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CHROMOSOME 22q11.21 DUPLICATION IN A
PATIENT WITH CONGENITAL HEART
DEFECT
CEINGE-Biotecnologie Avanzate
e
Dipartimento di Medicina Molecolare e Biotecnologie Mediche, Università degli Studi di
Napoli “Federico II”, Napoli, Italy
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R.E. ♀ 2,5 anni;
A 2 mesi di vita diagnosticata una stenosi della valvola polmonare per il riscontro di un
soffio cardiaco;
A 2 anni effettuata valutazione presso il Dipartimento di Pediatria AOU “Federico II”;
Peso: 13.8 Kg (73° pc);
Lunghezza: 86 cm (57° pc);
Circonferenza cranica: 47 cm (35° pc);
Normocefalia; esotropia bilaterale, naso insellato, narici anteverse;
Cavo orale nella norma, palato intatto. Assenza di masse del collo;
Torace di forma normale; Soffio sistolico 1/6 al mesocardio.
Metodologia di screening per identificare alterazioni
genomiche
Array-Comparative Genomic Hybridization (a-CGH)
CASO CLINICO
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Elevato potere risolutivo rispetto ad un cariotipo
standard;
Analisi dell’intero genoma in un unico
esperimento;
Possibilità di progettazione di vetrini custom;
Impossibilità di identificare alterazioni
bilanciate e bassi livelli di mosaicismo.
a-CGH
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FLOW-CHART a-CGH
Estrazione del DNA del paziente
Digestione del DNA
Marcatura
Purificazione
Ibridazione dei campioni
Lavaggi
Scansione ed estrazione dei dati
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PIATTAFORMA a-CGH AGILENT
4x180K
Richiesta d’indagine per:
Autismo
Ritardo mentale
Disturbi del comportamento e
del linguaggio
2009-2014: 847 campioni
analizzati
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4 array/slide
~ 180.000 oligonucleotidi lunghi 60
mers sintetizzati in situ sul vetrino
1.714 geni analizzati con copertura
per ogni singolo esone
Spaziatura media delle sonde 13 kb
Molti geni associati a ritardo mentale,
epilessia, autismo e difetti cardiaci
Copertura completa del genoma
mitocondriale
PIATTAFORMA a-CGH AGILENT
4x180K
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Analisi: WORKBENCH software Gene View Chr View Aberration View
Gene Tab
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DGCR6, PRODH, DGCR5, DGCR9, DGCR10, DGCR2,
DGCR11, DGCR14, TSSK2, GSC2, SLC25A1, CLTCL1,
HIRA, MRPL40, C22orf39, UFD1L, CDC45L, CLDN5,
LOC150185, SEPT5, GP1BB, TBX1, GNB1L, C22orf29,
TXNRD2, COMT, ARVCF, C22orf25, MIR185, DGCR8,
MIR1306, TRMT2A, RANBP1, ZDHHC8, LOC150197,
RTN4R, MIR1286, DGCR6L, PI4KAP1, RIMBP3, ZNF74,
SCARF2, KLHL22, MED15, POM121L4P, TMEM191A,
PI4KA, SERPIND1, SNAP29, CRKL, AIFM3, LZTR1,
THAP7, FLJ39582, MGC16703, P2RX6, SLC7A4, P2RX6P,
LOC400891
L’analisi ha evidenziato una duplicazione di ̴ 2.56 Mbp sul
chr 22q11.21 (18,894,835- 21,454,721)
RISULTATO a-CGH
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Phenotypic heterogeneity in a family with a small atypical microduplication of chromosome 22q11.2
involving TBX1.
Weisfeld-Adams JD. Eur J Med Genet. 2012 Dec;55(12):732-6.
Fattore di trascrizione coinvolto
nella formazione di tessuti e
organi
Il gene più importante nella
Sindrome di DiGeorge
Iperespressione comporta quadri
clinici simili a quelli causati da
aploinsufficienza
TBX1
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Più di 50 casi descritti in letteratura
Sindrome complementare alla sindrome di DiGeorge
Quadro clinico estremamente variabile
Alcuni pazienti possono essere addirittura normali
SINDROME DA MICRODUPLICAZIONE 22q11.2
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• Sequenze ripetute a basso numero di copie (LCR)
• Ricombinazione omologa non allelica (NAHR)
Molecular Mechanisms And Diagnosis Of Chromosome 22q11.2 Rearrangements.
Emanuel BS. Dev Disabil Res Rev. 2008;14(1):11-8
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CONCLUSIONI
Duplicazione di ̴ 2.56 Mbp 22q11.21 in un paziente con
difetto cardiaco congenito;
La sindrome da duplicazione 22q11.2 è una sindrome
emergente con fenotipo variabile;
a-CGH come indagine di primo livello in patologie
congenite;
Combinazione tra a-CGH e NGS: potente ed efficiente
strumento diagnostico per difetti cardiaci congeniti.
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Lucio Pastore
Barbara Lombardo
FrancescoVerdesca
Andrea Vitale
Carmela Fabbricatore
Luca Di Leo
Angela Saraiello
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LogRatio =
(Log2)
Intensità della fluorescenza DNA probando (Cy5)
Intensità della fluorescenza DNA controllo (Cy3)
ESTRAZIONE DEI DATI
Genomic Workbench
Feature Extraction