİTKİ PATOLOJİSİ BÖLÜMÜ

ABD

Dr. Hasan PINAR

Ziraat Yüksek Mühendisi

Alata Bahçe Kültürleri Araştırma İstasyonuErdemli/MERSİN

G. W. BEADLE BİYOTEKNOLOJİ MERKEZİ

(Bitki Buluşları Merkezi)

ZİRAAT FAKÜLTESİ

DERSLER

• Genetik Prof. Dr. Don Lee

• Açık Tozlanan Bitkilerde Islah Metotları Prof. Dr. P. Stephen Baenziger

• Kendine Tozlanan Bitkilerde Islah Metotları Prof. Dr. P. StephenBaenziger

• Genler ve Germplazm Geliştirme Prof. Dr. P. Stephen Baenziger

• Bitki Büyüme ve Gelişme Konu Başlığı Altında Bitki Fizyolojisi Doç. Dr. Tom Elthon

• Biyoteknolojik laboratuar uygulamaları (Bireysel) –Doç. Dr. AmitavaMitra,

Biyoteknolojik laboratuar uygulamaları • -DNA izolasyon,• -RNA izolasyon,• -Protein İzolasyon,• -PCR metodları,• -Southern Blot(DNA düzeyinde herbiside dayanınıklılığın belirlenmesi)• -Western Blot(Protein düzeyinde herbiside dayanınıklılığın belirlenmesi)• -Northern Blot(RNA düzeyinde herbiside dayanınıklılığın belirlenmesi),• -Primer Dizayn,• -SSR Markırları ile genetik haritalama,• -PCR ile antibiyotiklere dayanınıklılığı sağlayan genlerden dizayn edilmiş

primerlerle domates, mısır, buğday, soyafasülyesi ve sorgum genotiplerinde antibiyotiklere dayanınıklığın belirlenmesi,

• Gen Klonlama,• Gen Transferi,• Gen susturma,• Eliza testlemesi,• Fungus ve virüs inokülasyonu

BİTKİ VİRÜSLERİ

• Uluslararası Virus Sınıflandırması Komitesi Raporuna göre Dünyada 2012 yılına kadar 2,619 virüs türü rapor edilmiştir.

• 6 x 1010 Dolar (60.000.000.000) yıllık zarar

ÇÖZÜM

• Vektörlere karşı Kimyasal kullanımı

• Dayanıklı çeşit kullanımı

• a) Klasik yolla dayanıklılık genlerinin aktarılması

• b) Direk gen transferi

• c) Gen susturulması

Mechanism/

Stratergies

employed

Transgenic

plant

Source/ gene product Virus Reference

RNA interference common

bean

Replication initiator protein (rep; AC1),

transactivator protein (TrAP; AC2),

replication enhancer protein (REn; AC3)

and movement protein (BC1)

Bean golden mosaic virus

(BGMV)

Aragão and Faira

(2009)

N. tabacum cv. ‘Xanthi, N.

benthamiana

replicase gene of PMMoV

(54-kDa-protein region)

Pepper mild mottle virus

(PMMoV)

Tenllado et al., 2004

N. benthamiana 150 bp N gene

segments of TSWV, GRSV, TCSV and

WSMoV

TSWV, Groundnut ringspot

virus (GRSV), Tomato

chlorotic spot virus (TCSV)

and Watermelon silver

mottle virus (WSMoV)

Bucher et al., 2006

Nicotiana benthamiana full-length (FL; 894 nucleotides), 397-

nucleotide N-terminal and 491-

nucleotide C-terminal portions of the

coat protein (CP) gene

Cassava brown streak

Uganda virus (CBSUV);

Cassava brown streak virus

(CBSV)

Patil et al 2010

Nicotiana tabacum partial Tobacco mosaic virus (TMV)

movement protein (MP) gene and the

partial

Cucumber mosaic virus (CMV)

replication protein (Rep) gene

Tobacco mosaic virus,

Cucumber mosaic virus

Hu et al., 2011

Nicotiana benthamiana and

Tomato

a partial C2 gene from

ToLCTWV and the middle half of the N

gene of

TSWV

Tomato leaf curl Taiwan

virus

(ToLCTWV), Tomato

spotted wilt virus (TSWV)

Lin et al., 2011

Coat protein

meditaed

resistance

Tomato N gene Tomato spotted wilt virus

(TSWV)

Goldbach et al.

(2003)

Tobacco Coat protein (CP) Cucumber mosaic virus

sub

group IB

Srivastava and Raj

(2008)

N. benthamiana Coat protein (CP) Cowpea aphid-borne

mosaic

virus (CABMV)

Mundembe et al.

(2009)

Tobacco Coat protein (CP) cucumber mosaic virus Singh et al.(1998)

Tobacco Coat protein (CP) cucumber mosaic virus Jacquemond et al.

(2001)

Tobacco Coat protein (CP) cucumber mosaic virus Shin et al.(2002)

Nicotiana tabacum coat protein-mediated resistance (CP-

MR)

TMV Bendahmane et al., 2007

Nicotiana tabaccurn

Xanthi-nn

coat protein (CP) and mutants of the CP

(CPT42W)

TMV Bendahmane et al., 2002

Tobacco coat protein-mediated resistance (CP-

MR)

TMV Bendahmane and Beachy,

1999

N. benthamiana capsid protein (CP) Brome mosaic virus

(BMV)

Hema et al., 2010; Kao et al.,

2011

white clover (Trifolium

repens L.)

Coat protein gene (RNA4) Alfalfa mosaic virus

(AMV)

Panter et al., 2012

Chrysanthemum

morifolium cv. Kundan

Coat protein (CP) CMV Kumar et al 2012

Replicase

Mediated

Resistance

Tobacco Modified tobacco mosaic virus

replicase transgene

Broad spectrum ressitance

to

Tobamoviruses

Donson et al.

