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Carlos LópezMarylène Lejeune
Área de Biología Molecular y Investigación Servicio de Anatomía Patológica
Hospital de Tortosa Verge de la Cinta
Conceptos bConceptos báásicos de ansicos de anáálisis de lisis de
imagen en patologimagen en patologíía.a.
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PrPrááctica anatomopatolctica anatomopatolóógicagica
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Microscopia manualMicroscopia manual
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Subjetividad humanaSubjetividad humana
� Presencia o ausencia de marcaje
� Variación de intensidad en una escala de color
� Distribución micro-anatómica de la señal
���� Tamaño de las células dianas
���� Distribución de las células dianas (clusters)
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Software de anSoftware de anáálisis de imagenlisis de imagenSoftware de anSoftware de anáálisis de imagenlisis de imagen
Filter ranges•Edit “measure” command•Edit “area measurement” command•Set ranges for area to filter unwanted object
Statistics•Display the sum, minimum, maximum, range, mean values,standard deviation and total number of object included in thecount for measurement type
HSI histogram-based model•Edit “segmentation” command•Edit “histogram based” command•Choose HSI channels values•Identification of the range of positive brown color
Automatic count/size of stained components
Spatial filtering•Edit “filters” command•Select morphological filters•Application of erode, dilate and open values
Contrast features•Edit “contrast enhancement” command•Select luminance channel•Application of brightness-contrast-gamma values
Optimization of the image
Microsoft Excel datasheet output
Database Conversion
Spatial Calibration (40x)Unit/Pixel = µm / pixel on the x and y axis
Aspect ratio = 1
Original digital color image opening(file Format Support TIFF)
Start Macro
Enhance function
Combination of contrast and filters values
Combination of segmentation and ranges values
Measurement data•Display the number of object encountered•Display the area value of each object
A
C
D
E F
G
I
B
H
Correction dataSeparation of clustered object as individual cells usingthe mean area of individual cells as correction factor
Color segmentation
J
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SegmentaciSegmentacióón por umbraln por umbral
2550255255255255
1071451946103172
1249515217811778
57188131545112
8756203996894
00255000
15618180170145152
1215518914795121
113611186102150
93101205692132
ISHBGR
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Filtro de umbral (threshold): asignar cada píxel a un cierto grupo y clasificar cada elemento de volumen según sus propiedades intrínsecas como objeto o no-objeto
Los umbrales específicos de color:
- CMYK: C M Y K
- RGB: R G B
- HSI: H S I
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