CovIT jako součást nástrojů chytré karantény: Laboratorní informační systém i middleware pro

diagnostiku a reportování laboratorních výsledků nemoci COVID-19

Petr Pavliš, Martin Szotkowski, Branislav Šiška, Jan Lošťák, Petr Džubák, Vladimíra Koudeláková, Hava Jaworek, Rastislav Slavkovský, Jiří Drábek, 

Michaela Bendová, Marián Hajdúch

Ústav molakulární a translační medcíny, LF UP a FN Olomuc

Evropská infrastruktura pro translační medicínu v ČR(EATRIS‐CZ)

NZIS & ISIN Open 2020:  COVID‐19 v dostupných datech.

27.5.2020

Data stewardship in medicine

IMTM data portal

https://portal.imtm.cz

Motivace pro vznik systému 

CovIT

• Nutnost laboratorního managementu vzorků testovaných na SARS‐COV‐2

• Na začátku testování všechny vzorky se žádankou v papírové podobě

• Digitalizace jedné žádanky cca 10 min.• Při 500 vzorcích denně je to 83 hodin digitalizace denně, nemožnost použít excel

• Nutnost reportovat výsledky na několik míst a vyhnout se opakovanému zadávání

• ISIN – centrální systém provozovaný ÚZIS• KHS – krajské hygienické stanice• COVID‐FORMS‐APP – management systém provozovaný AČR

• Testovaní lidé – zasílání výsledků formou SMS (jen negativní)

ClinDatazáklad 

systému CovIT

• Systém CovIT je založen na léty prověřeném systému na správu klinických dat ClinData.

• Ze systému ClinData přebírá• Univerzální datový sklad pro ukládání parametrických dat

• Systém pro tvorbu dynamických formulářů• Bez nutnosti programátora

• Plně konfigurovatelné role a privilegia• CAS ‐ Centrální autentizační službu• Exportní modul do xlsx• Auditování a logování• Kompletní historie všech změn

ClinDatazáklad 

systému CovIT

• Systém CovIT k systému ClinData přidává• Zjednodušené registrační formuláře• Funkce LIS (Laboratorní informační systém)• Napojení na systém žádanek

• ÚZIS• DASTA – nemocniční informační systémy (FNOL)

• Vydávání výsledků• ÚZIS – DASTA• KHS – xlsx• Testovaní – SMS• COVID‐FORMS‐APP – REST API

• Základní statistiky

ClinDataarchitektura

• Softwarové řešení pro sběr klinických a laboratorních dat v parametrické podobě v rámci různorodých klinických studií

• Architektura klient/server.• Aplikace běží na zabezpečeném serveru• Uživatel připojuje přes webový prohlížeč

• Zabezpečení SSL

ClinDatatechnologie

• Datový sklad založen na databázi ORACLE 12i• Programovací jazyk je JAVA 8/11• Další technologie

• HTML, JavaScript, jQuery, Angular, Bootstrap. • R pro statistické zpracování

• Základní schéma modulů v systému ClinData

ClinDataschéma

• Jednotné  a bezpečné přihlášení do všech IMTM aplikací

• Využíváme systém CAS Apereo• Přihlášení přes účet

• Interní uživatel IMTM• Active directory• OAUTH

• Dvoufázová autentizace• Potvrzení 

• SMS• Email

CASCentrální 

autentizační služba

ClinDataAdministrační 

modul

• Administrace rolí a privilegií• Role je nadmnožina privilegií• Uživatel může mít jednu nebo více rolí

CovITAdministrační

modul

• Základní role• Data browser KHS:

• nemožnost zadat nového pacienta• nemožnost úpravy dat o pacientech• přístup pro KHS jen na prohlížení informací o pacientech

• možnost exportu dat• Data manager junior:

• zadávání pacientů pro laboratoř• vidí jen pacienty které sám zadal

• Data manager senior:• zadávání pacientů pro laboratoř• vidí všechny pacienty

• Import data manager:• Import a aktualizace pacientů přes txt/CSV

• Manager of laboratory:• nejvyšší práva pro vybranou laboratoř• uzavírání záznamů• odesílání výsledků

CovITZákladní popis

• Systém CovIT je databázový systém pro elektronickou správu laboratorních vzorků testovaných na přítomnost viru SARS‐CoV‐2.

• Systém CovITmůže sloužit jako plnohodnotná náhrada laboratorního informačního manažerského systému LIMS.