(1993)

Potato replicase gene ORF2b potato leaf roll virus

(PLRV)

Vazquez Rovere et al., 2001

potato plants cv. Desirée complete sense PLRV replicase gene potato leaf roll virus

(PLRV)

Ehrenfeld et al., 2004

Lilium cv Acapulco Defective CMV replicase gene (CMV2-

GDD)

cucumber mosaic virus

(CMV)

Azadi et al., 2011

Gladiolus defective replicase gene CMV Kamo et al 2010

RNA dependent

RNA

polymerase

medited resistance

Tobacco Gene encoding viral RNA

dependent RNA-polymerases

(RdRps)

Tobacco mosaic virus Golemboski et al.

(1990)

RNA satellites Pepper Sat-I17N cucumber mosaic virus Kim et al. (1997)

Nicotiana benthamiana

and Arabidopsis thaliana

interfering satBaMV Bamboo mosaic virus Lin et al., 2013

N. tabacum cv Xanthi satellite RNAs CMV Palukaitis and Roossinck,

1996

Tomato Sat-S CMV-1 Stommel et al. 1998

Antisense

RNAs

Tobacco (CMV-D) cucumber mosaic virus Cuozzo et al.

(1988)

Tobacco (CMV-Q) cucumber mosaic virus Ali et al.(1988)

ribosome-

inactivating proteins

(RIP)

Tobacco TCS (Trichosanthes kirilowii) cucumber mosaic virus Krishnan et al.

(2002)

Beta vulgaris L. beetins artichoke mottled crinkle

virus (AMCV)

Iglesias et al 2005

Ribonucleases Tobacco 2-5Aase + RnaseL cucumber mosaic virus Honda et al.(2003)

Tobacco pac1 (Yeast) CMV, TMV, PVY Watanabe et al. 1995

Enhancement

of HR/SAR

Tobacco 2-5Aase + RNaseL cucumber mosaic virus Honda et al.(2003)

Pepper Tsi1 (Tobacco) cucumber mosaic virus,

Pepper mild mottle virus

(PMMV)

Shin et al.(2002b)

Nicotiana tabacum TMV infection TMV Kathiria et al., 2010

Hammerhead

ribozyme

Tobacco Conserved sequences of

RNA1 and 2 of CMV-Y

cucumber mosaic virus Kwon et al.(1997)

microRNAs A. thaliana amiR-P69(159), amiR-HC-Pro(159)

and amiR- TuCP(159)

TYMV and TuMV Niu et al., 2006

A. thaliana and N.

tabacum

designed amiRNAs that target the

putative RISC accessible target sites

CMV Duan et al., 2008

N. benthamiana Artificial miRNA targeting sequences

encoding the silencing suppressor 2b

of CMV

CMV Qu et al., 2007

Nicotiana tabacum amiRcp-8 targeting the 3′ end (nt735-

nt754) region of PVY coat protein

PVY Jiang et al., 2011

tomato cv. Huafan

(A101)

Two amiRNAs, targeting the coding

sequence shared by the 2a and 2b

genes and the highly conserved 3'

untranslated region (UTR) of CMV

CMV Zhang et al., 2011

Nicotiana benthamiana amiRNAs targeting conserved motifs

of the L (replicase) gene of

Watermelon silver mottle virus

(WSMoV)

WSMoV Kung et al., 2012

A. thaliana amiR159-HCPro

targeting 21 nucleotides in the Turnip

mosaic virus (TuMV)

TuMV Martínez et al., 2013

Plantibodies Tomato ScFv antibodies Cucumber mosaic virus Villani et al.(2005)

Potato ScFv antibodies PVY Gargouri-Bouzid

et al.(2006)

Tobacco ScFv antibodies Cucumber mosaic virus Aebig et al.(2006)

Nicotiana benthamiana single-chain Fv fragments (scFvs)

antibodies

Tomato bushy stunt virus

(TBSV)

Boonrod et al.

(2004)

hp

-RN

ADicer

RISC

Virus RNA

Virus mRNA parçalanması ve protein

üretilmez

BRBL Promoter

Anti-sense

viral dizin

Sense

viral dizinLinker

DNA

terminator

hairpin RNA (hp-RNA) konstrak

Virus sipesifik siRNA

Gen Susturulmasının Kullanım Alanları

• Terapi– Aday genler, ilaç geliştirilmesi, ve terapi

• Genomda RNAi taraması– Gen fonksiyonlarının belirlenmesi– Aday genlerin ve ilaçların keşfi

• Sistem biyoloji– Dayanım kazandırılması,– Yeni maddelerin üretilmesi veya üretilmemesi

Virüslere Karşı Dayanım

www.nobelprize.org

1234 (1 virüs 4 gen) Turnip mosaic virus (TuMV)

• TuMV1 (for 1234)• Atcccaaggacaagcaagcggaccatctatgaagcacaggttgacacagctacgcgatgtcatcaagtcaagctacccacgcttcaagcatgcagtgcagatactagataggtatgacgatggagtt

gaaaaagctgcattcccacacgtcaacaagctaaacgcaatattgatcaaaggggccacagtaacaggagaggaattctcgcaggctacgaagcacttgctcgagatagcacgatacctgaagaacagaaccgagaacattgagaagggttcactgaagtcctttcgcaacaagatttcccagaaagcgcacatcaaacccaacactaatgtgtggacaaccagctcgatagaaatggaaatttcatatggggtgagagaggataccatgcaaaacgattcttcag

