生命科学领域的文献检索 -...

生命科学领域的文献检索

马亚鹏汤森路透知识产权与科技集团

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做好科学研究

掌握科技文献是前提

学术研究中的时间分配

• 据美国科学基金会统计，一个科研人员花费在查找和消化科技资料上的时间需占全部科研时间的51%，计划思考占8%，实验研究占32%，书面总结占9%。由上述统计数字可以看出，科研人员花费在科技出版物上的时间为全部科研时间的60%。

• 美国科学基金会NSF(National Science Foundation)

• http://www.nsf.gov

……更多

科技文献的获取和利用

文献的类型零次文献：口头信息、未公开发表的文字资料（手稿、书信、笔记等）；时效性强；大量而无序

一次文献：期刊论文、专利文献、科技报告、会议录等；研究人员最终索取的文献

二次文献：检索工具；如Web of Science(SCI/SSCI/AHCI etc) ; PubMed(Medline); Biosis Previews; SciFinder Scholar(CA)等

三次文献：选用大量有关的文献，经过综合、分析、研究而编写出来的文献。如：综述、评论、评述、进展、动态等；研究人员最终需要的文献

科研人员与科学信息的获取和利用

科研过程中合理利用文献

• 研究人员的文献平台可以由二次文献作为入口，满足整体的需求；然后，通过这个入口来获取有用的高质量的全文期刊（一、三次文献）来满足纵深的研究需要。

主题词索引（MeSH主题词表）

OR

科学引文索引：引文数据库

1.由美国国立医学图书馆所属国家生物技术信息中心(NCBI)开发的生物医学文献检索系统

2.从1997年6月起，PubMed在网上免费向用户开放。

3. 登录PubMed的网址：http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed

一、PubMed数据库概述

• MEDLINE

• PreMEDLINE

• Record supplied by Publisher（出版商提供的文献题录）。

二、PubMed系统的内容：

（1）MEDLINE

• 收录了全世界80多个国家和地区的5200余种生物医学

期刊，起始时间1966年，目前文摘条目1200万篇，

年报道量近40万条，英文刊物占90%、周更新。

• 内容涉及：医学、药学、牙医学、护理学、卫生保健、

兽医学等专业。

• 记录标注[PubMed - indexed for MEDLINE]

注：部分数据来自丁香园论坛

（2）PreMEDLINE

• 是临时性医学文献数据库，每天接收新数据，经

MeSH词表标引后，每周向medline移加一次。故通

过 PreMEDLINE得到的信息比MEDLINE更快更新。

• 记录标注[PubMed - in process]

（3）Publisher Supplied Citation

• PubMed还通过电子通讯方式接受出版商提供的文

献条目数据，这种条目每天都在不停地向PreMEDLINE数据库中传送，包括不被Medline收录的部分。因此用户可以看到最新发表的文章。

• 记录标注[PubMed - as supplied by publisher]

PubMed与MEDLINE的区别

• 收录范围广：

–部分生命科学相关文章的非医学专业期刊（物理、天文、化学等）

• 收录记录新：

–在MEDLINE数据标引前的最新题录

• 文献类型全：

–提供电子原文链接（部分免费）

案例一: 诱导多能干细胞（IPS Cell）相关研究

将人体皮肤细胞改造成了几乎可以和胚胎干细胞相媲美的干细胞——“iPS细胞”，它也被通

俗地称为“皮肤干细胞”。它的诞生仿佛给沉寂一时的国际干细胞研究打入了一剂强心剂。

基本检索高级检索

工具与资源：提供期刊数据库检索、

MeSH主题词检索等

检索限定

PubMed中输入关键词

检索课题:：(Induced Pluripotent Stem Cell*) or (IPS cell*)

MeSH中输入关键词

Induced Pluripotent Stem Cell

MeSH词精确检索

MeSH检索的缺点

人工标引：新的MeSH词出现会滞后于相对应的最新论文（ In Process），用MeSH检索会漏检。

Medline不收录的文献：Supplied by publisher的文献，不标MeSH词。

Web of Knowledge: 为科研工作流建立整合的创新研究平台

Web of Science

同平台其它数据库

与其它数据库的链接

EndNoteWeb

ScholarOne-

Manuscript Central

期刊引证报告JCR

基本科学指标ESI

ResearcherID.com

检索

分析

发现

写作

引用

审稿

评估

论文发表

晋升/基金

论文提交

Web of Knowledge

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Web of Knowledge 与 Web of Science

Web of Science

• Science Citation Index Expanded(科学引文索引，SCIE）: ~8473种核

心期刊，可回溯到1899年

• Social Science Citation Index(社会科学引文索引，SSCI）：~3031种核

心期刊，可回溯到1898年

• Arts & Humanities Citation Index(艺术与人文引文索引，A&HCI）:

~1671种核心期刊，可回溯到1975年

• Conference Proceedings Citation Index - Science (CPCI-S)--1990-至今

• Conference Proceedings Citation Index - Social Science & Humanities

(CPCI-SSH)--1990-至今

New!

• Book Citation Index - Science (BKCI-S) —2005-至今

• Book Citation Index - Social Science & Humanities (BKCI-SSH) —

2005-至今

Dr. Eugene Garfield Founder & Chairman Emeritus ISI, Thomson Scientific

“Our ultimate goal is to extend our retrospective coverage of the scientific literature back to the twentieth century. The Century of Science initiative makes that dream come true.”

