糖鎖統合データベース糖鎖統合データベース

産業技術総合研究所

糖鎖医工学研究センター

2010年3月3日

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ライフサイエンス統合ＤＢプロジェクトライフサイエンス統合ＤＢプロジェクト

• 文科省ライフサイエンス統合データベースプロジェクトに協力機関として参画

• ライフサイエンス統合データベースの糖鎖カテゴリーという位置付け

• 平成23年3月までに、糖鎖業界に散在しているDBを実現可能なレベルで、より多くのDBを統

合すること（来年度が最終年度）

• 経産省の統合ＤＢプロジェクトにも協力

※図：ライフサイエンス統合DBセンターのホームページから

JCGGDB AllianceJCGGDB Alliance

FlyGlyco DB

N-glycan Conformation DB

Knockout Mouse DB

Ritsumeikan Univ.

Nagoya Univ.

Executive Committee of Lipid Database

RIKEN, Systems Glycobiology Research Group

Noguchi Institute

Soka Univ.

Seikagaku Corp.

Glycan Synthesis DB

RCMG, AIST Tsukuba

Nagoya City Univ.

KEGGKyotoUniv.

20093

キーワード検索（横断検索）キーワード検索（横断検索）

• Cross search across various DBs

Establishing the ontology for glycan structureGathering glycan data based on the structure (taking up glycan having different names)Organizing data for experimentClassifying the data according to the application

4

構造による統合検索～横断検索サービス～

構造による統合検索～横断検索サービス～

構造検索（構造エディター）

構造検索(structure search)部分構造検索（substructure search）

各DBへのリンク

5

単糖良く使う単糖１５種類とHexとHexNAc, 酸性糖

N-結合型糖鎖基本的な8つのCore構造

O-結合型糖鎖Core1～8O-fucosylglycan 2構造GAGのリンケージ 2構造O-マンノースの2つのCore構造

糖脂質Locto, neolacto, globo, isoglobo, ganglio, arthro,gala, muco, molluの

9つの構造

GAGChondroitin,Chondroitin sulfate A, B, C, D, E, Keratan Sulfate,heparin, heparan sulfateなどの

18の構造

糖鎖修飾27つ

豊富なテンプレート

用意されたテンプレートをドラッグ＆ドロップ

6

糖鎖構造検索糖鎖構造検索

構造検索(構造エディター)

完全一致検索部分構造検索

各構造に関する情報（分子量・特徴的な構造・解析データ）JCGGDBアライアンス先のWebサイトへリンク

7

詳細情報詳細情報

Structure based on CFG

Mass info

Info from alliance DBs・Name / Alias・Antibody toward the glycan・Lectin to bind the glycan・Experimental data

(MS, GALAXY, NMR etc)

8

赤痢、ボツリヌス中毒症、コレラ、肺炎、インフルエンザ、食中毒(ノロウイルス)、ライム病、尿路感染、口蹄疫、狂犬病などに関する病原体を収録

病原体（アドヘシン・レクチン・表面タンパク）と宿主の糖鎖構造

病原体: 127結合情報: 1695

病気: 102

As of Jan 15,2010

Pathogen Adherence to Carbohydrate DB(PACDB)

真菌、細菌、ウイルス、トキシンなど論文: 211

2010年1月18日に公開

病原体と病気の情報結合情報

9

PACDBの機能PACDBの機能

JCGGDBの構造検索⇔PACDB

病原体名のリストと病名のリストから簡単にアクセス可能

結合情報は生物種の亜種（株）毎

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PACDB:ノロウィルス亜種6種類 （GI, GIIなど）

ABO式血液型への接着

PACDB:ノロウィルス亜種6種類 （GI, GIIなど）

ABO式血液型への接着

Norovirus 株毎に

整備

結合する糖鎖・糖タンパク質の情報（背景色：緑）

結合しなかった情報も収納（背景色：灰）

A型

B型

O型

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糖鎖関連疾患とその原因遺伝子のデータベース

糖鎖関連疾患とその原因遺伝子のデータベース

• Glyco-Disease Genes Database– 約80の病名を収録

– 原因遺伝子(糖鎖関連遺伝子)– 専門家が書いた病態情報（日本語・英語）を収録

– 関連するJCGGDB Allianceへのリンク

• GlycoGeneDatabase（GGDB）• Functional Glycomics with KO mice DB• FlyGlycoDB

– 外部へのリンク• OMIM

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病態原因遺伝子の情報

病名リスト

JCGGDB・オンラインリポートJCGGDB・オンラインリポート

コンセプト

• 最新の糖鎖合成パスウェイ・分解パスウェイを専門の先生にミニレビュー方式でリポートして頂く。

• パスウェイの制御や仕組みをドキュメント化する

• 新しい知見が出た場合にはその都度アップデートする

• 読み物とデータベース（遺伝子ＤＢ・阻害剤など）が連携する予定

• 依頼中の原稿

– N-結合型糖鎖：産総研 千葉研究員

– 遊離糖鎖：理研 鈴木匡先生

– 糖タンパク質の品質管理：東大 山本一夫先生

今年度中には公開する予定

• 他に、糖鎖機能に関するもの、糖鎖を産業に活用している方のレポートを依頼中。こちらは来年度公開する予定

– 感染、癌、糖タンパク質製剤など13

オンラインリポート～糖タンパク質の品質管理・東大山本先生～

オンラインリポート～糖タンパク質の品質管理・東大山本先生～

• パスウェイ・遺伝子・制御などについて最新の情報を発信する

• JCGGDBと連携しているＤＢとリンクする（ドキュメントとＤＢとがリンク）

JCGGDB AllianceJCGGDB Alliance

FlyGlyco DB

N-glycan Conformation DB

Knockout Mouse DB

Ritsumeikan Univ.

Nagoya Univ.

Executive Committee of Lipid Database

RIKEN, Systems Glycobiology Research Group

Noguchi Institute

Soka Univ.

Seikagaku Corp.

Glycan Synthesis DB

RCMG, AIST Tsukuba

Nagoya City Univ.

KEGGKyotoUniv.

201015GlycoGene DNA

microarray database

線虫 糖鎖関連遺伝子database

Glycosidase database

糖鎖と病原体のdatabase

Glycotechnology特許database

Kyushu Univ.

Pathway database

オンラインプロトコル

オンラインリポート

阻害剤database