• TuMV2• gagcggaataacggtgaactcgtaataaaatcacgacatggtgagttcgtgattaaaaacacaactcagctacacttgctaccgattccagacagagatcttctgctaatccggttaccaaaggacgt

cccaccctttccacagaaattgggtttcaggcaacctgagaaaggtgaacgaatttgcatggtggggtccaatttccaaaccaagagcataacgagtatagtctctgagactagtacaataatgccagtggagaacagtcagttttggaaacactggattagcactaaagacggccaatgcggaagtccaatggtgagcacgaaagacgggaaaatactgggattacacagcctagcgaacttccagaactcccatcaattactttgctgctttcccagatgattttgccgagaagtatcttcataccattgaagcacacgagtgggtcaagcactggaagtataacactagcgccatcagttggggctctttgaatatacaagcatcgcaaccgtccggcttgttc

• TuMV3• Agtgtggaacggtcgctgaaggcagagttgcgaccactagaaaaagtggaagcaaacaaaacacggacgtttactgccgcaccactagacacactgttgggtggaaaagtttgcttggatgatttca

acaaccagttctatgatcacaaccttagagctccttggagcgttggcatgacaaagttttattgtggttgggatcgcttgttggagtcgttgccagatggttgggtgtattgcgatgctgatggctcacagttcgacagctcgctatcgccatacttgatcaacgcagtactcaacatccgcttaggattcatggaagagtgggacataggggaggtaatgctgagaaatttgtacaccgaaatcgtgtatacccctatttctacaccagatggtacactcgtcaagaagttcaaaggaaacaatagcggacagccatcgactgttgtggacaacacgctcatggtcatattggcagtcaactattcactcaagaaaagcggaattccaagtgagttgcgcgac sacI picked

• TuMV4• Tgacagacgagcaaaagcaggcagagaaggagaagaaggagagagagaaggcagaaaaggaacgagagaggcaaaagcagttggcactcaagaaaggcaaggatgttgcacaagaagagg

gaaaacgcgacaaggaagtaaacgctggaacctgtggaactttcagtgtacccagactcaagagtctgacaagcaagatgcgcgtgccaagatacgagaaaagagtggctctaaacctcgatcatctaatcctatacacgccggagcagacggatctatccaacacacgttcaacgcgaaagcagtttgacacatggtttgaaggtgtaatggctgattacgaactgacggaggacaaaatgcaaatcattctcaatggtttaatggtctggtgcattgagaacggaacctccccgaacataaacggaatgtgggtgatgatggacggcgacgatcaggtggaattcccgatcaaaccgctcattgaccacgccaaacccacatttaggc

• 1234 compile• Atcccaaggacaagcaagcggaccatctatgaagcacaggttgacacagctacgcgatgtcatcaagtcaagctacccacgcttcaagcatgcagtgcagatactagataggtatgacgatggagtt

gaaaaagctgcattcccacacgtcaacaagctaaacgcaatattgatcaaaggggccacagtaacaggagaggaattctcgcaggctacgaagcacttgctcgagatagcacgatacctgaagaacagaaccgagaacattgagaagggttcactgaagtcctttcgcaacaagatttcccagaaagcgcacatcaaacccaacactaatgtgtggacaaccagctcgatagaaatggaaatttcatatggggtgagagaggataccatgcaaaacgattcttcaggagcggaataacggtgaactcgtaataaaatcacgacatggtgagttcgtgattaaaaacacaactcagctacacttgctaccgattccagacagagatcttctgctaatccggttaccaaaggacgtcccaccctttccacagaaattgggtttcaggcaacctgagaaaggtgaacgaatttgcatggtggggtccaatttccaaaccaagagcataacgagtatagtctctgagactagtacaataatgccagtggagaacagtcagttttggaaacactggattagcactaaagacggccaatgcggaagtccaatggtgagcacgaaagacgggaaaatactgggattacacagcctagcgaacttccagaactcccatcaattactttgctgctttcccagatgattttgccgagaagtatcttcataccattgaagcacacgagtgggtcaagcactggaagtataacactagcgccatcagttggggctctttgaatatacaagcatcgcaaccgtccggcttgttcAgtgtggaacggtcgctgaaggcagagttgcgaccactagaaaaagtggaagcaaacaaaacacggacgtttactgccgcaccactagacacactgttgggtggaaaagtttgcttggatgatttcaacaaccagttctatgatcacaaccttagagctccttggagcgttggcatgacaaagttttattgtggttgggatcgcttgttggagtcgttgccagatggttgggtgtattgcgatgctgatggctcacagttcgacagctcgctatcgccatacttgatcaacgcagtactcaacatccgcttaggattcatggaagagtgggacataggggaggtaatgctgagaaatttgtacaccgaaatcgtgtatacccctatttctacaccagatggtacactcgtcaagaagttcaaaggaaacaatagcggacagccatcgactgttgtggacaacacgctcatggtcatattggcagtcaactattcactcaagaaaagcggaattccaagtgagttgcgcgacTgacagacgagcaaaagcaggcagagaaggagaagaaggagagagagaaggcagaaaaggaacgagagaggcaaaagcagttggcactcaagaaaggcaaggatgttgcacaagaagagggaaaacgcgacaaggaagtaaacgctggaacctgtggaactttcagtgtacccagactcaagagtctgacaagcaagatgcgcgtgccaagatacgagaaaagagtggctctaaacctcgatcatctaatcctatacacgccggagcagacggatctatccaacacacgttcaacgcgaaagcagtttgacacatggtttgaaggtgtaatggctgattacgaactgacggaggacaaaatgcaaatcattctcaatggtttaatggtctggtgcattgagaacggaacctccccgaacataaacggaatgtgggtgatgatggacggcgacgatcaggtggaattcccgatcaaaccgctcattgaccacgccaaacccacatttaggc

