Dr. N. Volkan Demircan

The New England Journal of Medicine

Comprehensive Molecular Characterization of Papillary Renal-Cell Carcinoma The Cancer Genome Atlas Research Network*

Giriş

Papiller RCC tüm RCC lerin %15-20 sini oluşturmaktadır.

Papiller RCC sessiz veya agresif, soliter ya da multifokal gelişim gösterebilen ölümcül bir tümördür.

Sporadik papiller RCC nin genetiği hakkında çok az bilinmektedir.

Metod 161 primer papiller RCC vakasının; Bütün ekzon sekanslama Kopya sayısı analizi mRNA ve microRNA sekanslaa DNA metilasyon analizi Proteomik analiz kullanılarak

moleküler karakteristiği ortaya konulmuş.

Sonuç Tip 1 ve 2 papiller RCC farklı

genetik değişiklikler gösteren iki ayrı RCC türü

Tip 2 RCC sağkalım ile ilişkili moleküler farklılıklar zemininde 3 ayrı altgruba ayrılıyor.

Tip 1 papiller RCC MET alterasyonu, tip 2 ise CDKN2A silencing, SETD2 mutasyonu, TFE3 füzyonu ve artmış NRF2-antioxidant response element(ARE) ile ilişkili.

5

Sonuç CpG island methylator

phenotype(CIMP), tip 2 papiller RCC nin kötü prognozlu bir altgrubuyla ve fumarat hidrataz(FH) enzimini kodlayan genin mutasyonu ile ilintili

6

Özet

Tip 1 ve 2 papiller RCC klinik ve biyolojik olarak birbirinden farklı

Tip 2 papiller RCC de kendi içerisinde en az 3 farklı subgruptan oluşuyor.

7

• Tip 1 papiller RCC genelde multifokal olarak görülür.

• Papiller ve tubuler yapılar uniform oval nükleuslu bazofilik sitoplazmalı küçük hücreler tarafından kaplanmıştır.

• Tip 2 de ise daha heterojen bir yapı görülür. Papillalar belirgin nükleuslu, eozinofilik sitoplazmalı sferik, büyük hücrelerle kaplanmıştır.

8

Papiller RCC nin genetiği ile ilgili bilgi dağarcığının büyük bölümü hastalığın kalıtsal formundan gelmektedir.

Hastalığın kalıtsal formu nadir görülen artmış tip 1 papiller RCC riski ile ilişkili, germline MET mutasyonuna bağlı bir tiptir.

Somatik MET mutasyonu non-herediter papiller RCC lerin %13-15 inde görülür.

9

Herediter leimyomatozis ve RCC sendromu papiller tip 2 RCC nin agresif formuna predispozandır.

Bu durum FH(TCA siklus enzimi) enzimini kodlayan gende meydana gelen bir germline mutasyona bağlıdır.

Bu agresif tümörler artmış oksidatif stres ve NRF2-ARE yolağının aktivasyonu ile ilişkilidir.

10

NFR2-ARE yolağının kodlayan CUL3 ve NFE2L2 genlerinde mutasyon sporadik papiller RCC de de görülmektedir.

Sonuçlar

161 RCC nin 75 i tip 1, 60’ı tip 2, 26 sı ise her iki gruba da ait değil olarak tanımlanmış.

Tip 1 tümörler genellikle 1. evrede tanı alırken, tip 2 RCC genellikle evre 3-4 iken tanı almış.

12

13

14

15

Somatik alterasyonların rolü

Kopya-sayı değişiklikleri 3 altgruba ayrılmış 1. grupta tip 1 papiller RCC

predominant Tümör evresi düşük Genellikle kromozom sayısında artış

mevcut Sıklıkla 7.-17. kromozom sayısında

artış mevcut Nadir olarak 2,3,12,16,20

Somatik alterasyonların rolü

Diğer 2 altgrup ise tip 2 papiller RCC ile ilişkili

Bu altgruplardan biri yüksek derece anaploidi ile ve multipl kromozom kayıpları ile seyrediyor.

9p kaybı sık görülüyor ve kötü prognoz ile ilişkili

Whole-exome sekanslama

Bütün ekzom sekanslama 157 tümör ile ilişkili tanımlanmış 10380 somatik mutasyonun tanımlanmasına olanak sağladı.

MutsigCV versiyon 2.0 kullanılarak MET, SETD2, NF2, KDM6A ve SMARCB1 genlerinin papiller tip RCC de %24 oranında mutasyona uğradıkkları görülmüş.

19

Whole-exome Sekanslama

analizler, FAT1, BAP1, PBRM1, STAG2, NFE2L2 ve TP53 genlerinden en az birinin %36 vakada mutasyona uğradığını göstermiş.

20

Hippo ve kromatin modifiye edici yolaklar

Papiller RCC de mutasyona uğrayan bazı genler, NF2 - Hippo sinyal yolağının da içinde bulunduğu iyi bilinen kanser ilişkili yolakların bir parçası( SMARCB1 ve PBRM1- SWI/SNF yolağı, SETD2, KDM6A ve BAP1 çeşitli kromatin modifiye edici yolaklarda)

21

Hippo ve kromatin modifiye edici

yolaklar SWI/SNF kompleks mutasyonları tip

1 RCC de %20, tip 2 RCC de %75 oranında görülüyor.

Kromatin modifiye edici yolaklarda oranlar tip 1 için %35, tip 2 için %38.