引文索引

• Dr. Garfield 1955年在 Science 发

表论文提出将引文索引作为一种新的文献检索与分类工具。将一篇文献作为检索字段从而跟踪一个Idea的发展过程

• 1963年出版 Science Citation Index

• 1973年出版 Social Sciences Citation Index

• 1978年出版Arts & Humanities Citation Index

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输入关键词

检索课题:：(Induced Pluripotent Stem Cell*) or (IPS cell*)

快速锁定高影响力论文

全记录的引文链接（施引文献）

全记录的引文链接（参考文献）

全记录的引文链接（相关记录）

Web of Science中的相关记录

Synthesis of Amino Acids

Synthesis and/or collection of Synthesis and/or collection of amino acids is critical for cell survival. They not only serve as the building blocks for proteins but also as starting points for the synthesis of many important cellular molecules including vitamins and nucleotides.















论文甲论文乙

A B C D E F

全记录的引文链接（相关记录）

42

2004

Cited References

1993 1991

1995

1980

2003 Times Cited

Related

Records

2003

2004

1999

2002

1994

2004

Citing

从一篇高质量的文献出发

沿着科学研究的发展道路…

… Cited References 越查越深

Times Cited 越查越新

Related Records 越查越深

1998

分析：

学科分布、发展趋势、机构/作者等

44

如何从整体上把握课题的发展方向和趋势？

如何快速定位研究领域中高影响力的论文？

如何从检索结果中找到某个学科的相关论文？

如何准确找到研究领域中的综述性文献？

如何查找与我课题最相关的课题组网站及研究者博客？

案例: 诱导多功能干细胞

检索到与本课题最相关的互联网信息，包含科技新闻，研究人员博客等内容，

点击即可浏览

快速锁定特定学科领域论文

快速检索到最新的/高影响力的综述

强大的分析功能：

▪作者 ▪出版年 ▪来源期刊 ▪文献类型 ▪会议名称

▪国家/地区 ▪编者 ▪基金资助机构 ▪授权号 ▪团体作者

▪机构 ▪语种 ▪学科类别 ▪ WOS学科类别▪ 丛书名称

0

200

400

600

800

1000

1200

1400

出版年分析

记录

著者：

- 发现该领域的高产出研究人员

- 有利于机构的人才招聘

- 选择小同行审稿专家

- 选择潜在的合作者

山中伸弥：1962年出生于日本大阪府，日本医学

家，京都大学再生医科研究所干细胞生物系教授，

大阪市立大学医学博士（1993年），美国加利福尼

亚州旧金山心血管疾病研究所高级研究员。

山中伸弥是诱导多功能干细胞（iPScell）创始人

之一。2006年，他所在的研究团队通过对小鼠的实

验，发现诱导人体表皮细胞使之具有胚胎干细胞活

动特征的方法。此方法诱导出的干细胞可转变为心

脏和神经细胞，为研究治疗目前多种心血管绝症提

供了巨大助力。这一研究成果在全世界被广泛应

用，因为其免除了使用人体胚胎提取干细胞的伦理

道德制约。山中伸弥也因此获得2009年拉斯克基础

医学奖。

同时他在2008年获颁邵逸夫生命科学与医学

奖。

机构

- 发现该领域高产出的大学及研究机构

- 有利于机构间的合作

- 发现深造/访问的研究机构

利用Web of Science获取思路，激发研究思想

• 以一篇高质量的文章为检索起点进行被引参考文献检索Cited

Reference Search

被引参考文献检索的特点：

• 以一篇文章、一个作者、一个期刊、一篇会议文献或者一本书作为检索词,进

行被引文献的检索. 在不了解关键词或者难于限定关键词的时候，您可以从一

篇高质量的文献出发，了解课题的全貌。

– 某一理论有没有得到进一步的证实？是否已经应用到了新的领域?

– 某项研究的最新进展极其延伸？

– 某个实验方法是否得到改进？

– 如何了解某篇论文/某部论著被引用情况？以揭示其影响力.

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案例 2007年高雄大学医学院罗怡卿博士撰文“San-Huang-Xie-Xin-

Tang inhibits Helicobacter pylori-induced inflammation in

human gastric epithelial AGS cells” 并发表在期刊JOURNAL

OF ETHNOPHARMACOLOGY 上，文中介绍了三黄泄心汤及

主要成分黄芩苷对幽门螺杆菌导致的胃炎的治疗作用

作者: Lo Yi-Ching

来源出版物: JOURNAL OF ETHNOPHARMACOLOGY

卷: 112 期: 3 页: 537 出版年: 2007

该成果的最新应用如何? 该研究的最新进展如何?

被引文献作者

被引著作

被引文献出版年

此处列出的施引文献都是对该方法的应用与深入研究

黄芩及其主要活性成分的抗癌效用

了解最新进展

创建引文跟踪,追踪该技术的最新改进与应用

Web of Knowledge平台中的Medline

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Web of Knowledge平台上的Medline

输入关键词

检索课题: “Induced Pluripotent Stem Cell*”or “IPS cell*”

Web of Knowledge平台中Medline的分析功能：

▪作者 ▪机构作者 ▪MeSH主题词 ▪MeSH限定词

▪来源出版物 ▪学科类别 ▪ 出版物类型 ▪ 出版年

著者：

- 发现该领域的高产出研究人员

- 有利于机构的人才招聘

- 选择小同行审稿专家

- 选择潜在的合作者

希望大家善于利用好各种类型文献

快速准确获取最有用的文献

http://ip-science.thomsonreuters.com.cn/

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