• Linker 1234 F Xba• ACT TAG tct aga TCC CTT CGG GAA GCG TGG CGC TTT CTC• Linker R 1234 Pst• ATG GAT ctg cag CTA GTG TAG CCG TAG TTA GGC CAC CAC• 1234 we have• AAT CGA gga tcc ATC CCA AGG ACA AGC AAG CGG ACC• 1234 R 1st Xba• AAC GTC tct aga CCT AAA TGT GGG TTT GGC GTG GTC• 1234 2nd F Hind• TGA GTA aag ctt ATC CCA AGG ACA AGC AAG CGG ACC• 1234 2nd R Pst• ACT CAT ctg cag CCT AAA TGT GGG TTT GGC GTG GTC•

• Linker 111 For• TGA GTA gtc gac TCC CTT CGG GAA GCG TGG CGC TTT CTC• 111 we have• AAT CGA gga tcc ATC CCA AGG ACA AGC AAG CGG ACC• 111 R 1st Sal• TTG AGT gtc gac GGT ACT ATG ACC ATA TCC CTC ATT• 111 2nd F Hind• TCT GAT aag ctt ATC CCA AGG ACA AGC AAG CGG ACC• 111 2nd R Pst• TTC CAT ctg cag GGT ACT ATG ACC ATA TCC CTC ATT

PCR

Ligation (Yapıştırma)

Digestion (Kesme)

E.Coli Transformasyon

Forvard primer 5’TGCACCATCGTCAACCACTA 3’Reverse primer 5’ACAGCGACCACGCTGTTGAA 3’

Bar genini taşıyan plazmid

4321 1234Linker

500 500 500 500

CaMV

PROMOTORTERMİNATOR

NosRB LB

500 500 500 500

111 111Linker

500 500 500

CaMV

PROMOTORTERMİNATOR

NosRB LB

500 500 500

DOMATES

ELISA plate

NOTHERN BLOTTİNG

T2 WT+

T2 WT+

19.3 19.3

7.7 7.7

6.2 6.2

3.5

5.1 kb

3.5

kan ORF PROTEİN

WESTERN BLOTTİNG

SEBZE TARIMI KONGRESİ-2014-TEKİRDAĞ

RECENT ADVENCES OF RNAi-MEDIATED GENE SILENCING IN PLANT BIOTECNOLOGY

• Hasan PINAR1 Joydeep BANERJEE2

• 1 Alata Horticultural Research Station, Mersin-Turkey• 2 University of Nebraska, Department of Plant Pathology, Lincoln-Nebraska-USA

• 1hpinarka@yahoo.com• Abstract• RNA interference (RNAi) is a well-established and important method for analyzing gene functions in

eukaryotes. It is a double-stranded RNA (dsRNA)- mediated gene-silencing phenomenon that is conservedamong various organisms, including animals and plants. Because of its high specificity and efficiacy, it hasbeen widely used as an efficient tool to analyze gene function.

• RNAi pathway is initiated by dicer enzyme, which cleaves the larger dsRNA into small interfering RNA(siRNA). siRNA is unwound into single stranded RNA and the guide strand is involved in the RNA-inducedsilencing complex (RISC). The single stranded siRNA-mediated cleavage of the sequence specificmessenger RNA is carried out by Argonaute and subsequently lead to gene-silencing. In addition to thistype of post-transcriptional gene silencing, siRNAs also regulate transcriptional gene silencing by inducingDNA-methylation.

• RNAi has been reported to occur naturally in organisms such as nematodes, trypanosmes, plants andfungi. RNA silencing is a conserved sequence-specific gene regulation system, which has an essential rolein the development and maintenance of genome integrity in a wide variety of organisms. In higher plantsand insects, RNA mediated silencing has been used for plant functional genomics, virus resistance inplants, metabolic engineering of transgenic plants and to generate ınsect as well as nematode resistantplants.

• In this paper recent advences on RNAi-mediated gene silencing in plant biotecnological aplications havebeen reviewed and discussed.

• Key words: RNAi, gene silencing, plants

Effect of salt stress on seed germination, seedling growth and calli growth in transgenic lines along with untransformed rice plant and salinity induced

expression of OsGLP1 in untransformed plant.

Alınan bu eğitimle;-Moleküler yöntemlerde kullanmak üzere, DNA, RNA, Protein izolasyonu, Doku kültürü çalışmaları, Doku kültürü ortamında stres uygulaması, Primer dizayn, GDO’lu ürün tespiti, Elisa testi kullanarak hastalık testlemesi, Genetik haritalama,Klasik ve moleküler ıslah proğramı hazırlama, Moleküler yardımıyla melezleme yoluyla gen aktarımı,Gen klonlanması ve Susturulması Gen transferi ve transfer edilmiş genlerin belirlenmesi, Islah programlarında kullanmak üzere douple-haploid bitki elde edilmesi yapabilir düzeye gelinmiştir.

1-Biberde (Capsicum annum L.) Moleküler Markörler Kullanılarak Bazı Hastalık ve ZararlılaraDayanıklı Hat Geliştirilmesi(Proje Lideri)

2-Domateste Moleküler Markörler Kullanılarak Bazı Hastalık ve Zararlılara Dayanıklı HatGeliştirilmesi(Proje Lideri)

3-Doğu Akdeniz Bölgesinde Badem Genetik Kaynaklarının Muhafazası, Değerlendirilmesi,Morfolojik ve Moleküler Karakterizasyonu (Proje Lideri)4- Türkiye’de Muz Seleksiyonu ve Karakterizasyonu-2 (Proje Lideri).

5- Doğu Akdeniz Bölgesinde Avakado Genetik Kaynaklarının Muhafazası, Değerlendirilmesi,Morfolojik ve Moleküler Karakterizasyonu (Yardımcı Araştırmacı)

6- Bazı Yerli ve Yabancı Kayısı Çeşitlerinde Melezleme Islahı Üzerine Araştırmalar (YardımcıAraştırmacı).