Hippo sinyal yolağı için ise tip 1 %3, tip 2 %10

22

TFE3 ve TFEB gen füzyonları

17 vakada gen füzyonu saptanmış(%10.6)

Bunların 8 tanesi TFE3 veya TFEB. TFE3 füzyonlarından 4 tanesinde

bilinen füzyonlar partnerleri mevcuttu.(PRCC-SFPQ)

2 tanesinde ise yeni ortaya çıkan füzyon partnerleri görüldü.(RBM10-DVL2)

TFE3 ve TFEB füzyonlarından 7 tanesi tip 2 papiller RCC de görülmüş. (7/60 - %12)

23

Tip 1 RCC de MET mutasyonu

17 hastada MET mutasyonu+ (3 ü germline)

17 MET mutasyonundan 14 ü tirozin kinaz domainde ve bunlardan 13 ü tip 1 RCC ile ilişkili

MET mRNA ekspresyon ve protein fosforilasyon seviyeleri tip 1 tm de tip 2 tm e göre belirgin derecede daha yüksek.

Değişmiş MET durumu veya 7. kromozom trizomisi tip 1 papiller RCC nin %81 inde tanımlanmış.

24

Tip 1 RCC de MET mutasyonu

1p36 gen kaybı 18 papiller RCC( %11.2) görülmüş.

1p26 delesyonları kromozom 7 sayı artışı ve EGFR amplifikasyonları ile birlikte görülüyor.

25

26

Tip 2 tm de CDKN2A mutasyonu

9p21 kaybı 13 papiller tip RCC hastasında (%8.1) görülmüş.

CDKN2A promoter hipermetilasyonu 11 vakada( 3 tanesi fokal 9p21 kaybı ile ilişkili) görülmüş.

Toplam 21 vakada(%13) CDKN2A alterasyonu mevcut.

27

Tip 2 tm de CDKN2A mutasyonu

CDKN2A alterasyonu tip 2 papiller RCC ile yakından ilişkili.

Tip 2 papiller RCC nin %25 inde görülüyor.

CDKN2A alterasyonu kötü prognozla bağlantılı saptanmış.

28

Tip 2 tm de SETD2, BAP1 ve PBRM1 mutasyonu

Chromatin modifiying genes: SETD2, BAP1, PBRM1

Tip2 tm lerle ilişkili Ayrıca berrak hücreli tipte de 3p

kaybıyla birlikte sıkça görülüyor. 3p kaybı tip2 papiller tip RCC ile de

bağlantılı

29

Tip2 tm de CpG island methylator

phenotype(CIMP) 9 vakada (%5.6) CIMP görülmüş. (bu

CDKN2A nın total metilasyonunu da kapsıyor)

9 vakanın 8 i tip2 papiller RCC olarak saptanmış.

5 vakada germline veya somatik fumarat hidrataz enzim mutasyonu görülmüş.(%56)

CIMP erken başlangıç ve kötü prognozla seyrediyor.

30

Kümeleştirme C1 tip1 tm C2a tip2 tm C2b tip2 tm C3c CIMP ilişkili papiller

RCC

31

Kümeleştirme C1 trizomi 7, MET mut,

erken evre C2a erken evre, DNA

metilasyonu C2b ileri evre, DNA

metilasyonu,SETD2 C3c en kötü prognoz

32

33

Trizomi 7 ayrıca: Wilm’s tm Papiller tiroid ca ile de ilişkili

Sınıflanamayan 37 papiller RCC nin büyük bir kısmı tip 1 tümör özelliği göstermiş.(%70)

34

Tartışma Tip1 ve tip2 RCC tamamen farklı

hastalıklar ve tip2 hastalık kendi içerisinde çok heterojen.

CDKN2A alterasyonları tip2 tm de prognostik marker.

TFE3 veya TFEB füzyonları genellikle çocuk genç erişkinlerin hastalıkları ile ilişkili.

Buna rağmen bu çalışmada 64 ve 71 yaşındaki hastalarda da TFEB füzyonu saptanmış.

35

Tartışma CIMP=kötü prognoz CIMP ayrıca: Glioblastom Ac adenokanseri Gastrik adenokanser ile de bağlantılı CIMP düşük fumarat hidrataz

ekspresyonu ile bağlantılı.

36

Tartışma FH eksikliği fumaratın birikmesine

ve DNA metilasyonundan sorumlu enzimlerin işleyişinin bozulmasına neden oluyor.

Tip2 tm lerin subgruplara ayrılması, hastalığı daha iyi sınıflamayı ve böylece hedefe yönelik tedavi uygulanmasını sağlayabilir.

37

Tartışma MET ve VEGFR2 yolaklarını hedef

alan anti-tümör etklil ilaçlar, papiller tip RCC özellikle MET mutasyonu olan grupta daha etkili.

Hippo yolağı tm supresoru olan NF2, mutasyonu papiller tip RCC de görülüyor.

Burayı hedef alan dasatinib, tedavide kullanılabilir.

NQO1, NRF2-ARE yolağı için değerli bir marker olabilir.