• Může být i jen nástavba existujícího LIMS sloužící k reportingu do institucí krajské hygienické stanice KHS, Informačního systému infekčních nemocí ISIN a COVID‐FORMS‐APP (CFA).

CovITSchéma

Vstupy

• Import žádanky UZIS

• Import txt/csv

• Zadávací formulář 

Zpracování

• ClinData• Databázové funkce

• Vyhledávání• Výsledky PCR

Výstupy

• Odesílání SMS

• Export KHS• Export ISIN• Export DASTA

• Základní statistiky 

Systém CovIT je dostupný na covit.imtm.cz 

CovITUživatelské 

rozhraní

Záznamy v laboratoři – prohlížení pacientů

1. Menu programu2. Fulltext3. Výběr sloupců4‐5. Filtrování  6‐7. Nový pacient

8. Exporty9. Řazení sloupců

CovITUživatelské 

rozhraní

• Registrační formulář – data jsou importovány ze žádanky ÚZIS, csv dávky nebo zadány ručně

CovITUživatelské 

rozhraní

• Výsledky vyšetření jsou importovány automaticky z PCR pomocí csv dávky

CovITŽádanka UZIS

• Většina nových záznamů se do systému CovITnaimportuje ze žádanky ÚZIS.

• Záznamy jsou importovány na základě čísla pojištěnce

• Před importem je provedena kontrola dostupnosti

CovITImport csv/txt

• Nové záznamy lze importovat z textové dávky s příponou txt nebo csv.

• Data jsou před importem validována a uživatel je informován o jejich kvalitě (počty chyb)

CovITAktualizace 

dat

• Záznamy lze editovat ručně přímo v registračním formuláři

• Další možnost je použití aktualizační dávky• Využito při importu výsledků z PCR

CovITOdeslání SMS

• Po zjištění výsledku a uzavření formuláře lze poslat testovanému SMS.

• K odeslání SMS využíváme firmu Twilio• Je možné odeslat SMS i indikujícímu lékaři

CovITHromadné 

odeslání SMS

• V případě nutnosti lze odeslat větší množství SMS najednou

CovITExport KHS

• Krajské hygienické stanice KHS jsou informovány o výsledcích speciálním exportem xlsx.

• Formát tohoto exportu byl navržen ve spolupráci s nimi. 

CovITExport ISIN

• Export do systému ISIN probíhá dávkou ve formátu DASTA

• Export pro ISIN je možný těmito způsoby:• celá databáze• vybraní pacienti• vybraní pacienti v testovacím režimu

• Pro výše uvedené způsoby jsou exportováni pouze pacienti pro něž platí:

• formulář je uzavřen • export do ISIN nebyl proveden (exportuje se jen jednou)

• jsou správně vyplněna všechna nezbytná pole.

CovITExport do xlsx

• Uživatel může vytvořit vlastní export dat ve specializovaném exportním průvodci

Export wizard

Export button

CovITStatistiky

• Systém CovIT obsahuje modul pro výpočet základních statistik.

• Statistiky se počítají na denní bázi a souhrnně.• Počítají se počty případů a délka zpracování vzorků.

CovITReporting do 

COVID‐FORMS‐APP

• Do systému COVID‐FORMS‐APP se každou hodinu automaticky posílají tyto informace

• Počet vzorků minulý den• Počet pozitivních vzorků• Počet vzorků aktuálně ve frontě• Skladové zásoby ochranných pomůcek a reagencií

CovITVeřejný portál 

• Portál covidlab.cz slouží testovaným lidem k přístupu k informacím o výsledku testu

• Detailní informace o použité metodě testování• Možnost tisku protokolu• Možnost vytvoření pdf

CovITSouhrn

• Vytvořili jsme plnohodnotný LIMS pro diagnostiku viru SARS‐CoV‐2 pro zdravotnické, nezdravotnické i akademické laboratoře.

• CovIT může fungovat i jako middleware pro existudjící LIMS (především pro zdravotnické laboratoře).

• Je dostupný bezplatně na základě otevřeného přístupu k výzkumné infrastruktuře EATRIS‐CZ.

• Je v něm zpracováno přes 15.000 vyšetření• Bude dále vyvíjen jako plnohodnotný LIMS i pro další vyšetření.

• TĚŠÍME SE NA SPOLUPRÁCI

marian.hajduch@upol.cz; www.imtm.cz ; www.eatris.cz

Thank you for attention!

WHAT WE HAVE LEARNED?

“Success is going from failure to failure without loss of enthusiasm.”

Winston Churchill