7- Farklı Su Düzeyleri ile Potasyum Uygulamalarının Nar Meyvesinde (Punica granatum L.)Çatlamaya Etkileri (Yardımcı Araştırmacı)

8- ‘Türkiye F1 Hibrit Sebze Çeşit ve Nitelikli Hat Geliştirme Projesi’nde (Tübitak 1007 )Yardımcı Araştırmacı

9- Domateste Yüksek Sıcaklıklara Tolerant Nitelikli Hatların Belirlenmesi ve F1 Hibrit ÇeşitlerinGeliştirilmesi(Yürütücü-TUBİTAK 1007 alt iş paketi)

10- Domateste Düşük Sıcaklığa Tolerant Hatların Belirlenmesi ve F1 Hibrit Çeşit Geliştirilmesi(Yürütücü-TUBİTAK 1007 alt iş paketi)

11- Biberde Kuraklığa Tolerant Nitelikli Hatların Belirlenmesi (Yürütücü-TUBİTAK 1007 altiş paketi)

12- Biberde Yüksek Sıcaklığa Tolerant Nitelikli Hatların Belirlenmesi ve F1 Hibrit ÇeşitGeliştirilmesi(Yürütücü-TUBİTAK 1007 alt iş paketi)

Uygulamaya Aktarma

13- Biberde Nematoda Tolerant Nitelikli Hatların Geliştirilmesi(Yürütücü-TUBİTAK 1007 alt işpaketi)14- Domateste Tuza Dayanıklılık için Yüksek Çözünürlükte Haritalama (Araştırmacı-TUBİTAK1001)15- Alata Sarımsağının (Allium sativum L.) Meristem Kültürü ile Arındırılması ve Çoğaltılması(Yardımcı Araştırmacı)16- Ispanakta (Spinacia oleracea L.) Anter Kültürü ve Işınlanmış Polenle Tozlama Yöntemi ileHaploidizasyon (Yardımcı Araştırmacı)17- Türler Arası Melezleme İle Capsicum annuum’da Genetik Tabanının Genişletilmesi (YardımcıAraştırmacı)18- BIO-INCROP Avrupa Birliği projesi (Yardımcı Araştırmacı)19- Türk Biberlerinde Anter Kültürü Yoluyla Double Haploid Bitki Eldesi-Fito-Semilis Tohum Firmasıİşbirliği Projesi-ÖZEL SEKTÖR (Yardımcı Araştırmacı)20- Akdeniz bölgesi Muz alanlarında önemli bitki paraziti nematodlların yaygınlığı, popülasyondalgalanması ve zarar durumlarının belirlenmesi-TUBİTAK 1001 (Yardımcı Araştırmacı)21- Kök Boğazı Yanıklığı Hastalığına (Phytophthora Capsici Leon.) Dayanıklı Karaisalı Biber HattıGeliştirilmesİ-TAGEM (Yardımcı Araştırmacı)22- Mersin İlinde Doğal Yayılış Gösteren Keçiboynuzu (Ceratonia Siliqua L.) Genotiplerinin SrapTekniği İle Moleküler Karakterizasyonu-ORMAN VE SU İŞLERİ BAKANLIĞI-(YardımcıAraştırmacı)23- Markır Yardımlı Seleksiyon ve Haploidi Yöntemi ile hastalıklara dayanıklı biber hatlarınıngeliştirilmesi-TUBİTAK 1505 (Yardımcı Araştırmacı)24- Türkiye Su kabağı (Lagenaria siceraria) Genetik Kaynaklarının Tuz Stresine Karşı Taranması(Screening)-AB-COST-2515 (Yardımcı Araştırmacı)25- Ülkemizde Bazı ‘Candidatus Phytoplasma prunorum’ İzolatlarının Moleküler Karekterizasyonu ve16SrX grubundan ‘Ca. P. mali’, ‘Ca. P. pyri ve ‘Ca. P. prunorum izolatlarının virülenslik DüzeylerininBelirlenmesi-TAGEM-(Yardımcı Araştırmacı)

BİLGİ PAYLAŞIMI1- 2010-2014 Yılları arasında 6 adet Biyoteknolojiyikullanabilen Alata Araştırma İstasyonunda Araştırmacı ve 8 teknisyen ve laborant eğitilmiştir.

2- Bakanlığımız Hizmet İçi Eğitim Kapsamında 120 mühendis ve araştırmacıya Tarımsal Biyoteknoloji Eğitimi verilmiştir.

3- Haziran 2014’den bu yana Gen Klonlanması ve Susturulması konusunda 8 adet araştırmacı ve 4 adet Laborant teorik ve Uygulamalı olarak eğitilmektedir.

4- Eylül 2014’den itibaren Bakanlığımız Araştırma kuruluşlarında ve bazı Üniversitelerde seminer verilecektir.

MAS (Moleküler Yardımıyla Seleksiyon)

KULLANILARAK DOMATESTE BAZI

HASTALIK VE ZARARLILARA DAYANIKLI HAT

GELİŞTİRİLMESİ

Dr. Hasan PINAR

Atilla ATA

Dr. Davut KELEŞ

Doç. Dr. Nedim MUTLU

Nihal DENLİ

Ceren EKŞİ

Halil GÜR

Klasik Islah metoduyla F1,’ler ve Islah hatlarında elde edilmiş Patojen Dayanıklıklıları

Virus Beet curly top virus (BCTV) Tütün Mozaik Virüsü(TMV) Domates Mozaik Virüsü(ToMV) Domates Sarı Yaprak Kıvırcıklığı Virüsü(TYLCV) Domates Lekeli solgunluk Virüsü (TSWV) Bakteri Corynebacterium michiganense Pseudomonas solanacearum Pseudomonas syringae pv. tomato Nematod Meloidogyne spp. Mantar Alternaria alternata f. sp. lycopersici Alternaria solani Cladosporium fulvum Fusarium oxysporum f. sp. lycopersici Fusarium oxysporum f. sp. radicis-lycopersici Phytophthora infestans Pyrenochaeta lycopersici Stemphylium solani Verticillium dahliae

Biberde (Capsicum annum L.) Moleküler Markörler Kullanılarak Bazı Hastalık ve Zararlılara Dayanıklı Hat

Geliştirilmesi

Hasan PINAR

Dr. Davut KELEŞ

Atilla ATA

Duygu ALTUNÖZ

Nihal DENLİ

Ceren EKŞİ

Doç. Dr. Nedim MUTLU

Prof. Dr. Saadet BÜYÜKALACA

TSWV(Tsw)

TSWV enfeksiyonundan kaynaklanan verim kayıp oranları % 30’ dan %100’ e kadardeğişebilmektedir (Cho ve ark., 1986; German ve ark., 1992).

0.87 cM

Domates (Solanum lycopersicon L.)'te Tuza Tolerans için Yüksek Çözünürlükte Haritalama

Prof. Dr. Sami DOĞANLAR

Dr. Davut KELEŞ

Hasan PINAR

Biber’de (Capsicum annuum L.) Çinko Etkinliğini Kontrol Eden Genlerin Kalıtımının Belirlenmesi ve Bu

Genlere Bağlı Moleküler Markırların Geliştirilmesi

Hasan PINARDoç. Dr. Nedim MUTLU

Dr. Davut KELEŞAtilla ATA

Prof. Dr. Saadet BÜYÜKALACA

TUBİTAK TOVAG 110O107

A. Uluslararası hakemli dergilerde yayınlanan makaleler:

• A1. Anne Frary, Denız Göl, Davut Keleş, Bılal Ökmen, Hasan Pınar, Hasan Ö Şığva, Ahmet Yemenıcıoğlu AndSamı Doğanlar 2010. Salt tolerance in Solanum pennellii: antioxidant response and related QTL BMC PlantBiology 2010

• A2. Frary, A., Pınar, H., Göl, D., Keles, D., Doğanlar, S. (2011) NaCI tolerance in Solanum pennelliiintrogression lines: QTL related to physiological responses. BIOLOGIA PLANTARUM.

• A3. Pınar, H., Unlu M., Ercisli, S. Uzun A., Bircan, M. Yilmaz, K.U., Agar, G..2013. Determination of geneticdiversity among wild grown apricots from Sakit valley in Turkey using SRAP markers Journal of AppliedBotany and Food Quality 86, 55 - 58 (2013)

• A4. Pınar, H., Kaymak, S., Özongun, S., Uzun, A., Unlu, M., Bırcan, M. 2014. Fruit Quality and SRAP MarkersBased Genetic Diversity Analysis of Turkish Quince Germplasm SABRAO Journal of Breeding and Genetics.(Değerlendirme Sürecinde)

• A5. Pınar, H., ., Uzun, A., Unlu, M., Bırcan, M., Gülsen, O., Yilmaz, C., Gübbük, H., 2014. Identification of Banana Accessions Sampled from Subtropical Region of Turkey Usıng Srap Markers In Turkey BulgarianJournal of Agricultural Science. (Değerlendirme Sürecinde)

• A6. Pinar H., Ercisli, S., Unlu, M., Bircan, M., Uzun, A., Keles, D., Baysal, F., Atli H. S., Yilmaz, K. U.. 2014 Determınatıon Of Genetıc Dıversıty Among Some Almond Accessıons...Genetika (Kabul edildi).

• A-7 Pinar H., Ercisli, S., Unlu, M., Bircan, M., Uzun, A., Yilmaz, K. U.. 2014 Determınatıon Of Self-(In)Compatıbılıty In Some Turkısh Cultıvated And Wıld Aprıcots. Genetika (Kabul edildi)

• A-8 Banerjee, J., Pinar, H. Effect of salinity stress and auxin treatment on the OsGLP1 down-regulated riceplants Biochemical and Biophysical Research Communications (Değerlendirme Sürecinde)

• A-9 Keles, D. Pinar, H., Ata, A. Taskın, H. Buyukalaca, S. 2014. Obtention of spontaneous dihaploid plantsvia anther culture in different pepper types. Turkish Journal of Biology (Değerlendirme Sürecinde)

B. Uluslararası bilimsel toplantılarda sunulan ve bildiri kitabında (Proceedings) basılan bildiriler :

• B3. CANAN, I.., PİNAR, H., GULSEN, O., YİLMAZ, C., AGAR, T., 2009. Effect of 1-MCP, MAP, KMNO4 andcombinations on shelf life and eating quality of Anamur banana (Musa sp. dwarf cavendish)6th InternationalPostharvest Symposium. Antalya. TURKEY. Abstract Book. P-227

• B4. GULSEN, O., UZUN, A., PINAR, H., CANAN, I., SEDAY, U., 2008. Surveying rumple disorder in a seven year-oldlemon orchard in Turkey. XI. International Citrus Congress, 26-30 October, Wuhan, China

• B5. MUTLU, N., KELES, D., PINAR, H., ATA, A. (2011).Determination of heritability of zinc-efficiency in pepper (Capiscum annum L.) and development of molecular markers linked to QTL/genes controlling zinc-efficiency.”3. International Symposium on trace Elements&Health TRACEl 2011 May 2011 Murcia Spain . COST FA 0905

• B6. PINAR,H., TÜRKAY, C., YILMAZ, C., BIRCAN, M., ÇAKIR, İ., KOZAK, B., PAYDAŞ, S. (2011). Sesonal Changes Of Some Nutrition Elements In Banana (Dwarf Cavendish) Leaves In Turkey.II Balkan Symposium on Fruit Growing(2011)

• B7. PINAR,H., KAYMAK, S. ÜNLÜ, M., BIRCAN, M., UZUN, A. (2011) Determination of Self-Compatibility viaMolecular Marker in Some Apricot Cultivars in Turkey. II Balkan Symposium on Fruit Growing (2011)

• B8. PINAR,H, ORTAS, I., KELES, D. (2012) Mycorrhizal dependency of different pepper genotypes. 2nd Symposiumon Horticulture in Europe July 1-5, 2012 Angers, FRANCE

• B9. ATA, A., BÜYÜKALACA, S., KELEŞ, D., PINAR, H.2012. Determination of Relationship Between Culture Media, Genotype and Season in Pepper (Capsicum Annuum L.) Anther Culture. Horticulture in Europa Angers/FRANCE

• B10. ATA., A., BÜYÜKALACA, S., KELEŞ, D., PINAR, H., Denli., N.,.2011. Yüksek Sıcaklıklara Tolerant Biber Genotiplerinde Anter Kültürüne Mevsim Etkisi. VI. Bahçe Bitkileri Kongresi-Şanlıurfa 4-7 Ekim Şanlıurfa

• B11. PINAR, H., MUTLU, N., KELEŞ, D., ATA, A., BÜYÜKALACA, S., 2013. Determination of Soil Zinc Efficiency andSymptoms of Some Pepper Species Soil Water Journal(2013) Vol 2, Number 2(1) p. 187-194

C. Yazılan ulusal/uluslararası kitaplar veya kitaplarda bölümler :

• C1. H.Pınar., Muz Yetiştirciliği (2011).• D. Ulusal hakemli dergilerde yayınlanan makaleler :• D1. Pınar, H., Aras, V., Keleş, D., Ünlü, M., Mutlu, N., (2011) Karpuzda Fusarium Solgunluğuna

Dayanikliliğin Moleküler Markör Yardimiyla Belirlenmesi Alatarım Dergisi . 10 (2): 57-62 • D2. Pınar,H., Türkay, C., Yılmaz, C., Bircan, M., Çakır, İ., Kozak, B., Paydaş, S. (2011). Anamur

Koşullarında Örtüaltında Yetiştirilen Muzların Beslenme Durumlarının İncelenmesi Alatarım Dergisi 10 (1): 26-33. 2011 Mersin

• D3. Pınar, H., Türkay, C., Canan, I. (2007) Türkiye’de Muz Yetıştırıcılığı, Sorunları ve Çözüm Önerileri Alatarım Dergısı 2007, 6 (2): 15-20 Erdemli.

• D4. Türkay,C., Öztürk, H. H., Pınar, H., Hocagil, M. M (2006) Anamur Yöresindeki Muz Seralarının Yapısal ve İşlevsel Özellikleri Dergisi Alatarım Aralık 2006 Mersin.

• D5. Pınar, H. Ata, A. Keleş, D., Mutlu, N. (2013) Domateste Bazı Hastalık ve Zararlılara Dayanıklı Hat ve Çeşit Geliştirmede Moleküler Markırların Kullanımı Alatarım Dergisi Haziran 2013 s: 36-43

• D6. Pinar, H. Ata, A. Keleş, D., Mutlu, N., Denli, N., Unlu, M. 2013. Domates Hatlarında Fusariumoxysporum f. sp. lycopersici’ye Dayanıklılığın Moleküler Markörler Yardımıyla Belirlenmesi Batı Akdeniz Tarımsal Araştırma Enstitüsü Derim Dergisi, 2013, 30 (1):15-23

•

• E. Ulusal bilimsel toplantılarda sunulan ve bildiri kitaplarında basılan bildiriler:• E1. Pınar, H., Kaymak, S. Özongun, Ş., Ünlü, M., Bırcan, M., Uzun, A.(2011) Bazı Ayva Genotipleri Arasindaki Genetik

Benzerliğin Srap Moleküler Markir Sistemiyle Belirlenmesi VI.Bahçe Bitkileri Kongresi-Şanlıurfa (Özet Kitabı)• E2. Pınar, H., Aras, V., Ünlü, M., Nacar, Ç.,, Mutlu, N., Keleş, D., Özden, Y. Ş., Ermiş, S. (2011) Bazı Karpuz Çeşit ve

Genotiplerinde Fusarium Solgunluğunun (Fusarium oxysporum f. sp. Niveum) 1 Numaralı Irkına Dayanıklılığın SCAR Markırı(P01-700) ile Belirlenmesi VI.Bahçe Bitkileri Kongresi-Şanlıurfa

• E3. Pınar, H. Ata, A. Keleş, D., Mutlu, N., Denli, N., Büyükalaca S., Özaslan, A.(2011) Bazı Elit Domates Hatlarında Mi Dayanıklılık Geninin Moleküler Markırlarla Belirlenmesi VI.Bahçe Bitkileri Kongresi-Şanlıurfa

• E4. Pınar,H., Bircan, M.,Türkay, C., Yılmaz, C.,( 2011) Bazı Muz Klonlarının Anamur Koşullarında Plastik Örtü Altında Performanslarının Belirlenmesi VI.Bahçe Bitkileri Kongresi-Şanlıurfa

• E5. Nacar, Ç., Pınar, H., Ünlü, M., Aras, V., Denli, N. Ve Keleş, D.(2012) Bazı yazlık kabak (Cucurbita pepo) Hatlarında Genetik Farklılığın SRAP SRAP(Sequence-related amplified polymorphism) Marker Sistemleriyle Belirlenmesi VI.Bahçe Bitkileri Kongresi-Şanlıurfa

• E6. Pınar, H. Denli, N., Ata, A. Keleş, D., Büyükalaca S. (2011) Biberde Türlerarası Melezlemede Farklı Tarihlerde Yapılan Embriyo Kurtarmasının Embriyo Sayısı Ve Bitkiye Dönüşüme Etkileri . IV Tohumculuk Kongresi.s.109-113 14-17 Haziran 2011 Samsun.

• E7. Pınar, H. Ata, A. Keleş, D., Mutlu, N., Denli, N.(2011) Bazı Elit Domates Hatlarının Domates Lekeli Solgunluk Virüsü (TSWV)’ne Dayanıklılığın Moleküler Markırlar Yardımıyla Belirlenmesi IV. Bitki Koruma Kongresi. S.409 28-30 Haziran 2011.Kahramanmaraş.

• E8. Kaymak, S., Pınar, H., Uzun, A.., Boyraz, N. (2011) Bazı Elma Çeşitlerinin Pl-W Ve Pl1 Külleme Hastalığına (PodosphaeraLeucotricha) Dayanıklılık Genlerine Spesifik Scar Markörlerle Taranması IV. Bitki Koruma Kongresi. S.379 28-30 Haziran 2011.Kahramanmaraş.

• E9. Pınar, H. Türkay, C., Denli, N., Ünlü, M., Bircan, M.(2011) Türkiye’de Muz Üretim Potansiyeli. GAP VI. Tarım Kongresi, 09–12 Mayıs 2011, Şanlıurfa.

• E10. Hocagil, M. Pınar, H. Ulun, A., Denli, N. 2010. Mersin İlinde İki Farkli Bölgeden Belirlenen Kum Zambaği (PancratiumMaritimum L.) Genotiplerinin Genetik Farkliliklarinin SRAP ve RPAD Markirlari Yardimiyla Belirlenmesi IV. Süs Bitkileri Kongresi Alata. MERSİN.

• E11. Pınar, H., Yılmaz, C., Canan, İ. 2005. Anamur Koşullarında Örtü Altında Yetiştirilen Muzlarda Meyve Çatlaması ile Makro ve Mikro Besin Maddeleri Arasındaki İlişki s.150-155 III.Bahçe Ürünlerinde Muhafaza ve Pazarlama Sempozyumu, Antakya-Hatay.

• E18. Keleş, D., Pınar, H. Ata, A. Mutlu, N., Denli, N.(2011)Domates Hatlarında Domates Sarı Yaprak Kıvırcıklığı Virüsüne (TYLCV) Dayanıklılığın Moleküler Markırlar Yardımıyla Belirlenmesi9. Ulusal Sebze Tarımı Kongresi 12-14 Eylül 2012 Konya (Özet Kitabı)

• E19. Pınar, H. Ata, A. Keleş, D., Mutlu, N., Denli, N.(2012) Bazı Elit Domates Hatlarının Verticillium wilt’e Dayanıklılığın Moleküler Markırlar Yardımıyla Belirlenmesi9. Ulusal Sebze Tarımı Kongresi 12-14 Eylül 2012 Konya (Özet Kitabı)

• E20. Pınar, H. ve Mutlu, N. (2012) Domateste(Lycopersıcon Esculentum) Agrobacterıum Aracılığıyla Gen Transferi 9. Ulusal Sebze Tarımı Kongresi 12-14 Eylül 2012 Konya (Özet Kitabı)

• G1. Muz klonlarının Tescil Ettirilmesi

• Türkiye’de Muz Seleksiyonu ve Karakterizasyonu projesi kapsamında ülkemizde üretimi yapılan muz çeşitlerinden Anamur muzu(Dwarf cavendish), Grand nain ve Erdemli muzu olarak bilinen muz klonlarında seleksiyon esnasında tescil gerçekleştirilmiş ve sertifikalı muz fidesi üretiminde kullanılmaktadır. Aynı proje kapsamında yine ülkemizde yetiştiriciliği yapılan Azman yerel adıyla anılan muz klonunda seleksiyon yapılmış ve tescil sürecine girmiştir.

• G2. Badem Çeşitlerinin Tescil Ettirilmesi

• Doğu Akdeniz Bölgesinde Badem Genetik Kaynaklarının Muhafazası, Değerlendirilmesi ve Karakterizasyonukapsamında 2 adet erkenci ve çağlaya uygun badem çeşit adayı belirlenmiş ve tescil için hazırlıklara başlanmıştır.

• G3- Karaisalı Biber Populasyonunun Seleksiyon Yoluyla Islahı projesi kapsamında yardımcı araştırmacı olarak çalışmaktayım. Salçalık kalitesi yüksek ve verimli 4 adet çeşit adayı için tarla günü düzenlenmiş ve tescile hazırlanmaktadır.

• G4. Alata Bahçe Kültürleri Araştırma İstasyonu Biber Islahı programlarında geliştirilmiş 64 adet üstün niteliklere sahip(Yüksek ve düşük sıcaklığa tölerant, verimli) sivri ve çarliston tipi biber hatları protokol ile özel firmaya ıslahta kullanmak üzere devredilmiştir(Proje lideri ve yardımcı araştırıcı).

• G5. Yine Alata Bahçe Kültürleri Araştırma İstasyonu Biber Islahı programlarında geliştirilmiş 40 adet üstün niteliklere sahip(Yüksek ve düşük sıcaklığa tölerant, verimli, nematod ve TSWV virüsüne dayanıklı) sivri ve çarliston tipi biber hatları özel firmalara devredilmek üzere arazi testleri gerçekelştirilmektedir(Proje lideri ve yardımcı araştırıcı).

• G6. MARAŞ BİBERİ 2 adet Çeşit Geliştirildi ve arazi denemeleri devam ediyor.

TEŞEKKÜRLERBakanlığımıza

Bana bu fırsatı sağladığı için

Ve sizlere beni sabırla dinlediğiniz için